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2022-04-21
Emerging Novel Reassortant Influenza A(H5N6) Viruses in Poultry and Humans, China, 2021
Emerg Infect Dis. 2022 May;28(5):1064-1066. doi: 10.3201/eid2805.212163.
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  • A novel highly pathogenic avian influenza A(H5N6) clade 2.3.4.4b virus was isolated from a poultry market in China, where a person with a confirmed case had visited.
  • Most genes of the avian and human H5N6 isolates were found to be closely related.
  • The virus showed distinct antigenicity to the Re-11 vaccine strain.
  • 高病原性鳥インフルエンザA（H5N6）ウイルス（クレード2.3.4.4b）に感染した人が訪れた中国の家禽市場から、同ウイルスが検出、同定された。
  • 鳥およびヒトから分離したH5N6の殆どの遺伝子は近縁であった。
  • このウイルスはRe-11ワクチン株とは明らかに異なる抗原性を示した。
2022-04-16
Defining virus-carrier networks that shape the composition of the mosquito core virome of a local ecosystem
Virus Evol. 2022 Apr 16;8(1):veac036. doi: 10.1093/ve/veac036. eCollection 2022.
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  • The analysis of the viromes of 24 mosquito species collected in Eastern Macedonia and Thrace, Greece, resulted in the identification of 34 viruses, which included 15 novel viruses.
  • Using total RNA extraction and total RNA NGS, novel relationships between mosquito species and virus families were identified.
  • This study highlights the importance of using a holistic approach to investigating mosquito viromes in diverse ecosystems.
  • ギリシャの東部マケドニアおよびトラキアで採集した蚊24種から、15種の新規ウイルスを含む計34種のウイルスを同定した。
  • Total RNA抽出および次世代シーケンシングにより、蚊とウイルス間の新たな関係性が解明された。
  • 本研究は、多様な生態系において、包括的アプローチで蚊のウイルス叢を調査することの重要性を強調するものとなった。
2022-04-13
Detection of Phenuiviridae, Chuviridae Members, and a Novel Quaranjavirus in Hard Ticks From Danube Delta
Front Vet Sci. 2022 Apr 13;9:863814. doi: 10.3389/fvets.2022.863814. eCollection 2022.
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  • In 2020, 169 Rhipicephalus sanguineus ticks were collected in Southern Romania from small ruminants and analyzed by high-throughput transcriptome sequencing.
  • Sequences from Phenuiviridae and Chuviridae families, and numerous sequences from a new quaranjavirus-like, tentatively named Cataloi tick quaranjavirus (CTQV) were identified.
  • Phylogenetic analyses showed that CTQV is phylogenetically positioned within a clade that encompasses Ixodidae-borne viruses associated with iguanas, small ruminants, seabirds, and penguins distributed across different geographical areas.
  • 2020年にルーマニア南部で小齧歯類からクリイロコイタマダニ169匹を採集し、ハイスループットシーケンシングでトランスクリプトーム解析を行った。
  • フェニュイウイルス科、Chuウイルス科、および新規のクアランジャウイルス様ウイルス（仮名Cataloiダニクアランジャウイルス：CTQV）のシーケンスが多数確認できた。
  • 系統解析により、このCTQVは、広範な地理的領域に分布するイグアナ、小齧歯類、海鳥、ペンギンのマダニ媒介性ウイルスの系統群に入ることが確認できた。
2022-04-12
Emergence of clade 2.3.4.4b novel reassortant H5N1 high pathogenicity avian influenza virus in South Korea during late 2021
Transbound Emerg Dis. 2022 Apr 12. doi: 10.1111/tbed.14551.
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  • This study identified a novel H5N1 virus from a captured mandarin duck in South Korea, and another H5N1 virus from a quail farm.
  • Genetic analysis was performed to identify origin of the two viruses and to determine their relationship with the clade 2.3.4.4b H5N1 viruses currently circulating in Europe
  • The novel H5N1 virus is presumed to have originated from an unknown reassortant between clade 2.3.4.4b H5N8 viruses circulating from 2020 and other Eurasian viruses, with additional reassortment of genes and point mutations that discriminate them from the recently reported H5N1 virus in Europe.
  • 韓国で捕獲したオシドリから分離された新規のH5N1ウイルスと、養鶉場から得た別のH5N1ウイルスを同定した。
  • これらのウイルスの遺伝子解析を行い、現在ヨーロッパで流行している2.3.4.4b H5N1ウイルスとの関係を分析した。
  • 新規H5N1ウイルスは、2020年から流行している2.3.4.4b H5N8ウイルスと、他のユーラシアのウイルス由来の遺伝子とを持つ、未知の遺伝子再集合体である。加えて、更なる遺伝子再集合や点突然変異が見られることから、最近ヨーロッパで報告されたH5N1ウイルスとは異なるものだと考えられる。
2022-04-10
Complete genome sequence of a novel porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus strain identified in South Korea
Arch Virol. 2022 May;167(5):1381-1385. doi: 10.1007/s00705-022-05414-w. Epub 2022 Apr 10.
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  • This study reports the full-length genome sequence and molecular characterization of a novel Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (PHEV) strain GNU-2113 identified in diarrheic neonates in South Korea.
  • The GNU-2113 strain was found to share 95.1-96.9% sequence identity with other global strains.
  • Genetic and phylogenetic analysis indicated that the strain is distantly related to the existing PHEV genotypes, implying that the virus appears to undergo substantial evolution under endemic pressure.
  • 本研究では、韓国で下痢を患う新生児から分離、同定した、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス新規株GNU-2113の全ゲノム配列と分子性状について報告する。
  • このGNU-2113株のシーケンスは、世界各地で見られる他の株のシーケンスと、95.1-96.9%の配列同一性を示した。
  • 遺伝子および系統解析により、この株が既存のブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルスと遠縁であることが判明したことで、このウイルスがこの地域で進化したことが示唆される。
2022-04-07
Human infection with a reassortant swine-origin influenza A(H1N2)v virus in Taiwan, 2021
Virol J. 2022 Apr 7;19(1):63. doi: 10.1186/s12985-022-01794-2.
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  • In 2021, for the first time in Taiwan, an influenza A(H1N2)v virus was isolated from a 5-year old girl who was suffering from fever, runny nose and cough.
  • The isolated virus was designated A/Taiwan/1/2021(H1N2)v.
  • Full-genome sequencing and phylogenetic analyses revealed that A/Taiwan/1/2021(H1N2)v is a novel reassortant virus containing hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) gene segments derived from swine influenza A(H1N2) viruses that may have been circulating in Taiwan for decades, and the other 6 internal genes (PB2, PB2, PA, NP, M and NS) are from human A(H1N1)pdm09 viruses.
  • 2021年に台湾で初めて、熱、鼻水、咳の症状のある5歳の女児から、インフルエンザA(H1N2)vウイルスが分離された。
  • この新規ウイルスは、A/Taiwan/1/2021(H1N2)vと名付けられた。
  • このウイルスが、過去何十年も台湾に存在していた豚インフルエンザＡ(H1N2)由来の、ヘマグルチニンとノイラミニダーゼの遺伝子セグメントを持つことが、全ゲノムシーケンシンス解析および系統解析により判明した。さらに、他の6つの遺伝子（PB2、 PB2、PA、NP、M、NS）は、ヒトのインフルエンザA(H1N1) pdm09ウイルスからのものであることが明らかになった。
2022-04-05
Emergence and Evolution of Novel Canine-Avian Reassortant H3N2 Influenza A Viruses in Duck in Leizhou Peninsula, China
Front Microbiol. 2022 Apr 5;13:857800. doi: 10.3389/fmicb.2022.857800. eCollection 2022.
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  • Six H3N2 subtype influenza viruses were isolated from ducks on the Leizhou Peninsula, China, in 2018-2019.
  • Phylogenetic analysis demonstrated that reassortment of these viruses has occurred among different hosts and subtypes.
  • A novel reassortant influenza virus containing HA and PB2 segments from canine H3N2 virus might have emerged in 2011-2018 according to the time of most recent common ancestor (tMRCA) data.
  • 2018-2019年に、6種のH3N2サブタイプのインフルエンザウイルスを、中国雷州半島のアヒルから分離した。
  • 系統解析により、これらのウイルスの遺伝子再集合が、異なる宿主、サブタイプ間で起こっていることが明らかになった。
  • H3N2犬インフルエンザウイルスのHAおよびPB2セグメントを持つ、新規のH3N2インフルエンザウイルス株が、2011-2018年の間に出現した可能性があることが、祖先ウイルスの存在時期のデータから示唆される。
2022-04-04
Complete sequence and genetic characterization of a novel insect-specific reovirus discovered from Laodelphax striatellus
Virology. 2022 May;570:117-122. doi: 10.1016/j.virol.2022.03.011. Epub 2022 Apr 4.
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  • A novel reovirus-like virus was identified in Laodelphax striatellus (Hemiptera: Delphacidae), and was named Laodelphax striatellus reovirus (LSRV).
  • LSRV was widely distributed in various tissues and highest expressed in adult heads.
  • Genomic characteristics and phylogenetic analysis suggested that LSRV was a new member of genus Fijivirus in the order Reovirales.
  • 新規のレオウイルス様のウイルスが、ヒメトビウンカ(Laodelphax striatellus）から分離、同定され、ヒメトビウンカレオウイルス (LSRV)と名付けられた。
  • LSRVは様々な組織に感染しており、特に成虫の頭部で最も多く確認された。
  • 遺伝的特性および系統分析から、LSRVはレオウイルス科フィジウイルス属に属する新規ウイルスであることが示唆される。
2022-03-30
Identification and evolutionary analysis of papillomavirus sequences in New World monkeys (genera Sapajus and Alouatta) from Argentina
Arch Virol. 2022 May;167(5):1257-1268. doi: 10.1007/s00705-022-05420-y. Epub 2022 Mar 30.
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  • The occurrence of papillomavirus (PV) infection was investigated in non-human primates (NHPs) in northeastern Argentina.
  • Two novel putative PV sequences of the genus Gammapapillomavirus in Sapajus spp. and Alouatta caraya (SPV1 and AcPV1, respectively).
  • This study presents the first evidence of PV infection in platyrrhine species from Argentina, expands the range of described hosts for these viruses, and suggests new scenarios for their origin and dispersal.
  • アルゼンチン北東部に生息する、ヒト以外の霊長類のパピローマウイルス感染について調査した。
  • 新規ウイルスと考えられるガンマパピローマウイルスSPV1の感染がタカマキザルで、AcPV1の感染がクロホエザルで確認された。
  • 本研究により、アルゼンチンの広鼻猿類でのパピローマウイルス感染のエビデンスが得られ、パピローマウイルスの宿主生物種がより広範であることが判明し、本ウイルスの起源や分散に関する新しいシナリオを提案するに至った。
2022-03-25
Novel Lineage of Infectious Bronchitis Virus from Sub-Saharan Africa Identified by Random Amplification and Next-Generation Sequencing of Viral Genome
Life (Basel). 2022 Mar 25;12(4):475. doi: 10.3390/life12040475.
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  • The complete genome sequences of five Avian infectious bronchitis virus (IBV) strains, originating from the sub-Saharan area were determined.
  • Phylogenetic analysis identified three lineages (GI-14, GI-16, and GI-19) common in Africa and revealed that a strain, D2334/11/2/13/CI, isolated in Ivory Coast may represent a novel lineage within genotype GI.
  • The whole-genome nucleotide identity of the novel variant shared the highest values with a reference Belgian nephropathogenic strain (B1648, 92.4%) and with another study strain from Ivory Coast (D2334/12/2/13/CI, 94.6%).
  • サブサハラアフリカの鶏の伝染性気管支炎ウイルス(IBV)5株について、全ゲノムシーケンス解析を行った。
  • アフリカで一般的な3系統(GI-14、16、19)が同定されたほか、象牙海岸で分離されたD2334/11/2/13/CIについては、GI遺伝子群の新規株である可能性があると判明した。
  • この新規株の全ゲノムヌクレオチドと高い相同性を示したのは、ベルギーの腎病原性株B1648(92.4%)、および象牙海岸のD2334/12/2/13/CI(94.6%)であった。
2022-03-21
Transcriptomics Reveal Several Novel Viruses from Canegrubs (Coleoptera: Scarabaeidae) in Central Queensland, Australia
Viruses. 2022 Mar 21;14(3):649. doi: 10.3390/v14030649.
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  • We used the RNA-Seq approach to explore the viriomes of three different species of canegrubs (Scarabaeidae) from central Queensland, Australia to identify potential candidates for biological control.
  • We identified six novel RNA viruses, characterized their genomes, and inferred their evolutionary relationships with other closely related viruses.
  • These novel viruses showed similarity to other known members from picornaviruses, benyviruses, sobemoviruses, totiviruses, and reoviruses.
  • オーストラリア クイーンズランド中部に生息するサトウキビの害虫(コガネムシ科)3種に対する生物的防除法を検討するため、RNAシーケンス解析により、害虫のウイルス叢を調べた。
  • 新規RNAウイルス6種を同定し、ゲノムの特性を明らかにし、近縁種との進化的関係を推測した。
  • 新規ウイルスは、ピコルナウイルス、ベニウイルス、ソベモウイルス、トティウイルス、レオウイルスに属するウイルスとの類似性が示された。
2022-03-20
Identification of two novel ephemeroviruses in pigs infected by classical swine fever virus
Infect Genet Evol. 2022 Jun;100:105273. doi: 10.1016/j.meegid.2022.105273. Epub 2022 Mar 20.
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  • The nearly complete genome sequences of the porcine ephemeroviruses1 (PoEV1 strain HeN10) and PoEV2 (strain GDMM7) have been obtained through contig assembly, specific RT-PCR and sequencing.
  • Genome nucleotide sequence analysis showed that PoEV strains HeN10 and GDMM7 have similar genome organization and 66.5% genomic identity to each other.
  • However, both are genetically distant from all members of the Ephemerovirus genus with identity being only 51.1-59.6%, so these appear to represent two new species within the Ephemerovirus genus.
  • 豚エフェメロウイルスPoEV1 (HeN10株)およびPoEV2 (GDMM7株)のほぼ全ゲノム配列を、コンティングアセンブリ、逆転写PCR、シーケンシングにより決定した。
  • ゲノムのヌクレオチド配列の解析により、HeN10とGDMM7はゲノム構成が類似しており、遺伝的同一性が66.5%であることが明らかになった。。
  • しかし、両株はエフェメロウイルス属のどのウイルスとも遺伝的に異なり、同一性は51.1-59.6%にとどまったため、新規変異株であると考えられる。
2022-03-18
Molecular typing of bovine papillomaviruses in Costa Rica
Vet Res Commun. 2022 Mar 18. doi: 10.1007/s11259-022-09918-3. Online ahead of print.
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  • This study aimed to investigate the presence and types of bovine papillomaviruses (BPVs) in cattle sampled in different areas of Costa Rica.
  • Seven bovine papillomavirus types (BPV1, BPV2, BPV4, BPV6, BPV7, BPV10, BPV11) and two putative novel viral variants (BPV-CR1 and BPV-CR2) were identified for the first time in Costa Rica.
  • BPV6 was the most frequently detected virus, BPV2 were the most widely distributed, and coinfections were recorded in two animals (BPV1 / 2 and BPV4 / 6).
  • 本研究は、コスタリカ国内各地の畜牛について、牛パピローマウイルス(BPVs)の感染とそのタイプについて調査した。
  • 牛パピローマウイルス7タイプ(BPV1、2、4、6、7、10、11)と、新規変異株と推定される2株(BPV-CR1、2)が、コスタリカで初めて同定された。
  • 最も頻繁に検出されたのがBPV6、最も広範囲に分布していたのがBPV2であり、2頭では同時感染(BPV1と2、BPV4と6)を確認した。
2022-03-17
Expanding the Medfly Virome: Viral Diversity, Prevalence, and sRNA Profiling in Mass-Reared and Field-Derived Medflies
Viruses. 2022 Mar 17;14(3):623. doi: 10.3390/v14030623.
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  • By means of transcriptome mining, this study expanded the medfly RNA virome to 13 viruses, including two novel positive ssRNA viruses and the first two novel dsRNA viruses reported for medfly.
  • Our analysis across multiple laboratory-reared and field-collected medfly samples showed the presence of a core RNA virome comprised of Ceratitis capitata iflavirus 2 and Ceratitis capitata negev-like virus 1.
  • Although the identified RNA viruses do not cause obvious symptoms in medflies, the outcome of their interaction may still influence the medfly's ecology.
  • 本研究はトランスクリプトーム解析により、チチュウカイミバエから13種のRNAウイルス（新規ウイルス(ssRNA+)2種およびチチュウカイミバエでは初の新規dsRNAウイルス2種を含む）を確認した。
  • 実験室飼育および野外採集で得たサンプルの解析から、チチュウカイミバエ イフラウイルス2やネゲウイルス様ウイルス2からなる、RNA叢の存在が明らかになった。
  • 同定されたRNAウイルスは顕著な症状は引き起こさないものの、ウイルス同士の相互作用がチチュウカイミバエの生態に影響を及ぼす可能性はあると考えられる。
2022-03-08
Characterization of a New HIV-1 CRF01_AE/B Recombinant Virus Form Among Men Who Have Sex with Men in Baoding, Hebei, China
AIDS Res Hum Retroviruses. 2022 Mar;38(3):237-241. doi: 10.1089/AID.2021.0209.
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  • The near full-length genome (NFLG) of an HIV-1-positive sample (027A), a novel HIV-1 second-generation recombinant form, was analyzed.
  • The phylogenetic tree analysis suggested that the strain was close to circulation recombinant forms' (CRFs') reference sequences involved with CRF01_AE, but formed a distinct monophyletic cluster separately from them.
  • In recent years, a large number of recombinant originated from CRF01_AE and B strains are constantly emerging in MSM population in China.
  • 新規HIV-1第2世代組換え型（027A）のほぼ完全長のゲノムを解析した。
  • 系統解析により、この新規株はCRF01_AE関連の組換え流行株のシーケンスに近いものの、異なる単一クラスターを構成することが明らかになった。
  • 近年中国では、男性同性間性的接触者の間で、CRF01_AEおよびB株に由来する組換えが多数継続的に出現している。
2022-03-08
Identification and molecular characterization of highly divergent RNA viruses in cattle, Uganda
Virus Res. 2022 May;313:198739. doi: 10.1016/j.virusres.2022.198739. Epub 2022 Mar 8.
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  • From blood samples of cattle in Uganda, eight viral species were identified, which belong to four families and six genera.
  • Four viruses were highly divergent and tetantively named Zikole virus (Flaviviridae), Zeboroti virus (Reoviridae), Zebtine virus (Rhabdoviridae) and Kokolu virus (Rhabdoviridae).
  • In addition, Bovine Hepacivirus, Obodhiang virus, Aedes pseudoscutellaris reovirus and Schmallenberg virus were identified for the first time in Ugandan cattle.
  • ウガンダの畜牛の血液サンプルから、ウイルス8種（4科および6属）を同定した。
  • そのうち4種は新規ウイルスと考えられ、仮にZikoleウイルス (フラビウイルス科)、Zeborotiウイルス(レオウイルス科)、ZebtineウイルスおよびKokoluウイルス(共にラブドウイルス科)と名付けた。
  • 更に、ウシ ヘパシウイルス、オボジャングウイルス、ヤブカ シュードスクテラリス レオウイルス、シュマレンベルク ウイルスが、ウガンダの畜牛から初めて同定された。
2022-03-07
First detection of the occurrence and study of the genetic diversity of novel putative kirkoviruses in donkey in China
Virus Genes. 2022 Apr;58(2):146-149. doi: 10.1007/s11262-022-01891-y. Epub 2022 Mar 7.
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  • The need for the establishment of a new family with the tentative name Kirkoviridae has been suggested.
  • In this research, the sequence of kirkovirus-like viruses have been detected by PCR in donkey excretes in China.
  • From three of the newly detected viruses, the full genomic sequence was determined, whereas from the other five only one gene, namely the replication-associated (Rep) protein was sequenced.
  • 過去の研究から、ウイルスの分類に新たな科Kirkoviridae（仮名）を作る必要性が示されてきた。
  • 本研究では、PCRにより中国のロバの排泄物からkirkovirus様のウイルスのシーケンスを検出した。
  • 新たに検出されたウイルス3種の全ゲノムシーケンスを解析し、他の5種のウイルスではRepタンパク質のシーケンスが明らかになった。
2022-03-07
Complete genome analysis of a novel picorna-like virus from a ladybird beetle (Cheilomenes sexmaculata)
Arch Virol. 2022 Apr;167(4):1215-1219. doi: 10.1007/s00705-022-05400-2. Epub 2022 Mar 7.
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  • The full genome sequence of a novel picorna-like virus, tentatively named "Cheilomenes sexmaculata picorna-like virus 1" (CSPLV1), was identified in ladybird beetle Cheilomenes sexmaculata.
  • Phylogenetic analysis based on the conserved RdRP sequence showed that CSPLV1, together with Wuhan house centipede virus 3, Hypera postica associated virus 1, and Diabrotica undecimpunctata virus 1, forms an unclassified group that is closely related to members of the family Solinviviridae.
  • CSPLV1 is the first picorna-like virus discovered in C. sexmaculata.
  • テントウムシ（Cheilomenes sexmaculata）から分離した、ピコルナ様新規ウイルス（仮名Cheilomenes sexmaculata picorna-like virus 1、CSPLV1）の全ゲノムを解析した。
  • RdRPシーケンスに基づく系統解析により、CSPLV1はWuhan house centipede virus 3、Hypera postica associated virus 1および Diabrotica undecimpunctata virus 1とともに、Solinviviridae科のウイルスと近縁の、未分類群を構成することが判明した。
  • CSPLV1は、テントウムシC. sexmaculataから発見された、初のピコルナ様ウイルスだと考えられる。
2022-03-05
Complete genome sequence of a novel arlivirus from a yellow spotted stink bug (Erthesina fullo (Thunberg, 1783))
Arch Virol. 2022 Apr;167(4):1205-1209. doi: 10.1007/s00705-022-05399-6. Epub 2022 Mar 5.
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  • The complete genome sequence of a novel arlivirus, tentatively named "Nbu stink bug virus 1" (NbuSBV-1), was identified in an individual yellow spotted stink bug, Erthesina fullo.
  • NbuSBV-1 shares 50.54% amino acid sequence identity in the RdRP region with its closest homolog, Lĭshì spider virus 2.
  • NbuSBV-1 is the first arlivirus identified in an insect of the family Pentatomidae.
  • キマダラカメムシ（Erthesina fullo）の新規アリウイルス（仮名Nbu stink bug virus 1、NbuSBV-1）の全ゲノムシーケンスを解析した。
  • NbuSBV-1 のRdRP領域は、最も近縁とされるLĭshì spiderウイルス2のものと、アミノ酸配列の相同性が50.54% であった。
  • NbuSBV-1はカメムシ科の昆虫から初めて検出されたアリウイルスとなった。
2022-03-03
Novel Circoviruses from Birds Share Common Evolutionary Roots with Fish Origin Circoviruses
Life (Basel). 2022 Mar 3;12(3):368. doi: 10.3390/life12030368.
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  • Two novel viruses were identified and characterized in specimens of a little bittern and a European bee-eater that suffered from wing injuries and had liver or kidney failures.
  • The genome of the new viruses showed 37.6% pairwise identity with each other, and implied evolutionary relationship among the ancestors of fish, human and Weddel seal circoviruses.
  • Based on the results the little bittern and European bee-eater circoviruses represent two distinct species of the Circovirus genus, Circoviridae family.
  • ヒメヨシゴイとヨーロッパハチクイ（羽に怪我および肝不全または腎不全あり）から新規ウイルス２種を同定し、特性を解析した。
  • 新規ウイルス2種の相同性は37.6%であり、魚類、ヒト、ウェッデルアザラシのサーコウイルスの祖先との進化的関係が示唆された。
  • 本研究結果から、この新規ウイルス2種がサーコウイルス科サーコウイルス属に属する異なるウイルスであることが判明した。
2022-02-27
Genetic Characteristics and Pathogenicity of a Novel Porcine Epidemic Diarrhea Virus with a Naturally Occurring Truncated ORF3 Gene
Viruses. 2022 Feb 27;14(3):487. doi: 10.3390/v14030487.
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  • The complete genomes of four Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV HN2021, CH-HNYY-2018, CH-SXWS-2018, and CH-HNKF-2016) obtained from pig farms in central China between 2016 to 2021 were analyzed.
  • In addition, a new PEDV strain (named HN2021) belonging to the G2a PEDV subgroup was successfully isolated in vitro.
  • it was further confirmed by RT-PCR that this isolate had a large natural deletion at 207–373 nt of the ORF3 gene, which has never been reported before.
  • 2016-2021年に中国の養豚場で検出された豚流行性下痢ウイルス(PEDV) HN2021、CH-HNYY-2018、CH-SXWS-2018およびCH-HNKF-2016の全ゲノムを解析した。
  • また、PEDVのサブグループG2aに属する新規株（HN2021）を、in vitroで分離することに成功した。
  • この新規株のORF3遺伝子207-373 ntが欠失していることがRT-PCRで確認でき、本論文で初めて報告する。
2022-02-24
Whole Genome Sequence Analysis of a Prototype Strain of the Novel Putative Rotavirus Species L.
Viruses. 2022 Feb 24;14(3):462.
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  • Rotaviruses putatively assigned to the novel rotavirus species K (RVK) and L (RVL) have been recently identified in common shrews (Sorex araneus).
  • The generated data on amino acid sequence identities, conserved NCRs and phylogenetic analysis suggest a grouping of strain KS14/0241 into a new rotavirus species designated as RVL.
  • Further sequence analyses indicate that RVL is related to the RVB-like class, which is also supported by phylogenetic data.
  • 新規のロタウイルスK(RVK)およびL(RVL)と推定されてきたウイルスを、トガリネズミから分離した。
  • アミノ酸配列の同一性、共通の非コーディング領域、系統解析の結果から、KS14/0241株をRVLに入れるべきことが示唆された。
  • シーケンス解析および系統解析から、RVLはRVBと近縁であることが示唆された。
2022-02-17
Characterization and pathogenicity of a novel avian nephritis virus isolated in China
Avian Pathol. 2022 Feb;51(1):87-96.
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  • This is the first paper that describes the genomic characteristics and pathogenicity of a novel Avian nephritis virus strain (AH202017), which was isolated from a diseased broiler flock in Anhui province, China, in 2020.
  • Phylogenetic analysis of the capsid protein revealed that AH202017 is more closely related to VIC-6a/Australia/2014 belonging to ANV genotype 2.
  • In infection experiments, four infected chickens showed depression and one chicken died at 6 days post-infection, corresponding to 5% mortality.
  • 2020年に中国安徽省のブロイラーから分離された、鶏腎炎ウイルス新規株(AH202017)の遺伝的特性および病原性について、初めて報告する。
  • カプシドタンパク質の系統分析により、この新規株が鶏腎炎ウイルス遺伝型2に属するVIC-6a/Australia/2014の近縁であることが判明した。
  • 感染実験では、感染後4匹のヒナに成長抑制がみられ、1匹は6日にで死に至り、死亡率5%となった。
2022-01-29
Discovery and Evolutionary Analysis of a Novel Bat-Borne Paramyxovirus
Viruses. 2022 Jan 29;14(2):288. doi: 10.3390/v14020288.
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  • A novel paramyxovirus belonging to genus Jeilongvirus was identified from kidney tissues of bats from two trapping sites of Hainan Province of China.
  • This is the first full-length Jeilongvirus genome (18,095 nucleotides) from bats of genus Hipposideros, which exhibits a canonical genome organization and encodes SH and TM proteins.
  • Results, based on phylogenic analysis and genetic distances, indicate that the novel paramyxovirus formed an independent lineage belonging to genus Jeilongvirus, representing, thus, a novel species.
  • 新規のパラミクソウイルス（ジェイロンウイルス属）が、中国海南省2か所で捕獲されたコウモリの肝臓の組織から分離された。
  • これは、カノニカルゲノム構成を示し、SHとTMタンパク質をエンコードする、カグラコウモリ属のコウモリから初めて得られた、完全長のジェイロンウイルスゲノム（18,095ヌクレオチド）である。
  • 系統分析の結果および遺伝距離から、このパラミクソウイルスはジェイロンウイルス属の独立した系統であることが示唆され、新規種であることが判明した。
2022-01-23
Novel adenovirus associated with common tern (Sterna hirundo) chicks
Arch Virol. 2022 Feb;167(2):659-663.
Summarize
  • A novel adenovirus was identified in fecal samples from two common terns (Sterna hirundo) on Gull Island, Lake Ontario, Canada.
  • The novel virus was found to be most closely related to duck adenovirus 1, with the DNA polymerase sharing 58% amino acid sequence identity.
  • Phylogenetic analysis based on DNA polymerase protein sequences showed that the new virus forms a distinct sub-branch within the atadenovirus clade.
  • カナダ、オンタリオ湖のガル島で採集したアジサシ(Sterna hirundo)２羽の糞サンプルから、新規のアデノウイルスを分離した。
  • このウイルスは、アヒルアデノウイルス１と最も近縁であることが判明した（DNAポリメラーゼが58%のアミノ酸配列同一性を示した）。
  • DNAポリメラーゼタンパク質のシーケンスを系統分析し、この新規ウイルスがアデノウイルス群の中で独立したサブブランチを形成することが明らかになった。
2022-01-22
Isolation of a Novel Alphabaculovirus (Baculoviridae) from Automeris liberia (Cramer, 1780) (Lepidoptera: Saturniidae) in African Oil Palms in Brazil
Neotrop Entomol. 2022 Jan 12. doi: 10.1007/s13744-021-00940-9.
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  • In caterpillars of Automeris liberia with symptoms of viral infection collected from African oil palm plantations in Brazil, the presence of viral occlusion bodies containing multiple nucleocapsids was observed, which features are compatible with Alphabaculovirus (Baculoviridae).
  • Molecular detection by PCR with primers for polyhedrin gene and for late expression factor-8 gene confirmed that this isolate belonged to Alphabaculovirus genus.
  • This is the first record of a baculovirus isolated from or associated to Automeris.
  • ブラジルのギニアアブラヤシのプランテーションで採集された、ウイルス感染の症状を示すリベリアメダマヤアマユの幼虫に、複数のヌクレオチドカプシドを含むウイルス封入体が見られ、アルファバキュロウイルス（バキュロウイルス科）の特徴が認められた。
  • ポリヘドリン遺伝子およびウイルス後期遺伝子を発現させるための必須因子（late expression factor-8 gene）検出用のプライマーを用いたPCRにより、このウイルスがアルファバキュロウイルス属であることが判明した。
  • これは、メダマヤママユ属からバキュロウイルスが分離された、あるいは関連が認められた、初めての記録である。
2022-01-21
Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker ( Larimichthys crocea) in China
Viruses. 2022 Jan 21;14(2):208. doi: 10.3390/v14020208.
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  • A novel iridovirus, LYCIV-ZS-2020, was isolated from cage-cultured large yellow croaker farms in Zhoushan island, China.
  • Genome sequencing and subsequent phylogenetic analyses showed that LYCIV-ZS-2020 belongs to the genus Megalocytivirus and is closely related to the Pompano iridoviruses isolated in the Dominican Republic.
  • Results of an artificial infection trial proved the virus’ pathogenicity in large yellow croaker.
  • 中国舟山島の養魚場でケージ飼育されていたフウセイから、新規のイリドウイルスLYCIV-ZS-2020を分離した。
  • ゲノムシーケンスと系統発生分析から、この新規イリドウイルスがメガロサイティウイルス属であり、ドミニカ共和国で分離されたコバンアジのイリドウイルスの近縁種であることが判明した。
  • 感染実験の結果、この新規ウイルスがフウセイに対して病原性を持つことが確認できた。
2022-01-17
Novel pegiviruses infecting wild birds and rodents
Virol Sin. 2022 Apr;37(2):208-214. doi: 10.1016/j.virs.2022.01.013. Epub 2022 Jan 17.
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  • This study conducted a survey of pegiviruses from wild animals mainly sampled in the Qinghai-Tibet Plateau of China.
  • Three novel pegiviruses (Passer montanus pegivirus, Leucosticte brandti pegivirus and Montifringilla taczanowskii pegivirus) were identified from different wild birds, and one new rodent pegivirus (Phaiomys leucurus pegivirus) was identified from Blyth's vole.
  • The pegiviruses of non-mammalian origin discovered in this study substantially broaden the host range of Pegivirus to avian species.
  • 主に中国青海-チベット高原で捕獲した野生動物のペギウイルスを調査した。
  • 新規ペギウイルスであるPasser montanusペギウイルス, Leucosticte brandtiペギウイルスおよびMontifringilla taczanowskiiペギウイルスを野鳥から、新規のげっ歯類のペギウイルスであるPhaiomys leucurusペギウイルスをブライスハタネズミから分離した。
  • 本研究で発見した非哺乳類由来のペギウイルスが、ペギウイルスの宿主域を広く鳥類に拡大していることが判明した。
2021-12-31
Highly divergent herpesviruses in threatened river dolphins from Brazil
Sci Rep. 2021 Dec 31;11(1):24528. doi: 10.1038/s41598-021-04059-0.
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  • Presence of herpesviruses was surveyed by PCR in skin and/or blood samples of live-captured Amazon and Bolivian river dolphins of the Amazon basin and in selected tissue samples of franciscanas stranded or bycaught in southeastern Brazil.
  • All Amazon river dolphins were herpesvirus-negative. Two different herpesviruses were found in Bolivian river dolphins: a previously known gammaherpesvirus detected in blood and/or skin samples of all positive individuals and a novel alphaherpesvirus in the skin of one animal.
  • A new gammaherpesvirus was found in several franciscana samples-the first herpesvirus recorded in Pontoporiidae.
  • アマゾン川流域で捕獲されたアマゾンカワイルカとボリビアカワイルカの皮膚または血液サンプル、およびブラジル南東部で座礁または混獲されたフランシスカーナイルカの組織サンプルを用いて、ヘルペスウイルス感染の有無をPCRで調べた。
  • アマゾンカワイルカからはヘルペスウイルスは検出されなかったが、ボリビアカワイルカからは2種検出された。ガンマヘルペスウイルスはヘルペスウイルス陽性の個体全てから、新規のアルファヘルペスウイルスは１頭の皮膚から検出された。
  • 新規のガンマヘルペスウイルスが数頭のフランシスカーナイルカから検出され、ラプラタカワイルカ科では初のヘルペスウイルス検出となった。
2021-12-24
Complete Genome Sequence, Molecular Characterization and Phylogenetic Relationships of a Novel Tern Atadenovirus
Microorganisms. 2021 Dec 24;10(1):31. doi: 10.3390/microorganisms10010031.
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  • The first complete genome sequence of atadenovirus from a tern bird (common tern, Sterna hirundo) was characterized and preliminarily named tern atadenovirus 1 (TeAdV-1).
  • The nucleotide composition of the genome is characterized by a low G + C content (33.86%), which is the most AT-rich genome of known avian adenoviruses within Atadenovirus genus.
  • The nucleotide sequence of the TeAdV-1 genome shows high divergence compared to known representatives of the Atadenovirus genus with the highest similarity to the duck atadenovirus 1 (53.7%).
  • アジサシ（Sterna hirundo）のアタデノウイルスの全ゲノムシーケンスを初めて解明し、アタデノウイルス１（TeAdV-1）と仮名をつけた。
  • TeAdV-1ゲノムのヌクレオチドのGC含量（33.86%）は低く、アタデノウイルス属の既知の鶏アタデノウイルスの中で、最もATリッチなゲノムであった。
  • このゲノムのヌクレオチド配列は、アタデノウイルス属の典型的なものとはかなり異なり、最も近いものはアヒルアタデノウイルス１であった（53.7%）
2021-12-20
Viral metagenomics reveals two novel anelloviruses in feces of experimental rats
Virol J. 2021 Dec 20;18(1):252. doi: 10.1186/s12985-021-01723-9.
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  • This study aimed to discover possible anelloviruses from the virome in feces of experimental rats by viral metagenomic technique.
  • Complete genomic sequence of two novel anelloviruses were determined and fully characterized.
  • The prevalence of these two viruses was investigated by conventional PCR.
  • 本研究は実験用ラットの糞のサンプルに存在するヴァイロームをメタゲノム解析し、アネロウイルスを発見することを目的に行われた。
  • 2種の新規アネロウイルスを発見し、全ゲノムシーケンスを決定した。
  • 従来型PCRを用いて、この2種の新規ウイルスの検出状況を分析した。
2021-12-20
A novel Betaretrovirus discovered in cattle with neurological disease and encephalitis
Retrovirology. 2021 Dec 20;18(1):40. doi: 10.1186/s12977-021-00585-x.
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  • Using high-throughput sequencing (HTS) and bioinformatics, a new retrovirus, bovine retrovirus CH15 (BoRV CH15), was discovered in the central nervous system of a cow with non-suppurative encephalitis.
  • Phylogenetic analysis revealed that BoRV CH15 is classified in the genus Betaretrovirus.
  • Further screening of brain samples, virus isolation, and infection studies are needed to estimate the causative association of BoRV CH15 with neurological disease and encephalitis in cattle.
  • ハイスループットシーケンシング（HTS）とバイオインフォマティクスを利用して、非化膿性脳炎に罹患している牛の中央神経系に、新規のウシレトロウイルス（BoRV CH15）を発見した。
  • 系統解析により、このBoRV CH15がベータレトロウイルス属に分類されることがわかった。
  • BoRV CH15と牛の神経疾患や脳炎との因果関係を推定するためには、今後更なる脳サンプルのスクリーニング、ウイルス分離、感染研究が必要である。
2021-12-19
Detection of Jingmenviruses in Japan with Evidence of Vertical Transmission in Ticks
Viruses. 2021 Dec 19;13(12):2547. doi: 10.3390/v13122547.
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  • Jingmen tick virus (JMTV) and a novel jingmenvirus, tentatively named Takachi virus (TAKV), were identified during a surveillance of tick-borne viruses in Japan.
  • JMTV’s natural transmission cycle has been suggested across extensive areas of Japan.
  • Vertical transmission of the virus in host ticks in nature was also indicated by the presence of JMTV in unfed host-questing Amblyomma testudinarium larvae.
  • 日本におけるダニ媒介性感染症のウイルス調査で、Jingmen tick virus (JMTV)及び新規のjingmenvirus（仮名Takachiウイルス（TAKV））が検出された。
  • JMTVは日本の広域の自然界において、感染サイクルが成立していることが示唆される。
  • 更に、給餌されていない宿主探索行動がみられるタカサゴキララマダニからJMTVが検出されたことから、自然宿主であるダニで垂直感染することが示唆される。
2021-12-15
Natural Coinfection between Novel Species of Baculoviruses in Spodoptera ornithogalli Larvae
Viruses. 2021 Dec 15;13(12):2520. doi: 10.3390/v13122520.
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  • Two baculoviruses affecting Spodoptera ornithogalli (Guenée) (Lepidoptera: Noctuidae) were isolated in Colombia.
  • Ultrastructural, molecular, and biological characterization showed that both are novel species in Baculoviridae, named as Spodoptera ornithogalli nucleopolyhedrovirus (SporNPV) and Spodoptera ornithogalli granulovirus (SporGV).
  • Both viruses are individually infective but coexist in nature, producing mixed infections with a synergistic effect that improves the performance of the NPV and enables the transmission of the GV.
  • アメリカハスモンヨトウに感染する2種のバキュロウイルスを、コロンビアで分離した。
  • 超構造的、分子的、生物的特性の解析から、2種ともバキュロウイルス科の新規ウイルスであることが明らかになり、SporNPV (Spodoptera ornithogalli nucleopolyhedrovirus)およびSporGV (Spodoptera ornithogalli granulovirus)と名付けられた。
  • 2種ともに個別に感染し得るが、自然界に共生し共感染することで相乗効果を引き起こし、NPVの感染力を高めたり、GVの感染を可能にしたりすることが判明した。
2021-12-14
Vector Competence of the Invasive Mosquito Species Aedes koreicus for Arboviruses and Interference with a Novel Insect Specific Virus
Viruses. 2021 Dec 14;13(12):2507. doi: 10.3390/v13122507.
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  • Ae. koreicus from Germany were investigated for their vector competence for chikungunya virus, Zika virus and West Nile virus.
  • Using a whole virome analysis, a novel mosquito-associated virus, designated Wiesbaden virus, was identified in Ae. koreicus.
  • Coinfection of Wiesbaden virus and chikunguniya virus likely has a boost effect on chikungunya transmission.
  • ドイツのイエカAe. koreicusについて、チクングニヤウイルス、ジカウイルス、ウエストナイルウイルスの媒介蚊としての能力を研究した。
  • 全ウイルス叢分析により、Ae. koreicusから新規のウイルスであるWiesbadenウイルスが発見された。
  • Wiesbadenウイルスとチクングニヤウイルスの共感染が、チクングニヤ感染にブースター効果を及ぼす可能性が示唆された。
2021-11-26
Possible Arbovirus Found in Virome of Melophagus ovinus
Viruses. 2021 Nov 26;13(12):2375. doi: 10.3390/v13122375.
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  • The virome of sheep ked (Melophagus ovinus) has never been studied using modern approaches.
  • This study assembled full genomes for five novel viruses, related to the Rhabdoviridae (Sigmavirus), Iflaviridae, Reoviridae and Solemoviridae families.
  • As Aksy-Durug Melophagus sigmavirus was abile to replicate in the mammalian porcine embryo kidney (PEK) cell line, it can be considered as a possible arbovirus.
  • 羊に寄生する吸血性の外部寄生虫Melophagus ovinusのヴァイロームについては、これまで近代的な方法を用いて研究されたことはない。
  • 本研究では、新規ウイルス5種（ラブドウイルス科、イフラウイルス科、レオウイルス科、ソレモウイルス科）の全ゲノムアセンブリを行った。
  • Aksy-Durug Melophagusシグマウイルスが、豚胎児腎細胞株で増殖できることが確認できたため、節足動物媒介性ウイルスである可能性が考えられる。
2021-11-19
Field surveys in Croatia and North Macedonia reveal two novel phleboviruses circulating in sandflies
J Gen Virol. 2021 Nov;102(11)
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  • Two novel phleboviruses, provisionally named Zaba virus (ZABAV) and Bregalaka virus (BREV), were isolated from sandflies in Croatia and North Macedonia.
  • Genetic analysis based on complete coding sequences indicated that ZABAV and BREV are distinct from each other and belong to the genus Phlebovirus, family Phenuiviridae.
  • In vivo experimental studies in mice suggest that ZABAV and BREV exhibit characteristics making them possible human pathogens.
  • 新規のフレボウイルス2種が、クロアチアおよび北マケドニアのサシチョウバエから分離され、暫定的にZabaウイルス（ZABAV）およびBregalakaウイルス（BREV）と名付けられた。
  • 全コード配列に基づく遺伝子解析により、ZABAVとBREVは互いに全く異なり、フェヌイウイルス科フレボウイルス属に属することが分かった。
  • マウスを使ったインビボ実験により、ZABAVとBREVにヒトの病原体となり得る特徴があることが判明した。
2021-11-14
Identification and characterization of a novel bocaparvovirus in tufted deer (Elaphodus cephalophus) in China
Arch Virol. 2022 Jan;167(1):201-206. doi: 10.1007/s00705-021-05308-3. Epub 2021 Nov 14.
Summarize
  • By metagenomics and next-generation sequencing, a novel strain of bocaparvovirus was identified in the intestinal tract of tufted deer (Elaphodus cephalophus), tentatively named "Elaphodus cephalophus bocaparvovirus" (ECBOV).
  • A nearly complete genome sequence of 5,354 nucleotides was obtained, which had the typical genome organization and protein motifs of a bocaparvovirus.
  • Sequence comparisons and phylogenetic analysis revealed that ECBOV may be a new ungulate bocaparvovirus.
  • メタゲノム解析および次世代シーケンシングにより、ボカパルボウイルスの新規株がマエガミジカ（Elaphodus cephalophus）の腸管から分離され、"Elaphodus cephalophus bocaparvovirus" (ECBOV)と仮名がつけられた。
  • 5,354ヌクレオチドのほぼ全ゲノムシーケンスが得られ、ボカパルボウイルスの典型的なゲノム構成とタンパク質モチーフをもつことが判明した。
  • シーケンス比較と系統分析により、このECBOVが有蹄類の新規のボカパルボウイルスである可能性が示唆された。
2021-11-02
Novel phlebovirus-like-AYUT and Stenotrophomonas maltophilia bacterial co-infection in a Rhipicephalus sanguineus s.l. tick
Vet Res Commun. 2022 Feb;46(1):277-282. doi: 10.1007/s11259-021-09855-7. Epub 2021 Nov 2.
Summarize
  • A novel virus named Phlebovirus-like-AYUT and Stenotrophomonas maltophilia bacteria were found in one individual tick (Rhipicephalus sanguineus s.l.) from a dog.
  • The phylogenetic analysis indicated that the virus was related to Phlebovirus in brown dog ticks reported in Trinidad and Tobago.
  • In contrast, it was in a distinct clade from Lihan tick Phlebovirus-Thailand, which was previously found in Rhipicephalus microplus, in Nan Province, Thailand.
  • 新規ウイルスであるフレボウイルス様AYUT(Phlebovirus-like-AYUT)とステノトロホモナス マルトフィリア バクテリアが、犬のダニ1匹(Rhipicephalus sanguineus s.l.)から発見された。
  • 系統分析により、このウイルスがトリニダードトバゴ共和国で報告された、クリイロコイタマダニのフレボウイルス属に近縁であることがわかった。
  • 反対に、タイ王国ナーン県のオウシマダニから発見された、Lihanダニのフレボウイルス属とは異なる系統であることが判明した。
2021-10-22
Virology. 2022 Jan 2;565:38-51. doi: 10.1016/j.virol.2021.10.004. Epub 2021 Oct 22.
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  • This study aimed to survey the diversity of single-stranded DNA viruses associated with South Island robins in a small, isolated population on Nukuwaiata Island.
  • A total of 108 DNA viruses, which belong to the Circoviridae, Genomoviridae, and Microviridae families, were identified from pooled fecal samples collected from 38 individual robins sampled.
  • This study greatly expanded the known viral diversity, and identified a novel group of viruses most closely related genomoviruses.
  • ニュージーランドNukuwaiata島に棲息する、隔離されたサウスアイランドロビンの個体群がもつ、一本鎖DNAウイルスの多様性について研究した。
  • サーコウイルス科、ジェノモウイルス科、ミクロウイルス科に属するDNAウイルス180種が、38個体の糞サンプルから検出された。
  • 本研究により既知のウイルスの多様性が明らかになり、ジェノモウイルス科に最も近い新規ウイルスも分離することができた。
2021-09-27
Identification of a novel filovirus in a common lancehead (Bothrops atrox (Linnaeus, 1758))
J Vet Med Sci. 2021 Sep 27;83(9):1485-1488.doi: 10.1292/jvms.21-0285. Epub 2021 Jul 19.
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  • A coding-complete sequence of a filovirus from the common lancehead (Bothrops atrox), tentatively named Tapajós virus (TAPV), was identified.
  • The genome organization of TAPV is similar to mammalian filoviruses, while phylogenetic analysis showed that TAPV forms a cluster with a fish filovirus.
  • As TAPV is still distantly related to all the known filoviruses, TAPV can be assigned as a species of a novel genus in Filoviridae.
  • カイサカ(Bothrops atrox)のフィロウイルス（仮名Tapajósウイルス
  • TAPV）のコーディング配列を決定した。
  • TAPVの遺伝子組成は哺乳類のフィロウイルスと類似しているが、系統分析から魚類のフィロウイルスのクラスターに分類できることが示唆された。
  • それでも、TAPVは既知のフィロウイルスとは関係性が低いため、フィロウイルス科の新規の属であると考えられる。
2021-09-23
Orbiviruses in biting midges and mosquitoes from the Zambezi region, Namibia
J Gen Virol. 2021 Sep;102(9). doi: 10.1099/jgv.0.001662.
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  • For the first time in Namibia, Palyam virus (PALV) and Corriparta virus (CORV) were detected from biting midges (Culicoides sp.) and Culex sp. Mosquitoes, respectively.
  • Furthermore, a novel orbivirus, related to Kammavanpettai virus from India and Umatilla virus from North America, was discovered in biting midges (Culicoides sp.) and tentatively named Mudumu virus (MUMUV).
  • Complete genomes of PALV, CORV and MUMUV were sequenced and genetically characterized.
  • ナミビアで初めて、パリアムウイルス(PALV)をヌカカ（Culicoides sp）から、コリパルタウイルス(CORV)をイエカから検出した。
  • 更に、インドのKammavanpettaiウイルスおよび北アメリカのUmatillaウイルスと関連のある新規オルビウイルスをヌカカ（Culicoides sp）から発見し、暫定的にMudumuウイルス(MUMUV)と名付けられた。
  • 本研究ではPALV、CORV、MUMUVの全ゲノム配列を決定し、遺伝的特徴を分析した。
2021-09-23
Identification of a novel statovirus in a faecal sample from a calf with enteric disease
J Gen Virol. 2021 Sep;102(9). doi: 10.1099/jgv.0.001655.
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  • A novel clade of RNA viruses was identified in the mammalian gastrointestinal tract by next-generation sequencing.
  • Phylogenetic analysis of the statovirus genome found a clear evolutionary relationship with statovirus A, but, with only 47 % similarity, suggesting that the statovirus sequence presents a novel species, statovirus F.
  • The PCR and ELISA results suggest that statovirus F commonly infects cattle.
  • 次世代シーケンシングにより、哺乳類の消化管がRNAウイルスの新規の系統に感染していることを確認した。
  • 検出されたスタトウイルスのゲノムの系統分析から、スタトウイルスAとの関連が明らかになったが、47％の類似性しかないことから、新規種スタトウイルスFであることが示唆される。
  • PCRおよびLISAの結果、スタトウイルスFは牛に感染することが明らかになった。
2021-09-22
Mammalian birnaviruses identified in pigs infected by classical swine fever virus
Virus Evol. 2021 Sep 22;7(2):veab084.
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  • The Birnaviridae family that contains four genera used to be found only from birds, fish, and insects.
  • Porcine birnavirus (PBRV), a novel birnavirus, was identified from classical swine fever virus-infected pigs by viral metagenomic analysis.
  • All results showed that PBRV represents a novel porcine virus species, which constitutes the first mammalian birnavirus taxon, thereby naming as Mambirnavirus genus is proposed.
  • これまでビルナウイルス科の4属すべては、鳥類、魚類、昆虫類だけから検出されていた。
  • 本研究では、メタゲノム解析により、新規のビルナウイルスであるブタビルナウイルス（PBRV）が、豚熱に感染した豚から同定された。
  • 本研究結果からPBRVが新規の豚ウイルス種であることが示され、初の哺乳類のビルナウイルスの同定であることから、Mambirnavirus属とすることが提案されている。
2021-09-16
Uncovering the genetic diversity within the Aedes notoscriptus virome and isolation of new viruses from this highly urbanised and invasive mosquito
Virus Evol. 2021 Sep 16;7(2):veab082. doi: 10.1093/ve/veab082. eCollection 2021.
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  • To assess the genetic diversity of live viruses in field populations of Ae. notoscriptus, female Ae. notoscriptus were used, which were collected across fifteen suburbs in Brisbane, Australia, between January 2018 and May 2019.
  • Nine virus isolates were recovered and characterised by metagenomic sequencing and phylogenetics.
  • Known viruses belonging to the genera Flavivirus, Orbivirus, Mesonivirus, and Nelorpivirus were identified together with two novel virus species, including a divergent Thogoto-like orthomyxovirus and an insect-specific flavivirus.
  • Ae. notoscriptus蚊のウイルスの遺伝的多様性を調べるため、2018年1月から2019年5月にオーストラリア ブリスベン郊外15か所で採集された雌のAe. notoscriptusを用いた。
  • メタゲノムシーケンス解析と系統解析により、9種のウイルスを同定した。
  • フラビウイルス属、オルビウイルス属、メソニウイルス属、Nelorpivirus属の既知のウイルスとともに、新規のウイルス2種（トゴトウイルス様のオルソミクソウイルスおよび昆虫に特異的なフラビウイルス）であった。
2021-08-14
New Parvoviruses and Picornavirus in Tissues and Feces of Foals with Interstitial Pneumonia
Viruses. 2021 Aug 14;13(8):1612.doi: 10.3390/v13081612.
Summarize
  • Six foals with interstitial pneumonia of undetermined etiology from Southern California were analyzed by viral metagenomics.
  • The parvoviruses were classified as members of new ungulate protoparvovirus and bocaparvovirus species in the Parvoviridae family, and the picornavirus was classified as a new species in the Salivirus genus of the Picornaviridae family.
  • Detailed results of nested PCR and RT-PCR for spleen, lung, and colon content samples from each foal are described in this article.
  • 病因が特定できない間質性肺炎の症状を示す、南カリフォルニアの6頭の子馬について、ウイルスのメタゲノム解析を行った。
  • パルボウイルスはパルボウイルス科の新規のungulateプロトパルボウイルス及びボカパルボウイルスに分類され、ピコルナウイルスはピコルナウイルス科サリウイルス属の新種として分類された。
  • Nested PCRとRT-PCR法により、各個体の脾臓、肺、結腸のサンプルを分析した結果の詳細を、本論文で報告している。
2021-08-14
Novel reassortant of H9N2 avian influenza viruses isolated from chickens and quails in Egypt
Vet World. 2021 Aug;14(8):2142-2149.doi: 10.14202/vetworld.2021.2142-2149. Epub 2021 Aug 20.
Summarize
  • Genetic changes were determined in the sequences of H9N2 AIVs isolated from chicken and quails in Egypt, including determining genetic reassortment and detecting the main genetic changes in hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes.
  • A novel reassortant virus was identified from a commercial chicken flock (A/chicken/Egypt/374V/2016) and quails (A/quail/Egypt/1253V/2016).
  • The reassortant viruses acquired genome segments from the classic Egyptian H9N2 viruses (HA, NA, NP, and M) and those from Eurasian AIVs (PB2, PB1, PA, and NS).
  • エジプトの鶏および鶉から分離された鳥インフルエンザH9N2ウイルスについて、遺伝的再編成を特定し、ヘマグルチニン(HA)とノイラミニダーゼ(NA)の遺伝子変異を発見した。
  • 商用の鶏(A/chicken/Egypt/374V/2016)および鶉(A/quail/Egypt/1253V/2016)から、新規の再集合体ウイルスを分離した。
  • この再集合体ウイルスには、エジプトのH9N2ウイルス（HA、NA、NP、M）の遺伝子分節と、ユーラシア鳥インフルエンザウイルス（PB2、PB1、PA、NS）の遺伝子分節が含まれることが明らかになった。
2021-08-09
Novel cetacean morbillivirus in a rare Fraser's dolphin (Lagenodelphis hosei) stranding from Maui, Hawaii
Sci Rep. 2021 Aug 9;11(1):15986.doi: 10.1038/s41598-021-94460-6.
Summarize
  • A novel morbillivirus was identified from a Fraser's dolphin (Lagenodelphis hosei) that stranded in Maui, Hawaii in 2018.
  • Samples of the cerebellum, lung, liver, spleen and lymph nodes were positive for morbillivirus using a reverse transcription-polymerase chain reaction.
  • As Fraser's dolphins are a pelagic species that infrequently strand, a novel strain of CeMV may be circulating in the central Pacific.
  • 新規のモルビリウイルスが、2018年にハワイマウイ島に漂着したサラワクイルカ（Lagenodelphis hosei）から分離された。
  • 逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により、小脳、肺、肝臓、脾臓、リンパ節のサンプルは、モルビリウイルス陽性であることが判明した。
  • サラワクイルカは遠海に生息し、頻繁には漂着しない種であるため、この新規のモルビリウイルスは太平洋沖で見られるものであると推測される。
2021-08-09
Genomic sequences and pathogenic characteristics of two variant duck reoviruses associated with spleen necrosis
Infect Genet Evol. 2021 Aug;92:104847. doi: 10.1016/j.meegid.2021.104847. Epub 2021 Apr 3.
Summarize
  • Emerging variant novel duck reovirus (NDRV) strains that cause spleen swelling and necrosis have seriously threatened the waterfowl industry since 2017.
  • Complete genome sequences of two variant NDRV strains (SD19/6201 and SD19/6202) were acquired and their genetic and evolutionary relationship with other orthoreoviruses were analyzed in this study.
  • The SD19/6201 strain located in branch I with most of the Chinese NDRVs, while SD19/6202 was clustered in branch II with significantly different from the existing strains.
  • Within the branch I, the NDRVs isolated in 2017 and thereafter clustered in a new subgroup.
  • 2017年以来、脾腫や壊死の原因となる新規アヒルレオウイルス（NDRV）の変異株の出現が、水鳥関連産業に打撃を与えている。
  • 本研究では、2種の新規アヒルレオウイルス変異株（SD19/6201とSD19/6202）の全ゲノムシーケンスを解明し、他のオルソレオウイルスとの遺伝的・進化的関係を分析した。
  • SD19/6201が殆どの中国NDRVのブランチＩに見られる一方で、SD19/6202は既存のストレインとは異なるブランチIIに見られた。
  • ブランチIの中では、2017年以降に分離されたNDRVは新たな下位グループに見られた。
2021-08-09
Spleen and lung virome analysis of South American fur seals (Arctocephalus australis) collected on the southern Brazilian coast
Infect Genet Evol. 2021 Aug;92:104862. doi: 10.1016/j.meegid.2021.104862. Epub 2021 Apr 10.
Summarize
  • The viral diversity in organs of fur seals found deceased along the coast of southern Brazil, was evaluated by a metagenomic approach.
  • The lungs and spleens of 29 animals were collected, macerated individually, and sequenced using the Illumina MiSeq platform.
  • Nine putative new species of anellovirus and one putative new genus, named Nitorquevirus, were described.
  • ブラジル南部の海岸において、疾患を持つオットセイから組織を採取し、メタゲノム解析によりウイルスの多様性を分析した。
  • 29頭のオットセイの肺および脾臓から組織を解離し、イルミナのMiSeqプラットフォームによりシーケンス解析を行った。
  • 本論文では、新規と推定される9種のアネロウイルスおよびNitorquevirusと名付けた属について報告する。
2021-08-05
Four novel picornaviruses detected in Magellanic Penguins (Spheniscus magellanicus) in Chile
Virology. 2021 Aug;560:116-123.doi: 10.1016/j.virol.2021.05.010. Epub 2021 May 25.
Summarize
  • Four novel viruses belonging to the family Picornaviridae in healthy Magellanic penguins, a near threatened species, were identified.
  • All samples were screened by RT-PCR for these new viruses, and approximately 20% of the penguins were infected with at least one of these viruses.
  • The viruses were distantly related to members of the genera Hepatovirus, Tremovirus, Gruhelivirus and Crahelvirus.
  • ピコルナウイルス科の新規ウイルス４種を、近危急種であるマゼランペンギンから分離した。
  • 全サンプルをRT-PCRによりスクリーニングした結果、20%のペンギンが4種の新規ウイルスのうち少なくとも１種に感染していることが判明した。
  • これらの新規ウイルスは、ヘパトウイルス属、トレモウイルス属、グルーヘリウイルス属、クラヘリウイルス属と多少の関係性が見られた。
2021-08-05
Identification and genomic characterization of emerging CRESS DNA viruses in thoroughbred horses in China
Virus Genes. 2021 Aug;57(4):390-394.doi: 10.1007/s11262-021-01845-w. Epub 2021 May 22.
Summarize
  • Multiple novel circular replication-associated protein (Rep)-encoding single stranded (CRESS) DNA viruses have been extensively identified in the feces of humans and animals.
  • Horse-CRESS DNA-like virus (HCLV) in fecal samples from 10 imported thoroughbred horses was detected in the customs quarantine station in North Xinjiang province, China.
  • The whole-genome sequences of four viruses (HCLV ALSK-3-4, ALSK-13-10, CJ-1-2, and CJ-13-1) was obtained.
  • HCLV probably entered Xinjiang province via the international trade of horses.
  • 複数の新規のCRESS-DNAウイルス（Repをコードする環状の一重鎖DNA(ssDNA)）が、ヒトや動物の糞便から広く検出されている。
  • 中国・北新疆ウイグル自治区の検疫所にて、輸入された10頭のサラブレッドの糞のサンプルから、HCLV（Horse-CRESS DNA-like virus）を検出した。
  • 本研究では、4種のHCLVウイルス（ALSK-3-4、ALSK-13-10、CJ-1-2及びCJ-13-1）の全ゲノムシーケンスを解析した。
  • 本研究結果より、HCLVは馬の国際取引を通して新疆ウイグル自治区に侵入したウイルスであると推測される。
2021-08-05
Identification and whole-genome characterization of a novel Porcine Circovirus 3 subtype b strain from swine populations in Vietnam
Virus Genes. 2021 Aug;57(4):385-389. doi: 10.1007/s11262-021-01844-x. Epub 2021 May 16.
Summarize
  • A novel porcine circovirus (PCV3) infection in aborted fetuses was identified in southern Vietnam and the full-length genome sequence of a PCV3 strain was reported.
  • Several specific mutated sites were found to be unique to this Vietnamese PCV3b strain, including I14M in the Rep protein and K139R, I150F, and P169T in the Cap protein.
  • The sequence data will help understand the molecular characteristics, genetic diversity, and evolutionary history of PCV3.
  • ベトナム南部の豚の流産胎子から新規の豚サーコウイルス３（PCV3）を分離し、全ゲノムシーケンスを解析した結果を報告する。
  • Repタンパク質のI14MやCapタンパク質のK139R、I150F、P169Tなど、ベトナムのPCV3ｂに特有な変異箇所が複数見つかった。
  • このシーケンスのデータは、PCV3の分子特性、遺伝子の多様性、進化について理解を深める一助となる。
2021-08-05
Full-genome characterization of a novel Felis catus papillomavirus 4 subtype identified in a cutaneous squamous cell carcinoma of a domestic cat
Virus Genes. 2021 Aug;57(4):380-384. doi: 10.1007/s11262-021-01843-y. Epub 2021 May 26.
Summarize
  • Two full-genome sequences of Felis catus papillomavirus type 4 (FcaPV4) identified in squamous cell carcinoma (SCC) of two domestic cats were analyzed by PCR and sequencing.
  • The L1 nucleotide sequence homology showed 95.70% sequence identity to the reference FcaPV4, suggesting that this isolate should be classified as a subtype.
  • Expression of E6 and E7 mRNA was detected in both cases, suggesting that FcaPV4 contributes to the development of SCC.
  • 2匹の猫の扁平上皮癌から分離した、Felis catusパピローマウイルス タイプ４（FcaPV4）の全ゲノムシーケンス２つを、PCRとシーケンシングにより解析した。
  • 一方のL1ヌクレオチドシーケンスが、レファレンスのFcaPV4と95.70%の同一性を示したことから、サブタイプであることが示唆される。
  • E6、E7ｍRNAの発現が両方で見られることから、FcaPV4が扁平上皮癌の進行に関与していることが示唆される。
2021-08-03
Identification of a novel pegivirus in pet cats (Felis silvestris catus) in Japan
Virus Res. 2021 Aug;301:198452. doi: 10.1016/j.virusres.2021.198452. Epub 2021 May 7.
Summarize
  • A novel pegivirus was identified in pet cats (Felis silvestris catus) in Japan.
  • Near-entire genome sequences of two feline pegivirus strains were determined.
  • The pegivirus genomes shared only 44.0–49.6 % identity with reported pegiviruses.
  • Feline pegivirus is a new species within the genus Pegivirus, family Flaviviridae.
  • 新規のペギウイルスを、日本のペット（イエネコ）から分離した。
  • ペギウイルス株２つのほぼ全ゲノムシーケンスを決定した。
  • このペギウイルスのゲノムは、既に報告されているペギウイルスのものと44.0-49.6%の同一性しか見られなかった。
  • このペギウイルスはフラビウイルス科ペギウイルス属に属する新種であることが判明した。
2021-08-03
Metatranscriptomic analysis identifies different viral-like sequences in two neotropical Mansoniini mosquito species
Virus Res. 2021 Aug;301:198455. doi: 10.1016/j.virusres.2021.198455. Epub 2021 May 17.
Summarize
  • This study aimed to characterize the RNA viruses that are interacting with Mansonia wilsoni and Coquillettidia hermanoi mosquito species.
  • In total, 107 viral sequences, 11 of which were assigned as endogenous viral elements, were identified.
  • Almost all segments of an Orthomyxovirus from Ma. wilsoni were identified.
  • All Mansoniini viruses investigated through phylogenetic analysis are closely related to insect-specific viruses found in other mosquito species although with considerable divergence at the amino acid level, suggesting that we have detected new viral lineages.
  • ヌマカ（Mansonia wilsoni及びCoquillettidia hermanoi）のRNAウイルスについて分析した。
  • 11の内在性ウイルス様配列を含む、計107のウイルス配列を特定した。
  • Mansonia wilsoniから得られたオルソミクソウイルスのほぼ全てのセグメントを特定した。
  • 系統解析した全てのMansoniiniウイルスは、他の蚊に見られる昆虫特異的ウイルスと近似しているものの、アミノ酸レベルではかなりの相違があり、新規のウイルス系統であることが示唆される。
2021-08-02
Toyo virus, a novel member of the Kaisodi group in the genus Uukuvirus (family Phenuiviridae) found in Haemaphysalis formosensis ticks in Japan
Arch Virol. 2021 Oct;166(10):2751-2762. doi: 10.1007/s00705-021-05193-w. Epub 2021 Aug 2.
Summarize
  • Phenuivirus-like sequences were detected during the surveillance of tick-borne viruses using RNA virome analysis from a pooled sample of Haemaphysalis formosensis ticks collected in Ehime, Japan.
  • Comparisons of the viral amino acid sequences among phenuiviruses indicated that the detected virus shared 46%-70% sequence identity with known members of the Kaisodi group in the genus Uukuvirus.
  • Phylogenetic analysis of the viral proteins showed that the virus formed a cluster with the Kaisodi group viruses, suggesting that this was a novel virus, which was designated "Toyo virus" (TOYOV).
  • 愛媛県で採集されたタカサゴチマダニのサンプルを用い、ダニ媒介性ウイルスのサーベイランスのために行ったRNAバイローム解析により、フェニュイウイルス様のシーケンスが発見された。
  • フェニュイウイルス間のアミノ酸シーケンスの比較から、この発見されたウイルスのシーケンスは、ウクウイルス属Kaisodiグループの既知の種のものと、46-70%同一であることが示された。
  • タンパク質の系統解析でKaisodiグループのウイルスとクラスターを形成したことから、このウイルスが新規のウイルスであることが示唆され、Toyoウイルス（TOYOV）と名付けられた。
2021-07-29
Isolation of a novel adomavirus from cultured American eels, Anguilla rostrata, with haemorrhagic gill necrosis disease
J Fish Dis. 2021 Nov;44(11):1811-1818.doi: 10.1111/jfd.13500. Epub 2021 Jul 29.
Summarize
  • A novel American eel adomavirus (AEAdoV) was isolated from the diseased American eels (Anguilla rostrate) with signs of haemorrhagic gill necrosis using the eel ovary cell line (EO).
  • The virus proliferated in the EO cells with a maximum TCID50 /ml of 106.29 ± 0.23 at 6 days post-infection.
  • PCR assays showed that AEAdoV shared high similarities with Anguilla marmorata adomavirus (MEAdoV).
  • The study results suggested that AEAdoV exhibited a latent infection in A. rostrata.
  • ウイルス性血管内皮壊死の症状を示すアメリカウナギ（Anguilla rostrate）から、新規のアメリカウナギアドマウイルス（AEAdoV）が、ウナギ由来EO細胞を用いて分離された。
  • AEAdoVはEO細胞内で増殖し、感染後6日に最大で106.29 ± 0.23TCID50 /mlの値を示した。
  • PCRアッセイにより、AEAdoVとオオウナギアドマウイルス（MEAdoV）間の高い類似性が確認できた。
  • 本研究により、アメリカウナギの血管内皮壊死がAEAdoVに起因することが示唆された。
2021-07-23
Genomic characterisation of a novel avipoxvirus, magpiepox virus 2, from an Australian magpie (Gymnorhina tibicen terraereginae)
Virology. 2021 Oct;562:121-127. doi: 10.1016/j.virol.2021.07.010. Epub 2021 Jul 23.
Summarize
  • The majority of avipoxviruses in wild birds remain uncharacterised and their genetic variability is unclear.
  • A novel avipoxvirus, magpiepox virus 2 (MPPV2), which was isolated in 1956 from an Australian black-backed magpie, was fully sequenced.
  • Phylogenetic analyses showed that the novel MPPV2 was most closely related to other avipoxviruses isolated from passerine and shearwater bird species, and demonstrated a sequence similarity (95.0%) with MPPV.
  • トリポックスウイルスの殆どは未だ同定されていず、その遺伝的多様性についても解明されていない。
  • 1956年にオーストラリアカササギフエガラスから分離された、新規のトリポックスウイルスであるmagpiepoxウイルス（MPPV2）の全ゲノム配列を解読した。
  • この新規のMPPV2が、スズメ目やミズナギドリ科の鳥類から分類されたトリポックスウイルスに最も近く、MPPVのゲノム配列と95.0%の類似性があることが、系統解析により確認された。
2021-07-23
A Diverse Viral Community from Predatory Wasps in Their Native and Invaded Range, with a New Virus Infectious to Honey Bees
Viruses. 2021 Jul 23;13(8):1431.doi: 10.3390/v13081431.
Summarize
  • Characterization of 68 novel and nine previously identified virus sequences found in transcriptomes of Vespula vulgaris sampled from Belgium and New Zealand was described.
  • A novel Iflavirus was similar to a recently identified Moku virus, a known wasp and honey bee pathogen.
  • Experimental infection of honey bees with this novel Vespula vulgaris Moku-like virus resulted in an active infection.
  • ベルギー及びニュージーランドで採集されたキオビクロスズメバチのトランスクリプトームから検出された、68の新規ウイルス及び9の既知のウイルスのゲノム配列について報告する。
  • そのうちの新規のイフラウイルスが、最近確認されたカリバチ・ミツバチの病原体であるモクウイルスと類似のものであることが判明した。
  • 実験感染を試みたところ、この新規のモクウイルス様のイフラウイルスがミツバチに感染することが確認できた。
2021-07-23
Genomic characterisation of a novel avipoxvirus, magpiepox virus 2, from an Australian magpie (Gymnorhina tibicen terraereginae)
Virology. 2021 Oct;562:121-127. doi: 10.1016/j.virol.2021.07.010. Epub 2021 Jul 23.
Summarize
  • The majority of avipoxviruses in wild birds remain uncharacterised and their genetic variability is unclear.
  • A novel avipoxvirus, magpiepox virus 2 (MPPV2), which was isolated in 1956 from an Australian black-backed magpie, was fully sequenced.
  • Phylogenetic analyses showed that the novel MPPV2 was most closely related to other avipoxviruses isolated from passerine and shearwater bird species, and demonstrated a sequence similarity (95.0%) with MPPV.
  • トリポックスウイルスの殆どは未だ同定されていず、その遺伝的多様性についても解明されていない。
  • 1956年にオーストラリアカササギフエガラスから分離された、新規のトリポックスウイルスであるmagpiepoxウイルス（MPPV2）の全ゲノム配列を解読した。
  • この新規のMPPV2が、スズメ目やミズナギドリ科の鳥類から分類されたトリポックスウイルスに最も近く、MPPVのゲノム配列と95.0%の類似性があることが、系統解析により確認された。
2021-07-20
Comparative viromes of Culicoides and mosquitoes reveal their consistency and diversity in viral profiles
Brief Bioinform. 2021 Jul 20;22(4):bbaa323. doi: 10.1093/bib/bbaa323.
Summarize
  • Using Culicoides and mosquitoes collected in Yunnan China as reference vectors, a comparative virome strategy was designed to study the viral composition, diversity, hosts and spatiotemporal distribution of Culicoides.
  • Many novel viruses were discovered, including 21 segmented viruses of Flaviviridae, 180 viruses of Monjiviricetes and 130 viruses of Bunyavirales.
  • Culicoides is an important part of viral ecology and should be monitored for potentially emerging viruses.
  • 中国雲南省で採集したヌカカおよび蚊（約3万サンプル）を用い、バイローム（大規模ウイルス配列）解析システムを構築し、ウイルスの構成、多様性、宿主、およびヌカカの分布を調査した。
  • フラビウイルス科の分節ウイルス21種、モンイウイルス綱のウイルス180種、ブニャウイルス目のウイルス130種等、多くの新規ウイルスが確認された。
  • 本研究より、ヌカカがウイルス生態系の重要な一部であり、新規ウイルスの出現をモニターしていく必要があることが明らかになった。
2021-07-16
Genetic Characteristics and Pathogenicity of a Novel Porcine Deltacoronavirus Southeast Asia-Like Strain Found in China
Front Vet Sci. 2021 Jul 16;8:701612.doi: 10.3389/fvets.2021.701612. eCollection 2021.
Summarize
  • A novel porcine deltacoronavirus (PDCoV) strain CHN/GX/1468B/2017 was isolated from the small intestinal contents of piglets with diarrhea in Guangxi province, China.
  • Genomic analysis showed that CHN/GX/1468B/2017 strain had 96.9~99.4% nucleotide homology with other referenced PDCoV strains from different areas.
  • Phylogenetic analyses based on the whole gene sequence as well as S protein and ORF1a/1b protein sequences all showed that this strain was closely related to the Southeast Asia strain.
  • The study results indicate that CHN/GX/1468B/2017, isolated in China, is a novel PDCoV Southeast Asia-like strain with distinct genetic characteristics and pathogenicity.
  • 中国広西壮族自治区において、下痢を発症している子豚の小腸から、新規の豚デルタコロナウイルスのストレインCHN/GX/1468B/2017を分離した。
  • CHN/GX/1468B/2017を遺伝子解析したところ、他地域から採取された豚デルタコロナウイルスのヌクレオチドと96.9~99.4%の同一性が見られた。
  • 全ゲノムシーケンスおよびSタンパク質とORF1a/1bタンパク質のシーケンスを用いた系統解析から、このストレインが東南アジアのストレインに非常に近いことがわかった。
  • 本研究結果から、中国で分離されたCHN/GX/1468B/2017は、東南アジアのストレインに類似する新規の豚デルタコロナウイルスであり、その遺伝子の特徴および病原性が特有であることがわかった。
2021-07-13
Novel picornavirus (family Picornaviridae) from freshwater fishes (Perca fluviatilis, Sander lucioperca, and Ameiurus melas) in Hungary
Arch Virol. 2021 Sep;166(9):2627-2632.doi: 10.1007/s00705-021-05167-y. Epub 2021 Jul 13.
Summarize
  • A novel picornavirus (perchPV/M9/2015/HUN, GenBank accession no. MW590713) was detected in 12.9% of faecal samples collected from three (Perca fluviatilis, Sander lucioperca, and Ameiurus melas) out of 13 freshwater fish species.
  • The P1, 2C, and 3CD proteins of the novel picornavirus had 41.4%, 38.1%, and 47.3% amino acid sequence identity to the corresponding proteins of Wenling lepidotrigla picornavirus (MG600079), eel picornavirus (NC_022332), and Wenling pleuronectiformes picornavirus (MG600098), respectively.
  • This virus represents a potential novel fish-origin species in an unassigned genus in the family Picornaviridae.
  • 新規のピコルナウイルス(perchPV/M9/2015/HUN, GenBank登録番号MW590713)が、13種の淡水魚のうち3種（ヨーロピアンパーチ、パイクパーチ、ブラックブルヘッド）から得た糞サンプルの12.9%で検出された。
  • このウイルスのP1、2C、3CDタンパク質のアミノ酸配列は、Wenling lepidotriglaピコルナウイルス(MG600079)、ウナギピコルナウイルス(NC_022332)、Wenling pleuronectiformesピコルナウイルス(MG600098)の相当タンパク質のアミノ酸配列と、それぞれ41.4%、38.1%、47.3%の同一性を示した。
  • このウイルスは、ピコルナウイルス科の未分類の属に含まれる魚類由来の新規種であると考えられる。
2021-07-12
Exploration of the Ixodes ricinus virosphere unveils an extensive virus diversity including novel coltiviruses and other reoviruses
Virus Evol. 2021 Jul 12;7(2):veab066.doi: 10.1093/ve/veab066. eCollection 2021.
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  • High-throughput sequencing of Belgian I. ricinus ticks collected from six different sites revealed the presence of many different viruses, including Mononegavirales, Bunyavirales, Partitiviridae, and Reoviridae.
  • Several new reoviruses, two of which cluster together with members of the genus Coltivirus, were detected, including a new strain of Eyach virus, a known causative agent of tick-borne encephalitis.
  • Further polymerase chain reaction-based screening of over 230 tick pools for 14 selected viruses indicated the wide spread of these viruses throughout the Belgian tick population.
  • ベルギー国内6か所で採取されたリシヌスマダニを用いた高処理塩基配列決定の結果、モノネガウイルス、ブニャウイルス、パルティティウイルス、レオウイルス等、多種のウイルスの存在が確認された。
  • ダニ媒介性脳炎を媒介するレオウイルス科コルティウイルス属ヤッチウイルスの変異株を含む、複数の新規のレオウイルス科ウイルスを発見した。
  • 230のダニ個体群を用い、14のウイルスについてポリメラーゼ連鎖反応によるスクリーニングを行った結果、これらのウイルスがベルギーのダニに広く感染していることが判明した。
2021-07-09
A novel anellovirus from hospitalized neonates
Arch Virol. 2021 Sep;166(9):2623-2625. doi: 10.1007/s00705-021-05155-2. Epub 2021 Jul 9.
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  • The complete genome sequence of a novel anellovirus (anel-ch-zj, GenBank no. MT157223) from nasopharynx secretion specimens from hospitalized neonates was determined, using viral metagenomics combined with conventional PCR.
  • Analysis of the deduced amino acid sequence of its ODF1 protein suggested that that anel-ch-zj represents a putative new genus within the family Anelloviridae.
  • PCR screening of 135 samples from 45 hospitalized neonates indicated that eight samples were positive for anel-ch-zj, while none of the 561 samples from hospitalized children 1-5 years old did not yield any positive results.
  • 入院中の新生児の鼻咽腔分泌物から得られた新規のアネロウイルス（anel-ch-zj, GenBank no. MT157223）の全ゲノム配列が、ウイルスメタゲノム解析および従来型のPCR解析により明らかとなった。
  • ODF1タンパク質の推定アミノ酸配列から、anel-ch-zjがアネロウイルス科の新しい属と推定される。
  • 入院中の新生児から得られた135サンプルをPCR解析したところ、8サンプルがanel-ch-zj陽性を示したが、入院中の1-5歳の乳幼児から得られた561サンプルの中で陽性を示したものは無かった。
2021-07-09
Identification of a Ruminant Origin Group B Rotavirus Associated with Diarrhea Outbreaks in Foals
Viruses. 2021 Jul 9;13(7):1330.doi: 10.3390/v13071330.
Summarize
  • A novel equine rotavirus group B (ERVB) was identified based on Illumina-based metagenomic sequencing in fecal specimens from foals affected with severe watery to hemorrhagic diarrhea.
  • The protein sequence of all 11 segments of ERVB had greater than 96% identity with group B rotaviruses previously found in ruminants.
  • ERVB originated from ruminants and was associated with outbreaks of neonatal foal diarrhea in the 2021 foaling season in Kentucky.
  • 新規のB群ウマロタウイルス（ERVB）が、イルミナのメタゲノムシーケンス解析により、水様性・血性下痢を患う新生子馬の糞から検出された。
  • ERVBのタンパク質の11のセグメントが、これまでに確認されている反芻動物のB群ロタウイルスと、96%以上の同一性を有することがわかった。
  • 本研究により、2021年に米国ケンタッキー州の新生子馬の間で大流行した下痢症が、反芻動物のERVBに起因するものであることが判明した。
2021-07-08
Isolation of a novel insect-specific flavivirus with immunomodulatory effects in vertebrate systems
Virology. 2021 Oct;562:50-62.doi: 10.1016/j.virol.2021.07.004. Epub 2021 Jul 8.
Summarize
  • A novel insect-specific flavivirus (ISFV), tentatively named Aripo virus (ARPV), was isolated from Psorophora albipes mosquitoes collected in Trinidad.
  • ARPV replication is limited to mosquitoes, as it did not replicate in the sandfly, culicoides or vertebrate cell lines tested.
  • ARPV is endocytosed into vertebrate cells and is highly immunomodulatory, producing a robust innate immune response despite its inability to replicate in vertebrate systems.
  • トリニダードで採集されたPsorophora albipes蚊から、新規の昆虫特有フラビウイルス（仮名：Aripoウイルス、ARPV）を分離した。
  • ARPVの複製が蚊に限定されており、スナバエ・サシバエ・脊椎動物の細胞株では複製されないことが確認された。
  • APRVは脊椎動物では複製できないものの、脊椎動物の細胞内に取り込まれて強い自然免疫反応を引き起こし、高い免疫調節性を示すことが明らかになった。
2021-07-05
Novel Paju Apodemus paramyxovirus 1 and 2, harbored by Apodemus agrarius in the Republic of Korea
Virology. 2021 Oct;562:40-49.doi: 10.1016/j.virol.2021.06.011. Epub 2021 Jul 5.
Summarize
  • Jeilongvirus has been proposed as a novel paramyxovirus genus found in rodents, bats, and cats.
  • Two genetically distinct novel paramyxoviruses, Paju Apodemus paramyxovirus 1 (PAPV-1) and 2 (PAPV-2) belonged to distinct genetic lineages of Jeilongvirus even though these viruses were originated from A. agrarius.
  • PAPV-1 infected human epithelial and endothelial cells, facilitating the induction of type I/III interferons, interferon-stimulated genes, and pro-inflammatory cytokines.
  • ジェイロングウイルスは、齧歯類、コウモリ、猫に見られる新規のパラミキソウイルスである可能性が示唆されてきた。
  • 本研究により新規のパラミキソウイルスであると確認されたPaju Adodemusパラミキソウイルス1(PAPV-1)と2(PAPV-2)は、互いに遺伝的に異なる上に、ジェイロングウイルスと異なる遺伝的系統であることがわかった。
  • PAPV-1がヒトの腎上皮細胞・内皮細胞に感染し、I型・III型インターフェロンの誘導、インターフェロン誘導性遺伝子の発現、炎症性サイトカインの分泌を促進することが明らかになった。
2021-07-01
Prevalence of a Novel Bunyavirus in Tea Tussock Moth Euproctis pseudoconspersa (Lepidoptera: Lymantriidae)
J Insect Sci. 2021 Jul 1;21(4):5.doi: 10.1093/jisesa/ieab045.
Summarize
  • Euproctis pseudoconspersa is a major pest of tea plants, which causes a skin rash.
  • A novel RNA virus, Euproctis pseudoconspersa bunyavirus (Phenuiviridae) was identified and found that it was widely distributed in field populations of E. pseudoconspersa.　
  • The replication of virus in E. pseudoconspersa was indicated by Tag-PCR.
  • チャドクガは茶の主要な害虫であり、ヒトに皮膚発疹を起こすことで知られている。
  • 新規のRNAウイルスであるチャドクガブニヤウイルスを発見し、野生のチャドクガの間で感染が拡大していることを確認した。
  • Tag-PCRにより、この新規ウイルスがチャドクガで複製されていることが確認できた。
2021-06-04
A novel Dicistro-like virus discovered in Procambarus clarkii with "Black May" disease
J Fish Dis. 2021 Jun;44(6):803-811.doi: 10.1111/jfd.13309. Epub 2020 Dec 4.
Summarize
  • A significant number of Procambarus clarkii died in the pond culture of Xinglong Township, China, in 2018.
  • A novel Dicistro-like virus (PcDV) was detected in addition to white spot syndrome virus, which is already known to cause Black May disease.
  • Genomic sequence analysis indicated that the new virus belongs to the Dicistroviridae family, Picornaviridaes order.
  • The detection rates of PcDV in P. clarkii peaked from April to June, consistent with the onset of the "Black May" disease.
  • 2018年、中国Xinglongで養殖されていたアメリカザリガニの大量死が確認された。
  • Black May病の原因として知られるホワイトスポット病ウイルスに加えて、Dicistro様のウイルス（PcDV）が新たに発見された。
  • ゲノムデータ解析により、この新ウイルスはPicornaviridaes目Dicistroviridae科に属すると判明した。
  • アメリカザリガニ中でのこの新ウイルスの検出率が4-6月にピークとなり、Black May病の開始時期と一致することが分かった。
2021-06-02
Genetic characterization and phylogenetic analysis of duck-derived waterfowl parvovirus in Anhui province, eastern China
Arch Virol. 2021 Jul;166(7):2011-2016.doi: 10.1007/s00705-021-05110-1. Epub 2021 Jun 2.
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  • A novel duck-origin goose parvovirus (N-GPV) causes short beak and dwarfism syndrome in ducks.
  • Complete genome sequencing identified that that classical goose parvovirus (C-GPV), Muscovy duck parvovirus (MDPV), and N-GPV infected different breeds of ducks and that potential recombination events were found.
  • These results revealed the diversity of duck-derived parvoviruses in Anhui province, eastern China.
  • 新型ガチョウパルボウイルス（N-GPV）は、アヒルの短い嘴と矮小化症候群を引き起こす。
  • 本研究の全ゲノムシーケンス解析により、ガチョウパルボウイルス（C-GPV）、マスコビーダックパルボウイルス(MDPV)、及び新型ガチョウパルボウイルス（N-GPV）が、アヒルに感染することが分かった。
  • 本研究により、中国東部Anhui州における、アヒル由来のパルボウイルスの多様性が明らかになった。
2021-06-01
Identification of a novel hantavirus strain in the root vole (Microtus oeconomus) in Lithuania, Eastern Europe
Infect Genet Evol. 2021 Jun;90:104520. doi: 10.1016/j.meegid.2020.104520. Epub 2020 Sep 3.
Summarize
  • Authors detected a novel hantavirus in root voles.
  • The newly discovered virus is tentatively named "Rusne virus".
  • Pairwise evolutionary distance analysis confirmed Rusne virus as a strain of the species TRAV/TATV.
  • 著者らはツンドラハタネズミから新しいハンタウイルスを発見した。
  • 新しく発見されたウイルスには「Rusneウイルス」という仮名が付けられた。
  • ペアワイズ進化距離分析により、このRusneウイルスがTRAV／TATV種のストレインであることが確認された。
2021-06-01
The first complete genome sequence of an iflavirus from the endoparasitoid wasp Tetrastichus brontispae
Arch Virol. 2021 Aug;166(8):2333-2335.doi: 10.1007/s00705-021-05118-7. Epub 2021 Jun 1.
Summarize
  • The complete genome sequence of a novel iflavirus isolated from the gregarious and koinobiont endoparasitoid Tetrastichus brontispae was determined by total RNA and Sanger sequencing.The novel iflavirus was tentatively named "Tetrastichus brontispae RNA virus 3" (TbRV-3), This is the first virus of the family Iflaviridae to be isolated from a wasp of the family Eulophidae.
  • キムネクロナガハムシ蛹の寄生蜂から分離された新しいイフラウイルスのゲノム配列が、RNAシーケンス解析により明らかになった。新しいイフラウイルスには、Tetrastichus brontispae RNA virus 3 (TbRV-3)という仮名が付けられている。このTbRV-3は、ヒメコバチ科のハチから初めて分離された、Iflaviridae科のウイルスである。
2021-05-25
Multiple Mammarenaviruses Circulating in Angolan Rodents
Viruses. 2021 May 25;13(6):982.doi: 10.3390/v13060982.
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  • Authors discovered novel mammarenavirus-like viruses in rodents at Angola.
  • These are novel Okahandja-related virus (Bitu virus), novel Mobala-like mammarenavirus (Kwanza virus).
  • Authors did not detect hantaviruses in these rodents.
  • 著者らはアンゴラのげっ歯類から新しいアレナウイルスを発見した。
  • これらのウイルスはBituウイルスやKwanzaウイルスと命名された。
  • 著者らはこれらのげっ歯類からハンタウイルスは検出されなかったといっている。
2021-05-25
Four novel picornaviruses detected in Magellanic Penguins (Spheniscus magellanicus) in Chile
Virology. 2021 Aug;560:116-123.doi: 10.1016/j.virol.2021.05.010. Epub 2021 May 25.
Summarize
  • Authors discovered four novel viruses belonging to the family Picornaviridae in healthy Magellanic penguins.
  • Approximately 20% of the penguins were infected with at least one of these viruses.
  • These viruses were distantly related to members of the genera Hepatovirus, Tremovirus, Gruhelivirus and Crahelvirus.
  • 著者らは健康なマゼランペンギンから４つの新しいピコルナウイルス科のウイルスを発見した。
  • 約２０%のペンギンが４つの新規ウイルスのうち1つ以上のウイルスを保有していた。
  • これらのウイルスはピコルナウイルス科のヘパトウイルス、トレモウイルス、グルーヘリウイルス、クラヘルウイルス属に属している。
2021-05-22
Identification and genomic characterization of emerging CRESS DNA viruses in thoroughbred horses in China
Virus Genes. 2021 May 22.doi: 10.1007/s11262-021-01845-w. Online ahead of print.
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  • Circular replication-associated protein (Rep)-encoding single stranded (CRESS) DNA (named Horse-CRESS DNA-like virus, HCLV) was discovered in fecal samples of imported horses in China.
  • The genome sequences of novel viruses have 1700 to 2100 nucleotides (nt) and five major ORFs.
  • Phylogenetic analysis showed that the novel virus was grouped together with members in Kirkoviruses, not Circovirus and Cyclovirus.
  • 新しい環状DNAウイルスが中国の輸入馬（サラブレット）の糞便から発見された。
  • これらの新しいウイルスは1700から2100塩基長で、５つのORFを持っている。
  • 系統解析では、このウイルスはCircovirusやCyclovirusではなくKirkovirusの仲間であることが示された。
2021-05-21
Isolation and characterization of novel reassortant mammalian orthoreovirus from pigs in the United States
Emerg Microbes Infect. 2021 May 21;1-43.doi: 10.1080/22221751.2021.1933608. Online ahead of print.
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  • More than 300 pigs showed neurological signs with approximately 40% mortality in US swine farms.
  • Authors isolated a novel reassortant virus containing viral gene segments from three mammalian reovirus serotypes that infect human, bovine and swine.
  • アメリカ合衆国の豚農場で300頭以上の豚に神経症状が認められ40%の致死率の感染症が発生した。
  • 著者らはヒト・ウシ・ブタの３つのレオウイルスのリアソータントになっているウイルスを発見した。
2021-05-20
Novel Canine Coronavirus Isolated from a Hospitalized Novel Canine Coronavirus Isolated from a Hospitalized Pneumonia Patient, East Malaysia
Clin Infect Dis. 2021 May 20;ciab456.doi: 10.1093/cid/ciab456. Online ahead of print.
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  • Canine CoV (CCoV) RNA was detected in nasopharyngeal swabs at 2.5% of patients hospitalized with pneumonia in Malaysia.
  • In this study, a novel canine-feline recombinant alphacoronavirus (genotype II), CCoV-HuPn-2018, was discovered from one specimen.
  • If this novel virus is confirmed as a pathogen, it may represent the eighth unique coronavirus known to cause disease in humans.
  • マレーシアにおいて肺炎で入院している患者の鼻咽頭スワブの2.5%から犬コロナウイルスRNAが検出された。
  • ひとりの患者からウイルスが分離され、犬と猫のアルファコロナウイルスの組み換えウイルス（CCoV-HuPn-2018）が発見された。
  • もしこのウイルスが病原性を持つなら、ヒトに病気を起こす８番目のコロナウイルスになるであろう。
2021-05-19
Sequences of Previously Unknown Rhabdoviruses Detected in Bat Samples from the Republic of the Congo
Vector Borne Zoonotic Dis. 2021 May 19.doi: 10.1089/vbz.2020.2736. Online ahead of print.
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  • Four novel rhabdoviruses were discovered from bats in the Republic of the Congo.
  • Surveillance regarding novel rhabdoviruses and bats are needed.
  • コンゴ共和国のコウモリから４種類の新規ラブドウイルスが発見された。
  • これらの新規ウイルスとコウモリのサーベイランスが必要である。
2021-05-18
A novel cripavirus of an ectoparasitoid wasp increases pupal duration and fecundity of the wasp's Drosophila melanogaster host
ISME J. 2021 May 18.doi: 10.1038/s41396-021-01005-w. Online ahead of print.
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  • Authors discovered a novel picornavirus, Rondani's wasp virus 1 (RoWV-1), from parasitoid wasp (Pachycrepoideus vindemmiae).
  • High amount of RoWV-1 was detected in the larval digestive tract.
  • RoWV-1 is transmitted horizontally from infected to uninfected wasps but not vertically to wasp offspring.
  • 著者らは寄生バチの一種から新しいピコルナウイルス（RoWV-1）を発見した。
  • RoWV-1は幼虫の消化管から大量に検出された。
  • このウイルスは垂直感染ではなく水平感染することが明らかになった。
2021-05-16
A novel Tembusu virus isolated from goslings in China form a new subgenotype 2.1.1
Transbound Emerg Dis. 2021 May 16.doi: 10.1111/tbed.14155. Online ahead of print.
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  • A novel Tembusu virus (Flaviviridae), DTMUV/Goose/China/2019/AQ-19 (AQ-19), that is believed to be responsible for the noticeably high mortality (~50%) in goslings in China.
  • The AQ-19 has high virulence in goslings and mice, resulting in 60% and 70% mortality
  • Pathological examination revealed severe histological lesions in the brain and liver of the infected goslings and mice.
  • マレーシアにおいて肺炎で入院している患者の鼻咽頭スワブの2.5%から犬コロナウイルスRNAが検出された。
  • ひとりの患者からウイルスが分離され、犬と猫のアルファコロナウイルスの組み換えウイルス（CCoV-HuPn-2018）が発見された。
  • もしこのウイルスが病原性を持つなら、ヒトに病気を起こす８番目のコロナウイルスになるであろう。
2021-05-12
Detection and genetic analysis of a novel atypical porcine pestivirus from piglets with congenital tremor in Japan
Transbound Emerg Dis. 2021 May 12.doi: 10.1111/tbed.14149. Online ahead of print.
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  • A novel atypical porcine pestivirus (APPV) was discovered from two piglets with congenital tremor in Japan for the first time.
  • The virus had sequence homology with genotype 3 APPV from China; however, in the phylogenetic analysis, Japanese APPV branched independently and distantly related to genotype 3 APPVs.
  • Retrospective investigations revealed that this novel Japanese APPVs have been circulated in Japan since at least 2007.
  • 新規の亜型豚ペスチウイルスがダンス病を呈する子豚2頭から日本で初めて検出されました。
  • このウイルスは中国の亜型豚ペスチウイルス遺伝子型3と類似していましたが、系統樹解析では遺伝子型とは異なる分岐を示しました。
  • 遡り調査では、この新規ウイルスは少なくとも2007年以降に日本で流行していることが確認されました。
2021-05-07
A Novel Adenovirus Detected in Bering-Chukchi-Beaufort Seas Bowhead Whale (Balaena mysticetus): Epidemiologic Data and Phylogenetic Characterization
J Wildl Dis. 2021 May 7.doi: 10.7589/JWD-D-20-00151. Online ahead of print.
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  • A novel adenovirus, bowhead whale adenovirus, was discovered from Bering-Chukchi-Beaufort seas bowhead whales.
  • The clinical impact is unclear, since no histopathologic evidence of adenovirus-associated disease was found.
  • 新しいアデノウイルスがホッキョククジラから発見された（ホッキョククジラアデノウイルス）。
  • このウイルスの病原性はまだわかっていない。
2021-05-06
Novel putative bluetongue virus serotype 29 isolated from inapparently infected goat in Xinjiang of Chin
Transbound Emerg Dis. 2021 Jul;68(4):2543-2555. doi: 10.1111/tbed.13927. Epub 2021 May 6.
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  • A novel strain of Bluetongue virus (V196/XJ/2014) was isolated from an asymptomatic sentinel goat in Xinjiang of China.
  • Serotype identification and genomic analysis revealed that V196/XJ/2014 does not belong to any reported serotypes of BTV.
  • Infectivity and pathogenicity studies showed that goats infected with V196/XJ/2014 did not exhibit observed clinical symptoms, but high level of virus amplification and homologous neutralization antibodies were detected post-infection.
  • 中国新疆のホイスヤギ（無症状）から、新規のブルータングウイルス(V196/XJ/2014)が分離された。
  • 血清型の同定およびゲノム解析により、V196/XJ/2014がこれまでに報告されたブルータングウイルスの血清型のいずれにも属さないことが明らかになった。
  • V196/XJ/2014に感染したヤギは臨床症状を示さなないものの、感染後に高レベルのウイルス増幅と相同の中和抗体が認められることが、感染力および病原性の分析により明らかになった。
2021-05-05
Complete genome sequence of platycodon closterovirus 1, a novel putative member of the genus Closterovirus
Arch Virol. 2021 May 5.doi: 10.1007/s00705-021-05081-3. Online ahead of print.
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  • Authors discovered new member of the genus Closterovirus in Platycodon grandifloras.
  • This virus was tentatively named "platycodon closterovirus 1" (PlaCV1).
  • キキョウから新しいクロステロウイルスが発見された。
  • このウイルスは"platycodon closterovirus 1" (PlaCV1)と名付けられた。
2021-04-30
Identification of a Novel Papillomavirus Type (MfoiPV1) Associated with Acrochordon in a Stone Marten ( Martes foina)
Pathogens. 2021 Apr 30;10(5):539.doi: 10.3390/pathogens10050539.
Summarize
  • There is limited knowledge about Papillomavirus (PVs) in wildlife.
  • The papillomavirus PCR performed on the skin tumor sample of a Stone Marten was positive, and the complete PV genome was determined.
  • The PV is novel type belonging to the Dyonupapillomavirus genus (named MfoiPV1).
  • 野生動物におけるパピローマウイルスの感染状況はあまり研究されていない。
  • ムナジロテンの皮膚腫瘍サンプルについてパピローマウイルスのPCRを実施したところ陽性であったので、このウイルスの全ゲノム塩基配列を決定した。
  • このパピローマウイルスは新しいウイルスであり、MfoiPVと命名された。
2021-04-27
Isolation and Identification of a Novel Phlebovirus, Hedi Virus, from Sandflies Collected in China
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):772.doi: 10.3390/v13050772.
Summarize
  • Novel phebovirus, Hedi virus (HEDV), was discovered from sandflies in China.
  • Phylogenetic analysis indicated that HEDV is close to RVFV and distinct from other phleboviruses.
  • Authors mentioned that it is necessary to increase the monitoring of these phleboviruses.
  • 新規フレボウイルスが中国のサシショウバエから発見された（Hedi virus; HEDV）。
  • 系統解析からリフトバレーウイルスに近縁で、他のフレボウイルスとは離れていることがわかった。
  • 著者らはフレボウイルスのこのウイルスの監視を続ける必要があるといっている。
2021-04-27
Virome Diversity among Mosquito Populations in a Sub-Urban Region of Marseille, France Virus, from Sandflies Collected in China
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):768.doi: 10.3390/v13050768.
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  • Mosquito species have significant public health importance to transmit major diseases such as Dengue, Chikungunya and Zika to humans and animals.
  • Authors analyzed DNA and RNA from mosquitoes using high throughput sequencing techniques.
  • They found novel viruses including Rhabdoviridae, Totiviridae, Iflaviviridae, Circoviridae, and Sobemoviridae families.
  • 蚊はデング熱、チクングニア、ジカ熱のような公衆衛生上重要となる感染症を運ぶので要注意である。
  • 著者らはハイスループットシーケンサーによる蚊のDNAやRNAの解析を実施した。
  • その結果、ラブドウイルス科、トチウイルス科、イフラウイルス科、サーコウイルス科、ソベモウイルス科の新規ウイルスを発見した。
2021-04-21
Mining of the water hyssop (Bacopa monnieri) transcriptome reveals genome sequences of two putative novel rhabdoviruses and a solendovirus
Arch Virol. 2021 Apr 21.doi: 10.1007/s00705-021-05061-7. Online ahead of print.
Summarize
  • Novel rhabdoviruses, "Bacopa monnieri virus 1" (BmV1), "Bacopa monnieri virus 2" (BmV2), and "Bacopa monnieri virus 3" (BmV3), were discovered in water hyssop, which is a medically important herb.
  • BmV1, BmV2, and BmV3 are thought to be classified as new members of the genera Cytorhabdovirus, Betanucleorhabdovirus, and Solendovirus, respectively.
  • 新しいラブドウイルス、"Bacopa monnieri virus 1（オトメアゼナウイルス１）" (BmV1), "Bacopa monnieri virus 2" (BmV2), and "Bacopa monnieri virus 3" (BmV3)が医学分野で重要なハーブであるオオバコ科のオトメアゼナから発見された。
  • BmV1はサイトラブドウイルス属、BmV2はベータヌクレオラブドウイルス、BmV3はソレンドウイルス属の新しいウイルスに分類される可能性がある。
2021-04-21
Novel quaranjavirus and other viral sequences identified from ticks parasitizing hunted wildlife in Trinidad and Tobago
Ticks Tick Borne Dis. 2021 Jul;12(4):101730.doi: 10.1016/j.ttbdis.2021.101730. Epub 2021 Apr 21.
Summarize
  • High throughput sequencing was used to explore the viromes of two tick species, Amblyomma dissimile and Haemaphysalis juxtakochi, removed from hunted wildlife (three iguanas and one red brocket deer) in Trinidad and Tobago.
  • Sequences from 3 new viral species, from the viral families Orthomyxoviridae, Chuviridae and Tetraviridae in A. dissimile were identified.
  • No viral sequences were identified in H. juxtakochi.
  • トリニダード
  • トバゴ共和国の野生動物（3頭イグアナ１頭のマザマジカ）から得られた2種のダニ（マダニAmblyomma dissimileとチマダニHaemaphysalis juxtakochi）のバイロームを、次世代シーケンサー用いて調べた。
  • マダニAmblyomma dissimileから、オルトミクソウイルス科、Chuviridae科、テトラウイルス科に属する、3種の新規ウイルスのシーケンスが同定された。
  • チマダニからはウイルスは同定されなかった。
2021-04-17
Molecular characterization of a novel totivirus infecting the basal fungus Conidiobolus heterosporus
Arch Virol. 2021 Apr 17.doi: 10.1007/s00705-021-05054-6. Online ahead of print.
Summarize
  • A novel totivirus, Conidiobolus heterosporus totivirus 1 (ChTV1), was isolated from fungus.
  • ChTV1 has 51% sequence identity to that of Trichoderma koningiopsis totivirus 1 (TkTV1) , which is the highest among mycoviruses.
  • Authors propose that ChTV1 is a new member of the genus Totivirus, family Totiviridae.
  • 真菌から新しいトチウイルスが発見された。Conidiobolus heterosporus totivirus 1 (ChTV1)
  • ChTV1は最も相同性の高いトチウイルス（TkTV1）でも51%であった。
  • 著者らはこのChTV1をトチウイルス科・トチウイルス属の新しいウイルスと考えている。
2021-04-15
Identification and characterization of a novel rhabdovirus in green rice leafhopper, Nephotettix cincticeps
Virus Rrs. 2021 Apr 15;296:198281.doi: 10.1016/j.virusres.2020.198281. Epub 2021 Feb 3.
Summarize
  • Novel rhabdovirus, Nephotettix cincticeps negative-stranded RNA virus-1 (NcNSRV-1), was discovered from green rice leafhopper.
  • NcNSRV-1 has an additional gene, P6, compared with other rhabdoviruses.
  • NcNSRV-1 has a unique transcription initiation sequence.
  • 新しいラブドウイルスがツマグロヨコバイ（カメムシ目）から発見された。Nephotettix cincticeps negative-stranded RNA virus-1 (NcNSRV-1)
  • NcNSRV-1は他のラブドウイルスには見られないP6という遺伝子を持っている。
  • このウイルスはユニークな転写開始配列を持っている。
2021-04-11
The virome of rhipicephalus, dermacentor and haemaphysalis ticks from eastern romania includes novel viruses with potential relevance for public health
Transbound Emerg Dis. 2021 Apr 11.doi: 10.1111/tbed.14105. Online ahead of print.
Summarize
  • More than 500 ticks were collected from Romania located at the intersection of various biotopes, countries and routes of migrations.
  • Novel viruses belonging to Flaviviridae, Phenuiviridae and Nairoviridae families were identified and full genomes were derived.
  • 様々な経路の交差点のようになっているルーマニアで500以上のダニを採取してウイルスの解析が実施された。
  • これらのダニから、フラビウイルス、フェヌイウイルス、ナイロウイルス科に属する新規ウイルスが発見され、全ゲノムの塩基配列が決定された。
2021-04-10
Isolation and characterization of hirame aquareovirus (HAqRV): A new Aquareovirus isolated from diseased hirame Paralichthys olivaceus amazonicus (family Teiidae)
Virology. 2021 Apr 10;559:120-130.doi: 10.1016/j.virol.2021.04.002. Online ahead of print.
Summarize
  • Novel Aquareovirus, (hirame aquareovirus: HAqRV), was discovered from Japanese flounder.
  • Similarity of genome sequence between HAqRV and other aquareoviruses was less than 60%.
  • Pathogenicity of HAqRV was demonstrated in accordance with Koch's postulates by experimental infection using flounder.
  • 新しいアクアレオウイルスが日本のヒラメから発見された（ヒラメアクアレオウイルス: HAqRV）。
  • HAqRVと他のアクアレオウイルスの相同性は60%以下であった。
  • このウイルスの病原性についてはヒラメを使った実験でコッホの原則を満たすことにより証明された。
2021-04-10
Novel Dicistroviruses in an Unexpected Wide Range of Invertebrates
Food Environ Virol. 2021 Apr 10.doi: 10.1007/s12560-021-09472-2. Online ahead of print.
Summarize
  • Authors performed a systematic search against publicly available transcriptome database for discovery of dicistrovirus-like sequences.
  • 83 transcripts corresponding to nearly-complete viral genomes were retrieved from the RNA-seq data.
  • Phylogenetic analysis suggested that horizontal virus transfer has occurred between diverse hosts.
  • この研究では新規dicistrovirus（ピコルナウイルス科）を発見するために、公開されているトランスクリプトームのデータベースを用いた検索システムを実施した。
  • その結果、83の新規ウイルスの全長に近い配列が得られた。
  • 系統解析から多様な宿主間で水平伝播が起こっていることが示唆された。
2021-04-09
Circular DNA viruses identified in short-finned pilot whale and orca tissue samples
Virology. 2021 Jul;559:156-164.doi: 10.1016/j.virol.2021.04.004. Epub 2021 Apr 19.
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  • A novel polyomavirus (Polyomaviridae), three cressdnaviruses, and two genomoviruses (Genomoviridae) were identified from orca tissue samples (muscle, kidney, and liver).
  • The orca polyomavirus identified in this study is not closely related to the only other dolphin polyomavirus previously discovered.
  • The presence of unclassified cressdnavirus within two samples (muscle and kidney) of the same animal supports the possibility these viruses might be widespread within the animal.
  • 新規のポリオーマウイルス1種、クレスドナウイルス3種、ジェノモウイルス2種が、シャチの組織（筋肉、腎臓、肝臓）から分離された。
  • 本研究で分離したシャチのポリオーマウイルスは、過去にイルカから発見された唯一のポリオーマウイルスとは異なるものであることが確認できた。
  • 未分類のクレスドナウイルスが同一個体の２つのサンプル（筋肉と腎臓）で検出されたことから、このウイルスがシャチ属に広く感染していることが示唆される。
2021-04-05
Novel herpesvirus discovered in walrus liver
Virus Genes. 2021 Apr;57(2):228-232.doi: 10.1007/s11262-021-01825-0. Epub 2021 Feb 9.
Summarize
  • A walrus fed with animal formula died in an aquarium in Japan.
  • Autopsy revealed multiple necrosis of the liver and adrenal glands.
  • Electron microscopy of the liver tissue revealed Herpesvirus-like particles with a tegument structure.
  • We named this novel herpesvirus walrus alphaherpesvirus 1 (WaHV-1) based on partial genome sequences from high-throughput sequencing.
  • Phylogenetic analysis revealed that WaHV-1 was closely related to Phocid herpesvirus 1 (PhHV-1), which has caused outbreaks in harbor seals.
  • 人工乳で育てられた日本の水族館のセイウチが11カ月令で死亡した。、剖検により肝臓と副腎の複数の壊死が明らかになった。
  • 肝臓組織の電子顕微鏡検査により、ヘルペスウイルスに特徴的なテグメント構造を持つ粒子が確認された。
  • 次世代シークエンサーによって明らかにされた部分的なゲノム配列に基づいて、この新しいウイルスはセイウチアルファヘルペスウイルス1（WaHV-1）と名付けられた。
  • 系統発生分析により、WaHV-1はゼニガタアザラシでアウトブレイクを引き起こしたアザラシヘルペスウイルス1（PhHV-1）と密接に関連していることが明らかになった。
2021-04-02
Genomic Analysis of Novel Poxvirus Brazilian Porcupinepox Virus, Brazil, 2019
Emerg Infect Dis. 2021 Apr;27(4):1177-1180. doi: 10.3201/eid2704.203818.
Summarize
  • Novel poxvirus (Brazilian porcupinepox virus) was discovered from wild porcupine in Brazil.
  • There may be a zoonotic potential by this virus, but remaining to be investigated.
  • 野生のヤマアラシから新規ポックスウイルスが発見された。
  • このウイルスの人獣共通感染症としての可能性を探る必要がある。
2021-04-01
Discovery of a phylogenetically distinct poxvirus in diseased Crocodilurus amazonicus (family Teiidae)
Arch Virol. 2021 Apr;166(4):1183-1191.doi: 10.1007/s00705-021-04975-6. Epub 2021 Feb 12.
Summarize
  • A novel poxvirus was discovered in Crocodilurus amazonicus, which is close to avian poxvirus (avipoxviruses).
  • トカゲから新しいポックスウイルスが発見された。このウイルスは鳥のポックスウイルスと近縁であった。
2021-03-31
A Novel Rubi-Like Virus in the Pacific Electric Ray ( Tetronarce californica) Reveals the Complex Evolutionary History of the Matonaviridae
Viruses. 2021 Mar 31;13(4):585.doi: 10.3390/v13040585.
Summarize
  • Recently, two Rubella virus (RuV)-like viruses, Rustrela virus and Ruhugu virus belonging to Matonaviridae, were identified.
  • From the analysis of transciptome of these viruses, Matonaviridae indicated complex pattern of cross-species virus transmission.
  • This study indicated that evolutionary history of the Matonaviridae is more complex than previous reports.
  • 最近、マトナウイルス科に属する風疹ウイルスに類似のウイルス（Rustrela virus and Ruhugu virus）が発見された。
  • トランスクリプトーム解析から、マトナウイルス科のウイルスは宿主を越えた複雑な感染が起こっていることが明らかになった。
  • このようにマトナウイルス科のウイルスはこれまでに考えられていたよりも複雑な進化を遂げているのである。
2021-03-26
Complete nucleotide sequence of a novel partitivirus from Brassica campestris L. ssp. chinensis
Arch Virol. 2021 Mar 26.doi: 10.1007/s00705-021-05041-x. Online ahead of print.
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  • A novel partitivirus, Brassica campestris chinensis cryptic virus 1 (BCCV1), was discovered from Brassica campestris L. ssp. Chinensis.
  • The genome of BCCV1 contains two dsRNA segments, dsRNA1and dsRNA2.
  • BCCV1 is a new member of the genus Deltapartitivirus, family Partitiviridae.
  • アブラナから新しいパルティティウイルス、Brassica campestris chinensis cryptic virus 1 (BCCV1)、が発見された。
  • BCCV1のゲノムは２つの２本鎖RNA分節（dsRNA1, dsRNA2）で構成されていた。
  • BCCV1はパルティティウイルス科のデルタパルティティウイルス属の新しいウイルスである。
2021-03-26
Emergence of New Phylogenetic Lineage of Influenza D virus with Broad Antigenicity in California, United States
Emerg Microbes Infect. 2021 Dec;10(1):739-742.doi: 10.1080/22221751.2021.1910078.
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  • Novel phylogenetic lineage of influenza D virus was identified in bovines across North America and Eurasia.
  • 北アメリカからユーラシア大陸にかけて、牛からインフルエンザDウイルスの新しい系統を発見した。
2021-03-25
Genetic characteristics and pathogenicity of novel reassortant H6 viruses isolated from wild birds in China
Vet Microbiol. 2021 Mar;254:108978.doi: 10.1016/j.vetmic.2021.108978. Epub 2021 Jan 6.
Summarize
  • Novel reassortant strains of H6 avian influenza virus were isolated from fecal samples of wild birds in China.
  • These H6 viruses replicated efficiently in both the nasal turbinates and lungs of mice, but none of them were lethal for mice.
  • 中国の野鳥からH6鳥インフルエンザウイルスの新しいリアソータントが発見された。
  • これらのウイルスはマウスの鼻甲介や肺で良く増えたが、マウスに致死的ではなかった。
2021-03-24
Genetic characterization of a novel porcine reproductive and respiratory syndrome virus type I strain from southwest China
Arch Virol. 2021 Mar 24.doi: 10.1007/s00705-021-04998-z. Online ahead of print.
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  • Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) strain SC2020-1 was isolated from aborted piglets on a farm in Sichuan, China.
  • Phylogenetic analysis showed that SC2020-1 clustered with PRRSV type I but outside of the three previously described branches.
  • 中国の流産した子豚から豚繁殖・呼吸障害症候群ウイルス（PRSSV）が分離された
  • 系統解析からこの新しいウイルスはPRSSV１型に分類されるが、これまでに報告されているウイルスとは異なるグループになっているようだ。
2021-03-20
Detection and genetic characterization of porcine circovirus 4 (PCV4) in Guangxi, China
Gene. 2021 Mar 20;773:145384.doi: 10.1016/j.gene.2020.145384. Epub 2020 Dec 29.
Summarize
  • A novel porcine circovirus type 4 (PCV4) was identified in pigs with serious symptoms in China in 2019.
  • Three complete PCV4 genomes shared 36.9-73.8% nucleotide similarity with other representative circovirus genomes in this study.
  • Phylogenetic analysis indicated that PCV4 was most closely related to bat-associated circovirus and mink circovirus.
  • 2019年新しい豚のサーコウイルス４型（PCV4）が重症豚で発見された。
  • 本研究でゲノムを決定したPCV4は他の型のサーコウイルスと36.9-73.8%の相同性であった。
  • 系統解析の結果からPCV4はコウモリやミンクのサーコウイルスと近縁であることが明らかになった。
2021-03-16
Identification of a novel Aichivirus D in sheep
Infect Genet Evol. 2021 Mar 17;91:104810.doi: 10.1016/j.meegid.2021.104810.
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  • A novel kobuvirus was found in diarrheal fecal samples of Tibetan sheep, which belongs to Aichivirus species D.
  • The novel Aichivirus D has unique amino acid substitutions in the VP0, VP3, and VP1, with a recombination event in the 2C region.
  • The novel Aichivirus D was detected in 9.2% of the sheep diarrheal fecal samples of the Qinghai Tibet Plateau in China.
  • 中国の羊の下痢検体から新規コブウイルスが発見された。このウイルスはアイチウイルスDに分類された。
  • この新しいアイチウイルスはこれまでのウイルスと比較してVP0, VP3, VP1領域にユニークなアミノ酸置換や2C領域に組み換えが起こっていた。
  • このウイルスは羊の下痢サンプルの9.2％から検出された。
2021-03-16
A novel gammapartitivirus from the entomopathogenic fungus Metarhizium brunneum
Arch Virol. 2021 Mar;166(3):977-981.doi: 10.1007/s00705-020-04939-2. Epub 2021 Jan 11.
Summarize
  • A novel partitivirus infecting Metarhizium brunneum, which was designated "Metarhizium brunneum partitivirus 2" (MbPV2).
  • Phylogenetic analysis showed that MbPV2 is a new member of the genus Gammapartitivirus, family Partitiviridae.
  • 昆虫病原性真菌から新しいパルティティウイルスが発見され、Metarhizium brunneum partitivirus 2" (MbPV2)と命名された。
  • 系統解析ではMbPV2はパルティティウイルス科のガンマパルティティウイルス属に属することが明らかになった。
2021-03-15
Discovery of novel herpes simplexviruses in wild gorillas, bonobos, and chimpanzees supports zoonotic origin of HSV-2
Mol Biol Evol. 2021 Mar 15;msab072.doi: 10.1093/molbev/msab072. Online ahead of print.
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  • Novel herpes simplexviruses were discovered from fecal samples in wild gorillas, bonobos, and chimpanzees.
  • The simplexviruses infecting African great apes subsequently experienced multiple cross-species transmission events over the past 3 million years.
  • This study suggests that HSV-2 is one of the earliest zoonotic pathogens.
  • 新しい単純ヘルペスウイルスがゴリラ、ボノボ、チンパンジーの糞便サンプルから発見された。
  • アフリカ大陸の大型類人猿に感染する単純ヘルペスウイルスは過去300万年にわたり複数の種間感染イベントを起こしている。
  • この研究は、HSV-2が最も初期の人獣共通感染症の病原体のひとつであることを示唆している。
2021-03-15
Discovery of novel herpes simplexviruses in wild gorillas, bonobos, and chimpanzees supports zoonotic origin of HSV-2
Mol Biol Evol. 2021 Jun 25;38(7):2818-2830.doi: 10.1093/molbev/msab072.
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  • Novel herpes simplexviruses was discovered during a large-scale screening of fecal samples from wild gorillas, bonobos, and chimpanzees.
  • Phylogenetic analysis indicates that simplexviruses from these African apes are all more closely related to Human herpes simplexvirus type 2 (HSV-2) than to type 1 (HSV-1).
  • Study findings revise our understanding of the origins of human herpes simplexviruses and suggest that HSV-2 is one of the earliest zoonotic pathogens.
  • 新たな単純ヘルペスウイルスが、野生のゴリラ、ボノボ、チンパンジーの糞のスクリーニングにより発見された。
  • この新たなウイルスが、ヒトの単純ヘルペスウイルス1型（HSV-1）よりも2型（HSV-2）に近いことが、系統発生解析により明らかになった。
  • 本研究結果は、ヒトの単純ヘルペスウイルスの起源に関する従来の理解を覆すとともに、HSV-2が最も早期の人獣共通病原体の一つであることを示唆するものである。
2021-03-12
Discovery of a Novel Flavivirus (Flaviviridae) From the Horse Fly, Tabanus rufidens (Diptera: Tabanidae): The Possible Coevolutionary Relationships Between the Classical Insect-Specific Flaviviruses and Host Dipteran Insects
J Med Entomol. 2021 Mar 12;58(2):880-890.doi: 10.1093/jme/tjaa193.
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  • Tabanid flies are common hematophagous insects known to transmit some pathogens mechanically /biologically to animals.
  • A novel flavivirus, Tabanus rufidens flavivirus (TrFV), was discovered in this study in the Japanese horse fly, Tabanus rufidens.
  • This novel virus is categorized classical insect-specific flaviviruses (cISFs)
  • アブは病原体を動物や機械的や生物学的に伝播させる吸血性昆虫である。
  • この論文では新しいフラビウイルス、Tabanus rufidens flavivirus (TrFV)をヤマトアブから発見した。
  • この新しいウイルスは昆虫に特有なフラビウイルスとして分類される。
2021-03-11
Identification of two novel hepatitis C virus subtype 2 from Tunisia (2v and 2w)
PLoS One. 2021 Mar 11;16(3):e0248249.doi: 10.1371/journal.pone.0248249. eCollection 2021.
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  • Hepatitis C virus (HCV) has eight genotypes and 90 subtypes.
  • Phylogenetic analysis of the full genome of Tunisian strains in this study shows two subtypes within HCV-2.
  • This study provides information of total number of HCV-2 subtypes from 21 to 23.
  • C型肝炎ウイルス（HCV）には８つの遺伝子型と90の亜型がある。
  • この研究でチュニジア人に感染しているHCVのゲノムを分析したところ、HCV-2の新しい２つの亜型であることが明らかになった。
  • この研究によりHCV-2の亜型は21個から23個になった。
2021-03-11
Genomic and biological characterization of a novel partitivirus infecting Fusarium equiseti
Virus Res. 2021 Mar 11;297:198386.doi: 10.1016/j.virusres.2021.198386. Online ahead of print.
Summarize
  • A novel mycovirus, Fusarium equiseti partitivirus 1 (FePV1), infecting a strain from the Fusarium incarnatum-equiseti species complex.
  • This novel virus has two dsRNA segments belonging to genus "Zetapartitivirus" in the family Partitiviridae.
  • The study of FePV1-free isogenic line of the fungal host indicated that FePV1 induces hypovirulence on its host.
  • 新しいマイコウイルス、Fusarium equiseti partitivirus 1 (FePV1)がフサリウム属菌から発見された。
  • この新しいウイルスは２つの２本鎖RNA分節を持ち、Partitiviridae（ウイルス科）のZetapartitivirus属に属する。
  • FePV1非感染の菌類を用いた実験から、FePV1は菌類に対して病原性が低いことが明らかになった。
2021-03-10
Diverse mosquito-specific flaviviruses in the Bolivian Amazon basin
J Gen Virol. 2021 Mar;102(3). doi: 10.1099/jgv.0.001518. Epub 2021 Jan 8.
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  • Three novel flavivirus species were identified by isolation and comprehensive genomic analyses of viruses in mosquitoes collected in Bolivia.
  • Psorophora flavivirus (PSFV) was isolated from Psorophora albigenu, Ochlerotatus scapularis flavivirus (OSFV) from Ochlerotatus scapularis, and Mansonia flavivirus (MAFV) from and Mansonia titillans.
  • The predicted amino acid sequence of the MAFV capsid protein is approximately two times longer than that of other known flaviviruses.
  • Our results indicate that flaviviruses with distinct features can be found at the Bolivian Amazon basin, a home to dense populations of human-biting mosquitoes.
  • 新規のフラビウイルス３種が、ボリビアの蚊から検出されたウイルスの網羅的ゲノム解析により発見された。
  • Psorophoraフラビウイルス (PSFV)はPsorophora albigenu蚊から、Ochlerotatus scapularisフラビウイルス(OSFV)はOchlerotatus scapularis蚊から、Mansoniaフラビウイルス(MAFV)はMansonia titillans蚊から検出された。
  • MAFVのカプシドタンパク質のアミノ酸配列は、既知のフラビウイルスのカプシドタンパク質のアミノ酸配列よりも、約2倍長いことが明らかになった。
  • 本研究により、人吸血嗜好性の蚊が繁殖するボリビアアマゾン盆地に、多様なフラビウイルスが存在し得ることが示唆された。
2021-03-10
Molecular and genomic characterization of a novel equine molluscum contagiosum-like virus
J Gen Virol. 2021 Mar;102(3):001357. doi: 10.1099/jgv.0.001357. Epub 2020 Jan 10.
Summarize
  • Cases of pox-like lesions in horses and donkeys have been associated with poxviruses belonging to different genera of the family Poxviridae, including orthopoxviruses vaccinia virus (VACV), horsepoxvirus (HPXV) and cowpoxvirus (CPXV), as well as a potentially novel parapoxvirus and molluscum contagiosum virus (MOCV).
  • This study presents the full-length genome sequence of an equine molluscum contagiosum-like virus (EMCLV) determined from skin biopsies of a horse with generalized papular dermatitis.
  • Phylogenetic analysis with all relevant representatives of the Poxviridae suggests that EMCLV should be nominated as a new species within the genus Molluscipoxvirus.
  • ウマおよびロバの皮膚病変を起こすポックスウイルスには、オルソポックスウイルス、ワクチニアウイルス (VACV)、馬痘ウイルス(HPXV) 、牛痘ウイルス (CPXV)に加え、新規と考えられるパラポックスウイルスおよび伝染性軟属腫ウイルス(MOCV)も含まれる。
  • 本研究では、ウマの汎発性丘疹性皮膚炎の検体を用いて、伝染性軟属腫ウイルス様のウイルス（EMCLV）の全ゲノムシーケンスを明らかにした。
  • ポックスウイルス科の代表的なウイルスの系統発生解析により、EMCLVがモラスキポックスウイルス属の新種として登録できることが示唆される。
2021-03-08
Discovery and genetic characterization of a novel orthonairovirus in Ixodes ricinus ticks from Danube Delta
Infect Genet Evol. 2021 Mar;88:104704.doi: 10.1016/j.meegid.2021.104704. Epub 2021 Jan 5.
Summarize
  • A novel orthonairovirus, Sulina virus, was discovered in Ixodes ricinus ticks by transcriptome sequencing of ticks.
  • Phylogenetic analysis indicated that the novel virus is in the Orthonairovirus genus as a new genogroup closely related to Tamdy orthonairovirus.
  • The Sulina virus is an orthonairovirus associated with the virome of Ixodes ricinus.
  • リシヌスマダニのトランスクリプトーム解析により新しいオルトナイロウイルス（Sulinaウイルス）が発見された。
  • 系統解析からこのウイルスはオルトナイロウイルス属のTamdyオルトナイロウイルスに近縁な新しい遺伝子型のウイルスであることが明らかになった。
  • Sulinaウイルスはリシヌスマダニに特有のウイルスである。
2021-03-07
Detection of novel reassortant H9N2 avian influenza viruses in wild birds in Jiangxi Province, China
Vet Med Sci. 2021 May;7(3):1042-1046.doi: 10.1002/vms3.391. Epub 2021 Mar 3.
Summarize
  • The five avian influenza A/H9N2 viruses were isolated from wild birds in Jiangxi, China in 2015
  • The viruses are novel reassortants which most likely evolved from multiple lineages.
  • High similarity with isolates from poultry indicates a frequent contact and continuous viral circulation at the bird-poultry interface.
  • 2015年に中国Jiangxiにおいて、野鳥から5種類の鳥インフルエンザA/H9N2ウイルスが検出された。
  • これらのウイルスは新規の再集合体ウイルスで、複数の系統から進化したと考えられる。
  • 養鶏場から検出されるウイルスと非常に類似していることから、野鳥
  • 家禽間での接触が頻繁に起こり、継続的にウイルスが循環していることが示唆される。
2021-03-06
Emerging of a novel natural recombinant fowl adenovirus in China
Transbound Emerg Dis. 2021 Mar;68(2):283-288.doi: 10.1111/tbed.13730. Epub 2020 Jul 28.
Summarize
  • A novel fowl adenovirus (FAdV), designated as AH720, with recombination among serotype FAdV-8a and FAdV-8b was isolated and characterized in China.
  • AH720 has the genome backbone from FAdV-8b and the fibre gene from FAdV-8a, according to full genome analysis.
  • An infection study found that, although AH720 was not lethal to chickens, it caused characteristic lesions of inclusion body hepatitis.
  • 新規の鶏アデノウイルス（AH720）が中国にて分離され、血清型FAdV-8aとFAdV-8b間の組換えによるものであることが判明した。
  • AH720がFAdV-8bのバックボーンとFAdV-8aのファイバーを持つことが、全ゲノム解析により明らかになった。
  • AH720は鶏にとって致死的ではないものの、肝炎に特徴的な病変を引き起こすことが、感染実験で確認された。
2021-03-06
Neoplasms and novel gammaherpesviruses in critically endangered captive European minks (Mustela lutreola)
Transbound Emerg Dis. 2021 Mar;68(2):552-564. doi: 10.1111/tbed.13713. Epub 2020 Jul 20.
Summarize
  • A pan-HV-PCR assay analyzed 141 samples of swabs, faeces and tissues from 23 European minks for herpesvirus.
  • Potentially novel, gammaherpesvirus species (Mustelid gammaherpesvirus-2 (MUGHV-2) and MuGHV-3) were identified in 12 samples from four animals (17.3%).
  • The pathological, ultrastructural and PCR findings (MuGHV-2) in the European mink with lymphoma strongly suggest a potential role for this novel gammaherpesvirus in its pathogenesis.
  • 23匹のヨーロッパミンクから採取した141のサンプル（ぬぐい液、糞、組織）をPCR解析し、ヘルペスウイルスを検出した。
  • 新規と考えられるガンマヘルペスウイルス2種（MuGHV-2およびMuGHV-3）が、4検体12サンプル（17.3%）から検出された。
  • ヨーロッパミンクのMuGHV-2の病理学
  • 超微細構造分析およびPCR解析結果は、この新規のガンマヘルペスウイルス（MuGHV-2）がリンパ腫形成に潜在的に関与している可能性を強く示唆するものである。
2021-03-03
Detection of a novel herpesvirus associated with squamous cell carcinoma in a free-ranging Blanding's turtle
J Vet Diagn Invest. 2021 Mar;33(2):348-351.doi: 10.1177/1040638721989302. Epub 2021 Jan 23.
Summarize
  • A novel herpesvirus (proposed name Emydoidea herpesvirus 2 [EBHV-2]) was identified in a squamous cell carcinoma (SCC) in an adult male Blanding's turtle (Emydoidea blandingii) by consensus herpesvirus PCR.
  • EBHV-2 shares 85% sequence homology with Terrapene herpesvirus 2 (TerHV-2), a herpesvirus linked to fibropapillomas in eastern box turtles (Terrapene carolina carolina).
  • Virus-associated SCCs have been rarely reported.
  • 新規のヘルペスウイルス（仮名：Emydoidea herpesvirus 2 [EBHV-2]）が、カメ（Emydoidea blandingii）雄成体中の口腔扁平上皮癌から、コンセンサス-ヘルペスウイルスPCRにより検出された。
  • この新規ウイルスは、他種のカメ（Terrapene carolina carolina）の線維乳頭腫に関連するTerrapene herpesvirus 2 (TerHV-2)との配列類似性が85％であった。
  • ウイルスが原因と考えられる口腔扁平上皮癌についての報告は稀である。
2021-03-02
Emergence and characterization of a putative novel human adenovirus recombinant HAdV-C104 causing pneumonia in Southern China
Virus Evol. 2021 Mar 2;7(1):veab018.doi: 10.1093/ve/veab018. eCollection 2021 Jan.
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  • A novel human adenovirus C recombinant genotype strain was isolated from one of the pneumonia patients in Southern China
  • Phylogenetic, recombination, and proteotyping analysis showed that this novel pathogen originated from the recombination of parental viruses harboring the HAdV-1 penton and hexon gene, and the HAdV-2 fiber gene.
  • It was named 'P1H1F2' and was assigned as HAdV-C104.
  • The HAdV-C104 infected patient was diagnosed with pneumonia and recovered after antiviral therapy.
  • 新規のヒトアデノウイルスC組換え遺伝子型が、中国南部の肺炎患者から検出された。
  • この新しい遺伝子型が、ヒトアデノウイルス1型ペントン
  • ヘキソン遺伝子及び2型ファイバー遺伝子の組み換えに由来することが、系統樹
  • 組換え解析等により明らかになった。
  • この遺伝子型はP1H1F2と名付けられ、ヒトアデノウイルス-C104に分類された。
  • ヒトアデノウイルス-C104に感染した患者は肺炎と診断され、抗ウイルス薬により回復した。
2021-02-27
Endogenization of a Prosimian Retrovirus during Lemur Evolution
Viruses. 2021 Feb 27;13(3):383.doi: 10.3390/v13030383.
Summarize
  • A novel endogenous retrovirus, prosimian retrovirus 1 (PSRV1), was discovered in the genome of a lemur, Coquerel's sifaka (Propithecus coquereli).
  • Molecular clock analysis estimated the time of endogenization within 4.56 MYA (± 2.4 MYA).
  • Phylogenetic analyses indicate that PSRV1 is a gamma-type betaretrovirus basal to the other primate betaretroviruses.
  • 新しい内在性レトロウイルス、原猿類レトロウイルス１（PSRV1）がキツネザルのゲノムから発見された。
  • 分子時計の解析から4.56MYA以内に内在化されたと考えられた。
  • 系統解析からこのウイルスは他の霊長類のベータレトロウイルスの祖先となることが示された。
2021-02-25
Virus Prospecting in Crickets-Discovery and Strain Divergence of a Novel Iflavirus in Wild and Cultivated Acheta domesticus Brassica campestris L. ssp. chinensis
Viruses. 2021 Feb 25;13(3):364.doi: 10.3390/v13030364.
Summarize
  • 1% of the fecal RNA and DNA from wild-caught Acheta domesticus consisted of viruses.
  • In this study, novel virus, Acheta domesticus Iflavirus (AdIV), was discovered.
  • The wild and commercial AdIV strains had short genome, which may indicate specific adaptation to their hosts' distinct rearing environments.
  • 野生のヨーロッパイエコオロギの糞便中から得られたRNAやDNAの１％がウイルス由来である。
  • この研究では、新しいウイルスのイエコオロギイフラウイルス（AdIV）が発見された。
  • 野生と餌用に販売されているコオロギのAdIVのゲノムは短く、宿主の異なる飼育環境への適応を示している可能性がある。
2021-02-25
Guapiaçu virus, a new insect-specific flavivirus isolated from two species of Aedes mosquitoes from Brazil
Sci Rep. 2021 Feb 25;11(1):4674.doi: 10.1038/s41598-021-83879-6.
Summarize
  • A novel putative dual host-related insect-specific flavivirus (dISFV), termed Guapiaçu virus (GUAPV), was discovered from Aedes mosquito in this study.
  • Authors detected viral GUAPV RNA in a plasma sample of an individual febrile in Brazil.
  • The 3'UTR secondary structures duplication and codon usage index were similar to pathogenic flavivirus.
  • 蚊とヒト（動物）の両方を宿主とする昆虫特有の新しいフラビウイルス、Guapiaçu virus (GUAPV)、をヤブカから発見した。
  • 著者らはブラジルの熱性疾患を呈した人の血漿サンプルからGUAPVを検出した。
  • 3’UTRの構造や翻訳コドンの使用方法が病原性フラビウイルスと似通っているという特徴がある。
2021-02-10
A novel dicistrovirus in a captive red squirrel ( Sciurus vulgaris)
J Gen Virol. 2021 Mar;102(3).doi: 10.1099/jgv.0.001555. Epub 2021 Feb 10.
Summarize
  • Dicistroviruses, which mainly infect to insects, have also been detected in both mammalian and avian species, but with unconfirmed pathology.
  • A novel dicistrovirus was discovered in the intestinal content of a captive red squirrel with enteritis.
  • From the result of phylogenetic analysis, it is suggested that this new virus is designated to a new genus of Distroviridae.
  • 昆虫に感染することが知られているジシストロウイルス（ピコルナウイルス目）は哺乳類や鳥類からも検出されているが、その病原性についてはわかっていない。
  • この研究では新しいジシストロウイルスが腸炎を呈するキタリスの小腸内容物から発見された。
  • 系統樹の解析から、この新しいウイルスはジシストロウイルス科の新しい属になると考えられる。
2021-02-09
Epidemiology and evolution of novel deltacoronaviruses in birds in central China
Transbound Emerg Dis. 2021 Feb 9;10.1111/tbed.14029.doi: 10.1111/tbed.14029. Online ahead of print.
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  • Four novel deltacoronavirus stains (HNU1-1, HNU1-2, HNU2 and HNU3) were discovered from common magpies in China.
  • Frequent recombination events of the S genes occurred among these deltacoronavirus strains.
  • South coast of China might be a potential origin of bird deltacoronaviruses existing in inland China.
  • 中国のカササギから４つの新しいデルタコロナウイルス（HNU1-1, HNU-1-2, HNU2, HNU3）が発見された。
  • これらのデルタコロナウイルスの中でS蛋白質の組換えが頻繁に起こっていることが明らかになった。
  • 中国の南海岸は中国の島に存在しているデルタコロナウイルスの祖先を生んだのかもしれない。
2021-02-06
Characterizing and Evaluating the Zoonotic Potential of Novel Viruses Discovered in Vampire Bats
Viruses. 2021 Feb 6;13(2):252.doi: 10.3390/v13020252.
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  • This study demonstrated a case study using both phylogenetics and machine learning models to initially assess viruses detected in vampire bats, a wildlife species in close and frequent contact with humans and domestic animals.
  • GCB analyses of novel vampire bat viruses in the families Hepeviridae, Coronaviridae, Reoviridae, Astroviridae and Picornaviridae indicated most of these novel viruses are medium to low priority for further research.
  • Although one Hepevirus and two Picornaviruses ranked above all other novel taxa discovered in terms of their importance for future research and monitoring, authors also recommend maintaining research and surveillance efforts on rabies virus.
  • この研究では系統解析と機械学習モデルを使用してヒトや家畜と密接・頻繁に接触する野生動物であるコウモリ（ナミチスイコウモリ）から検出されたウイルスを評価するケーススタディーである。
  • その結果、新規ナミチスイコウモリウイルスのうち、へぺウイルス、コロナウイルス、レオウイルス、アストロウイルス、ピコルナウイルス科のウイルスはさらに研究する優先度が低いことが示された。
  • １つのへぺウイルスと２つのピコルナウイルスは他の新規ウイルスよりも優先度が高いことが示されましたが、この研究の著者らは狂犬病ウイルスの研究と監視を維持することが重要であるといっている。
2021-01-16
Complete genome analysis of a novel iflavirus from a leaf beetle, Aulacophora lewisii
Arch Virol. 2021 Jan;166(1):309-312.doi: 10.1007/s00705-020-04859-1. Epub 2020 Oct 27.
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  • In this study, the complete genome sequence of a novel virus discovered from leaf beetle Aulacophora lewisii was determined.
  • The novel virus belongs to the genus Iflavirus, family Iflaviridae, was named "Aulacophora lewisii iflavirus 1" (ALIV1).
  • ALIV1 is most similar to that of Brevicoryne brassicae picorna-like virus.
  • ヒメクロウリハムシから新しいウイルスが発見され、全ゲノム塩基配列が決定された。
  • このウイルスはイフラウイルス科、イフラウイルス属に属し、ヒメクロウリハムシイフラウイルス１（ALIV1）と名付けられました。
  • ALIV1はダイコンハムシピコルナ類似ウイルスに最も近縁なウイルスであることがわかった。
2021-01-06
Genomic analyses of Biston suppressaria nucleopolyhedrovirus: a viral isolate obtained from the tea looper caterpillar, Biston suppressaria (Guenée, 1857)
Braz J Microbiol. 2021 Mar;52(1):219-227.doi: 10.1007/s42770-020-00402-1. Epub 2021 Jan 6.
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  • A novel baculovirus, CNPSo-25, was discovered from tea looper caterpillar, Buzura suppressaria.
  • 新しいバキュロウイルス（CNPSo-25）が尺取虫の一種から発見された。
2021-01-06
Multiple Types of Novel Enteric Bopiviruses ( Picornaviridae) with the Possibility of Interspecies Transmission Identified from Cloven-Hoofed Domestic Livestock (Ovine, Caprine and Bovine) in Hungary
Viruses. 2021 Jan 6;13(1):66.doi: 10.3390/v13010066.
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  • Bopivirus of Picornaviridae contains a single uncharacterised sequence (bopivirus A1) with very limited background information.
  • Three novel picornaviruses provisionally called ovipi-, gopi- and bopivirus/Hun from ovine, caprine and bovine respectively
  • Especially, ovipi- and gopivirus could belong to a novel species "Bopivirus B.
  • ピコルナウイルス科のボピウイルスにはひとつのウイルス（ボピウイルスA1）のみが知られていて、情報はほとんどない。
  • 新しい３つの関連ウイルス、羊からオビウイルス、山羊からゴピウイルス、牛からボピウイルスが発見された。
  • 特に、オビウイルスとゴピウイルスは新しいボピウイルスBに属すると考えられる。
2021-01-06
Genetic and Antigenetic Characterization of the Novel Kotalahti Bat Lyssavirus (KBLV)
Viruses. 2021 Jan 6;13(1):69.doi: 10.3390/v13010069.
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  • Novel Kotalahti bat lyssavirus (KBLV) was discovered from a dead Brandt's bat (Myotis brandtii), which was positive for rabies virus.
  • M. brandtii is likely the reservoir host of Rhabdoviruses.
  • Authors recommend KBLV as a novel species within the Lyssavirus genus.
  • 新しいリッサウイルス（Kotalahti bat lyssavirus; KBLV)が死亡したウスリホオヒゲコウモリ（ホオヒゲコウモリ属）から発見された。
  • ホオヒゲコウモリ属はラブドウイルスのレゼルボアになっている可能性がある。
  • 著者はらこの新しいウイルスがリッサウイルス属の新種であると考えている。
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2022-03-30
Identification and evolutionary analysis of papillomavirus sequences in New World monkeys (genera Sapajus and Alouatta) from Argentina
Arch Virol. 2022 May;167(5):1257-1268. doi: 10.1007/s00705-022-05420-y. Epub 2022 Mar 30.
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  • The occurrence of papillomavirus (PV) infection was investigated in non-human primates (NHPs) in northeastern Argentina.
  • Two novel putative PV sequences of the genus Gammapapillomavirus in Sapajus spp. and Alouatta caraya (SPV1 and AcPV1, respectively).
  • This study presents the first evidence of PV infection in platyrrhine species from Argentina, expands the range of described hosts for these viruses, and suggests new scenarios for their origin and dispersal.
  • アルゼンチン北東部に生息する、ヒト以外の霊長類のパピローマウイルス感染について調査した。
  • 新規ウイルスと考えられるガンマパピローマウイルスSPV1の感染がタカマキザルで、AcPV1の感染がクロホエザルで確認された。
  • 本研究により、アルゼンチンの広鼻猿類でのパピローマウイルス感染のエビデンスが得られ、パピローマウイルスの宿主生物種がより広範であることが判明し、本ウイルスの起源や分散に関する新しいシナリオを提案するに至った。
2022-03-18
Molecular typing of bovine papillomaviruses in Costa Rica
Vet Res Commun. 2022 Mar 18. doi: 10.1007/s11259-022-09918-3. Online ahead of print.
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  • This study aimed to investigate the presence and types of bovine papillomaviruses (BPVs) in cattle sampled in different areas of Costa Rica.
  • Seven bovine papillomavirus types (BPV1, BPV2, BPV4, BPV6, BPV7, BPV10, BPV11) and two putative novel viral variants (BPV-CR1 and BPV-CR2) were identified for the first time in Costa Rica.
  • BPV6 was the most frequently detected virus, BPV2 were the most widely distributed, and coinfections were recorded in two animals (BPV1 / 2 and BPV4 / 6).
  • 本研究は、コスタリカ国内各地の畜牛について、牛パピローマウイルス(BPVs)の感染とそのタイプについて調査した。
  • 牛パピローマウイルス7タイプ(BPV1、2、4、6、7、10、11)と、新規変異株と推定される2株(BPV-CR1、2)が、コスタリカで初めて同定された。
  • 最も頻繁に検出されたのがBPV6、最も広範囲に分布していたのがBPV2であり、2頭では同時感染(BPV1と2、BPV4と6)を確認した。
2022-01-23
Novel adenovirus associated with common tern (Sterna hirundo) chicks
Arch Virol. 2022 Feb;167(2):659-663.
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  • A novel adenovirus was identified in fecal samples from two common terns (Sterna hirundo) on Gull Island, Lake Ontario, Canada.
  • The novel virus was found to be most closely related to duck adenovirus 1, with the DNA polymerase sharing 58% amino acid sequence identity.
  • Phylogenetic analysis based on DNA polymerase protein sequences showed that the new virus forms a distinct sub-branch within the atadenovirus clade.
  • カナダ、オンタリオ湖のガル島で採集したアジサシ(Sterna hirundo)２羽の糞サンプルから、新規のアデノウイルスを分離した。
  • このウイルスは、アヒルアデノウイルス１と最も近縁であることが判明した（DNAポリメラーゼが58%のアミノ酸配列同一性を示した）。
  • DNAポリメラーゼタンパク質のシーケンスを系統分析し、この新規ウイルスがアデノウイルス群の中で独立したサブブランチを形成することが明らかになった。
2022-01-22
Isolation of a Novel Alphabaculovirus (Baculoviridae) from Automeris liberia (Cramer, 1780) (Lepidoptera: Saturniidae) in African Oil Palms in Brazil
Neotrop Entomol. 2022 Jan 12. doi: 10.1007/s13744-021-00940-9.
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  • In caterpillars of Automeris liberia with symptoms of viral infection collected from African oil palm plantations in Brazil, the presence of viral occlusion bodies containing multiple nucleocapsids was observed, which features are compatible with Alphabaculovirus (Baculoviridae).
  • Molecular detection by PCR with primers for polyhedrin gene and for late expression factor-8 gene confirmed that this isolate belonged to Alphabaculovirus genus.
  • This is the first record of a baculovirus isolated from or associated to Automeris.
  • ブラジルのギニアアブラヤシのプランテーションで採集された、ウイルス感染の症状を示すリベリアメダマヤアマユの幼虫に、複数のヌクレオチドカプシドを含むウイルス封入体が見られ、アルファバキュロウイルス（バキュロウイルス科）の特徴が認められた。
  • ポリヘドリン遺伝子およびウイルス後期遺伝子を発現させるための必須因子（late expression factor-8 gene）検出用のプライマーを用いたPCRにより、このウイルスがアルファバキュロウイルス属であることが判明した。
  • これは、メダマヤママユ属からバキュロウイルスが分離された、あるいは関連が認められた、初めての記録である。
2022-01-21
Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker ( Larimichthys crocea) in China
Viruses. 2022 Jan 21;14(2):208. doi: 10.3390/v14020208.
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  • A novel iridovirus, LYCIV-ZS-2020, was isolated from cage-cultured large yellow croaker farms in Zhoushan island, China.
  • Genome sequencing and subsequent phylogenetic analyses showed that LYCIV-ZS-2020 belongs to the genus Megalocytivirus and is closely related to the Pompano iridoviruses isolated in the Dominican Republic.
  • Results of an artificial infection trial proved the virus’ pathogenicity in large yellow croaker.
  • 中国舟山島の養魚場でケージ飼育されていたフウセイから、新規のイリドウイルスLYCIV-ZS-2020を分離した。
  • ゲノムシーケンスと系統発生分析から、この新規イリドウイルスがメガロサイティウイルス属であり、ドミニカ共和国で分離されたコバンアジのイリドウイルスの近縁種であることが判明した。
  • 感染実験の結果、この新規ウイルスがフウセイに対して病原性を持つことが確認できた。
2021-12-24
Complete Genome Sequence, Molecular Characterization and Phylogenetic Relationships of a Novel Tern Atadenovirus
Microorganisms. 2021 Dec 24;10(1):31. doi: 10.3390/microorganisms10010031.
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  • The first complete genome sequence of atadenovirus from a tern bird (common tern, Sterna hirundo) was characterized and preliminarily named tern atadenovirus 1 (TeAdV-1).
  • The nucleotide composition of the genome is characterized by a low G + C content (33.86%), which is the most AT-rich genome of known avian adenoviruses within Atadenovirus genus.
  • The nucleotide sequence of the TeAdV-1 genome shows high divergence compared to known representatives of the Atadenovirus genus with the highest similarity to the duck atadenovirus 1 (53.7%).
  • アジサシ（Sterna hirundo）のアタデノウイルスの全ゲノムシーケンスを初めて解明し、アタデノウイルス１（TeAdV-1）と仮名をつけた。
  • TeAdV-1ゲノムのヌクレオチドのGC含量（33.86%）は低く、アタデノウイルス属の既知の鶏アタデノウイルスの中で、最もATリッチなゲノムであった。
  • このゲノムのヌクレオチド配列は、アタデノウイルス属の典型的なものとはかなり異なり、最も近いものはアヒルアタデノウイルス１であった（53.7%）
2021-12-15
Natural Coinfection between Novel Species of Baculoviruses in Spodoptera ornithogalli Larvae
Viruses. 2021 Dec 15;13(12):2520. doi: 10.3390/v13122520.
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  • Two baculoviruses affecting Spodoptera ornithogalli (Guenée) (Lepidoptera: Noctuidae) were isolated in Colombia.
  • Ultrastructural, molecular, and biological characterization showed that both are novel species in Baculoviridae, named as Spodoptera ornithogalli nucleopolyhedrovirus (SporNPV) and Spodoptera ornithogalli granulovirus (SporGV).
  • Both viruses are individually infective but coexist in nature, producing mixed infections with a synergistic effect that improves the performance of the NPV and enables the transmission of the GV.
  • アメリカハスモンヨトウに感染する2種のバキュロウイルスを、コロンビアで分離した。
  • 超構造的、分子的、生物的特性の解析から、2種ともバキュロウイルス科の新規ウイルスであることが明らかになり、SporNPV (Spodoptera ornithogalli nucleopolyhedrovirus)およびSporGV (Spodoptera ornithogalli granulovirus)と名付けられた。
  • 2種ともに個別に感染し得るが、自然界に共生し共感染することで相乗効果を引き起こし、NPVの感染力を高めたり、GVの感染を可能にしたりすることが判明した。
2021-08-05
Full-genome characterization of a novel Felis catus papillomavirus 4 subtype identified in a cutaneous squamous cell carcinoma of a domestic cat
Virus Genes. 2021 Aug;57(4):380-384. doi: 10.1007/s11262-021-01843-y. Epub 2021 May 26.
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  • Two full-genome sequences of Felis catus papillomavirus type 4 (FcaPV4) identified in squamous cell carcinoma (SCC) of two domestic cats were analyzed by PCR and sequencing.
  • The L1 nucleotide sequence homology showed 95.70% sequence identity to the reference FcaPV4, suggesting that this isolate should be classified as a subtype.
  • Expression of E6 and E7 mRNA was detected in both cases, suggesting that FcaPV4 contributes to the development of SCC.
  • 2匹の猫の扁平上皮癌から分離した、Felis catusパピローマウイルス タイプ４（FcaPV4）の全ゲノムシーケンス２つを、PCRとシーケンシングにより解析した。
  • 一方のL1ヌクレオチドシーケンスが、レファレンスのFcaPV4と95.70%の同一性を示したことから、サブタイプであることが示唆される。
  • E6、E7ｍRNAの発現が両方で見られることから、FcaPV4が扁平上皮癌の進行に関与していることが示唆される。
2021-07-29
Isolation of a novel adomavirus from cultured American eels, Anguilla rostrata, with haemorrhagic gill necrosis disease
J Fish Dis. 2021 Nov;44(11):1811-1818.doi: 10.1111/jfd.13500. Epub 2021 Jul 29.
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  • A novel American eel adomavirus (AEAdoV) was isolated from the diseased American eels (Anguilla rostrate) with signs of haemorrhagic gill necrosis using the eel ovary cell line (EO).
  • The virus proliferated in the EO cells with a maximum TCID50 /ml of 106.29 ± 0.23 at 6 days post-infection.
  • PCR assays showed that AEAdoV shared high similarities with Anguilla marmorata adomavirus (MEAdoV).
  • The study results suggested that AEAdoV exhibited a latent infection in A. rostrata.
  • ウイルス性血管内皮壊死の症状を示すアメリカウナギ（Anguilla rostrate）から、新規のアメリカウナギアドマウイルス（AEAdoV）が、ウナギ由来EO細胞を用いて分離された。
  • AEAdoVはEO細胞内で増殖し、感染後6日に最大で106.29 ± 0.23TCID50 /mlの値を示した。
  • PCRアッセイにより、AEAdoVとオオウナギアドマウイルス（MEAdoV）間の高い類似性が確認できた。
  • 本研究により、アメリカウナギの血管内皮壊死がAEAdoVに起因することが示唆された。
2021-07-23
Genomic characterisation of a novel avipoxvirus, magpiepox virus 2, from an Australian magpie (Gymnorhina tibicen terraereginae)
Virology. 2021 Oct;562:121-127. doi: 10.1016/j.virol.2021.07.010. Epub 2021 Jul 23.
Summarize
  • The majority of avipoxviruses in wild birds remain uncharacterised and their genetic variability is unclear.
  • A novel avipoxvirus, magpiepox virus 2 (MPPV2), which was isolated in 1956 from an Australian black-backed magpie, was fully sequenced.
  • Phylogenetic analyses showed that the novel MPPV2 was most closely related to other avipoxviruses isolated from passerine and shearwater bird species, and demonstrated a sequence similarity (95.0%) with MPPV.
  • トリポックスウイルスの殆どは未だ同定されていず、その遺伝的多様性についても解明されていない。
  • 1956年にオーストラリアカササギフエガラスから分離された、新規のトリポックスウイルスであるmagpiepoxウイルス（MPPV2）の全ゲノム配列を解読した。
  • この新規のMPPV2が、スズメ目やミズナギドリ科の鳥類から分類されたトリポックスウイルスに最も近く、MPPVのゲノム配列と95.0%の類似性があることが、系統解析により確認された。
2021-07-23
Genomic characterisation of a novel avipoxvirus, magpiepox virus 2, from an Australian magpie (Gymnorhina tibicen terraereginae)
Virology. 2021 Oct;562:121-127. doi: 10.1016/j.virol.2021.07.010. Epub 2021 Jul 23.
Summarize
  • The majority of avipoxviruses in wild birds remain uncharacterised and their genetic variability is unclear.
  • A novel avipoxvirus, magpiepox virus 2 (MPPV2), which was isolated in 1956 from an Australian black-backed magpie, was fully sequenced.
  • Phylogenetic analyses showed that the novel MPPV2 was most closely related to other avipoxviruses isolated from passerine and shearwater bird species, and demonstrated a sequence similarity (95.0%) with MPPV.
  • トリポックスウイルスの殆どは未だ同定されていず、その遺伝的多様性についても解明されていない。
  • 1956年にオーストラリアカササギフエガラスから分離された、新規のトリポックスウイルスであるmagpiepoxウイルス（MPPV2）の全ゲノム配列を解読した。
  • この新規のMPPV2が、スズメ目やミズナギドリ科の鳥類から分類されたトリポックスウイルスに最も近く、MPPVのゲノム配列と95.0%の類似性があることが、系統解析により確認された。
2021-05-07
A Novel Adenovirus Detected in Bering-Chukchi-Beaufort Seas Bowhead Whale (Balaena mysticetus): Epidemiologic Data and Phylogenetic Characterization
J Wildl Dis. 2021 May 7.doi: 10.7589/JWD-D-20-00151. Online ahead of print.
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  • A novel adenovirus, bowhead whale adenovirus, was discovered from Bering-Chukchi-Beaufort seas bowhead whales.
  • The clinical impact is unclear, since no histopathologic evidence of adenovirus-associated disease was found.
  • 新しいアデノウイルスがホッキョククジラから発見された（ホッキョククジラアデノウイルス）。
  • このウイルスの病原性はまだわかっていない。
2021-04-30
Identification of a Novel Papillomavirus Type (MfoiPV1) Associated with Acrochordon in a Stone Marten ( Martes foina)
Pathogens. 2021 Apr 30;10(5):539.doi: 10.3390/pathogens10050539.
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  • There is limited knowledge about Papillomavirus (PVs) in wildlife.
  • The papillomavirus PCR performed on the skin tumor sample of a Stone Marten was positive, and the complete PV genome was determined.
  • The PV is novel type belonging to the Dyonupapillomavirus genus (named MfoiPV1).
  • 野生動物におけるパピローマウイルスの感染状況はあまり研究されていない。
  • ムナジロテンの皮膚腫瘍サンプルについてパピローマウイルスのPCRを実施したところ陽性であったので、このウイルスの全ゲノム塩基配列を決定した。
  • このパピローマウイルスは新しいウイルスであり、MfoiPVと命名された。
2021-04-09
Circular DNA viruses identified in short-finned pilot whale and orca tissue samples
Virology. 2021 Jul;559:156-164.doi: 10.1016/j.virol.2021.04.004. Epub 2021 Apr 19.
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  • A novel polyomavirus (Polyomaviridae), three cressdnaviruses, and two genomoviruses (Genomoviridae) were identified from orca tissue samples (muscle, kidney, and liver).
  • The orca polyomavirus identified in this study is not closely related to the only other dolphin polyomavirus previously discovered.
  • The presence of unclassified cressdnavirus within two samples (muscle and kidney) of the same animal supports the possibility these viruses might be widespread within the animal.
  • 新規のポリオーマウイルス1種、クレスドナウイルス3種、ジェノモウイルス2種が、シャチの組織（筋肉、腎臓、肝臓）から分離された。
  • 本研究で分離したシャチのポリオーマウイルスは、過去にイルカから発見された唯一のポリオーマウイルスとは異なるものであることが確認できた。
  • 未分類のクレスドナウイルスが同一個体の２つのサンプル（筋肉と腎臓）で検出されたことから、このウイルスがシャチ属に広く感染していることが示唆される。
2021-04-05
Novel herpesvirus discovered in walrus liver
Virus Genes. 2021 Apr;57(2):228-232.doi: 10.1007/s11262-021-01825-0. Epub 2021 Feb 9.
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  • A walrus fed with animal formula died in an aquarium in Japan.
  • Autopsy revealed multiple necrosis of the liver and adrenal glands.
  • Electron microscopy of the liver tissue revealed Herpesvirus-like particles with a tegument structure.
  • We named this novel herpesvirus walrus alphaherpesvirus 1 (WaHV-1) based on partial genome sequences from high-throughput sequencing.
  • Phylogenetic analysis revealed that WaHV-1 was closely related to Phocid herpesvirus 1 (PhHV-1), which has caused outbreaks in harbor seals.
  • 人工乳で育てられた日本の水族館のセイウチが11カ月令で死亡した。、剖検により肝臓と副腎の複数の壊死が明らかになった。
  • 肝臓組織の電子顕微鏡検査により、ヘルペスウイルスに特徴的なテグメント構造を持つ粒子が確認された。
  • 次世代シークエンサーによって明らかにされた部分的なゲノム配列に基づいて、この新しいウイルスはセイウチアルファヘルペスウイルス1（WaHV-1）と名付けられた。
  • 系統発生分析により、WaHV-1はゼニガタアザラシでアウトブレイクを引き起こしたアザラシヘルペスウイルス1（PhHV-1）と密接に関連していることが明らかになった。
2021-04-02
Genomic Analysis of Novel Poxvirus Brazilian Porcupinepox Virus, Brazil, 2019
Emerg Infect Dis. 2021 Apr;27(4):1177-1180. doi: 10.3201/eid2704.203818.
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  • Novel poxvirus (Brazilian porcupinepox virus) was discovered from wild porcupine in Brazil.
  • There may be a zoonotic potential by this virus, but remaining to be investigated.
  • 野生のヤマアラシから新規ポックスウイルスが発見された。
  • このウイルスの人獣共通感染症としての可能性を探る必要がある。
2021-04-01
Discovery of a phylogenetically distinct poxvirus in diseased Crocodilurus amazonicus (family Teiidae)
Arch Virol. 2021 Apr;166(4):1183-1191.doi: 10.1007/s00705-021-04975-6. Epub 2021 Feb 12.
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  • A novel poxvirus was discovered in Crocodilurus amazonicus, which is close to avian poxvirus (avipoxviruses).
  • トカゲから新しいポックスウイルスが発見された。このウイルスは鳥のポックスウイルスと近縁であった。
2021-03-15
Discovery of novel herpes simplexviruses in wild gorillas, bonobos, and chimpanzees supports zoonotic origin of HSV-2
Mol Biol Evol. 2021 Mar 15;msab072.doi: 10.1093/molbev/msab072. Online ahead of print.
Summarize
  • Novel herpes simplexviruses were discovered from fecal samples in wild gorillas, bonobos, and chimpanzees.
  • The simplexviruses infecting African great apes subsequently experienced multiple cross-species transmission events over the past 3 million years.
  • This study suggests that HSV-2 is one of the earliest zoonotic pathogens.
  • 新しい単純ヘルペスウイルスがゴリラ、ボノボ、チンパンジーの糞便サンプルから発見された。
  • アフリカ大陸の大型類人猿に感染する単純ヘルペスウイルスは過去300万年にわたり複数の種間感染イベントを起こしている。
  • この研究は、HSV-2が最も初期の人獣共通感染症の病原体のひとつであることを示唆している。
2021-03-15
Discovery of novel herpes simplexviruses in wild gorillas, bonobos, and chimpanzees supports zoonotic origin of HSV-2
Mol Biol Evol. 2021 Jun 25;38(7):2818-2830.doi: 10.1093/molbev/msab072.
Summarize
  • Novel herpes simplexviruses was discovered during a large-scale screening of fecal samples from wild gorillas, bonobos, and chimpanzees.
  • Phylogenetic analysis indicates that simplexviruses from these African apes are all more closely related to Human herpes simplexvirus type 2 (HSV-2) than to type 1 (HSV-1).
  • Study findings revise our understanding of the origins of human herpes simplexviruses and suggest that HSV-2 is one of the earliest zoonotic pathogens.
  • 新たな単純ヘルペスウイルスが、野生のゴリラ、ボノボ、チンパンジーの糞のスクリーニングにより発見された。
  • この新たなウイルスが、ヒトの単純ヘルペスウイルス1型（HSV-1）よりも2型（HSV-2）に近いことが、系統発生解析により明らかになった。
  • 本研究結果は、ヒトの単純ヘルペスウイルスの起源に関する従来の理解を覆すとともに、HSV-2が最も早期の人獣共通病原体の一つであることを示唆するものである。
2021-03-10
Molecular and genomic characterization of a novel equine molluscum contagiosum-like virus
J Gen Virol. 2021 Mar;102(3):001357. doi: 10.1099/jgv.0.001357. Epub 2020 Jan 10.
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  • Cases of pox-like lesions in horses and donkeys have been associated with poxviruses belonging to different genera of the family Poxviridae, including orthopoxviruses vaccinia virus (VACV), horsepoxvirus (HPXV) and cowpoxvirus (CPXV), as well as a potentially novel parapoxvirus and molluscum contagiosum virus (MOCV).
  • This study presents the full-length genome sequence of an equine molluscum contagiosum-like virus (EMCLV) determined from skin biopsies of a horse with generalized papular dermatitis.
  • Phylogenetic analysis with all relevant representatives of the Poxviridae suggests that EMCLV should be nominated as a new species within the genus Molluscipoxvirus.
  • ウマおよびロバの皮膚病変を起こすポックスウイルスには、オルソポックスウイルス、ワクチニアウイルス (VACV)、馬痘ウイルス(HPXV) 、牛痘ウイルス (CPXV)に加え、新規と考えられるパラポックスウイルスおよび伝染性軟属腫ウイルス(MOCV)も含まれる。
  • 本研究では、ウマの汎発性丘疹性皮膚炎の検体を用いて、伝染性軟属腫ウイルス様のウイルス（EMCLV）の全ゲノムシーケンスを明らかにした。
  • ポックスウイルス科の代表的なウイルスの系統発生解析により、EMCLVがモラスキポックスウイルス属の新種として登録できることが示唆される。
2021-03-06
Emerging of a novel natural recombinant fowl adenovirus in China
Transbound Emerg Dis. 2021 Mar;68(2):283-288.doi: 10.1111/tbed.13730. Epub 2020 Jul 28.
Summarize
  • A novel fowl adenovirus (FAdV), designated as AH720, with recombination among serotype FAdV-8a and FAdV-8b was isolated and characterized in China.
  • AH720 has the genome backbone from FAdV-8b and the fibre gene from FAdV-8a, according to full genome analysis.
  • An infection study found that, although AH720 was not lethal to chickens, it caused characteristic lesions of inclusion body hepatitis.
  • 新規の鶏アデノウイルス（AH720）が中国にて分離され、血清型FAdV-8aとFAdV-8b間の組換えによるものであることが判明した。
  • AH720がFAdV-8bのバックボーンとFAdV-8aのファイバーを持つことが、全ゲノム解析により明らかになった。
  • AH720は鶏にとって致死的ではないものの、肝炎に特徴的な病変を引き起こすことが、感染実験で確認された。
2021-03-06
Neoplasms and novel gammaherpesviruses in critically endangered captive European minks (Mustela lutreola)
Transbound Emerg Dis. 2021 Mar;68(2):552-564. doi: 10.1111/tbed.13713. Epub 2020 Jul 20.
Summarize
  • A pan-HV-PCR assay analyzed 141 samples of swabs, faeces and tissues from 23 European minks for herpesvirus.
  • Potentially novel, gammaherpesvirus species (Mustelid gammaherpesvirus-2 (MUGHV-2) and MuGHV-3) were identified in 12 samples from four animals (17.3%).
  • The pathological, ultrastructural and PCR findings (MuGHV-2) in the European mink with lymphoma strongly suggest a potential role for this novel gammaherpesvirus in its pathogenesis.
  • 23匹のヨーロッパミンクから採取した141のサンプル（ぬぐい液、糞、組織）をPCR解析し、ヘルペスウイルスを検出した。
  • 新規と考えられるガンマヘルペスウイルス2種（MuGHV-2およびMuGHV-3）が、4検体12サンプル（17.3%）から検出された。
  • ヨーロッパミンクのMuGHV-2の病理学
  • 超微細構造分析およびPCR解析結果は、この新規のガンマヘルペスウイルス（MuGHV-2）がリンパ腫形成に潜在的に関与している可能性を強く示唆するものである。
2021-03-03
Detection of a novel herpesvirus associated with squamous cell carcinoma in a free-ranging Blanding's turtle
J Vet Diagn Invest. 2021 Mar;33(2):348-351.doi: 10.1177/1040638721989302. Epub 2021 Jan 23.
Summarize
  • A novel herpesvirus (proposed name Emydoidea herpesvirus 2 [EBHV-2]) was identified in a squamous cell carcinoma (SCC) in an adult male Blanding's turtle (Emydoidea blandingii) by consensus herpesvirus PCR.
  • EBHV-2 shares 85% sequence homology with Terrapene herpesvirus 2 (TerHV-2), a herpesvirus linked to fibropapillomas in eastern box turtles (Terrapene carolina carolina).
  • Virus-associated SCCs have been rarely reported.
  • 新規のヘルペスウイルス（仮名：Emydoidea herpesvirus 2 [EBHV-2]）が、カメ（Emydoidea blandingii）雄成体中の口腔扁平上皮癌から、コンセンサス-ヘルペスウイルスPCRにより検出された。
  • この新規ウイルスは、他種のカメ（Terrapene carolina carolina）の線維乳頭腫に関連するTerrapene herpesvirus 2 (TerHV-2)との配列類似性が85％であった。
  • ウイルスが原因と考えられる口腔扁平上皮癌についての報告は稀である。
2021-03-02
Emergence and characterization of a putative novel human adenovirus recombinant HAdV-C104 causing pneumonia in Southern China
Virus Evol. 2021 Mar 2;7(1):veab018.doi: 10.1093/ve/veab018. eCollection 2021 Jan.
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  • A novel human adenovirus C recombinant genotype strain was isolated from one of the pneumonia patients in Southern China
  • Phylogenetic, recombination, and proteotyping analysis showed that this novel pathogen originated from the recombination of parental viruses harboring the HAdV-1 penton and hexon gene, and the HAdV-2 fiber gene.
  • It was named 'P1H1F2' and was assigned as HAdV-C104.
  • The HAdV-C104 infected patient was diagnosed with pneumonia and recovered after antiviral therapy.
  • 新規のヒトアデノウイルスC組換え遺伝子型が、中国南部の肺炎患者から検出された。
  • この新しい遺伝子型が、ヒトアデノウイルス1型ペントン
  • ヘキソン遺伝子及び2型ファイバー遺伝子の組み換えに由来することが、系統樹
  • 組換え解析等により明らかになった。
  • この遺伝子型はP1H1F2と名付けられ、ヒトアデノウイルス-C104に分類された。
  • ヒトアデノウイルス-C104に感染した患者は肺炎と診断され、抗ウイルス薬により回復した。
2021-01-06
Genomic analyses of Biston suppressaria nucleopolyhedrovirus: a viral isolate obtained from the tea looper caterpillar, Biston suppressaria (Guenée, 1857)
Braz J Microbiol. 2021 Mar;52(1):219-227.doi: 10.1007/s42770-020-00402-1. Epub 2021 Jan 6.
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  • A novel baculovirus, CNPSo-25, was discovered from tea looper caterpillar, Buzura suppressaria.
  • 新しいバキュロウイルス（CNPSo-25）が尺取虫の一種から発見された。
2022-03-07
First detection of the occurrence and study of the genetic diversity of novel putative kirkoviruses in donkey in China
Virus Genes. 2022 Apr;58(2):146-149. doi: 10.1007/s11262-022-01891-y. Epub 2022 Mar 7.
Summarize
  • The need for the establishment of a new family with the tentative name Kirkoviridae has been suggested.
  • In this research, the sequence of kirkovirus-like viruses have been detected by PCR in donkey excretes in China.
  • From three of the newly detected viruses, the full genomic sequence was determined, whereas from the other five only one gene, namely the replication-associated (Rep) protein was sequenced.
  • 過去の研究から、ウイルスの分類に新たな科Kirkoviridae（仮名）を作る必要性が示されてきた。
  • 本研究では、PCRにより中国のロバの排泄物からkirkovirus様のウイルスのシーケンスを検出した。
  • 新たに検出されたウイルス3種の全ゲノムシーケンスを解析し、他の5種のウイルスではRepタンパク質のシーケンスが明らかになった。
2022-03-03
Novel Circoviruses from Birds Share Common Evolutionary Roots with Fish Origin Circoviruses
Life (Basel). 2022 Mar 3;12(3):368. doi: 10.3390/life12030368.
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  • Two novel viruses were identified and characterized in specimens of a little bittern and a European bee-eater that suffered from wing injuries and had liver or kidney failures.
  • The genome of the new viruses showed 37.6% pairwise identity with each other, and implied evolutionary relationship among the ancestors of fish, human and Weddel seal circoviruses.
  • Based on the results the little bittern and European bee-eater circoviruses represent two distinct species of the Circovirus genus, Circoviridae family.
  • ヒメヨシゴイとヨーロッパハチクイ（羽に怪我および肝不全または腎不全あり）から新規ウイルス２種を同定し、特性を解析した。
  • 新規ウイルス2種の相同性は37.6%であり、魚類、ヒト、ウェッデルアザラシのサーコウイルスの祖先との進化的関係が示唆された。
  • 本研究結果から、この新規ウイルス2種がサーコウイルス科サーコウイルス属に属する異なるウイルスであることが判明した。
2021-12-31
Highly divergent herpesviruses in threatened river dolphins from Brazil
Sci Rep. 2021 Dec 31;11(1):24528. doi: 10.1038/s41598-021-04059-0.
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  • Presence of herpesviruses was surveyed by PCR in skin and/or blood samples of live-captured Amazon and Bolivian river dolphins of the Amazon basin and in selected tissue samples of franciscanas stranded or bycaught in southeastern Brazil.
  • All Amazon river dolphins were herpesvirus-negative. Two different herpesviruses were found in Bolivian river dolphins: a previously known gammaherpesvirus detected in blood and/or skin samples of all positive individuals and a novel alphaherpesvirus in the skin of one animal.
  • A new gammaherpesvirus was found in several franciscana samples-the first herpesvirus recorded in Pontoporiidae.
  • アマゾン川流域で捕獲されたアマゾンカワイルカとボリビアカワイルカの皮膚または血液サンプル、およびブラジル南東部で座礁または混獲されたフランシスカーナイルカの組織サンプルを用いて、ヘルペスウイルス感染の有無をPCRで調べた。
  • アマゾンカワイルカからはヘルペスウイルスは検出されなかったが、ボリビアカワイルカからは2種検出された。ガンマヘルペスウイルスはヘルペスウイルス陽性の個体全てから、新規のアルファヘルペスウイルスは１頭の皮膚から検出された。
  • 新規のガンマヘルペスウイルスが数頭のフランシスカーナイルカから検出され、ラプラタカワイルカ科では初のヘルペスウイルス検出となった。
2021-12-20
Viral metagenomics reveals two novel anelloviruses in feces of experimental rats
Virol J. 2021 Dec 20;18(1):252. doi: 10.1186/s12985-021-01723-9.
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  • This study aimed to discover possible anelloviruses from the virome in feces of experimental rats by viral metagenomic technique.
  • Complete genomic sequence of two novel anelloviruses were determined and fully characterized.
  • The prevalence of these two viruses was investigated by conventional PCR.
  • 本研究は実験用ラットの糞のサンプルに存在するヴァイロームをメタゲノム解析し、アネロウイルスを発見することを目的に行われた。
  • 2種の新規アネロウイルスを発見し、全ゲノムシーケンスを決定した。
  • 従来型PCRを用いて、この2種の新規ウイルスの検出状況を分析した。
2021-11-14
Identification and characterization of a novel bocaparvovirus in tufted deer (Elaphodus cephalophus) in China
Arch Virol. 2022 Jan;167(1):201-206. doi: 10.1007/s00705-021-05308-3. Epub 2021 Nov 14.
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  • By metagenomics and next-generation sequencing, a novel strain of bocaparvovirus was identified in the intestinal tract of tufted deer (Elaphodus cephalophus), tentatively named "Elaphodus cephalophus bocaparvovirus" (ECBOV).
  • A nearly complete genome sequence of 5,354 nucleotides was obtained, which had the typical genome organization and protein motifs of a bocaparvovirus.
  • Sequence comparisons and phylogenetic analysis revealed that ECBOV may be a new ungulate bocaparvovirus.
  • メタゲノム解析および次世代シーケンシングにより、ボカパルボウイルスの新規株がマエガミジカ（Elaphodus cephalophus）の腸管から分離され、"Elaphodus cephalophus bocaparvovirus" (ECBOV)と仮名がつけられた。
  • 5,354ヌクレオチドのほぼ全ゲノムシーケンスが得られ、ボカパルボウイルスの典型的なゲノム構成とタンパク質モチーフをもつことが判明した。
  • シーケンス比較と系統分析により、このECBOVが有蹄類の新規のボカパルボウイルスである可能性が示唆された。
2021-10-22
Virology. 2022 Jan 2;565:38-51. doi: 10.1016/j.virol.2021.10.004. Epub 2021 Oct 22.
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  • This study aimed to survey the diversity of single-stranded DNA viruses associated with South Island robins in a small, isolated population on Nukuwaiata Island.
  • A total of 108 DNA viruses, which belong to the Circoviridae, Genomoviridae, and Microviridae families, were identified from pooled fecal samples collected from 38 individual robins sampled.
  • This study greatly expanded the known viral diversity, and identified a novel group of viruses most closely related genomoviruses.
  • ニュージーランドNukuwaiata島に棲息する、隔離されたサウスアイランドロビンの個体群がもつ、一本鎖DNAウイルスの多様性について研究した。
  • サーコウイルス科、ジェノモウイルス科、ミクロウイルス科に属するDNAウイルス180種が、38個体の糞サンプルから検出された。
  • 本研究により既知のウイルスの多様性が明らかになり、ジェノモウイルス科に最も近い新規ウイルスも分離することができた。
2021-08-14
New Parvoviruses and Picornavirus in Tissues and Feces of Foals with Interstitial Pneumonia
Viruses. 2021 Aug 14;13(8):1612.doi: 10.3390/v13081612.
Summarize
  • Six foals with interstitial pneumonia of undetermined etiology from Southern California were analyzed by viral metagenomics.
  • The parvoviruses were classified as members of new ungulate protoparvovirus and bocaparvovirus species in the Parvoviridae family, and the picornavirus was classified as a new species in the Salivirus genus of the Picornaviridae family.
  • Detailed results of nested PCR and RT-PCR for spleen, lung, and colon content samples from each foal are described in this article.
  • 病因が特定できない間質性肺炎の症状を示す、南カリフォルニアの6頭の子馬について、ウイルスのメタゲノム解析を行った。
  • パルボウイルスはパルボウイルス科の新規のungulateプロトパルボウイルス及びボカパルボウイルスに分類され、ピコルナウイルスはピコルナウイルス科サリウイルス属の新種として分類された。
  • Nested PCRとRT-PCR法により、各個体の脾臓、肺、結腸のサンプルを分析した結果の詳細を、本論文で報告している。
2021-08-09
Spleen and lung virome analysis of South American fur seals (Arctocephalus australis) collected on the southern Brazilian coast
Infect Genet Evol. 2021 Aug;92:104862. doi: 10.1016/j.meegid.2021.104862. Epub 2021 Apr 10.
Summarize
  • The viral diversity in organs of fur seals found deceased along the coast of southern Brazil, was evaluated by a metagenomic approach.
  • The lungs and spleens of 29 animals were collected, macerated individually, and sequenced using the Illumina MiSeq platform.
  • Nine putative new species of anellovirus and one putative new genus, named Nitorquevirus, were described.
  • ブラジル南部の海岸において、疾患を持つオットセイから組織を採取し、メタゲノム解析によりウイルスの多様性を分析した。
  • 29頭のオットセイの肺および脾臓から組織を解離し、イルミナのMiSeqプラットフォームによりシーケンス解析を行った。
  • 本論文では、新規と推定される9種のアネロウイルスおよびNitorquevirusと名付けた属について報告する。
2021-08-05
Identification and genomic characterization of emerging CRESS DNA viruses in thoroughbred horses in China
Virus Genes. 2021 Aug;57(4):390-394.doi: 10.1007/s11262-021-01845-w. Epub 2021 May 22.
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  • Multiple novel circular replication-associated protein (Rep)-encoding single stranded (CRESS) DNA viruses have been extensively identified in the feces of humans and animals.
  • Horse-CRESS DNA-like virus (HCLV) in fecal samples from 10 imported thoroughbred horses was detected in the customs quarantine station in North Xinjiang province, China.
  • The whole-genome sequences of four viruses (HCLV ALSK-3-4, ALSK-13-10, CJ-1-2, and CJ-13-1) was obtained.
  • HCLV probably entered Xinjiang province via the international trade of horses.
  • 複数の新規のCRESS-DNAウイルス（Repをコードする環状の一重鎖DNA(ssDNA)）が、ヒトや動物の糞便から広く検出されている。
  • 中国・北新疆ウイグル自治区の検疫所にて、輸入された10頭のサラブレッドの糞のサンプルから、HCLV（Horse-CRESS DNA-like virus）を検出した。
  • 本研究では、4種のHCLVウイルス（ALSK-3-4、ALSK-13-10、CJ-1-2及びCJ-13-1）の全ゲノムシーケンスを解析した。
  • 本研究結果より、HCLVは馬の国際取引を通して新疆ウイグル自治区に侵入したウイルスであると推測される。
2021-08-05
Identification and whole-genome characterization of a novel Porcine Circovirus 3 subtype b strain from swine populations in Vietnam
Virus Genes. 2021 Aug;57(4):385-389. doi: 10.1007/s11262-021-01844-x. Epub 2021 May 16.
Summarize
  • A novel porcine circovirus (PCV3) infection in aborted fetuses was identified in southern Vietnam and the full-length genome sequence of a PCV3 strain was reported.
  • Several specific mutated sites were found to be unique to this Vietnamese PCV3b strain, including I14M in the Rep protein and K139R, I150F, and P169T in the Cap protein.
  • The sequence data will help understand the molecular characteristics, genetic diversity, and evolutionary history of PCV3.
  • ベトナム南部の豚の流産胎子から新規の豚サーコウイルス３（PCV3）を分離し、全ゲノムシーケンスを解析した結果を報告する。
  • Repタンパク質のI14MやCapタンパク質のK139R、I150F、P169Tなど、ベトナムのPCV3ｂに特有な変異箇所が複数見つかった。
  • このシーケンスのデータは、PCV3の分子特性、遺伝子の多様性、進化について理解を深める一助となる。
2021-07-09
A novel anellovirus from hospitalized neonates
Arch Virol. 2021 Sep;166(9):2623-2625. doi: 10.1007/s00705-021-05155-2. Epub 2021 Jul 9.
Summarize
  • The complete genome sequence of a novel anellovirus (anel-ch-zj, GenBank no. MT157223) from nasopharynx secretion specimens from hospitalized neonates was determined, using viral metagenomics combined with conventional PCR.
  • Analysis of the deduced amino acid sequence of its ODF1 protein suggested that that anel-ch-zj represents a putative new genus within the family Anelloviridae.
  • PCR screening of 135 samples from 45 hospitalized neonates indicated that eight samples were positive for anel-ch-zj, while none of the 561 samples from hospitalized children 1-5 years old did not yield any positive results.
  • 入院中の新生児の鼻咽腔分泌物から得られた新規のアネロウイルス（anel-ch-zj, GenBank no. MT157223）の全ゲノム配列が、ウイルスメタゲノム解析および従来型のPCR解析により明らかとなった。
  • ODF1タンパク質の推定アミノ酸配列から、anel-ch-zjがアネロウイルス科の新しい属と推定される。
  • 入院中の新生児から得られた135サンプルをPCR解析したところ、8サンプルがanel-ch-zj陽性を示したが、入院中の1-5歳の乳幼児から得られた561サンプルの中で陽性を示したものは無かった。
2021-06-02
Genetic characterization and phylogenetic analysis of duck-derived waterfowl parvovirus in Anhui province, eastern China
Arch Virol. 2021 Jul;166(7):2011-2016.doi: 10.1007/s00705-021-05110-1. Epub 2021 Jun 2.
Summarize
  • A novel duck-origin goose parvovirus (N-GPV) causes short beak and dwarfism syndrome in ducks.
  • Complete genome sequencing identified that that classical goose parvovirus (C-GPV), Muscovy duck parvovirus (MDPV), and N-GPV infected different breeds of ducks and that potential recombination events were found.
  • These results revealed the diversity of duck-derived parvoviruses in Anhui province, eastern China.
  • 新型ガチョウパルボウイルス（N-GPV）は、アヒルの短い嘴と矮小化症候群を引き起こす。
  • 本研究の全ゲノムシーケンス解析により、ガチョウパルボウイルス（C-GPV）、マスコビーダックパルボウイルス(MDPV)、及び新型ガチョウパルボウイルス（N-GPV）が、アヒルに感染することが分かった。
  • 本研究により、中国東部Anhui州における、アヒル由来のパルボウイルスの多様性が明らかになった。
2021-05-22
Identification and genomic characterization of emerging CRESS DNA viruses in thoroughbred horses in China
Virus Genes. 2021 May 22.doi: 10.1007/s11262-021-01845-w. Online ahead of print.
Summarize
  • Circular replication-associated protein (Rep)-encoding single stranded (CRESS) DNA (named Horse-CRESS DNA-like virus, HCLV) was discovered in fecal samples of imported horses in China.
  • The genome sequences of novel viruses have 1700 to 2100 nucleotides (nt) and five major ORFs.
  • Phylogenetic analysis showed that the novel virus was grouped together with members in Kirkoviruses, not Circovirus and Cyclovirus.
  • 新しい環状DNAウイルスが中国の輸入馬（サラブレット）の糞便から発見された。
  • これらの新しいウイルスは1700から2100塩基長で、５つのORFを持っている。
  • 系統解析では、このウイルスはCircovirusやCyclovirusではなくKirkovirusの仲間であることが示された。
2021-04-09
Circular DNA viruses identified in short-finned pilot whale and orca tissue samples
Virology. 2021 Jul;559:156-164.doi: 10.1016/j.virol.2021.04.004. Epub 2021 Apr 19.
Summarize
  • A novel polyomavirus (Polyomaviridae), three cressdnaviruses, and two genomoviruses (Genomoviridae) were identified from orca tissue samples (muscle, kidney, and liver).
  • The orca polyomavirus identified in this study is not closely related to the only other dolphin polyomavirus previously discovered.
  • The presence of unclassified cressdnavirus within two samples (muscle and kidney) of the same animal supports the possibility these viruses might be widespread within the animal.
  • 新規のポリオーマウイルス1種、クレスドナウイルス3種、ジェノモウイルス2種が、シャチの組織（筋肉、腎臓、肝臓）から分離された。
  • 本研究で分離したシャチのポリオーマウイルスは、過去にイルカから発見された唯一のポリオーマウイルスとは異なるものであることが確認できた。
  • 未分類のクレスドナウイルスが同一個体の２つのサンプル（筋肉と腎臓）で検出されたことから、このウイルスがシャチ属に広く感染していることが示唆される。
2021-03-20
Detection and genetic characterization of porcine circovirus 4 (PCV4) in Guangxi, China
Gene. 2021 Mar 20;773:145384.doi: 10.1016/j.gene.2020.145384. Epub 2020 Dec 29.
Summarize
  • A novel porcine circovirus type 4 (PCV4) was identified in pigs with serious symptoms in China in 2019.
  • Three complete PCV4 genomes shared 36.9-73.8% nucleotide similarity with other representative circovirus genomes in this study.
  • Phylogenetic analysis indicated that PCV4 was most closely related to bat-associated circovirus and mink circovirus.
  • 2019年新しい豚のサーコウイルス４型（PCV4）が重症豚で発見された。
  • 本研究でゲノムを決定したPCV4は他の型のサーコウイルスと36.9-73.8%の相同性であった。
  • 系統解析の結果からPCV4はコウモリやミンクのサーコウイルスと近縁であることが明らかになった。
2022-03-08
Characterization of a New HIV-1 CRF01_AE/B Recombinant Virus Form Among Men Who Have Sex with Men in Baoding, Hebei, China
AIDS Res Hum Retroviruses. 2022 Mar;38(3):237-241. doi: 10.1089/AID.2021.0209.
Summarize
  • The near full-length genome (NFLG) of an HIV-1-positive sample (027A), a novel HIV-1 second-generation recombinant form, was analyzed.
  • The phylogenetic tree analysis suggested that the strain was close to circulation recombinant forms' (CRFs') reference sequences involved with CRF01_AE, but formed a distinct monophyletic cluster separately from them.
  • In recent years, a large number of recombinant originated from CRF01_AE and B strains are constantly emerging in MSM population in China.
  • 新規HIV-1第2世代組換え型（027A）のほぼ完全長のゲノムを解析した。
  • 系統解析により、この新規株はCRF01_AE関連の組換え流行株のシーケンスに近いものの、異なる単一クラスターを構成することが明らかになった。
  • 近年中国では、男性同性間性的接触者の間で、CRF01_AEおよびB株に由来する組換えが多数継続的に出現している。
2021-02-27
Endogenization of a Prosimian Retrovirus during Lemur Evolution
Viruses. 2021 Feb 27;13(3):383.doi: 10.3390/v13030383.
Summarize
  • A novel endogenous retrovirus, prosimian retrovirus 1 (PSRV1), was discovered in the genome of a lemur, Coquerel's sifaka (Propithecus coquereli).
  • Molecular clock analysis estimated the time of endogenization within 4.56 MYA (± 2.4 MYA).
  • Phylogenetic analyses indicate that PSRV1 is a gamma-type betaretrovirus basal to the other primate betaretroviruses.
  • 新しい内在性レトロウイルス、原猿類レトロウイルス１（PSRV1）がキツネザルのゲノムから発見された。
  • 分子時計の解析から4.56MYA以内に内在化されたと考えられた。
  • 系統解析からこのウイルスは他の霊長類のベータレトロウイルスの祖先となることが示された。
2022-04-16
Defining virus-carrier networks that shape the composition of the mosquito core virome of a local ecosystem
Virus Evol. 2022 Apr 16;8(1):veac036. doi: 10.1093/ve/veac036. eCollection 2022.
Summarize
  • The analysis of the viromes of 24 mosquito species collected in Eastern Macedonia and Thrace, Greece, resulted in the identification of 34 viruses, which included 15 novel viruses.
  • Using total RNA extraction and total RNA NGS, novel relationships between mosquito species and virus families were identified.
  • This study highlights the importance of using a holistic approach to investigating mosquito viromes in diverse ecosystems.
  • ギリシャの東部マケドニアおよびトラキアで採集した蚊24種から、15種の新規ウイルスを含む計34種のウイルスを同定した。
  • Total RNA抽出および次世代シーケンシングにより、蚊とウイルス間の新たな関係性が解明された。
  • 本研究は、多様な生態系において、包括的アプローチで蚊のウイルス叢を調査することの重要性を強調するものとなった。
2022-04-04
Complete sequence and genetic characterization of a novel insect-specific reovirus discovered from Laodelphax striatellus
Virology. 2022 May;570:117-122. doi: 10.1016/j.virol.2022.03.011. Epub 2022 Apr 4.
Summarize
  • A novel reovirus-like virus was identified in Laodelphax striatellus (Hemiptera: Delphacidae), and was named Laodelphax striatellus reovirus (LSRV).
  • LSRV was widely distributed in various tissues and highest expressed in adult heads.
  • Genomic characteristics and phylogenetic analysis suggested that LSRV was a new member of genus Fijivirus in the order Reovirales.
  • 新規のレオウイルス様のウイルスが、ヒメトビウンカ(Laodelphax striatellus）から分離、同定され、ヒメトビウンカレオウイルス (LSRV)と名付けられた。
  • LSRVは様々な組織に感染しており、特に成虫の頭部で最も多く確認された。
  • 遺伝的特性および系統分析から、LSRVはレオウイルス科フィジウイルス属に属する新規ウイルスであることが示唆される。
2022-02-24
Whole Genome Sequence Analysis of a Prototype Strain of the Novel Putative Rotavirus Species L.
Viruses. 2022 Feb 24;14(3):462.
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  • Rotaviruses putatively assigned to the novel rotavirus species K (RVK) and L (RVL) have been recently identified in common shrews (Sorex araneus).
  • The generated data on amino acid sequence identities, conserved NCRs and phylogenetic analysis suggest a grouping of strain KS14/0241 into a new rotavirus species designated as RVL.
  • Further sequence analyses indicate that RVL is related to the RVB-like class, which is also supported by phylogenetic data.
  • 新規のロタウイルスK(RVK)およびL(RVL)と推定されてきたウイルスを、トガリネズミから分離した。
  • アミノ酸配列の同一性、共通の非コーディング領域、系統解析の結果から、KS14/0241株をRVLに入れるべきことが示唆された。
  • シーケンス解析および系統解析から、RVLはRVBと近縁であることが示唆された。
2021-09-23
Orbiviruses in biting midges and mosquitoes from the Zambezi region, Namibia
J Gen Virol. 2021 Sep;102(9). doi: 10.1099/jgv.0.001662.
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  • For the first time in Namibia, Palyam virus (PALV) and Corriparta virus (CORV) were detected from biting midges (Culicoides sp.) and Culex sp. Mosquitoes, respectively.
  • Furthermore, a novel orbivirus, related to Kammavanpettai virus from India and Umatilla virus from North America, was discovered in biting midges (Culicoides sp.) and tentatively named Mudumu virus (MUMUV).
  • Complete genomes of PALV, CORV and MUMUV were sequenced and genetically characterized.
  • ナミビアで初めて、パリアムウイルス(PALV)をヌカカ（Culicoides sp）から、コリパルタウイルス(CORV)をイエカから検出した。
  • 更に、インドのKammavanpettaiウイルスおよび北アメリカのUmatillaウイルスと関連のある新規オルビウイルスをヌカカ（Culicoides sp）から発見し、暫定的にMudumuウイルス(MUMUV)と名付けられた。
  • 本研究ではPALV、CORV、MUMUVの全ゲノム配列を決定し、遺伝的特徴を分析した。
2021-09-22
Mammalian birnaviruses identified in pigs infected by classical swine fever virus
Virus Evol. 2021 Sep 22;7(2):veab084.
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  • The Birnaviridae family that contains four genera used to be found only from birds, fish, and insects.
  • Porcine birnavirus (PBRV), a novel birnavirus, was identified from classical swine fever virus-infected pigs by viral metagenomic analysis.
  • All results showed that PBRV represents a novel porcine virus species, which constitutes the first mammalian birnavirus taxon, thereby naming as Mambirnavirus genus is proposed.
  • これまでビルナウイルス科の4属すべては、鳥類、魚類、昆虫類だけから検出されていた。
  • 本研究では、メタゲノム解析により、新規のビルナウイルスであるブタビルナウイルス（PBRV）が、豚熱に感染した豚から同定された。
  • 本研究結果からPBRVが新規の豚ウイルス種であることが示され、初の哺乳類のビルナウイルスの同定であることから、Mambirnavirus属とすることが提案されている。
2021-09-16
Uncovering the genetic diversity within the Aedes notoscriptus virome and isolation of new viruses from this highly urbanised and invasive mosquito
Virus Evol. 2021 Sep 16;7(2):veab082. doi: 10.1093/ve/veab082. eCollection 2021.
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  • To assess the genetic diversity of live viruses in field populations of Ae. notoscriptus, female Ae. notoscriptus were used, which were collected across fifteen suburbs in Brisbane, Australia, between January 2018 and May 2019.
  • Nine virus isolates were recovered and characterised by metagenomic sequencing and phylogenetics.
  • Known viruses belonging to the genera Flavivirus, Orbivirus, Mesonivirus, and Nelorpivirus were identified together with two novel virus species, including a divergent Thogoto-like orthomyxovirus and an insect-specific flavivirus.
  • Ae. notoscriptus蚊のウイルスの遺伝的多様性を調べるため、2018年1月から2019年5月にオーストラリア ブリスベン郊外15か所で採集された雌のAe. notoscriptusを用いた。
  • メタゲノムシーケンス解析と系統解析により、9種のウイルスを同定した。
  • フラビウイルス属、オルビウイルス属、メソニウイルス属、Nelorpivirus属の既知のウイルスとともに、新規のウイルス2種（トゴトウイルス様のオルソミクソウイルスおよび昆虫に特異的なフラビウイルス）であった。
2021-08-09
Genomic sequences and pathogenic characteristics of two variant duck reoviruses associated with spleen necrosis
Infect Genet Evol. 2021 Aug;92:104847. doi: 10.1016/j.meegid.2021.104847. Epub 2021 Apr 3.
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  • Emerging variant novel duck reovirus (NDRV) strains that cause spleen swelling and necrosis have seriously threatened the waterfowl industry since 2017.
  • Complete genome sequences of two variant NDRV strains (SD19/6201 and SD19/6202) were acquired and their genetic and evolutionary relationship with other orthoreoviruses were analyzed in this study.
  • The SD19/6201 strain located in branch I with most of the Chinese NDRVs, while SD19/6202 was clustered in branch II with significantly different from the existing strains.
  • Within the branch I, the NDRVs isolated in 2017 and thereafter clustered in a new subgroup.
  • 2017年以来、脾腫や壊死の原因となる新規アヒルレオウイルス（NDRV）の変異株の出現が、水鳥関連産業に打撃を与えている。
  • 本研究では、2種の新規アヒルレオウイルス変異株（SD19/6201とSD19/6202）の全ゲノムシーケンスを解明し、他のオルソレオウイルスとの遺伝的・進化的関係を分析した。
  • SD19/6201が殆どの中国NDRVのブランチＩに見られる一方で、SD19/6202は既存のストレインとは異なるブランチIIに見られた。
  • ブランチIの中では、2017年以降に分離されたNDRVは新たな下位グループに見られた。
2021-07-12
Exploration of the Ixodes ricinus virosphere unveils an extensive virus diversity including novel coltiviruses and other reoviruses
Virus Evol. 2021 Jul 12;7(2):veab066.doi: 10.1093/ve/veab066. eCollection 2021.
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  • High-throughput sequencing of Belgian I. ricinus ticks collected from six different sites revealed the presence of many different viruses, including Mononegavirales, Bunyavirales, Partitiviridae, and Reoviridae.
  • Several new reoviruses, two of which cluster together with members of the genus Coltivirus, were detected, including a new strain of Eyach virus, a known causative agent of tick-borne encephalitis.
  • Further polymerase chain reaction-based screening of over 230 tick pools for 14 selected viruses indicated the wide spread of these viruses throughout the Belgian tick population.
  • ベルギー国内6か所で採取されたリシヌスマダニを用いた高処理塩基配列決定の結果、モノネガウイルス、ブニャウイルス、パルティティウイルス、レオウイルス等、多種のウイルスの存在が確認された。
  • ダニ媒介性脳炎を媒介するレオウイルス科コルティウイルス属ヤッチウイルスの変異株を含む、複数の新規のレオウイルス科ウイルスを発見した。
  • 230のダニ個体群を用い、14のウイルスについてポリメラーゼ連鎖反応によるスクリーニングを行った結果、これらのウイルスがベルギーのダニに広く感染していることが判明した。
2021-07-09
Identification of a Ruminant Origin Group B Rotavirus Associated with Diarrhea Outbreaks in Foals
Viruses. 2021 Jul 9;13(7):1330.doi: 10.3390/v13071330.
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  • A novel equine rotavirus group B (ERVB) was identified based on Illumina-based metagenomic sequencing in fecal specimens from foals affected with severe watery to hemorrhagic diarrhea.
  • The protein sequence of all 11 segments of ERVB had greater than 96% identity with group B rotaviruses previously found in ruminants.
  • ERVB originated from ruminants and was associated with outbreaks of neonatal foal diarrhea in the 2021 foaling season in Kentucky.
  • 新規のB群ウマロタウイルス（ERVB）が、イルミナのメタゲノムシーケンス解析により、水様性・血性下痢を患う新生子馬の糞から検出された。
  • ERVBのタンパク質の11のセグメントが、これまでに確認されている反芻動物のB群ロタウイルスと、96%以上の同一性を有することがわかった。
  • 本研究により、2021年に米国ケンタッキー州の新生子馬の間で大流行した下痢症が、反芻動物のERVBに起因するものであることが判明した。
2021-05-21
Isolation and characterization of novel reassortant mammalian orthoreovirus from pigs in the United States
Emerg Microbes Infect. 2021 May 21;1-43.doi: 10.1080/22221751.2021.1933608. Online ahead of print.
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  • More than 300 pigs showed neurological signs with approximately 40% mortality in US swine farms.
  • Authors isolated a novel reassortant virus containing viral gene segments from three mammalian reovirus serotypes that infect human, bovine and swine.
  • アメリカ合衆国の豚農場で300頭以上の豚に神経症状が認められ40%の致死率の感染症が発生した。
  • 著者らはヒト・ウシ・ブタの３つのレオウイルスのリアソータントになっているウイルスを発見した。
2021-05-12
Detection and genetic analysis of a novel atypical porcine pestivirus from piglets with congenital tremor in Japan
Transbound Emerg Dis. 2021 May 12.doi: 10.1111/tbed.14149. Online ahead of print.
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  • A novel atypical porcine pestivirus (APPV) was discovered from two piglets with congenital tremor in Japan for the first time.
  • The virus had sequence homology with genotype 3 APPV from China; however, in the phylogenetic analysis, Japanese APPV branched independently and distantly related to genotype 3 APPVs.
  • Retrospective investigations revealed that this novel Japanese APPVs have been circulated in Japan since at least 2007.
  • 新規の亜型豚ペスチウイルスがダンス病を呈する子豚2頭から日本で初めて検出されました。
  • このウイルスは中国の亜型豚ペスチウイルス遺伝子型3と類似していましたが、系統樹解析では遺伝子型とは異なる分岐を示しました。
  • 遡り調査では、この新規ウイルスは少なくとも2007年以降に日本で流行していることが確認されました。
2021-05-06
Novel putative bluetongue virus serotype 29 isolated from inapparently infected goat in Xinjiang of Chin
Transbound Emerg Dis. 2021 Jul;68(4):2543-2555. doi: 10.1111/tbed.13927. Epub 2021 May 6.
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  • A novel strain of Bluetongue virus (V196/XJ/2014) was isolated from an asymptomatic sentinel goat in Xinjiang of China.
  • Serotype identification and genomic analysis revealed that V196/XJ/2014 does not belong to any reported serotypes of BTV.
  • Infectivity and pathogenicity studies showed that goats infected with V196/XJ/2014 did not exhibit observed clinical symptoms, but high level of virus amplification and homologous neutralization antibodies were detected post-infection.
  • 中国新疆のホイスヤギ（無症状）から、新規のブルータングウイルス(V196/XJ/2014)が分離された。
  • 血清型の同定およびゲノム解析により、V196/XJ/2014がこれまでに報告されたブルータングウイルスの血清型のいずれにも属さないことが明らかになった。
  • V196/XJ/2014に感染したヤギは臨床症状を示さなないものの、感染後に高レベルのウイルス増幅と相同の中和抗体が認められることが、感染力および病原性の分析により明らかになった。
2021-04-27
Virome Diversity among Mosquito Populations in a Sub-Urban Region of Marseille, France Virus, from Sandflies Collected in China
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):768.doi: 10.3390/v13050768.
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  • Mosquito species have significant public health importance to transmit major diseases such as Dengue, Chikungunya and Zika to humans and animals.
  • Authors analyzed DNA and RNA from mosquitoes using high throughput sequencing techniques.
  • They found novel viruses including Rhabdoviridae, Totiviridae, Iflaviviridae, Circoviridae, and Sobemoviridae families.
  • 蚊はデング熱、チクングニア、ジカ熱のような公衆衛生上重要となる感染症を運ぶので要注意である。
  • 著者らはハイスループットシーケンサーによる蚊のDNAやRNAの解析を実施した。
  • その結果、ラブドウイルス科、トチウイルス科、イフラウイルス科、サーコウイルス科、ソベモウイルス科の新規ウイルスを発見した。
2021-04-17
Molecular characterization of a novel totivirus infecting the basal fungus Conidiobolus heterosporus
Arch Virol. 2021 Apr 17.doi: 10.1007/s00705-021-05054-6. Online ahead of print.
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  • A novel totivirus, Conidiobolus heterosporus totivirus 1 (ChTV1), was isolated from fungus.
  • ChTV1 has 51% sequence identity to that of Trichoderma koningiopsis totivirus 1 (TkTV1) , which is the highest among mycoviruses.
  • Authors propose that ChTV1 is a new member of the genus Totivirus, family Totiviridae.
  • 真菌から新しいトチウイルスが発見された。Conidiobolus heterosporus totivirus 1 (ChTV1)
  • ChTV1は最も相同性の高いトチウイルス（TkTV1）でも51%であった。
  • 著者らはこのChTV1をトチウイルス科・トチウイルス属の新しいウイルスと考えている。
2021-04-10
Isolation and characterization of hirame aquareovirus (HAqRV): A new Aquareovirus isolated from diseased hirame Paralichthys olivaceus amazonicus (family Teiidae)
Virology. 2021 Apr 10;559:120-130.doi: 10.1016/j.virol.2021.04.002. Online ahead of print.
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  • Novel Aquareovirus, (hirame aquareovirus: HAqRV), was discovered from Japanese flounder.
  • Similarity of genome sequence between HAqRV and other aquareoviruses was less than 60%.
  • Pathogenicity of HAqRV was demonstrated in accordance with Koch's postulates by experimental infection using flounder.
  • 新しいアクアレオウイルスが日本のヒラメから発見された（ヒラメアクアレオウイルス: HAqRV）。
  • HAqRVと他のアクアレオウイルスの相同性は60%以下であった。
  • このウイルスの病原性についてはヒラメを使った実験でコッホの原則を満たすことにより証明された。
2021-03-26
Complete nucleotide sequence of a novel partitivirus from Brassica campestris L. ssp. chinensis
Arch Virol. 2021 Mar 26.doi: 10.1007/s00705-021-05041-x. Online ahead of print.
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  • A novel partitivirus, Brassica campestris chinensis cryptic virus 1 (BCCV1), was discovered from Brassica campestris L. ssp. Chinensis.
  • The genome of BCCV1 contains two dsRNA segments, dsRNA1and dsRNA2.
  • BCCV1 is a new member of the genus Deltapartitivirus, family Partitiviridae.
  • アブラナから新しいパルティティウイルス、Brassica campestris chinensis cryptic virus 1 (BCCV1)、が発見された。
  • BCCV1のゲノムは２つの２本鎖RNA分節（dsRNA1, dsRNA2）で構成されていた。
  • BCCV1はパルティティウイルス科のデルタパルティティウイルス属の新しいウイルスである。
2021-03-16
A novel gammapartitivirus from the entomopathogenic fungus Metarhizium brunneum
Arch Virol. 2021 Mar;166(3):977-981.doi: 10.1007/s00705-020-04939-2. Epub 2021 Jan 11.
Summarize
  • A novel partitivirus infecting Metarhizium brunneum, which was designated "Metarhizium brunneum partitivirus 2" (MbPV2).
  • Phylogenetic analysis showed that MbPV2 is a new member of the genus Gammapartitivirus, family Partitiviridae.
  • 昆虫病原性真菌から新しいパルティティウイルスが発見され、Metarhizium brunneum partitivirus 2" (MbPV2)と命名された。
  • 系統解析ではMbPV2はパルティティウイルス科のガンマパルティティウイルス属に属することが明らかになった。
2021-03-11
Genomic and biological characterization of a novel partitivirus infecting Fusarium equiseti
Virus Res. 2021 Mar 11;297:198386.doi: 10.1016/j.virusres.2021.198386. Online ahead of print.
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  • A novel mycovirus, Fusarium equiseti partitivirus 1 (FePV1), infecting a strain from the Fusarium incarnatum-equiseti species complex.
  • This novel virus has two dsRNA segments belonging to genus "Zetapartitivirus" in the family Partitiviridae.
  • The study of FePV1-free isogenic line of the fungal host indicated that FePV1 induces hypovirulence on its host.
  • 新しいマイコウイルス、Fusarium equiseti partitivirus 1 (FePV1)がフサリウム属菌から発見された。
  • この新しいウイルスは２つの２本鎖RNA分節を持ち、Partitiviridae（ウイルス科）のZetapartitivirus属に属する。
  • FePV1非感染の菌類を用いた実験から、FePV1は菌類に対して病原性が低いことが明らかになった。
2022-04-10
Complete genome sequence of a novel porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus strain identified in South Korea
Arch Virol. 2022 May;167(5):1381-1385. doi: 10.1007/s00705-022-05414-w. Epub 2022 Apr 10.
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  • This study reports the full-length genome sequence and molecular characterization of a novel Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (PHEV) strain GNU-2113 identified in diarrheic neonates in South Korea.
  • The GNU-2113 strain was found to share 95.1-96.9% sequence identity with other global strains.
  • Genetic and phylogenetic analysis indicated that the strain is distantly related to the existing PHEV genotypes, implying that the virus appears to undergo substantial evolution under endemic pressure.
  • 本研究では、韓国で下痢を患う新生児から分離、同定した、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス新規株GNU-2113の全ゲノム配列と分子性状について報告する。
  • このGNU-2113株のシーケンスは、世界各地で見られる他の株のシーケンスと、95.1-96.9%の配列同一性を示した。
  • 遺伝子および系統解析により、この株が既存のブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルスと遠縁であることが判明したことで、このウイルスがこの地域で進化したことが示唆される。
2022-03-25
Novel Lineage of Infectious Bronchitis Virus from Sub-Saharan Africa Identified by Random Amplification and Next-Generation Sequencing of Viral Genome
Life (Basel). 2022 Mar 25;12(4):475. doi: 10.3390/life12040475.
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  • The complete genome sequences of five Avian infectious bronchitis virus (IBV) strains, originating from the sub-Saharan area were determined.
  • Phylogenetic analysis identified three lineages (GI-14, GI-16, and GI-19) common in Africa and revealed that a strain, D2334/11/2/13/CI, isolated in Ivory Coast may represent a novel lineage within genotype GI.
  • The whole-genome nucleotide identity of the novel variant shared the highest values with a reference Belgian nephropathogenic strain (B1648, 92.4%) and with another study strain from Ivory Coast (D2334/12/2/13/CI, 94.6%).
  • サブサハラアフリカの鶏の伝染性気管支炎ウイルス(IBV)5株について、全ゲノムシーケンス解析を行った。
  • アフリカで一般的な3系統(GI-14、16、19)が同定されたほか、象牙海岸で分離されたD2334/11/2/13/CIについては、GI遺伝子群の新規株である可能性があると判明した。
  • この新規株の全ゲノムヌクレオチドと高い相同性を示したのは、ベルギーの腎病原性株B1648(92.4%)、および象牙海岸のD2334/12/2/13/CI(94.6%)であった。
2022-03-21
Transcriptomics Reveal Several Novel Viruses from Canegrubs (Coleoptera: Scarabaeidae) in Central Queensland, Australia
Viruses. 2022 Mar 21;14(3):649. doi: 10.3390/v14030649.
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  • We used the RNA-Seq approach to explore the viriomes of three different species of canegrubs (Scarabaeidae) from central Queensland, Australia to identify potential candidates for biological control.
  • We identified six novel RNA viruses, characterized their genomes, and inferred their evolutionary relationships with other closely related viruses.
  • These novel viruses showed similarity to other known members from picornaviruses, benyviruses, sobemoviruses, totiviruses, and reoviruses.
  • オーストラリア クイーンズランド中部に生息するサトウキビの害虫(コガネムシ科)3種に対する生物的防除法を検討するため、RNAシーケンス解析により、害虫のウイルス叢を調べた。
  • 新規RNAウイルス6種を同定し、ゲノムの特性を明らかにし、近縁種との進化的関係を推測した。
  • 新規ウイルスは、ピコルナウイルス、ベニウイルス、ソベモウイルス、トティウイルス、レオウイルスに属するウイルスとの類似性が示された。
2022-03-17
Expanding the Medfly Virome: Viral Diversity, Prevalence, and sRNA Profiling in Mass-Reared and Field-Derived Medflies
Viruses. 2022 Mar 17;14(3):623. doi: 10.3390/v14030623.
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  • By means of transcriptome mining, this study expanded the medfly RNA virome to 13 viruses, including two novel positive ssRNA viruses and the first two novel dsRNA viruses reported for medfly.
  • Our analysis across multiple laboratory-reared and field-collected medfly samples showed the presence of a core RNA virome comprised of Ceratitis capitata iflavirus 2 and Ceratitis capitata negev-like virus 1.
  • Although the identified RNA viruses do not cause obvious symptoms in medflies, the outcome of their interaction may still influence the medfly's ecology.
  • 本研究はトランスクリプトーム解析により、チチュウカイミバエから13種のRNAウイルス（新規ウイルス(ssRNA+)2種およびチチュウカイミバエでは初の新規dsRNAウイルス2種を含む）を確認した。
  • 実験室飼育および野外採集で得たサンプルの解析から、チチュウカイミバエ イフラウイルス2やネゲウイルス様ウイルス2からなる、RNA叢の存在が明らかになった。
  • 同定されたRNAウイルスは顕著な症状は引き起こさないものの、ウイルス同士の相互作用がチチュウカイミバエの生態に影響を及ぼす可能性はあると考えられる。
2022-03-08
Identification and molecular characterization of highly divergent RNA viruses in cattle, Uganda
Virus Res. 2022 May;313:198739. doi: 10.1016/j.virusres.2022.198739. Epub 2022 Mar 8.
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  • From blood samples of cattle in Uganda, eight viral species were identified, which belong to four families and six genera.
  • Four viruses were highly divergent and tetantively named Zikole virus (Flaviviridae), Zeboroti virus (Reoviridae), Zebtine virus (Rhabdoviridae) and Kokolu virus (Rhabdoviridae).
  • In addition, Bovine Hepacivirus, Obodhiang virus, Aedes pseudoscutellaris reovirus and Schmallenberg virus were identified for the first time in Ugandan cattle.
  • ウガンダの畜牛の血液サンプルから、ウイルス8種（4科および6属）を同定した。
  • そのうち4種は新規ウイルスと考えられ、仮にZikoleウイルス (フラビウイルス科)、Zeborotiウイルス(レオウイルス科)、ZebtineウイルスおよびKokoluウイルス(共にラブドウイルス科)と名付けた。
  • 更に、ウシ ヘパシウイルス、オボジャングウイルス、ヤブカ シュードスクテラリス レオウイルス、シュマレンベルク ウイルスが、ウガンダの畜牛から初めて同定された。
2022-03-07
Complete genome analysis of a novel picorna-like virus from a ladybird beetle (Cheilomenes sexmaculata)
Arch Virol. 2022 Apr;167(4):1215-1219. doi: 10.1007/s00705-022-05400-2. Epub 2022 Mar 7.
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  • The full genome sequence of a novel picorna-like virus, tentatively named "Cheilomenes sexmaculata picorna-like virus 1" (CSPLV1), was identified in ladybird beetle Cheilomenes sexmaculata.
  • Phylogenetic analysis based on the conserved RdRP sequence showed that CSPLV1, together with Wuhan house centipede virus 3, Hypera postica associated virus 1, and Diabrotica undecimpunctata virus 1, forms an unclassified group that is closely related to members of the family Solinviviridae.
  • CSPLV1 is the first picorna-like virus discovered in C. sexmaculata.
  • テントウムシ（Cheilomenes sexmaculata）から分離した、ピコルナ様新規ウイルス（仮名Cheilomenes sexmaculata picorna-like virus 1、CSPLV1）の全ゲノムを解析した。
  • RdRPシーケンスに基づく系統解析により、CSPLV1はWuhan house centipede virus 3、Hypera postica associated virus 1および Diabrotica undecimpunctata virus 1とともに、Solinviviridae科のウイルスと近縁の、未分類群を構成することが判明した。
  • CSPLV1は、テントウムシC. sexmaculataから発見された、初のピコルナ様ウイルスだと考えられる。
2022-02-27
Genetic Characteristics and Pathogenicity of a Novel Porcine Epidemic Diarrhea Virus with a Naturally Occurring Truncated ORF3 Gene
Viruses. 2022 Feb 27;14(3):487. doi: 10.3390/v14030487.
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  • The complete genomes of four Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV HN2021, CH-HNYY-2018, CH-SXWS-2018, and CH-HNKF-2016) obtained from pig farms in central China between 2016 to 2021 were analyzed.
  • In addition, a new PEDV strain (named HN2021) belonging to the G2a PEDV subgroup was successfully isolated in vitro.
  • it was further confirmed by RT-PCR that this isolate had a large natural deletion at 207–373 nt of the ORF3 gene, which has never been reported before.
  • 2016-2021年に中国の養豚場で検出された豚流行性下痢ウイルス(PEDV) HN2021、CH-HNYY-2018、CH-SXWS-2018およびCH-HNKF-2016の全ゲノムを解析した。
  • また、PEDVのサブグループG2aに属する新規株（HN2021）を、in vitroで分離することに成功した。
  • この新規株のORF3遺伝子207-373 ntが欠失していることがRT-PCRで確認でき、本論文で初めて報告する。
2022-02-17
Characterization and pathogenicity of a novel avian nephritis virus isolated in China
Avian Pathol. 2022 Feb;51(1):87-96.
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  • This is the first paper that describes the genomic characteristics and pathogenicity of a novel Avian nephritis virus strain (AH202017), which was isolated from a diseased broiler flock in Anhui province, China, in 2020.
  • Phylogenetic analysis of the capsid protein revealed that AH202017 is more closely related to VIC-6a/Australia/2014 belonging to ANV genotype 2.
  • In infection experiments, four infected chickens showed depression and one chicken died at 6 days post-infection, corresponding to 5% mortality.
  • 2020年に中国安徽省のブロイラーから分離された、鶏腎炎ウイルス新規株(AH202017)の遺伝的特性および病原性について、初めて報告する。
  • カプシドタンパク質の系統分析により、この新規株が鶏腎炎ウイルス遺伝型2に属するVIC-6a/Australia/2014の近縁であることが判明した。
  • 感染実験では、感染後4匹のヒナに成長抑制がみられ、1匹は6日にで死に至り、死亡率5%となった。
2022-01-17
Novel pegiviruses infecting wild birds and rodents
Virol Sin. 2022 Apr;37(2):208-214. doi: 10.1016/j.virs.2022.01.013. Epub 2022 Jan 17.
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  • This study conducted a survey of pegiviruses from wild animals mainly sampled in the Qinghai-Tibet Plateau of China.
  • Three novel pegiviruses (Passer montanus pegivirus, Leucosticte brandti pegivirus and Montifringilla taczanowskii pegivirus) were identified from different wild birds, and one new rodent pegivirus (Phaiomys leucurus pegivirus) was identified from Blyth's vole.
  • The pegiviruses of non-mammalian origin discovered in this study substantially broaden the host range of Pegivirus to avian species.
  • 主に中国青海-チベット高原で捕獲した野生動物のペギウイルスを調査した。
  • 新規ペギウイルスであるPasser montanusペギウイルス, Leucosticte brandtiペギウイルスおよびMontifringilla taczanowskiiペギウイルスを野鳥から、新規のげっ歯類のペギウイルスであるPhaiomys leucurusペギウイルスをブライスハタネズミから分離した。
  • 本研究で発見した非哺乳類由来のペギウイルスが、ペギウイルスの宿主域を広く鳥類に拡大していることが判明した。
2021-12-20
A novel Betaretrovirus discovered in cattle with neurological disease and encephalitis
Retrovirology. 2021 Dec 20;18(1):40. doi: 10.1186/s12977-021-00585-x.
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  • Using high-throughput sequencing (HTS) and bioinformatics, a new retrovirus, bovine retrovirus CH15 (BoRV CH15), was discovered in the central nervous system of a cow with non-suppurative encephalitis.
  • Phylogenetic analysis revealed that BoRV CH15 is classified in the genus Betaretrovirus.
  • Further screening of brain samples, virus isolation, and infection studies are needed to estimate the causative association of BoRV CH15 with neurological disease and encephalitis in cattle.
  • ハイスループットシーケンシング（HTS）とバイオインフォマティクスを利用して、非化膿性脳炎に罹患している牛の中央神経系に、新規のウシレトロウイルス（BoRV CH15）を発見した。
  • 系統解析により、このBoRV CH15がベータレトロウイルス属に分類されることがわかった。
  • BoRV CH15と牛の神経疾患や脳炎との因果関係を推定するためには、今後更なる脳サンプルのスクリーニング、ウイルス分離、感染研究が必要である。
2021-12-19
Detection of Jingmenviruses in Japan with Evidence of Vertical Transmission in Ticks
Viruses. 2021 Dec 19;13(12):2547. doi: 10.3390/v13122547.
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  • Jingmen tick virus (JMTV) and a novel jingmenvirus, tentatively named Takachi virus (TAKV), were identified during a surveillance of tick-borne viruses in Japan.
  • JMTV’s natural transmission cycle has been suggested across extensive areas of Japan.
  • Vertical transmission of the virus in host ticks in nature was also indicated by the presence of JMTV in unfed host-questing Amblyomma testudinarium larvae.
  • 日本におけるダニ媒介性感染症のウイルス調査で、Jingmen tick virus (JMTV)及び新規のjingmenvirus（仮名Takachiウイルス（TAKV））が検出された。
  • JMTVは日本の広域の自然界において、感染サイクルが成立していることが示唆される。
  • 更に、給餌されていない宿主探索行動がみられるタカサゴキララマダニからJMTVが検出されたことから、自然宿主であるダニで垂直感染することが示唆される。
2021-12-14
Vector Competence of the Invasive Mosquito Species Aedes koreicus for Arboviruses and Interference with a Novel Insect Specific Virus
Viruses. 2021 Dec 14;13(12):2507. doi: 10.3390/v13122507.
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  • Ae. koreicus from Germany were investigated for their vector competence for chikungunya virus, Zika virus and West Nile virus.
  • Using a whole virome analysis, a novel mosquito-associated virus, designated Wiesbaden virus, was identified in Ae. koreicus.
  • Coinfection of Wiesbaden virus and chikunguniya virus likely has a boost effect on chikungunya transmission.
  • ドイツのイエカAe. koreicusについて、チクングニヤウイルス、ジカウイルス、ウエストナイルウイルスの媒介蚊としての能力を研究した。
  • 全ウイルス叢分析により、Ae. koreicusから新規のウイルスであるWiesbadenウイルスが発見された。
  • Wiesbadenウイルスとチクングニヤウイルスの共感染が、チクングニヤ感染にブースター効果を及ぼす可能性が示唆された。
2021-09-23
Identification of a novel statovirus in a faecal sample from a calf with enteric disease
J Gen Virol. 2021 Sep;102(9). doi: 10.1099/jgv.0.001655.
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  • A novel clade of RNA viruses was identified in the mammalian gastrointestinal tract by next-generation sequencing.
  • Phylogenetic analysis of the statovirus genome found a clear evolutionary relationship with statovirus A, but, with only 47 % similarity, suggesting that the statovirus sequence presents a novel species, statovirus F.
  • The PCR and ELISA results suggest that statovirus F commonly infects cattle.
  • 次世代シーケンシングにより、哺乳類の消化管がRNAウイルスの新規の系統に感染していることを確認した。
  • 検出されたスタトウイルスのゲノムの系統分析から、スタトウイルスAとの関連が明らかになったが、47％の類似性しかないことから、新規種スタトウイルスFであることが示唆される。
  • PCRおよびLISAの結果、スタトウイルスFは牛に感染することが明らかになった。
2021-09-16
Uncovering the genetic diversity within the Aedes notoscriptus virome and isolation of new viruses from this highly urbanised and invasive mosquito
Virus Evol. 2021 Sep 16;7(2):veab082. doi: 10.1093/ve/veab082. eCollection 2021.
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  • To assess the genetic diversity of live viruses in field populations of Ae. notoscriptus, female Ae. notoscriptus were used, which were collected across fifteen suburbs in Brisbane, Australia, between January 2018 and May 2019.
  • Nine virus isolates were recovered and characterised by metagenomic sequencing and phylogenetics.
  • Known viruses belonging to the genera Flavivirus, Orbivirus, Mesonivirus, and Nelorpivirus were identified together with two novel virus species, including a divergent Thogoto-like orthomyxovirus and an insect-specific flavivirus.
  • Ae. notoscriptus蚊のウイルスの遺伝的多様性を調べるため、2018年1月から2019年5月にオーストラリア ブリスベン郊外15か所で採集された雌のAe. notoscriptusを用いた。
  • メタゲノムシーケンス解析と系統解析により、9種のウイルスを同定した。
  • フラビウイルス属、オルビウイルス属、メソニウイルス属、Nelorpivirus属の既知のウイルスとともに、新規のウイルス2種（トゴトウイルス様のオルソミクソウイルスおよび昆虫に特異的なフラビウイルス）であった。
2021-08-14
New Parvoviruses and Picornavirus in Tissues and Feces of Foals with Interstitial Pneumonia
Viruses. 2021 Aug 14;13(8):1612.doi: 10.3390/v13081612.
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  • Six foals with interstitial pneumonia of undetermined etiology from Southern California were analyzed by viral metagenomics.
  • The parvoviruses were classified as members of new ungulate protoparvovirus and bocaparvovirus species in the Parvoviridae family, and the picornavirus was classified as a new species in the Salivirus genus of the Picornaviridae family.
  • Detailed results of nested PCR and RT-PCR for spleen, lung, and colon content samples from each foal are described in this article.
  • 病因が特定できない間質性肺炎の症状を示す、南カリフォルニアの6頭の子馬について、ウイルスのメタゲノム解析を行った。
  • パルボウイルスはパルボウイルス科の新規のungulateプロトパルボウイルス及びボカパルボウイルスに分類され、ピコルナウイルスはピコルナウイルス科サリウイルス属の新種として分類された。
  • Nested PCRとRT-PCR法により、各個体の脾臓、肺、結腸のサンプルを分析した結果の詳細を、本論文で報告している。
2021-08-05
Four novel picornaviruses detected in Magellanic Penguins (Spheniscus magellanicus) in Chile
Virology. 2021 Aug;560:116-123.doi: 10.1016/j.virol.2021.05.010. Epub 2021 May 25.
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  • Four novel viruses belonging to the family Picornaviridae in healthy Magellanic penguins, a near threatened species, were identified.
  • All samples were screened by RT-PCR for these new viruses, and approximately 20% of the penguins were infected with at least one of these viruses.
  • The viruses were distantly related to members of the genera Hepatovirus, Tremovirus, Gruhelivirus and Crahelvirus.
  • ピコルナウイルス科の新規ウイルス４種を、近危急種であるマゼランペンギンから分離した。
  • 全サンプルをRT-PCRによりスクリーニングした結果、20%のペンギンが4種の新規ウイルスのうち少なくとも１種に感染していることが判明した。
  • これらの新規ウイルスは、ヘパトウイルス属、トレモウイルス属、グルーヘリウイルス属、クラヘリウイルス属と多少の関係性が見られた。
2021-08-03
Identification of a novel pegivirus in pet cats (Felis silvestris catus) in Japan
Virus Res. 2021 Aug;301:198452. doi: 10.1016/j.virusres.2021.198452. Epub 2021 May 7.
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  • A novel pegivirus was identified in pet cats (Felis silvestris catus) in Japan.
  • Near-entire genome sequences of two feline pegivirus strains were determined.
  • The pegivirus genomes shared only 44.0–49.6 % identity with reported pegiviruses.
  • Feline pegivirus is a new species within the genus Pegivirus, family Flaviviridae.
  • 新規のペギウイルスを、日本のペット（イエネコ）から分離した。
  • ペギウイルス株２つのほぼ全ゲノムシーケンスを決定した。
  • このペギウイルスのゲノムは、既に報告されているペギウイルスのものと44.0-49.6%の同一性しか見られなかった。
  • このペギウイルスはフラビウイルス科ペギウイルス属に属する新種であることが判明した。
2021-07-23
A Diverse Viral Community from Predatory Wasps in Their Native and Invaded Range, with a New Virus Infectious to Honey Bees
Viruses. 2021 Jul 23;13(8):1431.doi: 10.3390/v13081431.
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  • Characterization of 68 novel and nine previously identified virus sequences found in transcriptomes of Vespula vulgaris sampled from Belgium and New Zealand was described.
  • A novel Iflavirus was similar to a recently identified Moku virus, a known wasp and honey bee pathogen.
  • Experimental infection of honey bees with this novel Vespula vulgaris Moku-like virus resulted in an active infection.
  • ベルギー及びニュージーランドで採集されたキオビクロスズメバチのトランスクリプトームから検出された、68の新規ウイルス及び9の既知のウイルスのゲノム配列について報告する。
  • そのうちの新規のイフラウイルスが、最近確認されたカリバチ・ミツバチの病原体であるモクウイルスと類似のものであることが判明した。
  • 実験感染を試みたところ、この新規のモクウイルス様のイフラウイルスがミツバチに感染することが確認できた。
2021-07-20
Comparative viromes of Culicoides and mosquitoes reveal their consistency and diversity in viral profiles
Brief Bioinform. 2021 Jul 20;22(4):bbaa323. doi: 10.1093/bib/bbaa323.
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  • Using Culicoides and mosquitoes collected in Yunnan China as reference vectors, a comparative virome strategy was designed to study the viral composition, diversity, hosts and spatiotemporal distribution of Culicoides.
  • Many novel viruses were discovered, including 21 segmented viruses of Flaviviridae, 180 viruses of Monjiviricetes and 130 viruses of Bunyavirales.
  • Culicoides is an important part of viral ecology and should be monitored for potentially emerging viruses.
  • 中国雲南省で採集したヌカカおよび蚊（約3万サンプル）を用い、バイローム（大規模ウイルス配列）解析システムを構築し、ウイルスの構成、多様性、宿主、およびヌカカの分布を調査した。
  • フラビウイルス科の分節ウイルス21種、モンイウイルス綱のウイルス180種、ブニャウイルス目のウイルス130種等、多くの新規ウイルスが確認された。
  • 本研究より、ヌカカがウイルス生態系の重要な一部であり、新規ウイルスの出現をモニターしていく必要があることが明らかになった。
2021-07-16
Genetic Characteristics and Pathogenicity of a Novel Porcine Deltacoronavirus Southeast Asia-Like Strain Found in China
Front Vet Sci. 2021 Jul 16;8:701612.doi: 10.3389/fvets.2021.701612. eCollection 2021.
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  • A novel porcine deltacoronavirus (PDCoV) strain CHN/GX/1468B/2017 was isolated from the small intestinal contents of piglets with diarrhea in Guangxi province, China.
  • Genomic analysis showed that CHN/GX/1468B/2017 strain had 96.9~99.4% nucleotide homology with other referenced PDCoV strains from different areas.
  • Phylogenetic analyses based on the whole gene sequence as well as S protein and ORF1a/1b protein sequences all showed that this strain was closely related to the Southeast Asia strain.
  • The study results indicate that CHN/GX/1468B/2017, isolated in China, is a novel PDCoV Southeast Asia-like strain with distinct genetic characteristics and pathogenicity.
  • 中国広西壮族自治区において、下痢を発症している子豚の小腸から、新規の豚デルタコロナウイルスのストレインCHN/GX/1468B/2017を分離した。
  • CHN/GX/1468B/2017を遺伝子解析したところ、他地域から採取された豚デルタコロナウイルスのヌクレオチドと96.9~99.4%の同一性が見られた。
  • 全ゲノムシーケンスおよびSタンパク質とORF1a/1bタンパク質のシーケンスを用いた系統解析から、このストレインが東南アジアのストレインに非常に近いことがわかった。
  • 本研究結果から、中国で分離されたCHN/GX/1468B/2017は、東南アジアのストレインに類似する新規の豚デルタコロナウイルスであり、その遺伝子の特徴および病原性が特有であることがわかった。
2021-07-13
Novel picornavirus (family Picornaviridae) from freshwater fishes (Perca fluviatilis, Sander lucioperca, and Ameiurus melas) in Hungary
Arch Virol. 2021 Sep;166(9):2627-2632.doi: 10.1007/s00705-021-05167-y. Epub 2021 Jul 13.
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  • A novel picornavirus (perchPV/M9/2015/HUN, GenBank accession no. MW590713) was detected in 12.9% of faecal samples collected from three (Perca fluviatilis, Sander lucioperca, and Ameiurus melas) out of 13 freshwater fish species.
  • The P1, 2C, and 3CD proteins of the novel picornavirus had 41.4%, 38.1%, and 47.3% amino acid sequence identity to the corresponding proteins of Wenling lepidotrigla picornavirus (MG600079), eel picornavirus (NC_022332), and Wenling pleuronectiformes picornavirus (MG600098), respectively.
  • This virus represents a potential novel fish-origin species in an unassigned genus in the family Picornaviridae.
  • 新規のピコルナウイルス(perchPV/M9/2015/HUN, GenBank登録番号MW590713)が、13種の淡水魚のうち3種（ヨーロピアンパーチ、パイクパーチ、ブラックブルヘッド）から得た糞サンプルの12.9%で検出された。
  • このウイルスのP1、2C、3CDタンパク質のアミノ酸配列は、Wenling lepidotriglaピコルナウイルス(MG600079)、ウナギピコルナウイルス(NC_022332)、Wenling pleuronectiformesピコルナウイルス(MG600098)の相当タンパク質のアミノ酸配列と、それぞれ41.4%、38.1%、47.3%の同一性を示した。
  • このウイルスは、ピコルナウイルス科の未分類の属に含まれる魚類由来の新規種であると考えられる。
2021-07-08
Isolation of a novel insect-specific flavivirus with immunomodulatory effects in vertebrate systems
Virology. 2021 Oct;562:50-62.doi: 10.1016/j.virol.2021.07.004. Epub 2021 Jul 8.
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  • A novel insect-specific flavivirus (ISFV), tentatively named Aripo virus (ARPV), was isolated from Psorophora albipes mosquitoes collected in Trinidad.
  • ARPV replication is limited to mosquitoes, as it did not replicate in the sandfly, culicoides or vertebrate cell lines tested.
  • ARPV is endocytosed into vertebrate cells and is highly immunomodulatory, producing a robust innate immune response despite its inability to replicate in vertebrate systems.
  • トリニダードで採集されたPsorophora albipes蚊から、新規の昆虫特有フラビウイルス（仮名：Aripoウイルス、ARPV）を分離した。
  • ARPVの複製が蚊に限定されており、スナバエ・サシバエ・脊椎動物の細胞株では複製されないことが確認された。
  • APRVは脊椎動物では複製できないものの、脊椎動物の細胞内に取り込まれて強い自然免疫反応を引き起こし、高い免疫調節性を示すことが明らかになった。
2021-06-04
A novel Dicistro-like virus discovered in Procambarus clarkii with "Black May" disease
J Fish Dis. 2021 Jun;44(6):803-811.doi: 10.1111/jfd.13309. Epub 2020 Dec 4.
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  • A significant number of Procambarus clarkii died in the pond culture of Xinglong Township, China, in 2018.
  • A novel Dicistro-like virus (PcDV) was detected in addition to white spot syndrome virus, which is already known to cause Black May disease.
  • Genomic sequence analysis indicated that the new virus belongs to the Dicistroviridae family, Picornaviridaes order.
  • The detection rates of PcDV in P. clarkii peaked from April to June, consistent with the onset of the "Black May" disease.
  • 2018年、中国Xinglongで養殖されていたアメリカザリガニの大量死が確認された。
  • Black May病の原因として知られるホワイトスポット病ウイルスに加えて、Dicistro様のウイルス（PcDV）が新たに発見された。
  • ゲノムデータ解析により、この新ウイルスはPicornaviridaes目Dicistroviridae科に属すると判明した。
  • アメリカザリガニ中でのこの新ウイルスの検出率が4-6月にピークとなり、Black May病の開始時期と一致することが分かった。
2021-06-01
The first complete genome sequence of an iflavirus from the endoparasitoid wasp Tetrastichus brontispae
Arch Virol. 2021 Aug;166(8):2333-2335.doi: 10.1007/s00705-021-05118-7. Epub 2021 Jun 1.
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  • The complete genome sequence of a novel iflavirus isolated from the gregarious and koinobiont endoparasitoid Tetrastichus brontispae was determined by total RNA and Sanger sequencing.The novel iflavirus was tentatively named "Tetrastichus brontispae RNA virus 3" (TbRV-3), This is the first virus of the family Iflaviridae to be isolated from a wasp of the family Eulophidae.
  • キムネクロナガハムシ蛹の寄生蜂から分離された新しいイフラウイルスのゲノム配列が、RNAシーケンス解析により明らかになった。新しいイフラウイルスには、Tetrastichus brontispae RNA virus 3 (TbRV-3)という仮名が付けられている。このTbRV-3は、ヒメコバチ科のハチから初めて分離された、Iflaviridae科のウイルスである。
2021-05-25
Four novel picornaviruses detected in Magellanic Penguins (Spheniscus magellanicus) in Chile
Virology. 2021 Aug;560:116-123.doi: 10.1016/j.virol.2021.05.010. Epub 2021 May 25.
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  • Authors discovered four novel viruses belonging to the family Picornaviridae in healthy Magellanic penguins.
  • Approximately 20% of the penguins were infected with at least one of these viruses.
  • These viruses were distantly related to members of the genera Hepatovirus, Tremovirus, Gruhelivirus and Crahelvirus.
  • 著者らは健康なマゼランペンギンから４つの新しいピコルナウイルス科のウイルスを発見した。
  • 約２０%のペンギンが４つの新規ウイルスのうち1つ以上のウイルスを保有していた。
  • これらのウイルスはピコルナウイルス科のヘパトウイルス、トレモウイルス、グルーヘリウイルス、クラヘルウイルス属に属している。
2021-05-20
Novel Canine Coronavirus Isolated from a Hospitalized Novel Canine Coronavirus Isolated from a Hospitalized Pneumonia Patient, East Malaysia
Clin Infect Dis. 2021 May 20;ciab456.doi: 10.1093/cid/ciab456. Online ahead of print.
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  • Canine CoV (CCoV) RNA was detected in nasopharyngeal swabs at 2.5% of patients hospitalized with pneumonia in Malaysia.
  • In this study, a novel canine-feline recombinant alphacoronavirus (genotype II), CCoV-HuPn-2018, was discovered from one specimen.
  • If this novel virus is confirmed as a pathogen, it may represent the eighth unique coronavirus known to cause disease in humans.
  • マレーシアにおいて肺炎で入院している患者の鼻咽頭スワブの2.5%から犬コロナウイルスRNAが検出された。
  • ひとりの患者からウイルスが分離され、犬と猫のアルファコロナウイルスの組み換えウイルス（CCoV-HuPn-2018）が発見された。
  • もしこのウイルスが病原性を持つなら、ヒトに病気を起こす８番目のコロナウイルスになるであろう。
2021-05-18
A novel cripavirus of an ectoparasitoid wasp increases pupal duration and fecundity of the wasp's Drosophila melanogaster host
ISME J. 2021 May 18.doi: 10.1038/s41396-021-01005-w. Online ahead of print.
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  • Authors discovered a novel picornavirus, Rondani's wasp virus 1 (RoWV-1), from parasitoid wasp (Pachycrepoideus vindemmiae).
  • High amount of RoWV-1 was detected in the larval digestive tract.
  • RoWV-1 is transmitted horizontally from infected to uninfected wasps but not vertically to wasp offspring.
  • 著者らは寄生バチの一種から新しいピコルナウイルス（RoWV-1）を発見した。
  • RoWV-1は幼虫の消化管から大量に検出された。
  • このウイルスは垂直感染ではなく水平感染することが明らかになった。
2021-05-16
A novel Tembusu virus isolated from goslings in China form a new subgenotype 2.1.1
Transbound Emerg Dis. 2021 May 16.doi: 10.1111/tbed.14155. Online ahead of print.
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  • A novel Tembusu virus (Flaviviridae), DTMUV/Goose/China/2019/AQ-19 (AQ-19), that is believed to be responsible for the noticeably high mortality (~50%) in goslings in China.
  • The AQ-19 has high virulence in goslings and mice, resulting in 60% and 70% mortality
  • Pathological examination revealed severe histological lesions in the brain and liver of the infected goslings and mice.
  • マレーシアにおいて肺炎で入院している患者の鼻咽頭スワブの2.5%から犬コロナウイルスRNAが検出された。
  • ひとりの患者からウイルスが分離され、犬と猫のアルファコロナウイルスの組み換えウイルス（CCoV-HuPn-2018）が発見された。
  • もしこのウイルスが病原性を持つなら、ヒトに病気を起こす８番目のコロナウイルスになるであろう。
2021-05-05
Complete genome sequence of platycodon closterovirus 1, a novel putative member of the genus Closterovirus
Arch Virol. 2021 May 5.doi: 10.1007/s00705-021-05081-3. Online ahead of print.
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  • Authors discovered new member of the genus Closterovirus in Platycodon grandifloras.
  • This virus was tentatively named "platycodon closterovirus 1" (PlaCV1).
  • キキョウから新しいクロステロウイルスが発見された。
  • このウイルスは"platycodon closterovirus 1" (PlaCV1)と名付けられた。
2021-04-21
Novel quaranjavirus and other viral sequences identified from ticks parasitizing hunted wildlife in Trinidad and Tobago
Ticks Tick Borne Dis. 2021 Jul;12(4):101730.doi: 10.1016/j.ttbdis.2021.101730. Epub 2021 Apr 21.
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  • High throughput sequencing was used to explore the viromes of two tick species, Amblyomma dissimile and Haemaphysalis juxtakochi, removed from hunted wildlife (three iguanas and one red brocket deer) in Trinidad and Tobago.
  • Sequences from 3 new viral species, from the viral families Orthomyxoviridae, Chuviridae and Tetraviridae in A. dissimile were identified.
  • No viral sequences were identified in H. juxtakochi.
  • トリニダード
  • トバゴ共和国の野生動物（3頭イグアナ１頭のマザマジカ）から得られた2種のダニ（マダニAmblyomma dissimileとチマダニHaemaphysalis juxtakochi）のバイロームを、次世代シーケンサー用いて調べた。
  • マダニAmblyomma dissimileから、オルトミクソウイルス科、Chuviridae科、テトラウイルス科に属する、3種の新規ウイルスのシーケンスが同定された。
  • チマダニからはウイルスは同定されなかった。
2021-04-11
The virome of rhipicephalus, dermacentor and haemaphysalis ticks from eastern romania includes novel viruses with potential relevance for public health
Transbound Emerg Dis. 2021 Apr 11.doi: 10.1111/tbed.14105. Online ahead of print.
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  • More than 500 ticks were collected from Romania located at the intersection of various biotopes, countries and routes of migrations.
  • Novel viruses belonging to Flaviviridae, Phenuiviridae and Nairoviridae families were identified and full genomes were derived.
  • 様々な経路の交差点のようになっているルーマニアで500以上のダニを採取してウイルスの解析が実施された。
  • これらのダニから、フラビウイルス、フェヌイウイルス、ナイロウイルス科に属する新規ウイルスが発見され、全ゲノムの塩基配列が決定された。
2021-04-10
Novel Dicistroviruses in an Unexpected Wide Range of Invertebrates
Food Environ Virol. 2021 Apr 10.doi: 10.1007/s12560-021-09472-2. Online ahead of print.
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  • Authors performed a systematic search against publicly available transcriptome database for discovery of dicistrovirus-like sequences.
  • 83 transcripts corresponding to nearly-complete viral genomes were retrieved from the RNA-seq data.
  • Phylogenetic analysis suggested that horizontal virus transfer has occurred between diverse hosts.
  • この研究では新規dicistrovirus（ピコルナウイルス科）を発見するために、公開されているトランスクリプトームのデータベースを用いた検索システムを実施した。
  • その結果、83の新規ウイルスの全長に近い配列が得られた。
  • 系統解析から多様な宿主間で水平伝播が起こっていることが示唆された。
2021-03-31
A Novel Rubi-Like Virus in the Pacific Electric Ray ( Tetronarce californica) Reveals the Complex Evolutionary History of the Matonaviridae
Viruses. 2021 Mar 31;13(4):585.doi: 10.3390/v13040585.
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  • Recently, two Rubella virus (RuV)-like viruses, Rustrela virus and Ruhugu virus belonging to Matonaviridae, were identified.
  • From the analysis of transciptome of these viruses, Matonaviridae indicated complex pattern of cross-species virus transmission.
  • This study indicated that evolutionary history of the Matonaviridae is more complex than previous reports.
  • 最近、マトナウイルス科に属する風疹ウイルスに類似のウイルス（Rustrela virus and Ruhugu virus）が発見された。
  • トランスクリプトーム解析から、マトナウイルス科のウイルスは宿主を越えた複雑な感染が起こっていることが明らかになった。
  • このようにマトナウイルス科のウイルスはこれまでに考えられていたよりも複雑な進化を遂げているのである。
2021-03-24
Genetic characterization of a novel porcine reproductive and respiratory syndrome virus type I strain from southwest China
Arch Virol. 2021 Mar 24.doi: 10.1007/s00705-021-04998-z. Online ahead of print.
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  • Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) strain SC2020-1 was isolated from aborted piglets on a farm in Sichuan, China.
  • Phylogenetic analysis showed that SC2020-1 clustered with PRRSV type I but outside of the three previously described branches.
  • 中国の流産した子豚から豚繁殖・呼吸障害症候群ウイルス（PRSSV）が分離された
  • 系統解析からこの新しいウイルスはPRSSV１型に分類されるが、これまでに報告されているウイルスとは異なるグループになっているようだ。
2021-03-16
Identification of a novel Aichivirus D in sheep
Infect Genet Evol. 2021 Mar 17;91:104810.doi: 10.1016/j.meegid.2021.104810.
Summarize
  • A novel kobuvirus was found in diarrheal fecal samples of Tibetan sheep, which belongs to Aichivirus species D.
  • The novel Aichivirus D has unique amino acid substitutions in the VP0, VP3, and VP1, with a recombination event in the 2C region.
  • The novel Aichivirus D was detected in 9.2% of the sheep diarrheal fecal samples of the Qinghai Tibet Plateau in China.
  • 中国の羊の下痢検体から新規コブウイルスが発見された。このウイルスはアイチウイルスDに分類された。
  • この新しいアイチウイルスはこれまでのウイルスと比較してVP0, VP3, VP1領域にユニークなアミノ酸置換や2C領域に組み換えが起こっていた。
  • このウイルスは羊の下痢サンプルの9.2％から検出された。
2021-03-12
Discovery of a Novel Flavivirus (Flaviviridae) From the Horse Fly, Tabanus rufidens (Diptera: Tabanidae): The Possible Coevolutionary Relationships Between the Classical Insect-Specific Flaviviruses and Host Dipteran Insects
J Med Entomol. 2021 Mar 12;58(2):880-890.doi: 10.1093/jme/tjaa193.
Summarize
  • Tabanid flies are common hematophagous insects known to transmit some pathogens mechanically /biologically to animals.
  • A novel flavivirus, Tabanus rufidens flavivirus (TrFV), was discovered in this study in the Japanese horse fly, Tabanus rufidens.
  • This novel virus is categorized classical insect-specific flaviviruses (cISFs)
  • アブは病原体を動物や機械的や生物学的に伝播させる吸血性昆虫である。
  • この論文では新しいフラビウイルス、Tabanus rufidens flavivirus (TrFV)をヤマトアブから発見した。
  • この新しいウイルスは昆虫に特有なフラビウイルスとして分類される。
2021-03-11
Identification of two novel hepatitis C virus subtype 2 from Tunisia (2v and 2w)
PLoS One. 2021 Mar 11;16(3):e0248249.doi: 10.1371/journal.pone.0248249. eCollection 2021.
Summarize
  • Hepatitis C virus (HCV) has eight genotypes and 90 subtypes.
  • Phylogenetic analysis of the full genome of Tunisian strains in this study shows two subtypes within HCV-2.
  • This study provides information of total number of HCV-2 subtypes from 21 to 23.
  • C型肝炎ウイルス（HCV）には８つの遺伝子型と90の亜型がある。
  • この研究でチュニジア人に感染しているHCVのゲノムを分析したところ、HCV-2の新しい２つの亜型であることが明らかになった。
  • この研究によりHCV-2の亜型は21個から23個になった。
2021-03-10
Diverse mosquito-specific flaviviruses in the Bolivian Amazon basin
J Gen Virol. 2021 Mar;102(3). doi: 10.1099/jgv.0.001518. Epub 2021 Jan 8.
Summarize
  • Three novel flavivirus species were identified by isolation and comprehensive genomic analyses of viruses in mosquitoes collected in Bolivia.
  • Psorophora flavivirus (PSFV) was isolated from Psorophora albigenu, Ochlerotatus scapularis flavivirus (OSFV) from Ochlerotatus scapularis, and Mansonia flavivirus (MAFV) from and Mansonia titillans.
  • The predicted amino acid sequence of the MAFV capsid protein is approximately two times longer than that of other known flaviviruses.
  • Our results indicate that flaviviruses with distinct features can be found at the Bolivian Amazon basin, a home to dense populations of human-biting mosquitoes.
  • 新規のフラビウイルス３種が、ボリビアの蚊から検出されたウイルスの網羅的ゲノム解析により発見された。
  • Psorophoraフラビウイルス (PSFV)はPsorophora albigenu蚊から、Ochlerotatus scapularisフラビウイルス(OSFV)はOchlerotatus scapularis蚊から、Mansoniaフラビウイルス(MAFV)はMansonia titillans蚊から検出された。
  • MAFVのカプシドタンパク質のアミノ酸配列は、既知のフラビウイルスのカプシドタンパク質のアミノ酸配列よりも、約2倍長いことが明らかになった。
  • 本研究により、人吸血嗜好性の蚊が繁殖するボリビアアマゾン盆地に、多様なフラビウイルスが存在し得ることが示唆された。
2021-03-07
Detection of novel reassortant H9N2 avian influenza viruses in wild birds in Jiangxi Province, China
Vet Med Sci. 2021 May;7(3):1042-1046.doi: 10.1002/vms3.391. Epub 2021 Mar 3.
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  • The five avian influenza A/H9N2 viruses were isolated from wild birds in Jiangxi, China in 2015
  • The viruses are novel reassortants which most likely evolved from multiple lineages.
  • High similarity with isolates from poultry indicates a frequent contact and continuous viral circulation at the bird-poultry interface.
  • 2015年に中国Jiangxiにおいて、野鳥から5種類の鳥インフルエンザA/H9N2ウイルスが検出された。
  • これらのウイルスは新規の再集合体ウイルスで、複数の系統から進化したと考えられる。
  • 養鶏場から検出されるウイルスと非常に類似していることから、野鳥
  • 家禽間での接触が頻繁に起こり、継続的にウイルスが循環していることが示唆される。
2021-02-25
Virus Prospecting in Crickets-Discovery and Strain Divergence of a Novel Iflavirus in Wild and Cultivated Acheta domesticus Brassica campestris L. ssp. chinensis
Viruses. 2021 Feb 25;13(3):364.doi: 10.3390/v13030364.
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  • 1% of the fecal RNA and DNA from wild-caught Acheta domesticus consisted of viruses.
  • In this study, novel virus, Acheta domesticus Iflavirus (AdIV), was discovered.
  • The wild and commercial AdIV strains had short genome, which may indicate specific adaptation to their hosts' distinct rearing environments.
  • 野生のヨーロッパイエコオロギの糞便中から得られたRNAやDNAの１％がウイルス由来である。
  • この研究では、新しいウイルスのイエコオロギイフラウイルス（AdIV）が発見された。
  • 野生と餌用に販売されているコオロギのAdIVのゲノムは短く、宿主の異なる飼育環境への適応を示している可能性がある。
2021-02-25
Guapiaçu virus, a new insect-specific flavivirus isolated from two species of Aedes mosquitoes from Brazil
Sci Rep. 2021 Feb 25;11(1):4674.doi: 10.1038/s41598-021-83879-6.
Summarize
  • A novel putative dual host-related insect-specific flavivirus (dISFV), termed Guapiaçu virus (GUAPV), was discovered from Aedes mosquito in this study.
  • Authors detected viral GUAPV RNA in a plasma sample of an individual febrile in Brazil.
  • The 3'UTR secondary structures duplication and codon usage index were similar to pathogenic flavivirus.
  • 蚊とヒト（動物）の両方を宿主とする昆虫特有の新しいフラビウイルス、Guapiaçu virus (GUAPV)、をヤブカから発見した。
  • 著者らはブラジルの熱性疾患を呈した人の血漿サンプルからGUAPVを検出した。
  • 3’UTRの構造や翻訳コドンの使用方法が病原性フラビウイルスと似通っているという特徴がある。
2021-02-10
A novel dicistrovirus in a captive red squirrel ( Sciurus vulgaris)
J Gen Virol. 2021 Mar;102(3).doi: 10.1099/jgv.0.001555. Epub 2021 Feb 10.
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  • Dicistroviruses, which mainly infect to insects, have also been detected in both mammalian and avian species, but with unconfirmed pathology.
  • A novel dicistrovirus was discovered in the intestinal content of a captive red squirrel with enteritis.
  • From the result of phylogenetic analysis, it is suggested that this new virus is designated to a new genus of Distroviridae.
  • 昆虫に感染することが知られているジシストロウイルス（ピコルナウイルス目）は哺乳類や鳥類からも検出されているが、その病原性についてはわかっていない。
  • この研究では新しいジシストロウイルスが腸炎を呈するキタリスの小腸内容物から発見された。
  • 系統樹の解析から、この新しいウイルスはジシストロウイルス科の新しい属になると考えられる。
2021-02-09
Epidemiology and evolution of novel deltacoronaviruses in birds in central China
Transbound Emerg Dis. 2021 Feb 9;10.1111/tbed.14029.doi: 10.1111/tbed.14029. Online ahead of print.
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  • Four novel deltacoronavirus stains (HNU1-1, HNU1-2, HNU2 and HNU3) were discovered from common magpies in China.
  • Frequent recombination events of the S genes occurred among these deltacoronavirus strains.
  • South coast of China might be a potential origin of bird deltacoronaviruses existing in inland China.
  • 中国のカササギから４つの新しいデルタコロナウイルス（HNU1-1, HNU-1-2, HNU2, HNU3）が発見された。
  • これらのデルタコロナウイルスの中でS蛋白質の組換えが頻繁に起こっていることが明らかになった。
  • 中国の南海岸は中国の島に存在しているデルタコロナウイルスの祖先を生んだのかもしれない。
2021-02-06
Characterizing and Evaluating the Zoonotic Potential of Novel Viruses Discovered in Vampire Bats
Viruses. 2021 Feb 6;13(2):252.doi: 10.3390/v13020252.
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  • This study demonstrated a case study using both phylogenetics and machine learning models to initially assess viruses detected in vampire bats, a wildlife species in close and frequent contact with humans and domestic animals.
  • GCB analyses of novel vampire bat viruses in the families Hepeviridae, Coronaviridae, Reoviridae, Astroviridae and Picornaviridae indicated most of these novel viruses are medium to low priority for further research.
  • Although one Hepevirus and two Picornaviruses ranked above all other novel taxa discovered in terms of their importance for future research and monitoring, authors also recommend maintaining research and surveillance efforts on rabies virus.
  • この研究では系統解析と機械学習モデルを使用してヒトや家畜と密接・頻繁に接触する野生動物であるコウモリ（ナミチスイコウモリ）から検出されたウイルスを評価するケーススタディーである。
  • その結果、新規ナミチスイコウモリウイルスのうち、へぺウイルス、コロナウイルス、レオウイルス、アストロウイルス、ピコルナウイルス科のウイルスはさらに研究する優先度が低いことが示された。
  • １つのへぺウイルスと２つのピコルナウイルスは他の新規ウイルスよりも優先度が高いことが示されましたが、この研究の著者らは狂犬病ウイルスの研究と監視を維持することが重要であるといっている。
2021-01-16
Complete genome analysis of a novel iflavirus from a leaf beetle, Aulacophora lewisii
Arch Virol. 2021 Jan;166(1):309-312.doi: 10.1007/s00705-020-04859-1. Epub 2020 Oct 27.
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  • In this study, the complete genome sequence of a novel virus discovered from leaf beetle Aulacophora lewisii was determined.
  • The novel virus belongs to the genus Iflavirus, family Iflaviridae, was named "Aulacophora lewisii iflavirus 1" (ALIV1).
  • ALIV1 is most similar to that of Brevicoryne brassicae picorna-like virus.
  • ヒメクロウリハムシから新しいウイルスが発見され、全ゲノム塩基配列が決定された。
  • このウイルスはイフラウイルス科、イフラウイルス属に属し、ヒメクロウリハムシイフラウイルス１（ALIV1）と名付けられました。
  • ALIV1はダイコンハムシピコルナ類似ウイルスに最も近縁なウイルスであることがわかった。
2021-01-06
Multiple Types of Novel Enteric Bopiviruses ( Picornaviridae) with the Possibility of Interspecies Transmission Identified from Cloven-Hoofed Domestic Livestock (Ovine, Caprine and Bovine) in Hungary
Viruses. 2021 Jan 6;13(1):66.doi: 10.3390/v13010066.
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  • Bopivirus of Picornaviridae contains a single uncharacterised sequence (bopivirus A1) with very limited background information.
  • Three novel picornaviruses provisionally called ovipi-, gopi- and bopivirus/Hun from ovine, caprine and bovine respectively
  • Especially, ovipi- and gopivirus could belong to a novel species "Bopivirus B.
  • ピコルナウイルス科のボピウイルスにはひとつのウイルス（ボピウイルスA1）のみが知られていて、情報はほとんどない。
  • 新しい３つの関連ウイルス、羊からオビウイルス、山羊からゴピウイルス、牛からボピウイルスが発見された。
  • 特に、オビウイルスとゴピウイルスは新しいボピウイルスBに属すると考えられる。
2022-04-21
Emerging Novel Reassortant Influenza A(H5N6) Viruses in Poultry and Humans, China, 2021
Emerg Infect Dis. 2022 May;28(5):1064-1066. doi: 10.3201/eid2805.212163.
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  • A novel highly pathogenic avian influenza A(H5N6) clade 2.3.4.4b virus was isolated from a poultry market in China, where a person with a confirmed case had visited.
  • Most genes of the avian and human H5N6 isolates were found to be closely related.
  • The virus showed distinct antigenicity to the Re-11 vaccine strain.
  • 高病原性鳥インフルエンザA（H5N6）ウイルス（クレード2.3.4.4b）に感染した人が訪れた中国の家禽市場から、同ウイルスが検出、同定された。
  • 鳥およびヒトから分離したH5N6の殆どの遺伝子は近縁であった。
  • このウイルスはRe-11ワクチン株とは明らかに異なる抗原性を示した。
2022-04-13
Detection of Phenuiviridae, Chuviridae Members, and a Novel Quaranjavirus in Hard Ticks From Danube Delta
Front Vet Sci. 2022 Apr 13;9:863814. doi: 10.3389/fvets.2022.863814. eCollection 2022.
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  • In 2020, 169 Rhipicephalus sanguineus ticks were collected in Southern Romania from small ruminants and analyzed by high-throughput transcriptome sequencing.
  • Sequences from Phenuiviridae and Chuviridae families, and numerous sequences from a new quaranjavirus-like, tentatively named Cataloi tick quaranjavirus (CTQV) were identified.
  • Phylogenetic analyses showed that CTQV is phylogenetically positioned within a clade that encompasses Ixodidae-borne viruses associated with iguanas, small ruminants, seabirds, and penguins distributed across different geographical areas.
  • 2020年にルーマニア南部で小齧歯類からクリイロコイタマダニ169匹を採集し、ハイスループットシーケンシングでトランスクリプトーム解析を行った。
  • フェニュイウイルス科、Chuウイルス科、および新規のクアランジャウイルス様ウイルス（仮名Cataloiダニクアランジャウイルス：CTQV）のシーケンスが多数確認できた。
  • 系統解析により、このCTQVは、広範な地理的領域に分布するイグアナ、小齧歯類、海鳥、ペンギンのマダニ媒介性ウイルスの系統群に入ることが確認できた。
2022-04-07
Human infection with a reassortant swine-origin influenza A(H1N2)v virus in Taiwan, 2021
Virol J. 2022 Apr 7;19(1):63. doi: 10.1186/s12985-022-01794-2.
Summarize
  • In 2021, for the first time in Taiwan, an influenza A(H1N2)v virus was isolated from a 5-year old girl who was suffering from fever, runny nose and cough.
  • The isolated virus was designated A/Taiwan/1/2021(H1N2)v.
  • Full-genome sequencing and phylogenetic analyses revealed that A/Taiwan/1/2021(H1N2)v is a novel reassortant virus containing hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) gene segments derived from swine influenza A(H1N2) viruses that may have been circulating in Taiwan for decades, and the other 6 internal genes (PB2, PB2, PA, NP, M and NS) are from human A(H1N1)pdm09 viruses.
  • 2021年に台湾で初めて、熱、鼻水、咳の症状のある5歳の女児から、インフルエンザA(H1N2)vウイルスが分離された。
  • この新規ウイルスは、A/Taiwan/1/2021(H1N2)vと名付けられた。
  • このウイルスが、過去何十年も台湾に存在していた豚インフルエンザＡ(H1N2)由来の、ヘマグルチニンとノイラミニダーゼの遺伝子セグメントを持つことが、全ゲノムシーケンシンス解析および系統解析により判明した。さらに、他の6つの遺伝子（PB2、 PB2、PA、NP、M、NS）は、ヒトのインフルエンザA(H1N1) pdm09ウイルスからのものであることが明らかになった。
2022-04-05
Emergence and Evolution of Novel Canine-Avian Reassortant H3N2 Influenza A Viruses in Duck in Leizhou Peninsula, China
Front Microbiol. 2022 Apr 5;13:857800. doi: 10.3389/fmicb.2022.857800. eCollection 2022.
Summarize
  • Six H3N2 subtype influenza viruses were isolated from ducks on the Leizhou Peninsula, China, in 2018-2019.
  • Phylogenetic analysis demonstrated that reassortment of these viruses has occurred among different hosts and subtypes.
  • A novel reassortant influenza virus containing HA and PB2 segments from canine H3N2 virus might have emerged in 2011-2018 according to the time of most recent common ancestor (tMRCA) data.
  • 2018-2019年に、6種のH3N2サブタイプのインフルエンザウイルスを、中国雷州半島のアヒルから分離した。
  • 系統解析により、これらのウイルスの遺伝子再集合が、異なる宿主、サブタイプ間で起こっていることが明らかになった。
  • H3N2犬インフルエンザウイルスのHAおよびPB2セグメントを持つ、新規のH3N2インフルエンザウイルス株が、2011-2018年の間に出現した可能性があることが、祖先ウイルスの存在時期のデータから示唆される。
2022-03-20
Identification of two novel ephemeroviruses in pigs infected by classical swine fever virus
Infect Genet Evol. 2022 Jun;100:105273. doi: 10.1016/j.meegid.2022.105273. Epub 2022 Mar 20.
Summarize
  • The nearly complete genome sequences of the porcine ephemeroviruses1 (PoEV1 strain HeN10) and PoEV2 (strain GDMM7) have been obtained through contig assembly, specific RT-PCR and sequencing.
  • Genome nucleotide sequence analysis showed that PoEV strains HeN10 and GDMM7 have similar genome organization and 66.5% genomic identity to each other.
  • However, both are genetically distant from all members of the Ephemerovirus genus with identity being only 51.1-59.6%, so these appear to represent two new species within the Ephemerovirus genus.
  • 豚エフェメロウイルスPoEV1 (HeN10株)およびPoEV2 (GDMM7株)のほぼ全ゲノム配列を、コンティングアセンブリ、逆転写PCR、シーケンシングにより決定した。
  • ゲノムのヌクレオチド配列の解析により、HeN10とGDMM7はゲノム構成が類似しており、遺伝的同一性が66.5%であることが明らかになった。。
  • しかし、両株はエフェメロウイルス属のどのウイルスとも遺伝的に異なり、同一性は51.1-59.6%にとどまったため、新規変異株であると考えられる。
2022-03-05
Complete genome sequence of a novel arlivirus from a yellow spotted stink bug (Erthesina fullo (Thunberg, 1783))
Arch Virol. 2022 Apr;167(4):1205-1209. doi: 10.1007/s00705-022-05399-6. Epub 2022 Mar 5.
Summarize
  • The complete genome sequence of a novel arlivirus, tentatively named "Nbu stink bug virus 1" (NbuSBV-1), was identified in an individual yellow spotted stink bug, Erthesina fullo.
  • NbuSBV-1 shares 50.54% amino acid sequence identity in the RdRP region with its closest homolog, Lĭshì spider virus 2.
  • NbuSBV-1 is the first arlivirus identified in an insect of the family Pentatomidae.
  • キマダラカメムシ（Erthesina fullo）の新規アリウイルス（仮名Nbu stink bug virus 1、NbuSBV-1）の全ゲノムシーケンスを解析した。
  • NbuSBV-1 のRdRP領域は、最も近縁とされるLĭshì spiderウイルス2のものと、アミノ酸配列の相同性が50.54% であった。
  • NbuSBV-1はカメムシ科の昆虫から初めて検出されたアリウイルスとなった。
2022-01-29
Discovery and Evolutionary Analysis of a Novel Bat-Borne Paramyxovirus
Viruses. 2022 Jan 29;14(2):288. doi: 10.3390/v14020288.
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  • A novel paramyxovirus belonging to genus Jeilongvirus was identified from kidney tissues of bats from two trapping sites of Hainan Province of China.
  • This is the first full-length Jeilongvirus genome (18,095 nucleotides) from bats of genus Hipposideros, which exhibits a canonical genome organization and encodes SH and TM proteins.
  • Results, based on phylogenic analysis and genetic distances, indicate that the novel paramyxovirus formed an independent lineage belonging to genus Jeilongvirus, representing, thus, a novel species.
  • 新規のパラミクソウイルス（ジェイロンウイルス属）が、中国海南省2か所で捕獲されたコウモリの肝臓の組織から分離された。
  • これは、カノニカルゲノム構成を示し、SHとTMタンパク質をエンコードする、カグラコウモリ属のコウモリから初めて得られた、完全長のジェイロンウイルスゲノム（18,095ヌクレオチド）である。
  • 系統分析の結果および遺伝距離から、このパラミクソウイルスはジェイロンウイルス属の独立した系統であることが示唆され、新規種であることが判明した。
2021-11-26
Possible Arbovirus Found in Virome of Melophagus ovinus
Viruses. 2021 Nov 26;13(12):2375. doi: 10.3390/v13122375.
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  • The virome of sheep ked (Melophagus ovinus) has never been studied using modern approaches.
  • This study assembled full genomes for five novel viruses, related to the Rhabdoviridae (Sigmavirus), Iflaviridae, Reoviridae and Solemoviridae families.
  • As Aksy-Durug Melophagus sigmavirus was abile to replicate in the mammalian porcine embryo kidney (PEK) cell line, it can be considered as a possible arbovirus.
  • 羊に寄生する吸血性の外部寄生虫Melophagus ovinusのヴァイロームについては、これまで近代的な方法を用いて研究されたことはない。
  • 本研究では、新規ウイルス5種（ラブドウイルス科、イフラウイルス科、レオウイルス科、ソレモウイルス科）の全ゲノムアセンブリを行った。
  • Aksy-Durug Melophagusシグマウイルスが、豚胎児腎細胞株で増殖できることが確認できたため、節足動物媒介性ウイルスである可能性が考えられる。
2021-11-19
Field surveys in Croatia and North Macedonia reveal two novel phleboviruses circulating in sandflies
J Gen Virol. 2021 Nov;102(11)
Summarize
  • Two novel phleboviruses, provisionally named Zaba virus (ZABAV) and Bregalaka virus (BREV), were isolated from sandflies in Croatia and North Macedonia.
  • Genetic analysis based on complete coding sequences indicated that ZABAV and BREV are distinct from each other and belong to the genus Phlebovirus, family Phenuiviridae.
  • In vivo experimental studies in mice suggest that ZABAV and BREV exhibit characteristics making them possible human pathogens.
  • 新規のフレボウイルス2種が、クロアチアおよび北マケドニアのサシチョウバエから分離され、暫定的にZabaウイルス（ZABAV）およびBregalakaウイルス（BREV）と名付けられた。
  • 全コード配列に基づく遺伝子解析により、ZABAVとBREVは互いに全く異なり、フェヌイウイルス科フレボウイルス属に属することが分かった。
  • マウスを使ったインビボ実験により、ZABAVとBREVにヒトの病原体となり得る特徴があることが判明した。
2021-11-02
Novel phlebovirus-like-AYUT and Stenotrophomonas maltophilia bacterial co-infection in a Rhipicephalus sanguineus s.l. tick
Vet Res Commun. 2022 Feb;46(1):277-282. doi: 10.1007/s11259-021-09855-7. Epub 2021 Nov 2.
Summarize
  • A novel virus named Phlebovirus-like-AYUT and Stenotrophomonas maltophilia bacteria were found in one individual tick (Rhipicephalus sanguineus s.l.) from a dog.
  • The phylogenetic analysis indicated that the virus was related to Phlebovirus in brown dog ticks reported in Trinidad and Tobago.
  • In contrast, it was in a distinct clade from Lihan tick Phlebovirus-Thailand, which was previously found in Rhipicephalus microplus, in Nan Province, Thailand.
  • 新規ウイルスであるフレボウイルス様AYUT(Phlebovirus-like-AYUT)とステノトロホモナス マルトフィリア バクテリアが、犬のダニ1匹(Rhipicephalus sanguineus s.l.)から発見された。
  • 系統分析により、このウイルスがトリニダードトバゴ共和国で報告された、クリイロコイタマダニのフレボウイルス属に近縁であることがわかった。
  • 反対に、タイ王国ナーン県のオウシマダニから発見された、Lihanダニのフレボウイルス属とは異なる系統であることが判明した。
2021-09-27
Identification of a novel filovirus in a common lancehead (Bothrops atrox (Linnaeus, 1758))
J Vet Med Sci. 2021 Sep 27;83(9):1485-1488.doi: 10.1292/jvms.21-0285. Epub 2021 Jul 19.
Summarize
  • A coding-complete sequence of a filovirus from the common lancehead (Bothrops atrox), tentatively named Tapajós virus (TAPV), was identified.
  • The genome organization of TAPV is similar to mammalian filoviruses, while phylogenetic analysis showed that TAPV forms a cluster with a fish filovirus.
  • As TAPV is still distantly related to all the known filoviruses, TAPV can be assigned as a species of a novel genus in Filoviridae.
  • カイサカ(Bothrops atrox)のフィロウイルス（仮名Tapajósウイルス
  • TAPV）のコーディング配列を決定した。
  • TAPVの遺伝子組成は哺乳類のフィロウイルスと類似しているが、系統分析から魚類のフィロウイルスのクラスターに分類できることが示唆された。
  • それでも、TAPVは既知のフィロウイルスとは関係性が低いため、フィロウイルス科の新規の属であると考えられる。
2021-08-14
Novel reassortant of H9N2 avian influenza viruses isolated from chickens and quails in Egypt
Vet World. 2021 Aug;14(8):2142-2149.doi: 10.14202/vetworld.2021.2142-2149. Epub 2021 Aug 20.
Summarize
  • Genetic changes were determined in the sequences of H9N2 AIVs isolated from chicken and quails in Egypt, including determining genetic reassortment and detecting the main genetic changes in hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes.
  • A novel reassortant virus was identified from a commercial chicken flock (A/chicken/Egypt/374V/2016) and quails (A/quail/Egypt/1253V/2016).
  • The reassortant viruses acquired genome segments from the classic Egyptian H9N2 viruses (HA, NA, NP, and M) and those from Eurasian AIVs (PB2, PB1, PA, and NS).
  • エジプトの鶏および鶉から分離された鳥インフルエンザH9N2ウイルスについて、遺伝的再編成を特定し、ヘマグルチニン(HA)とノイラミニダーゼ(NA)の遺伝子変異を発見した。
  • 商用の鶏(A/chicken/Egypt/374V/2016)および鶉(A/quail/Egypt/1253V/2016)から、新規の再集合体ウイルスを分離した。
  • この再集合体ウイルスには、エジプトのH9N2ウイルス（HA、NA、NP、M）の遺伝子分節と、ユーラシア鳥インフルエンザウイルス（PB2、PB1、PA、NS）の遺伝子分節が含まれることが明らかになった。
2021-08-09
Novel cetacean morbillivirus in a rare Fraser's dolphin (Lagenodelphis hosei) stranding from Maui, Hawaii
Sci Rep. 2021 Aug 9;11(1):15986.doi: 10.1038/s41598-021-94460-6.
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  • A novel morbillivirus was identified from a Fraser's dolphin (Lagenodelphis hosei) that stranded in Maui, Hawaii in 2018.
  • Samples of the cerebellum, lung, liver, spleen and lymph nodes were positive for morbillivirus using a reverse transcription-polymerase chain reaction.
  • As Fraser's dolphins are a pelagic species that infrequently strand, a novel strain of CeMV may be circulating in the central Pacific.
  • 新規のモルビリウイルスが、2018年にハワイマウイ島に漂着したサラワクイルカ（Lagenodelphis hosei）から分離された。
  • 逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により、小脳、肺、肝臓、脾臓、リンパ節のサンプルは、モルビリウイルス陽性であることが判明した。
  • サラワクイルカは遠海に生息し、頻繁には漂着しない種であるため、この新規のモルビリウイルスは太平洋沖で見られるものであると推測される。
2021-08-03
Metatranscriptomic analysis identifies different viral-like sequences in two neotropical Mansoniini mosquito species
Virus Res. 2021 Aug;301:198455. doi: 10.1016/j.virusres.2021.198455. Epub 2021 May 17.
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  • This study aimed to characterize the RNA viruses that are interacting with Mansonia wilsoni and Coquillettidia hermanoi mosquito species.
  • In total, 107 viral sequences, 11 of which were assigned as endogenous viral elements, were identified.
  • Almost all segments of an Orthomyxovirus from Ma. wilsoni were identified.
  • All Mansoniini viruses investigated through phylogenetic analysis are closely related to insect-specific viruses found in other mosquito species although with considerable divergence at the amino acid level, suggesting that we have detected new viral lineages.
  • ヌマカ（Mansonia wilsoni及びCoquillettidia hermanoi）のRNAウイルスについて分析した。
  • 11の内在性ウイルス様配列を含む、計107のウイルス配列を特定した。
  • Mansonia wilsoniから得られたオルソミクソウイルスのほぼ全てのセグメントを特定した。
  • 系統解析した全てのMansoniiniウイルスは、他の蚊に見られる昆虫特異的ウイルスと近似しているものの、アミノ酸レベルではかなりの相違があり、新規のウイルス系統であることが示唆される。
2021-08-02
Toyo virus, a novel member of the Kaisodi group in the genus Uukuvirus (family Phenuiviridae) found in Haemaphysalis formosensis ticks in Japan
Arch Virol. 2021 Oct;166(10):2751-2762. doi: 10.1007/s00705-021-05193-w. Epub 2021 Aug 2.
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  • Phenuivirus-like sequences were detected during the surveillance of tick-borne viruses using RNA virome analysis from a pooled sample of Haemaphysalis formosensis ticks collected in Ehime, Japan.
  • Comparisons of the viral amino acid sequences among phenuiviruses indicated that the detected virus shared 46%-70% sequence identity with known members of the Kaisodi group in the genus Uukuvirus.
  • Phylogenetic analysis of the viral proteins showed that the virus formed a cluster with the Kaisodi group viruses, suggesting that this was a novel virus, which was designated "Toyo virus" (TOYOV).
  • 愛媛県で採集されたタカサゴチマダニのサンプルを用い、ダニ媒介性ウイルスのサーベイランスのために行ったRNAバイローム解析により、フェニュイウイルス様のシーケンスが発見された。
  • フェニュイウイルス間のアミノ酸シーケンスの比較から、この発見されたウイルスのシーケンスは、ウクウイルス属Kaisodiグループの既知の種のものと、46-70%同一であることが示された。
  • タンパク質の系統解析でKaisodiグループのウイルスとクラスターを形成したことから、このウイルスが新規のウイルスであることが示唆され、Toyoウイルス（TOYOV）と名付けられた。
2021-07-20
Comparative viromes of Culicoides and mosquitoes reveal their consistency and diversity in viral profiles
Brief Bioinform. 2021 Jul 20;22(4):bbaa323. doi: 10.1093/bib/bbaa323.
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  • Using Culicoides and mosquitoes collected in Yunnan China as reference vectors, a comparative virome strategy was designed to study the viral composition, diversity, hosts and spatiotemporal distribution of Culicoides.
  • Many novel viruses were discovered, including 21 segmented viruses of Flaviviridae, 180 viruses of Monjiviricetes and 130 viruses of Bunyavirales.
  • Culicoides is an important part of viral ecology and should be monitored for potentially emerging viruses.
  • 中国雲南省で採集したヌカカおよび蚊（約3万サンプル）を用い、バイローム（大規模ウイルス配列）解析システムを構築し、ウイルスの構成、多様性、宿主、およびヌカカの分布を調査した。
  • フラビウイルス科の分節ウイルス21種、モンイウイルス綱のウイルス180種、ブニャウイルス目のウイルス130種等、多くの新規ウイルスが確認された。
  • 本研究より、ヌカカがウイルス生態系の重要な一部であり、新規ウイルスの出現をモニターしていく必要があることが明らかになった。
2021-07-12
Exploration of the Ixodes ricinus virosphere unveils an extensive virus diversity including novel coltiviruses and other reoviruses
Virus Evol. 2021 Jul 12;7(2):veab066.doi: 10.1093/ve/veab066. eCollection 2021.
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  • High-throughput sequencing of Belgian I. ricinus ticks collected from six different sites revealed the presence of many different viruses, including Mononegavirales, Bunyavirales, Partitiviridae, and Reoviridae.
  • Several new reoviruses, two of which cluster together with members of the genus Coltivirus, were detected, including a new strain of Eyach virus, a known causative agent of tick-borne encephalitis.
  • Further polymerase chain reaction-based screening of over 230 tick pools for 14 selected viruses indicated the wide spread of these viruses throughout the Belgian tick population.
  • ベルギー国内6か所で採取されたリシヌスマダニを用いた高処理塩基配列決定の結果、モノネガウイルス、ブニャウイルス、パルティティウイルス、レオウイルス等、多種のウイルスの存在が確認された。
  • ダニ媒介性脳炎を媒介するレオウイルス科コルティウイルス属ヤッチウイルスの変異株を含む、複数の新規のレオウイルス科ウイルスを発見した。
  • 230のダニ個体群を用い、14のウイルスについてポリメラーゼ連鎖反応によるスクリーニングを行った結果、これらのウイルスがベルギーのダニに広く感染していることが判明した。
2021-07-05
Novel Paju Apodemus paramyxovirus 1 and 2, harbored by Apodemus agrarius in the Republic of Korea
Virology. 2021 Oct;562:40-49.doi: 10.1016/j.virol.2021.06.011. Epub 2021 Jul 5.
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  • Jeilongvirus has been proposed as a novel paramyxovirus genus found in rodents, bats, and cats.
  • Two genetically distinct novel paramyxoviruses, Paju Apodemus paramyxovirus 1 (PAPV-1) and 2 (PAPV-2) belonged to distinct genetic lineages of Jeilongvirus even though these viruses were originated from A. agrarius.
  • PAPV-1 infected human epithelial and endothelial cells, facilitating the induction of type I/III interferons, interferon-stimulated genes, and pro-inflammatory cytokines.
  • ジェイロングウイルスは、齧歯類、コウモリ、猫に見られる新規のパラミキソウイルスである可能性が示唆されてきた。
  • 本研究により新規のパラミキソウイルスであると確認されたPaju Adodemusパラミキソウイルス1(PAPV-1)と2(PAPV-2)は、互いに遺伝的に異なる上に、ジェイロングウイルスと異なる遺伝的系統であることがわかった。
  • PAPV-1がヒトの腎上皮細胞・内皮細胞に感染し、I型・III型インターフェロンの誘導、インターフェロン誘導性遺伝子の発現、炎症性サイトカインの分泌を促進することが明らかになった。
2021-07-01
Prevalence of a Novel Bunyavirus in Tea Tussock Moth Euproctis pseudoconspersa (Lepidoptera: Lymantriidae)
J Insect Sci. 2021 Jul 1;21(4):5.doi: 10.1093/jisesa/ieab045.
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  • Euproctis pseudoconspersa is a major pest of tea plants, which causes a skin rash.
  • A novel RNA virus, Euproctis pseudoconspersa bunyavirus (Phenuiviridae) was identified and found that it was widely distributed in field populations of E. pseudoconspersa.　
  • The replication of virus in E. pseudoconspersa was indicated by Tag-PCR.
  • チャドクガは茶の主要な害虫であり、ヒトに皮膚発疹を起こすことで知られている。
  • 新規のRNAウイルスであるチャドクガブニヤウイルスを発見し、野生のチャドクガの間で感染が拡大していることを確認した。
  • Tag-PCRにより、この新規ウイルスがチャドクガで複製されていることが確認できた。
2021-06-01
Identification of a novel hantavirus strain in the root vole (Microtus oeconomus) in Lithuania, Eastern Europe
Infect Genet Evol. 2021 Jun;90:104520. doi: 10.1016/j.meegid.2020.104520. Epub 2020 Sep 3.
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  • Authors detected a novel hantavirus in root voles.
  • The newly discovered virus is tentatively named "Rusne virus".
  • Pairwise evolutionary distance analysis confirmed Rusne virus as a strain of the species TRAV/TATV.
  • 著者らはツンドラハタネズミから新しいハンタウイルスを発見した。
  • 新しく発見されたウイルスには「Rusneウイルス」という仮名が付けられた。
  • ペアワイズ進化距離分析により、このRusneウイルスがTRAV／TATV種のストレインであることが確認された。
2021-05-25
Multiple Mammarenaviruses Circulating in Angolan Rodents
Viruses. 2021 May 25;13(6):982.doi: 10.3390/v13060982.
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  • Authors discovered novel mammarenavirus-like viruses in rodents at Angola.
  • These are novel Okahandja-related virus (Bitu virus), novel Mobala-like mammarenavirus (Kwanza virus).
  • Authors did not detect hantaviruses in these rodents.
  • 著者らはアンゴラのげっ歯類から新しいアレナウイルスを発見した。
  • これらのウイルスはBituウイルスやKwanzaウイルスと命名された。
  • 著者らはこれらのげっ歯類からハンタウイルスは検出されなかったといっている。
2021-05-19
Sequences of Previously Unknown Rhabdoviruses Detected in Bat Samples from the Republic of the Congo
Vector Borne Zoonotic Dis. 2021 May 19.doi: 10.1089/vbz.2020.2736. Online ahead of print.
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  • Four novel rhabdoviruses were discovered from bats in the Republic of the Congo.
  • Surveillance regarding novel rhabdoviruses and bats are needed.
  • コンゴ共和国のコウモリから４種類の新規ラブドウイルスが発見された。
  • これらの新規ウイルスとコウモリのサーベイランスが必要である。
2021-04-27
Isolation and Identification of a Novel Phlebovirus, Hedi Virus, from Sandflies Collected in China
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):772.doi: 10.3390/v13050772.
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  • Novel phebovirus, Hedi virus (HEDV), was discovered from sandflies in China.
  • Phylogenetic analysis indicated that HEDV is close to RVFV and distinct from other phleboviruses.
  • Authors mentioned that it is necessary to increase the monitoring of these phleboviruses.
  • 新規フレボウイルスが中国のサシショウバエから発見された（Hedi virus; HEDV）。
  • 系統解析からリフトバレーウイルスに近縁で、他のフレボウイルスとは離れていることがわかった。
  • 著者らはフレボウイルスのこのウイルスの監視を続ける必要があるといっている。
2021-04-27
Virome Diversity among Mosquito Populations in a Sub-Urban Region of Marseille, France Virus, from Sandflies Collected in China
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):768.doi: 10.3390/v13050768.
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  • Mosquito species have significant public health importance to transmit major diseases such as Dengue, Chikungunya and Zika to humans and animals.
  • Authors analyzed DNA and RNA from mosquitoes using high throughput sequencing techniques.
  • They found novel viruses including Rhabdoviridae, Totiviridae, Iflaviviridae, Circoviridae, and Sobemoviridae families.
  • 蚊はデング熱、チクングニア、ジカ熱のような公衆衛生上重要となる感染症を運ぶので要注意である。
  • 著者らはハイスループットシーケンサーによる蚊のDNAやRNAの解析を実施した。
  • その結果、ラブドウイルス科、トチウイルス科、イフラウイルス科、サーコウイルス科、ソベモウイルス科の新規ウイルスを発見した。
2021-04-21
Mining of the water hyssop (Bacopa monnieri) transcriptome reveals genome sequences of two putative novel rhabdoviruses and a solendovirus
Arch Virol. 2021 Apr 21.doi: 10.1007/s00705-021-05061-7. Online ahead of print.
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  • Novel rhabdoviruses, "Bacopa monnieri virus 1" (BmV1), "Bacopa monnieri virus 2" (BmV2), and "Bacopa monnieri virus 3" (BmV3), were discovered in water hyssop, which is a medically important herb.
  • BmV1, BmV2, and BmV3 are thought to be classified as new members of the genera Cytorhabdovirus, Betanucleorhabdovirus, and Solendovirus, respectively.
  • 新しいラブドウイルス、"Bacopa monnieri virus 1（オトメアゼナウイルス１）" (BmV1), "Bacopa monnieri virus 2" (BmV2), and "Bacopa monnieri virus 3" (BmV3)が医学分野で重要なハーブであるオオバコ科のオトメアゼナから発見された。
  • BmV1はサイトラブドウイルス属、BmV2はベータヌクレオラブドウイルス、BmV3はソレンドウイルス属の新しいウイルスに分類される可能性がある。
2021-04-21
Novel quaranjavirus and other viral sequences identified from ticks parasitizing hunted wildlife in Trinidad and Tobago
Ticks Tick Borne Dis. 2021 Jul;12(4):101730.doi: 10.1016/j.ttbdis.2021.101730. Epub 2021 Apr 21.
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  • High throughput sequencing was used to explore the viromes of two tick species, Amblyomma dissimile and Haemaphysalis juxtakochi, removed from hunted wildlife (three iguanas and one red brocket deer) in Trinidad and Tobago.
  • Sequences from 3 new viral species, from the viral families Orthomyxoviridae, Chuviridae and Tetraviridae in A. dissimile were identified.
  • No viral sequences were identified in H. juxtakochi.
  • トリニダード
  • トバゴ共和国の野生動物（3頭イグアナ１頭のマザマジカ）から得られた2種のダニ（マダニAmblyomma dissimileとチマダニHaemaphysalis juxtakochi）のバイロームを、次世代シーケンサー用いて調べた。
  • マダニAmblyomma dissimileから、オルトミクソウイルス科、Chuviridae科、テトラウイルス科に属する、3種の新規ウイルスのシーケンスが同定された。
  • チマダニからはウイルスは同定されなかった。
2021-04-15
Identification and characterization of a novel rhabdovirus in green rice leafhopper, Nephotettix cincticeps
Virus Rrs. 2021 Apr 15;296:198281.doi: 10.1016/j.virusres.2020.198281. Epub 2021 Feb 3.
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  • Novel rhabdovirus, Nephotettix cincticeps negative-stranded RNA virus-1 (NcNSRV-1), was discovered from green rice leafhopper.
  • NcNSRV-1 has an additional gene, P6, compared with other rhabdoviruses.
  • NcNSRV-1 has a unique transcription initiation sequence.
  • 新しいラブドウイルスがツマグロヨコバイ（カメムシ目）から発見された。Nephotettix cincticeps negative-stranded RNA virus-1 (NcNSRV-1)
  • NcNSRV-1は他のラブドウイルスには見られないP6という遺伝子を持っている。
  • このウイルスはユニークな転写開始配列を持っている。
2021-04-11
The virome of rhipicephalus, dermacentor and haemaphysalis ticks from eastern romania includes novel viruses with potential relevance for public health
Transbound Emerg Dis. 2021 Apr 11.doi: 10.1111/tbed.14105. Online ahead of print.
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  • More than 500 ticks were collected from Romania located at the intersection of various biotopes, countries and routes of migrations.
  • Novel viruses belonging to Flaviviridae, Phenuiviridae and Nairoviridae families were identified and full genomes were derived.
  • 様々な経路の交差点のようになっているルーマニアで500以上のダニを採取してウイルスの解析が実施された。
  • これらのダニから、フラビウイルス、フェヌイウイルス、ナイロウイルス科に属する新規ウイルスが発見され、全ゲノムの塩基配列が決定された。
2021-03-26
Emergence of New Phylogenetic Lineage of Influenza D virus with Broad Antigenicity in California, United States
Emerg Microbes Infect. 2021 Dec;10(1):739-742.doi: 10.1080/22221751.2021.1910078.
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  • Novel phylogenetic lineage of influenza D virus was identified in bovines across North America and Eurasia.
  • 北アメリカからユーラシア大陸にかけて、牛からインフルエンザDウイルスの新しい系統を発見した。
2021-03-25
Genetic characteristics and pathogenicity of novel reassortant H6 viruses isolated from wild birds in China
Vet Microbiol. 2021 Mar;254:108978.doi: 10.1016/j.vetmic.2021.108978. Epub 2021 Jan 6.
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  • Novel reassortant strains of H6 avian influenza virus were isolated from fecal samples of wild birds in China.
  • These H6 viruses replicated efficiently in both the nasal turbinates and lungs of mice, but none of them were lethal for mice.
  • 中国の野鳥からH6鳥インフルエンザウイルスの新しいリアソータントが発見された。
  • これらのウイルスはマウスの鼻甲介や肺で良く増えたが、マウスに致死的ではなかった。
2021-03-08
Discovery and genetic characterization of a novel orthonairovirus in Ixodes ricinus ticks from Danube Delta
Infect Genet Evol. 2021 Mar;88:104704.doi: 10.1016/j.meegid.2021.104704. Epub 2021 Jan 5.
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  • A novel orthonairovirus, Sulina virus, was discovered in Ixodes ricinus ticks by transcriptome sequencing of ticks.
  • Phylogenetic analysis indicated that the novel virus is in the Orthonairovirus genus as a new genogroup closely related to Tamdy orthonairovirus.
  • The Sulina virus is an orthonairovirus associated with the virome of Ixodes ricinus.
  • リシヌスマダニのトランスクリプトーム解析により新しいオルトナイロウイルス（Sulinaウイルス）が発見された。
  • 系統解析からこのウイルスはオルトナイロウイルス属のTamdyオルトナイロウイルスに近縁な新しい遺伝子型のウイルスであることが明らかになった。
  • Sulinaウイルスはリシヌスマダニに特有のウイルスである。
2021-02-06
Characterizing and Evaluating the Zoonotic Potential of Novel Viruses Discovered in Vampire Bats
Viruses. 2021 Feb 6;13(2):252.doi: 10.3390/v13020252.
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  • This study demonstrated a case study using both phylogenetics and machine learning models to initially assess viruses detected in vampire bats, a wildlife species in close and frequent contact with humans and domestic animals.
  • GCB analyses of novel vampire bat viruses in the families Hepeviridae, Coronaviridae, Reoviridae, Astroviridae and Picornaviridae indicated most of these novel viruses are medium to low priority for further research.
  • Although one Hepevirus and two Picornaviruses ranked above all other novel taxa discovered in terms of their importance for future research and monitoring, authors also recommend maintaining research and surveillance efforts on rabies virus.
  • この研究では系統解析と機械学習モデルを使用してヒトや家畜と密接・頻繁に接触する野生動物であるコウモリ（ナミチスイコウモリ）から検出されたウイルスを評価するケーススタディーである。
  • その結果、新規ナミチスイコウモリウイルスのうち、へぺウイルス、コロナウイルス、レオウイルス、アストロウイルス、ピコルナウイルス科のウイルスはさらに研究する優先度が低いことが示された。
  • １つのへぺウイルスと２つのピコルナウイルスは他の新規ウイルスよりも優先度が高いことが示されましたが、この研究の著者らは狂犬病ウイルスの研究と監視を維持することが重要であるといっている。
2021-01-06
Genetic and Antigenetic Characterization of the Novel Kotalahti Bat Lyssavirus (KBLV)
Viruses. 2021 Jan 6;13(1):69.doi: 10.3390/v13010069.
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  • Novel Kotalahti bat lyssavirus (KBLV) was discovered from a dead Brandt's bat (Myotis brandtii), which was positive for rabies virus.
  • M. brandtii is likely the reservoir host of Rhabdoviruses.
  • Authors recommend KBLV as a novel species within the Lyssavirus genus.
  • 新しいリッサウイルス（Kotalahti bat lyssavirus; KBLV)が死亡したウスリホオヒゲコウモリ（ホオヒゲコウモリ属）から発見された。
  • ホオヒゲコウモリ属はラブドウイルスのレゼルボアになっている可能性がある。
  • 著者はらこの新しいウイルスがリッサウイルス属の新種であると考えている。

2021
Novel herpesvirus discovered in walrus liver
Sumiya Borjigin,Nanako Osawa,Kaixin Li,Yukie Katayama,Yoshio Kawamura,Makoto Haritani,Shinji Makino,Testuya Mizutani,Mami Oba
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  • A walrus fed with animal formula died in an aquarium in Japan.
  • Autopsy revealed multiple necrosis of the liver and adrenal glands.
  • Electron microscopy of the liver tissue revealed Herpesvirus-like particles with a tegument structure.
  • We named this novel herpesvirus walrus alphaherpesvirus 1 (WaHV-1) based on partial genome sequences from high-throughput sequencing.
  • Phylogenetic analysis revealed that WaHV-1 was closely related to Phocid herpesvirus 1 (PhHV-1), which has caused outbreaks in harbor seals.
  • 人工乳で育てられた日本の水族館のセイウチが11カ月令で死亡した。剖検により肝臓と副腎の複数の壊死が明らかになった。
  • 肝臓組織の電子顕微鏡検査により、ヘルペスウイルスに特徴的なテグメント構造を持つ粒子が確認された。
  • 次世代シークエンサーによって明らかにされた部分的なゲノム配列に基づいて、この新しいウイルスはセイウチアルファヘルペスウイルス1（WaHV-1）と名付けられた。
  • 系統発生分析により、WaHV-1はゼニガタアザラシでアウトブレイクを引き起こしたアザラシヘルペスウイルス1（PhHV-1）と密接に関連していることが明らかになった。
2021
Isolation and characterization of mammalian orthoreovirus type 3 from a fecal sample from a wild boar in Japan
Wenjing Zhang,Michiyo Kataoka,Yen Hai Doan,Toru Oi,Tetsuya Furuya,Mami Oba,Tetsuya Mizutani,Tomoichiro Oka,Tian-Cheng Li,Makoto Nagai
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  • A mammalian orthoreovirus (MRV) was firstly identified in a fecal sample of wild boar in Japan.
  • This MRV was classified as MRV3; however, shared the L2, L3, and M3, and S2 gene sequence identities with an MRV2 from a lion in a Japanese zoo and a human MRV2, respectively.
  • Recombination event was firstly found in the M2 gene.
  • This Japanese MRV from wild boar might be generated by reassortment and recombination events between MRVs from several host origin in Japan.
  • イノシシから初めてとなる哺乳類オルソレオウイルス(MRV)が日本で分離されました。
  • このウイルスはMRV3に分類されましたが、L2、L3およびM3遺伝子は日本の動物園ライオンと、S2遺伝子は日本でヒトから分離されたMRV2と相同性を持っておりました。
  • 遺伝子組換えがM2遺伝子に初めて確認されました。
  • この我が国のイノシシ由来のMRVは我が国においていくつかの宿主由来のMRVと遺伝子再集合および遺伝子組換えにより生じたと考えられました。
2020
Multiple genotypes of enterovirus G viruses carrying a papain-like cysteine protease (PL-CP) sequence circulating in two pig farms in Japan: First identification of enterovirus G10 carrying a PL-CP sequence
Yuya Sekiguchi, Ayaka Nagata, Fujiko Sunaga, Toru Oi, Ryo Imai, Hiroo Madarame, Yukie Katayama, Mami Oba, Tamaki Okabayashi, Naoaki Misawa, Tomoichiro Oka, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Enterovirus G10 genotype-based recombination (type 1 recombination) with torovirus was firstly discovered in Japanese farm.
  • We detected the recombination virus G1, G8, G10, G17 genotypes.
  • This recombination events were thought to occur multiple circulating enterovirus G genotypes on the farms.
  • エンテロウイルスG10をベースにしたトロウイルスとのタイプ１組換えウイルスを日本の養豚場で発見しました。
  • ほかにもエンテロウイルスG1, G8, G17ベースの組換えウイルスも発見しました。
  • このウイルス科を越えたゲノムの組換えは様々なエンテロウイルスが養豚場で蔓延していることで発生すると考えられます。
2020
Genetic diversity of Enterovirus G detected in fecal samples of wild boars in Japan: identification of novel genotypes carrying a papain-like cysteine protease sequence
Ayaka Nagata, Yuya Sekiguchi, Toru Oi, Fujiko Sunaga, Hiroo Madarame, Ryo Imai, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Junsuke Shirai, Tamaki Okabayashi, Naoaki Misawa, Tomoichiro Oka, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • 37.5% of wild boar fecal samples were entrovirus G (EV-G) positive in Japan.
  • 11 samples had a papain-like cysteine protease (PL-CP) sequence, which is called Type 1 recombinant EV-G.
  • Type 1 recombinant EV-G was recombinant virus between enterovirus and torovirus.
  • This is a first report of discovery of Type 1 recombinant EV-G in wild boars.
  • 日本の猪の糞便を調査したところ、37.5%でエンテロウイルスG（EV-G）が検出された。
  • このうち、１１サンプルはType 1 recombinant EV-G（EV-Gのゲノムにパパイン様システインプロテアーゼが挿入されている）であった。
  • Type 1 recombinant EV-Gはエンテロウイルスとトロウイルスの組み換えウイルスである。
  • これまで豚ではType 1 recombinant EV-Gの感染が報告されているが、猪では初めての報告である。
2019
Complete genome sequencing and genetic analysis of a Japanese porcine torovirus strain detected in swine feces
Yuki Fujii, Yuki Kashima, Fujiko Sunaga, Hiroshi Aoki, Ryo Imai, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Satoko Tsuzuku, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
Summarize
  • Complete genome of a porcine torovirus (PToV) strain discovered in Japan was sequenced.
  • The PToV composed at least 3 genome backgrounds (US, Chinese and German strains).
  • HE coding region exhibits the highest diversity, and the most sequence variation was found in the lectin domain.
  • 日本で発見した豚トロウイルスの全ゲノム塩基配列を決定した。
  • この豚トロウイルスは少なくとも３つの異なる株（アメリカ、中国、ドイツ株）から構成されていることがわかった。
  • HEコーディング領域は最も高い多様性を示し、特にレクチン領域で最も変異が認められた。
2019
First identification of Sapoviruses in wild boar
Risako Katsuta, Fujiko Sunaga, Toru Oi, Yen Hai Doan, Satoko Tsuzuku, Yoshihisa Suzuki, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
Summarize
  • We identified Saperovirus (SaV) in fecal samples of wild boars in Japan for the first time.
  • We successfully determined complete genome of Group (G) V and GVI of SaV strains
  • The GVI SaV was assigned to a new genotype within GVI.
  • Wild boar may act as a reservoir for transmission of SaVs to the pig population
  • 日本で初めて野生の猪の糞便からサペロウイルスを検出した。
  • そして、グループVとVIのサペロウイルスについて全ゲノム塩基配列を決定した。
  • グループVIのサペロウイルスは新しい遺伝子型のウイルスである。
  • 野生の猪は養豚場へサペロウイルスを伝播するレゼルボアになっているかもしれない。
2019
Complete genome sequencing and genetic characterization of porcine sapovirus genogroup (G) X and GXI: GVI, GVII, GX, and GXI sapoviruses share common genomic features and form a unique porcine SaV clade
Fujiko Sunaga, Tsuneyuki Masuda, Hiroshi Aoki, Mika Ito, Kaori Sano, Yuki Naoi, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
Summarize
  • Four Sapovirus (SaV) full genome sequences were determined in this study.
  • The GX and GXI SaVs genome size were shorten than other SaVs.
  • The GX and GXI SaVs evolved from a common ancestor.
  • ブタサポウイルスの４株の全ゲノム塩基配列を決定した（GXを２株、GXIを２株）。
  • GXとGXI株のゲノムサイズは他のサポウイルスよりも短いことがわかった
  • GXとGXI株は共通祖先から分岐してきたと考えられる。
2019
Phylogenetic analysis of novel posaviruses detected in feces of Japanese pigs with posaviruses and posa-like viruses of vertebrates and invertebrates
Hiroshi Aoki, Fujiko Sunaga, Hideharu Ochiai, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Masataka Akagami, Yuki Naoi, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Shoichi Sakaguchi, Tetsuya Furuya, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
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  • The 11 posavirus (PsV)-like sequences in porcine feces were identified in this study.
  • PsV 8 and 9, PsV-like virus (fisavirus and basavirus) formed invertebrates infecting group.
  • PsV except for invertebrates group were classified vertebrates infecting group.
  • 本研究ではブタの糞便から得られた11種類のポサウイルス様ウイルスのゲノム配列の決定を行った。
  • ポサウイルス8と9およびポサウイルス様ウイルスのフィサウイルスとバサウイルスは無脊椎動物に感染する
  • それ以外のポサウイルスは脊椎動物に感染することが明らかになった。
2019
Complete genomic analysis and molecular characterization of Japanese porcine sapeloviruses
Fujiko Sunaga, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Masataka Akagami, Yuki Naoi, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Shoichi Sakaguchi, Tetsuya Furuya, Hiroshi Yamasato, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Genomes of 23 Porcine Sapeloviruses (PSVs) detected in Japanese pigs were analyzed using bioinformatics.
  • Secondary structures of the internal ribosome entry site in the 5' untranslated region and a cis-replication element in the 2C coding region were conserved among PSVs.
  • Genetic diversity and frequent recombination events were observed among PSVs.
  • 本研究では２３種のブタサポウイルスのゲノム解析を実施した。
  • 5’非翻訳領域のキャップ非依存性翻訳領域と2C領域のシス複製エレメントはブタサペロウイルスの中で保存されていた。
  • ブタサペロウイルスでは遺伝的多様性のあることと頻繁に組換えが起こっていることが明らかになった。
2019
A novel defective recombinant porcine enterovirus G virus carrying a porcine torovirus papain-like cysteine protease gene and a putative anti-apoptosis gene in place of viral structural protein genes
Ryo Imai, Makoto Nagai, Mami Oba, Shoichi Sakaguchi, Makoto Ujike, Ruka Kimura, Moeko Kida, Tsuneyuki Masuda, Moegi Kuroda, Rongduo Wen, Kaixin Li, Yukie Katayama, Yuki Naoi, Shinobu Tsuchiaka, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Yamazato, Shinji Makino, Tetsuya Mizutani
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  • Type 1 recombinant EV-Gs (Enterovirus G) are detected in pig feces in Japan carrying the PLPC (papain-like cysteine protease) gene of torovirus at the junction site of 2C/3A genes.
  • In this study, we discovered a novel type 2 recombinant EV-G carrying the PLCP gene with flanking sequences in place of the viral structural genes in pig feces in Japan.
  • The phylogenetic analysis suggested that type 1 and 2 recombinant EV-Gs have independently evolved.
  • Type 1 recombinant EV-G might have served as a helper virus of type 2 virus.
  • これまで我々は豚トロウイルスのPLCP（パパイン様セリンプロテアーゼ）遺伝子が豚エンテロウイルスGのゲノムに組み込まれた1型組換えエンテロウイルスを発見して報告してきた。
  • 本研究では、日本の豚農場から構造タンパク質を欠失し、その部分にPLCPなどが挿入された2型組換え豚エンテロウイルスを発見した。
  • 系統解析から1型と2型の組換え豚エンテロウイルスは別々に進化してきたことが示唆された。
  • 1型組換え豚エンテロウイルスは2型ウイルスのヘルパーウイルスとして機能しているかもしれない。
2019
An African pygmy hedgehog adenovirus 1 (AhAdV-1) outbreak in an African pygmy hedgehog ( Atelerix albiventris) colony in Japan
H Ochiai, K Tamukai, Y Akabane, M Oba, T Omatsu, A Okumura, T Mizutani, H Madarame
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  • An African pygmy hedgehog adenovirus 1 (AhAdV-1) outbreak in a colony of African pygmy hedgehogs (APHs) with a case of fatal pneumonia occurred in Japan.
  • Five viral infected APHs died caused by severe pneumonia and death in one case.
  • AhAdV-1 is a novel adenovirus and is suspected to be an emerging pathogen.
  • 日本のハリネズミのコロニーでハリネズミアデノウイルス1が致命的な肺炎を起こしたケースを報告した。
  • 5匹が重篤な肺炎を呈し、1匹が死亡した。
  • ハリネズミアデノウイルス１は新しいアデノウイルスであり新興感染症といえるであろう。
2019
The complete genomic sequence of Rhinolophus gammaherpesvirus 1 isolated from a greater horseshoe bat
Keita Noguchi, Ryusei Kuwata, Hiroshi Shimoda, Tetsuya Mizutani, Eiichi Hondo, Ken Maeda
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  • We successfully isolated a novel herpesvirus from the spleen of a greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) in Japan.
  • This herpesvirus was a novel gammaherpesvirus (Rhinolophus gammaherpesvirus 1; RGHV-1).
  • 12 of the 84 genes predicted to contain open reading frames did not show any homology to those of other herpesviruses.
  • 我々はキクガシラコウモリの脾臓から新しいヘルペスウイルスを分離した。
  • このヘルペスウイルスはγヘルペスウイルスに属することがわかった。
  • このウイルスの84遺伝子のうち12については既存のヘルペスウイルスとの相同性がなかったことからも、新しいウイルスであることが証明された。
2018
Metagenomic identification and sequence analysis of a Teschovirus A-related virus in porcine feces in Japan, 2014-2016
Mami Oba, Yuki Naoi, Mika Ito, Tsuneyuki Masuda, Yukie Katayama, Shoichi Sakaguchi, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Hiroshi Yamasato, Fujiko Sunaga, Shinji Makino, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Teschovirus-like viruses were identified in fecal samples from pigs with or without diarrhea.
  • They were distantly related to the Teschovirus A in the phylogenetic trees.
  • They may represent a novel species in the genus Teschovirus.
  • テシオウイルスに類似したウイルスが下痢症または下痢を伴わない豚に糞便から検出されました。
  • 系統樹解析では、これらのウイルスはテシオウイルスAと異なっていることが示されました。
  • これらのウイルスはテシオウイルス属の中の新しい種である可能性が示されました。
2018
Whole genome analysis of a novel picornavirus related to the Enterovirus/Sapelovirus supergroup from porcine feces in Japan.
Tsuneyuki Masuda, Fujiko Sunaga, Yuki Naoi, Mika Ito, Hiroki Takagi, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Shoichi Sakaguchi, Tetsuya Furuya, Hiroshi Yamasato, Junsuke Shirai, Shinji Makino, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • A novel picornavirus, SPPVJ, was identified in pig feces by using a metagenomics approach.
  • SPPVJ was organized like a standard picornavirus genome with a type IV IRES.
  • SPPVJ was related to bat picornaviruses isolated from bat feces in China.
  • SPPVJ were detected in 17.8% (19/107) of the feces from pigs in Japan.
  • メタゲノム解析により新しいピコルナウイルスであるSPPVJが豚の糞便中から発見されました。
  • SPPVJは基本的なピコルナウイルスの遺伝子構造を有し、タイプIVのIRESを5'日翻訳領域に保有していました。
  • SPPVJは中国のコウモリの糞便から検出されたピコルナウイルスに類似していました。
  • SPPVJ遺伝子は17.8%(107頭中19頭)の豚の糞便に見いだされ、すでに日本に浸潤していることが示唆されました。
2018
Whole genome analysis of a novel neurotropic bovine astrovirus detected in a Japanese black steer with non-suppurative encephalomyelitis in Japan
Yoshimasa Hirashima, Daisuke Okada, Shoichi Shibata, Shu Yoshida, Shoichiro Fujisono, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • A neurotropic bovine astrovirus was firstly identified in the brain of a steer showing neurological signs in Japan.
  • Based on phylogenetic analisis, this strain belongs to the Virginia/Human-Mink-Ovine clade, which contains most of the neurotropic astroviruses.
  • This strain is thought to be generated by intra-genotypic recombination events between American and Europian bovine neurotropic astroviruses.
  • 神経親和性を有する牛アストロウイルスが初めて日本で検出されました。
  • 系統樹解析で本ウイルスはほとんどの神経親和性アストロウイルス株が属するバージニア/HMOクレードに分類されました。
  • 本株は神経親和性牛アストロウイルスアメリカ株とヨーロッパ株との遺伝子相動性組換えにより生じたと考えられました。
2018
Genetic diversity and recombination of enterovirus G strains in Japanese pigs: High prevalence of strains carrying a papain-like cysteine protease sequence in the enterovirus G population.
Shinobu Tsuchiaka, Yuki Naoi, Ryo Imai, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Masataka Akagami, Yoshinao Ouchi, Kazuo Ishii, Shoichi Sakaguchi, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Mami Oba, Junsuke Shirai, Yuki Satani, Yasuhiro Takashima, Yuji Taniguchi, Masaki Takasu, Hiroo Madarame, Fujiko Sunaga, Hiroshi Aoki, Shinji Makino, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Enterovirus G genomes were detected using metagenomics approach in fecal samples of pigs in Japan.
  • These strains were classified into 8 groups (G1, 2, 3, 4, 6, 9, 10, and new) including a novel genotype.
  • Interestingly, 17 (16 G1 and one G2) of 59 strains carried a papain-like cysteine protease sequence of porcine torovirus.
  • The high prevalence of viruses with a papain-like cysteine protease sequence was firstly reported.
  • メタゲノム解析により日本の豚の糞便よりエンテロウイルスG遺伝子が検出されました。
  • これらのウイルス株は新しい遺伝子型を含む8つの遺伝子型(G1, 2, 3, 4, 6, 9, 10および新型）に分類されました。
  • 59株中17株(G1が16株およびG2が1株)は豚トロウイルスのパパイン様システインプロテアーゼの遺伝子配列をゲノム中に保有していました。
  • パパイン様システインプロテアーゼ配列を高率に保有しているエンテロウイルスGが報告されるは今回が初めてです。
2018
Characterization of a novel thogotovirus isolated from Amblyomma testudinarium ticks in Ehime, Japan: A significant phylogenetic relationship to Bourbon virus
Hiroko Ejiri, Chang-Kweng Lim, Haruhiko Isawa, Ryosuke Fujita, Katsunori Murota, Tomomi Sato, Daisuke Kobayashi, Miki Kan, Masashi Hattori, Toshiya Kimura, Yukie Yamaguchi, Mutsuyo Takayama-Ito, Madoka Horiya, Guillermo Posadas-Herrera, Shohei Minami, Ryusei Kuwata, Hiroshi Shimoda, Ken Maeda, Yukie Katayama, Tetsuya Mizutani, Masayuki Saijo, Koki Kaku, Hiroto Shinomiya, Kyoko Sawabe
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  • We discovered a novel thogotovirus, designated Oz virus (OZV), isolated from the hard tick Amblyomma testudinarium in Japan.
  • OZV could replicate in BHK-21 and DH82 cells and caused high mortality in suckling mice after intracerebral inoculation
  • Phylogenetic analyses indicated that OZV is most closely related to Bourbon virus, which is a human-pathogenic thogotovirus discovered recently in the United States.
  • 我々は日本においてタカサゴキララマダニから新しいトゴトウイルス科のウイルス（Ozウイルスと命名）を発見した。
  • Ozウイルスはハムスターなどの細胞で増殖し、マウスに脳内接種すると死亡することがわかった。
  • 系統解析からOzウイルスはバーボンウイルス（最近米国で報告されたヒトに病原性のあるトゴトウイルス）に近縁であることが明らかになった。
2018
Isolation and characterization of Kabuto Mountain virus, a new tick-borne phlebovirus from Haemaphysalis flava ticks in Japan
Hiroko Ejiri, Chang-Kweng Lim, Haruhiko Isawa, Yukie Yamaguchi, Ryosuke Fujita, Mutsuyo Takayama-Ito, Ryusei Kuwata, Daisuke Kobayashi, Madoka Horiya, Guillermo Posadas-Herrera, Itoe Iizuka-Shiota, Satsuki Kakiuchi, Yukie Katayama, Toshihiko Hayashi, Toshinori Sasaki, Mutsuo Kobayashi, Shigeru Morikawa, Ken Maeda, Tetsuya Mizutani, Koki Kaku, Masayuki Saijo, Kyoko Sawabe
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  • We discovered a novel member of the genus Phlebovirus designated as Kabuto Mountain virus (KAMV), which was isolated from the ixodid tick Haemaphysalis flava in Japan.
  • KAMV could infect and replicate in some rodent cell lines and showed pathogenicity in suckling mice.
  • This is the first report showing the existence of a previously unrecognized TBPV (tick-borne phleboviruses) in Japan, other than the SFTS (severe fever with thrombocytopenia syndrome) virus.
  • 我々は日本においてダニから新しいフレボウイルス（KAMVと命名）を発見した。
  • KAMVはげっ歯類の細胞で増殖し、マウスに病原性を示した。
  • これは日本においてSFTSV（重症熱性血小板減少症候群ウイルス）以外のダニ媒介性フレボウイルスの存在を示した初めての報告である。
2017
Genetic diversity and intergenogroup recombination events of sapoviruses detected from feces of pigs in Japan.
Moegi Kuroda, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Yuki Naoi, Yen Hai Doan, Kei Haga, Shinobu Tsuchiaka, Mai Kishimoto, Kaori Sano, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Mami Oba, Hiroshi Aoki, Toru Ichimaru, Fujiko Sunaga, Itsuro Mukono, Hiroshi Yamasato, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
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  • Nearly complete genome sequences of sapovirus from pigs were identified.
  • They were classified into seven genogroups.
  • Nearly complete genome sequences of GX and GXI represent the first report.
  • Possible intergenogroup recombination event was identified.
  • サポウイルスのほぼ完全遺伝子配列が豚から検出されました。
  • これらは7つの遺伝子型に分類されました。
  • 遺伝子型のうち、GXとGXIのほぼ完全遺伝子配列の報告は今回が初めてです。
  • 遺伝子組換えの可能性が複数の株で見つかりました。
2017
Complete genome analysis of porcine kobuviruses from the feces of pigs in Japan
Masataka Akagami, Mika Ito, Kazutaka Niira, Moegi Kuroda, Tsuneyuki Masuda, Kei Haga, Shinobu Tsuchiaka, Yuki Naoi, Mai Kishimoto, Kaori Sano, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Aoki, Yukie Katayama, Mami Oba, Tomoichiro Oka, Toru Ichimaru, Hiroshi Yamasato, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Twenty-four nearly complete genomes of porcine kobuvirus were detected in feces of pigs with or without diarrhea in Japan.
  • Japanese porcine kobuviruses shared 85.1-98.3% complete coding nucleotide sequences with porcine kobuviruses from other countries.
  • Phylogenetic tree analyses revealed that porcine kobuviruses were not grouped according to their geographical region of origin.
  • Similarity plot analysis revealed that multiple recombination events have been contributed to the genetic diversity and evolution of porcine kobuviruses.
  • 24株の豚コブウイルス遺伝子を下痢または下痢を伴わない日本の豚の糞便から検出しました。
  • 日本の豚コブウイルスは国外株に対して86.1～98.3%の遺伝子全長の相同性が確認されました。
  • 系統樹解析の結果、豚コブウイルスは分離された地域と遺伝子の相関性は見出せませんでした。
  • 相同性解析の結果、いくつもの遺伝子組換えが発見され、豚コブウイルスの遺伝子多様性と進化に関わっていると考えられました。
2017
Whole genome analysis of porcine astroviruses detected in Japanese pigs reveals genetic diversity and possible intra-genotypic recombination.
Mika Ito, Moegi Kuroda, Tsuneyuki Masuda, Masataka Akagami, Kei Haga, Shinobu Tsuchiaka, Mai Kishimoto, Yuki Naoi, Kaori Sano, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Mami Oba, Hiroshi Aoki, Toru Ichimaru, Itsuro Mukono, Yoshinao Ouchi, Hiroshi Yamasato, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Nearly complete genome of Japanese porcine astroviruses were sequenced and analyzed.
  • They were classified into four genotypes.
  • Multiple possible intra-genotype recombination events were observed.
  • Recombination processes may play an important role in the evolution of porcine astroviruses.
  • ほぼ完全長の豚アストロウイルス遺伝子を検出し、解析しました。
  • これらは4つの遺伝子型に分類されました。
  • 複数の種内遺伝子組換えが見つかりました。
  • 遺伝子組換えは豚アストロウイルスの進化に重要な役割を果たしていることが示唆されました。
2017
Diversity in VP3, NSP3, and NSP4 of rotavirus B detected from Japanese cattle.
Michiko Hayashi-Miyamoto, Toshiaki Murakami, Fujiko Minami-Fukuda, Shinobu Tsuchiaka, Mai Kishimoto, Kaori Sano, Yuki Naoi, Keigo Asano, Toru Ichimaru, Kei Haga, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Mami Oba, Hiroshi Aoki, Junsuke Shirai, Motohiko Ishida, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • VP3, NSP3, and NSP4 of bovine rotavirus B (RVB) were sequenced and analyzed.
  • They exhibited high diversity but conserved genetic characteristics of rotaviruses.
  • Whole genome analyses revealed that bovine RVBs clustered independently.
  • Bovine RVBs likely evolved independently, but similarly to other rotaviruses.
  • 牛B群ロタウイルスのVP3、NSP3およびNSP4遺伝子の配列を決定し、解析しました。
  • それらは多様性を示しましたが、ロタウイルスに保存されている配列が認められました。
  • 全ての遺伝子を解析したところ、牛B群ロタウイルスは独立したクラスターを形成しました。
  • 牛B群ロタウイルスは独立しているものの、他のロタウイルスとの相同性を保ちながら進化したと考えられました。
2017
Isolation and characterization of a new iflavirus from Armigeres spp. mosquitoes in the Philippines
Daisuke Kobayashi, Haruhiko Isawa, Ryosuke Fujita, Katsunori Murota, Kentaro Itokawa, Yukiko Higa, Yukie Katayama, Toshinori Sasaki, Tetsuya Mizutani, Shiroh Iwanaga, Nobuo Ohta, Arlene Garcia-Bertuso, Kyoko Sawabe
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  • We discovered Armigeres iflavirus (ArIFV), is a novel member of the iflaviruses (genus Iflavirus, family Iflaviridae) from mosquito in the Philippines.
  • This is the first successful isolation of iflavirus from a dipteran insect.
  • Our findings provide new insights into the infection mechanism, genetic diversity and evolution of the Iflaviridae family.
  • 我々はフィリピンの蚊から新規イフラウイルス（ArIFV）を発見した。
  • このウイルスは双翅目の昆虫から初めてのイフラウイルスの発見である。
  • この論文の知見はイフラウイルスの感染メカニズムや進化についての新しい知見となる。
2017
First isolation and characterization of pteropine orthoreoviruses in fruit bats in the Philippines
Satoshi Taniguchi, Ken Maeda, Taisuke Horimoto, Joseph S Masangkay, Roberto Puentespina Jr, James Alvarez, Eduardo Eres, Edison Cosico, Noriyo Nagata, Kazutaka Egawa, Harpal Singh, Aiko Fukuma, Tomoki Yoshikawa, Hideki Tani, Shuetsu Fukushi, Shinobu Tsuchiaka, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani, Yumi Une, Yasuhiro Yoshikawa, Masayuki Shimojima, Masayuki Saijo, Shigeru Kyuwa
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  • Pteropine orthoreovirus (PRV)s were isolated from wild bats captured on the Mindanao Islands, The Philippines.
  • Phylogenetic analysis indicated that the isolated PRVs were novel strains in which re-assortment events had occurred in the viral genome.
  • The Philippine bat-borne PRVs had similar characteristics in terms of antigenicity to those of the Miyazaki-Bali/2007 strain.
  • フィリピンで捕獲したコウモリからプテロパインオルソレロウイルスを分離した。
  • 系統解析からリアソートメントにより出現した新しいウイルスであることがわかった。
  • このフィリピンのウイルスは抗原性の点からバリ島のウイルスと類似の性質を有していることが明らかになった。
2017
Characterization of avian paramyxovirus serotype 14, a novel serotype, isolated from a duck fecal sample in Japan
Rapeewan Thampaisarn, Vuong N Bui, Dai Q Trinh, Makoto Nagai, Tetsuya Mizutani, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Dulyatad Gronsang, Duong H T Le, Haruko Ogawa, Kunitoshi Imai
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  • A novel serotype of avian paramyxovirus (APMV) was isolated from a duck fecal sample.
  • The phylogenetic analysis of the whole genome revealed that the virus was a member of the genus Avulavirus, but that it was distinct from APMV-1 to APMV-13.
  • We designated this isolate, as APMV-14/duck/Japan/11OG0352/2011 and propose that it is a novel APMV serotype.
  • 新しい血清型の鳥パラミクソウイルス（APMV）をアヒルの糞から分離した。
  • 系統解析の結果はパラミクソウイルス科アブラウイルス属に属していたが、どのAPMVからも離れていた。
  • そこでこの分離株をAPMV-14/duck/Japan/11OG0352/2011と名付け、APMVの新しい血清型であることを提唱した。
2017
Identification of a novel bovine enterovirus possessing highly divergent amino acid sequences in capsid protein
Shinobu Tsuchiaka, Sayed Samim Rahpaya, Konosuke Otomaru, Hiroshi Aoki, Mai Kishimoto, Yuki Naoi, Tsutomu Omatsu, Kaori Sano, Sachiko Okazaki-Terashima, Yukie Katayama, Mami Oba, Makoto Nagai, Tetsuya Mizutani
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  • Novel bovine enterovirus (BEV) possessing highly divergent aa sequences in the VP1 coding region was discovered in Japan.
  • We named this strain as BEV AN12/Bos taurus/JPN/2014 (referred to as BEV-AN12).
  • We proposed naming this strain as "Enterovirus K", which is a novel species within genus Enterovirus.
  • 日本でVP1領域に新規性のある新しい牛エンテロウイルスを発見した。
  • このウイルスをBEV AN12/Bos taurus/JPN/2014と名付けた。
  • 我々はこの新規ウイルスをエンテロウイルス属の新しい種として「エンテロウイルスK」と分類されることを提唱したい。
2016
Identification of further diversity among posaviruses
Kaori Sano, Yuki Naoi, Mai Kishimoto, Tsuneyuki Masuda, Hitomi Tanabe, Mika Ito, Kazutaka Niira, Kei Haga, Keigo Asano, Shinobu Tsuchiaka, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Yukie Katayama, Mami Oba, Yoshinao Ouchi, Hiroshi Yamasato, Motohiko Ishida, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Metagenome analysis revealed that 11 posavirus-like viruses, which have been reported as new member of the Picornavirales, were found in the feces of pigs in Japan.
  • Based on phylogenetic analyses and pairwise amino acid sequence comparison, posavirus-like viruses were subdivided into at least 8 groups and several unassigned sequences.
  • It is suggested that at least the proposed 8 genogroups may represent independent genera in the family of posavirus-like virus.
  • メタゲノム解析により日本に飼養されている豚の糞便から11株のポサウイルス様ウイルスを検出しました。
  • ウイルスアミノ酸配列の系統樹解析および相動性解析からポサウイルス様ウイルスは8つの遺伝子型といくつかの未分類の配列に分類されました。
  • 少なくとも8遺伝子型はポサウイルス様ウイルスの中におけるそれぞれ独立した属である可能性が推察されました。
2016
Whole genome sequences of Japanese porcine species C rotaviruses reveal a high diversity of genotypes of individual genes and will contribute to a comprehensive, generally accepted classification system
Kazutaka Niira, Mika Ito, Tsuneyuki Masuda, Toshiya Saitou, Tadatsugu Abe, Satoshi Komoto, Mitsuo Sato, Hiroshi Yamasato, Mai Kishimoto, Yuki Naoi, Kaori Sano, Shinobu Tuchiaka, Takashi Okada, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Hiroshi Aoki, Yukie Katayama, Mami Oba, Junsuke Shirai, Koki Taniguchi, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
Summarize
  • Genetic diversity of Japanese porcine rotavirus C was demonstrated.
  • Candidate novel genotypes were found in VP7, NSP2, and NSP3.
  • Possible evidence of interspecies transmission between porcine and human RVCs was identified.
  • 日本の豚C群ロタウイルスの遺伝子多様性を解析しました。
  • 新規の遺伝子型の可能性のある遺伝子型の配列がVP7、NSP2およびNSP3において認められました。
  • 豚とヒトにおける種間伝播の可能性のあるC群ロタウイルスが検出されました。
2016
Characterization and phylogenetic analysis of a novel picornavirus from swine feces in Japan
Yuki Naoi, Mai Kishimoto, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Shinobu Tsuchiaka, Kaori Sano, Hiroshi Yamasato, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Aoki, Tetsuya Furuya, Yukie Katayama, Mami Oba, Takashi Okada, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
Summarize
  • A novel picornavirus was serendipitously identified in feces of pigs in Japan.
  • This virus (porcine picornavirus Japan) had a typical picornavirus genome; however, did not fall into any genera of the family Picornaviridae, suggesting novel genus of Picornaviridae.
  • Porcine picornavirus Japan was detected in 23.3 % of the fecal samples from pigs less than four months old,
  • 新規のピコルナウイルスが日本の豚におけるメタゲノム解析で発見されました。
  • 本ウイルス(SPPVJ)はピコルナウイルスに特有なゲノム構造を有しましたが、既報のピコルナウイルスには分類されず、新規のピコルナウイルスである可能性が示されました。
  • SPPVJは日本の4カ月齢以下の豚の23.3%から検出されました。
2016
Complete sequencing of bovine viral diarrhea virus 1 subgenotype 1n and 1o
Asuka Sato, Kentaro Tateishi, Minami Shinohara, Yuki Naoi, Mai Shiokawa, Hiroshi Aoki, Keitaro Ohmori, Tetsuya Mizutani, Junsuke Shirai, Makoto Nagai
Summarize
  • Bovine viral diarrhea 1n and 1o are rare genogroups, which are prevalent only in East Asis including Japan.
  • No complete genome sequence data has not been available; therefore, we determined complete genome sequences of Shitara/02/06 and IS26NCP/01.
  • Shitara/02/06 (BVDV1n) and IS26NCP/01 (BVDV1o) shared 77.7 to 79.3% and 78.0 to 85.7% sequence identities with other BVDV-1 subgenotype strains, respectively.
  • 牛ウイルス性下痢ウイルス1nおよび1oは日本を含めた東アジアに局在する遺伝子型です。
  • これまでBVDV1nおよび1oの完全長の遺伝子配列は明らかになっていませんでした。
  • Shitara/02/06 (BVDV1n)およびIS26NCP/01 (BVDV1o)は他のBVDV-1型に対して77.7～79.3%の遺伝子相同性を示しました。
2016
Whole genome analysis of Japanese bovine toroviruses reveals natural recombination between porcine and bovine toroviruses.
Mika Ito, Shinobu Tsuchiaka, Yuki Naoi, Konosuke Otomaru, Mitsuo Sato, Tsuneyuki Masuda, Kei Haga, Tomoichiro Oka, Hiroshi Yamasato, Tsutomu Omatsu, Satoshi Sugimura, Hiroshi Aoki, Tetsuya Furuya, Yukie Katayama, Mami Oba, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
Summarize
  • Recombination events between porcine and bovine torovirus were identified.
  • Recombinant breakpoints were mapped at ORF1b and HE coding regions.
  • These recombinant viruses are prevalent throughout Japan.
  • 牛トロウイルスおよび豚トロウイルスの遺伝子組換えを発見しました。
  • 遺伝子組換えが起こっているのはORF1bおよびHE遺伝子でした。
  • この組換えが認められる牛トロウイルスは日本全土に分布すると考えられました。
2016
Detection of novel kobu-like viruses in Japanese black cattle in Japan
Konosuke Otomaru, Yuki Naoi, Kei Haga, Tsutomu Omatsu, Takehiko Uto, Motoya Koizumi, Tsuneyuki Masuda, Hiroshi Yamasato, Hikaru Takai, Hiroshi Aoki, Shinobu Tsuchiaka, Kaori Sano, Sachiko Okazaki, Yukie Katayama, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
Summarize
  • Novel kobu-like viruses were identified in feces of cattle in Kagoshima Prefecture, Japan.
  • Based on phylogenetic analysis, these viruses were related to kobuviruses; however, clustered except for other kobuviruses.
  • These viruses might be novel species of the genus Kobuvirus.
  • コブウイルスに類似した新規ウイルスを牛の糞便中から発見しました。
  • 系統樹解析では、本ウイルスはコブウイルスに類似しているものの、他のコブウイルスとは異なるグループを形成することがわかりました。
  • 本ウイルスはコブウイルス属の新規の種である可能性が示されました。
2016
Genome sequence of a novel mitovirus identified in the phytopathogenic fungus Alternaria arborescens
Ken Komatsu, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani, Toshiyuki Fukuhara, Motoichiro Kodama, Tsutomu Arie, Tohru Teraoka, Hiromitsu Moriyama
Summarize
  • A novel mycoviral-like dsRNA of approximately 2.5 kbp in length was discovered from phytopathogenic fungus Alternaria spp.
  • This dsRNA has a single open reading frame that potentially encodes an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp).
  • We named this virus as "Alternaria arborescens mitovirus 1" (AaMV1).
  • 植物病原性真菌アルテルナリア属から長さ約2.5kbpの新規マイコウイルス様2本鎖RNAを発見した。
  • この2本鎖RNAはRNA依存性RNAポリメラーゼ（RdRp）をコードする単一のオープンリーディングフレームを持っている。
  • この新しいウイルスを「Alternariaarborescens mitovirus1」（AaMV1）と名付けた。
2016
Isolation of a sp. nov. Ljungan virus from wild birds in Japan
Hiromichi Mitake, Yuji Fujii, Makoto Nagai, Naoto Ito, Kota Okadera, Kazuma Okada, Kento Nakagawa, Mai Kishimoto, Tetsuya Mizutani, Katsunori Okazaki, Yoshihiro Sakoda , Ayato Takada, Makoto Sugiyama
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  • An Ljungan virus (LV) was discovered from fecal samples of wild birds in Japan, and determined the nearly complete sequence of the genome.
  • Phylogenetic and similarity analyses based on the VP1 region indicated that the strain constitutes a novel genotype within LV.
  • This study provided the first evidence of the presence of a novel LV in Japan.
  • 日本の野鳥の糞便からルジャンガンウイルスを発見し、ゲノムのほぼ全長の塩基配列を決定した。
  • 系統解析の結果、ルジャンガンウイルスの新しい遺伝子型であることが明らかになった。
  • 本研究において日本にもルジャンガンウイルスが存在していることが示された。
2016
Genome sequence of a novel victorivirus identified in the phytopathogenic fungus Alternaria arborescens
Ken Komatsu, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani, Toshiyuki Fukuhara, Motoichiro Kodama, Tsutomu Arie, Tohru Teraoka Hiromitsu Moriyama
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  • In this study, we report the molecular characterization of a novel dsRNA mycovirus, Alternaria arborescens victorivirus 1 (AaVV1) from tomato.
  • We found that the AaVV1 genome is 5203 bp in length and contains two open reading frames (ORF1 and 2) that overlap at the tetranucleotide AUGA.
  • AaVV1 is a member of a distinct species of the genus Victorivirus in the family Totiviridae.
  • トマトから新しい2本鎖RNAマイコウイルス、arborescens victorivirus 1 (AaVV1)、を発見した。
  • このウイルスゲノムは5203bpのゲノムを持ち、２つのオープンリーディングフレームを持つことが明らかになった。
  • AaVV1はトチウイルス科のヴィクトリウイルス属の新種である。
2016
A novel Bunyavirus from the soft tick, Argas vespertilionis, in Japan
Mami Oba, Tsutomu Omatsu, Ai Takano, Hiromi Fujita, Kozue Sato, Atsushi Nakamoto, Mamoru Takahashi, Nobuhiro Takada, Hiroki Kawabata, Shuji Ando, Tetsuya Mizutani
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  • A novel bunyavirus was discovered from soft ticks, Argas vespertilionis, in Japan.
  • We named this novel virus Soft tick bunyavirus (STBV).
  • Phylogenetic analysis showed that segment L of STBV was closely related to a cluster consisting of the genus Nairovirus of the family Bunyaviridae.
  • 新しいブニヤウイルスを日本で採取されたマルヒメダニから分離した。
  • 我々はこの新規ウイルスをヒメダニブニヤウイルス（STBV）と名付けた。
  • 系統解析の結果、STBVのL分節はブニヤウイルス科のナイロウイルス属に属していることが明らかになった。
2015
Identification and complete genome analysis of novel picornavirus in bovine in Japan.
Makoto Nagai, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Aoki, Yoshihiro Kaku, Graham J Belsham, Kei Haga, Yuki Naoi, Kaori Sano, Moeko Umetsu, Mai Shiokawa, Shinobu Tsuchiaka, Tetsuya Furuya, Sachiko Okazaki, Yukie Katayama, Mami Oba, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani
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  • Novel viruses were identified in feces from cattle by metagenomics approach.
  • These viruses had a standard picornavirus genome organization.
  • They are related to unclassified Chinese picornaviruses from bat, cat and dog.
  • These viruses were detected in 23% (20/87) feces from cattle in Hokkaido in Japan.　
  • メタゲノム解析により牛の糞便から新しいウイルスが発見されました。
  • このウイルスは典型的なピコルナウイルスの遺伝子構造を保有していました。
  • このウイルスは中国で見つかったコウモリ、猫および犬由来の未分類のピコルナウイルスと類似しておりました。
  • このウイルスは23%(20/87頭)の北海道の牛糞便から検出されました。
2015
Full genome analysis of bovine astrovirus from fecal samples of cattle in Japan: Identification of possible interspecies transmission of bovine astrovirus
Makoto Nagai, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Aoki, Konosuke Otomaru, Takehiko Uto, Motoya Koizumi, Fujiko Minami-Fukuda, Hikaru Takai, Toshiaki Murakami, Tsuneyuki Masuda, Hiroshi Yamasato, Mai Shiokawa, Shinobu Tsuchiaka, Yuki Naoi, Kaori Sano, Sachiko Okazaki, Yukie Katayama, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani
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  • Fifteen nearly complete astrovirus sequences were obtained from Japanese calves.
  • Nine strains were clustered with Chinese bovine astroviruses (tentatively named lineage 1) in all phylogenetic trees.
  • Three strains clustered with an American strain isolated from cattle with respiratory disease (tentatively named lineage 2).
  • Two strains clustered with lineage 1 in the open reading frame (ORF)1a and ORF1b regions, while they clustered with lineage 2 in the ORF2 region, suggesting recombination events.
  • One strain clustered with porcine astrovirus type 5 in all trees, and ovine astrovirus in the ORF2 region, suggesting past interspecies transmission.
  • 15株のほぼ完全長のアストロウイルス遺伝子が日本の子牛から検出されました。
  • そのうち9株は中国の牛アストロウイルスとともにクラスターを形成し、系統1と名付けました。
  • 3株は米国で呼吸器病を示す牛から検出された株とともにクラスターを形成し、系統2と命名しました。
  • 2株はオープンリーディングフレーム(PRF)1aおよび1bは系統1にORF2は系統2に相同性示し、遺伝子組換えが起こっている可能性が示されました。
  • 1株は遺伝子全長にわたり豚アストロウイルス5と、ORF2はめん羊由来株と類似性を示したことから、種間伝播したウイルスであることが示唆されました。
2015
H2 genotypes of G4P[6], G5P[7], and G9[23] porcine rotaviruses show super-short RNA electropherotypes.
Makoto Nagai, Saya Shimada, Yoshiki Fujii, Hiromitsu Moriyama, Mami Oba, Yukie Katayama, Shinobu Tsuchiaka, Sachiko Okazaki, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Satoshi Koyama, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani
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  • This report presents the first case of H2 NSP5 genotype in porcine rotavirus.
  • These porcine rotavirus strains showed super-short RNA patterns.
  • These strains were detected from healthy piglets or piglets with diarrhea.
  • Intra-genotype reassortments among porcine and human rotaviruses were observed.
  • The possibility of interspecies transmission between pigs and humans was suggested.
  • NSP5の遺伝子型がH2の豚ロタウイルスを世界で初めて発見しました。
  • この豚ロタウイルスは稀であるスーパーショートRNA泳動パターンを示しました。
  • このウイルスは健康な豚と下痢を呈する豚の両方から検出されました。
  • ゲノムの由来から、このウイルスはヒトロタウイルスと豚ロタウイルスの遺伝子再集合により生じたと考えられました。
  • これらのことから、豚とヒトとで種間伝播が起こった可能性が示されました。
2015
Isolation and characterization of a novel Rhabdovirus from a wild boar (Sus scrofa) in Japan
Kouji Sakai, Katsuro Hagiwara, Tsutomu Omatsu, Chinami Hamasaki, Ryusei Kuwata, Hiroshi Shimoda, Kazuo Suzuki, Daiji Endoh, Noriyo Nagata, Makoto Nagai, Yukie Katayama, Mami Oba, Ichiro Kurane, Masayuki Saijo, Shigeru Morikawa, Tetsuya Mizutani, Ken Maeda
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  • A novel rhabdovirus, wild boar rhabdovirus 1 (WBRV1), was isolated from the serum of a healthy Japanese wild boar.
  • WBRV1 is closely related to Tupaia rhabdovirus (TRV) belonging to a new genus of Rhabdoviridae.
  • 6.5% of wild boars in Wakayama prefecture in Japan were positive for the WBRV1 gene and 52% were positive for WBRV1-neutralizing antibodies.
  • 新しいラブドウイルス、イノシシラブドウイルス１（WBRV1）を日本の健康なイノシシから発見した。
  • WBRV1はツパイラブドウイルスと近縁で、ラブドウイルス科の新しい属を形成する。
  • 和歌山県の野生イノシシの6.5%でPCR陽性、52%で中和抗体陽性であり野生動物に浸潤していることが明らかになった。
2015
Detection of a novel herpesvirus from bats in the Philippines
Kaori Sano, Sachiko Okazaki, Satoshi Taniguchi, Joseph S Masangkay, Roberto Puentespina Jr, Eduardo Eres, Edison Cosico, Ni?a Quibod, Taisuke Kondo, Hiroshi Shimoda, Yuuki Hatta, Shumpei Mitomo, Mami Oba, Yukie Katayama, Yukiko Sassa, Tetsuya Furuya, Makoto Nagai, Yumi Une, Ken Maeda, Shigeru Kyuwa, Yasuhiro Yoshikawa, Hiroomi Akashi, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani
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  • A novel gammaherpesvirus was discovered from bats in the Philippines.
  • The infection rate among the captured bats by PCR was 30 %.
  • フィリピンのコウモリから新規ガンマヘルペスウイルスを発見した。
  • PCRによる感染率は約30％であった。
2015
Identification, characterization and full-length sequence analysis of a novel dsRNA virus isolated from the arboreal ant Camponotus yamaokai
Satoshi Koyama, Syun-Ichi Urayama, Tsutomu Ohmatsu, Yukiko Sassa, Chihiro Sakai, Mamoru Takata, Shinya Hayashi, Makoto Nagai, Tetsuya Furuya, Hiromitsu Moriyama, Toshiyuki Satoh, Shin-Ichi Ono, Testuya Mizutani
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  • A novel dsRNA virus, Camponotus yamaokai virus, was identified from the arboreal ant Camponotus yamaokai.
  • Phylogenetic analyses revealed that the virus was most likely a novel totivirus.
  • The virus was detected by PCR in all caste members and developmental stages of ants.
  • 樹上性の蟻から新しい2本鎖RNAウイルス、ヤマヨツボシオオアリウイルス、を発見した。
  • 系統解の結果、トチウイルスに属する新しいウイルスであることが明らかになった。
  • このウイルスはアリのすべてのカーストと発育ステージで検出された。
2015
Molecular, biological, and antigenic characterization of a Border disease virus isolated from a pig during classical swine fever surveillance in Japan
Makoto Nagai, Hiroshi Aoki, Yoshihiro Sakoda, Takashi Kozasa, Kaho Tominaga-Teshima, Junki Mine, Yuri Abe, Tomokazu Tamura, Tsubasa Kobayashi, Kaoru Nishine, Kentaro Tateishi, Yudai Suzuki, Mai Fukuhara, Keitaro Ohmori, Reiko Todaka, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Shigeyuki Nakamura, Hiroshi Kida, Junsuke Shirai
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  • Border disease virus was firstly identified in pigs in Japan.
  • Phylogenetic analysis revealed that this virus was clustered into BDV genotype 1 with ovine strains.
  • This strain grew in porcine, bovine, and ovine primary cells and cell lines, but grew better in bovine and ovine cells than in porcine cells.
  • Specific pathogen-free pigs inoculated with FNK2012-1 did not show any clinical signs.
  • This strain may be of ruminant origin and is poorly adapted to pigs.
  • 日本で初めてボーダー病ウイルスが豚から検出されました。
  • 系統樹解析により、このウイルスはボーダー病ウイルス1型に分類されることがわかりました。
  • 本ウイルスは豚、牛およびめん羊の細胞で増殖することがわかりましたが、豚よりも牛およびめん羊の細胞の方でより増殖することが確認されました。
  • SPF豚への接種では症状は全く確認されませんでした。
  • 本ウイルスは反芻獣由来であり、豚にはまだ馴化していないと考えられました。
2014
Identification of novel bovine group A rotavirus G15P[14] strain from epizootic diarrhea of adult cows by de novo sequencing using a next-generation sequencer
Tsuneyuki Masuda, Makoto Nagai, Hiroshi Yamasato, Shinobu Tsuchiaka, Sachiko Okazaki, Yukie Katayama, Mami Oba, Naomi Nishiura, Yukiko Sassa, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Satoshi Koyama, Junsuke Shirai, Koki Taniguchi, Yoshiki Fujii, Reiko Todaka, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani
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  • A group A rotavirus (GAR) was isolated from an outbreak of diarrhea and milk drop in cows in 2013, Japan.
  • This GAR, named Tottori-SG, exhibited yet not reported genotype combination, G15-P[14]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E2-H3 representing VP7-VP4-VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5, respectively.
  • Whole genome analyses suggested that this novel GAR might be derived from multiple reassortment events from group A rotavirus strains circulating among Japanese cattle.
  • 2013年に我が国でA群ロタウイルス(GAR)による乳量減少を伴う成牛の下痢症が発生しました。
  • このGARは未だ報告のないG15-P[14]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E2-H3（VP7-VP4-VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5に対応）という遺伝子型の組み合わせを示しました。
  • 全ゲノム解析の結果、この新規GARは我が国の牛群内で流行しているGAR株の遺伝子再集合により生じたと考えられました。