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2021-05-25
Viruses. 2021 May 25;13(6):982.doi: 10.3390/v13060982.
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  • Authors discovered novel mammarenavirus-like viruses in rodents at Angola.
  • These are novel Okahandja-related virus (Bitu virus), novel Mobala-like mammarenavirus (Kwanza virus).
  • Authors did not detect hantaviruses in these rodents.
  • 著者らはアンゴラのげっ歯類から新しいアレナウイルスを発見した。
  • これらのウイルスはBituウイルスやKwanzaウイルスと命名された。
  • 著者らはこれらのげっ歯類からハンタウイルスは検出されなかったといっている。
2021-05-22
Virus Genes. 2021 May 22.doi: 10.1007/s11262-021-01845-w. Online ahead of print.
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  • Circular replication-associated protein (Rep)-encoding single stranded (CRESS) DNA (named Horse-CRESS DNA-like virus, HCLV) was discovered in fecal samples of imported horses in China.
  • The genome sequences of novel viruses have 1700 to 2100 nucleotides (nt) and five major ORFs.
  • Phylogenetic analysis showed that the novel virus was grouped together with members in Kirkoviruses, not Circovirus and Cyclovirus.
  • 新しい環状DNAウイルスが中国の輸入馬(サラブレット)の糞便から発見された。
  • これらの新しいウイルスは1700から2100塩基長で、5つのORFを持っている。
  • 系統解析では、このウイルスはCircovirusやCyclovirusではなくKirkovirusの仲間であることが示された。
2021-05-21
Emerg Microbes Infect. 2021 May 21;1-43.doi: 10.1080/22221751.2021.1933608. Online ahead of print.
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  • More than 300 pigs showed neurological signs with approximately 40% mortality in US swine farms.
  • Authors isolated a novel reassortant virus containing viral gene segments from three mammalian reovirus serotypes that infect human, bovine and swine.
  • アメリカ合衆国の豚農場で300頭以上の豚に神経症状が認められ40%の致死率の感染症が発生した。
  • 著者らはヒト・ウシ・ブタの3つのレオウイルスのリアソータントになっているウイルスを発見した。
2021-05-20
Clin Infect Dis. 2021 May 20;ciab456.doi: 10.1093/cid/ciab456. Online ahead of print.
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  • Canine CoV (CCoV) RNA was detected in nasopharyngeal swabs at 2.5% of patients hospitalized with pneumonia in Malaysia.
  • In this study, a novel canine-feline recombinant alphacoronavirus (genotype II), CCoV-HuPn-2018, was discovered from one specimen.
  • If this novel virus is confirmed as a pathogen, it may represent the eighth unique coronavirus known to cause disease in humans.
  • マレーシアにおいて肺炎で入院している患者の鼻咽頭スワブの2.5%から犬コロナウイルスRNAが検出された。
  • ひとりの患者からウイルスが分離され、犬と猫のアルファコロナウイルスの組み換えウイルス(CCoV-HuPn-2018)が発見された。
  • もしこのウイルスが病原性を持つなら、ヒトに病気を起こす8番目のコロナウイルスになるであろう。
2021-05-19
Vector Borne Zoonotic Dis. 2021 May 19.doi: 10.1089/vbz.2020.2736. Online ahead of print.
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  • Four novel rhabdoviruses were discovered from bats in the Republic of the Congo.
  • Surveillance regarding novel rhabdoviruses and bats are needed.
  • コンゴ共和国のコウモリから4種類の新規ラブドウイルスが発見された。
  • これらの新規ウイルスとコウモリのサーベイランスが必要である。
2021-05-18
ISME J. 2021 May 18.doi: 10.1038/s41396-021-01005-w. Online ahead of print.
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  • Authors discovered a novel picornavirus, Rondani's wasp virus 1 (RoWV-1), from parasitoid wasp (Pachycrepoideus vindemmiae).
  • High amount of RoWV-1 was detected in the larval digestive tract.
  • RoWV-1 is transmitted horizontally from infected to uninfected wasps but not vertically to wasp offspring.
  • 著者らは寄生バチの一種から新しいピコルナウイルス(RoWV-1)を発見した。
  • RoWV-1は幼虫の消化管から大量に検出された。
  • このウイルスは垂直感染ではなく水平感染することが明らかになった。
2021-05-16
Transbound Emerg Dis. 2021 May 16.doi: 10.1111/tbed.14155. Online ahead of print.
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  • A novel Tembusu virus (Flaviviridae), DTMUV/Goose/China/2019/AQ-19 (AQ-19), that is believed to be responsible for the noticeably high mortality (~50%) in goslings in China.
  • The AQ-19 has high virulence in goslings and mice, resulting in 60% and 70% mortality
  • Pathological examination revealed severe histological lesions in the brain and liver of the infected goslings and mice.
  • マレーシアにおいて肺炎で入院している患者の鼻咽頭スワブの2.5%から犬コロナウイルスRNAが検出された。
  • ひとりの患者からウイルスが分離され、犬と猫のアルファコロナウイルスの組み換えウイルス(CCoV-HuPn-2018)が発見された。
  • もしこのウイルスが病原性を持つなら、ヒトに病気を起こす8番目のコロナウイルスになるであろう。
2021-05-12
Transbound Emerg Dis. 2021 May 12.doi: 10.1111/tbed.14149. Online ahead of print.
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  • A novel atypical porcine pestivirus (APPV) was discovered from two piglets with congenital tremor in Japan for the first time.
  • The virus had sequence homology with genotype 3 APPV from China; however, in the phylogenetic analysis, Japanese APPV branched independently and distantly related to genotype 3 APPVs.
  • Retrospective investigations revealed that this novel Japanese APPVs have been circulated in Japan since at least 2007.
  • 新規の亜型豚ペスチウイルスがダンス病を呈する子豚2頭から日本で初めて検出されました。
  • このウイルスは中国の亜型豚ペスチウイルス遺伝子型3と類似していましたが、系統樹解析では遺伝子型とは異なる分岐を示しました。
  • 遡り調査では、この新規ウイルスは少なくとも2007年以降に日本で流行していることが確認されました。
2021-05-07
J Wildl Dis. 2021 May 7.doi: 10.7589/JWD-D-20-00151. Online ahead of print.
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  • A novel adenovirus, bowhead whale adenovirus, was discovered from Bering-Chukchi-Beaufort seas bowhead whales.
  • The clinical impact is unclear, since no histopathologic evidence of adenovirus-associated disease was found.
  • 新しいアデノウイルスがホッキョククジラから発見された(ホッキョククジラアデノウイルス)。
  • このウイルスの病原性はまだわかっていない。
2021-05-05
Arch Virol. 2021 May 5.doi: 10.1007/s00705-021-05081-3. Online ahead of print.
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  • Authors discovered new member of the genus Closterovirus in Platycodon grandifloras.
  • This virus was tentatively named "platycodon closterovirus 1" (PlaCV1).
  • キキョウから新しいクロステロウイルスが発見された。
  • このウイルスは"platycodon closterovirus 1" (PlaCV1)と名付けられた。
2021-04-30
Pathogens. 2021 Apr 30;10(5):539.doi: 10.3390/pathogens10050539.
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  • There is limited knowledge about Papillomavirus (PVs) in wildlife.
  • The papillomavirus PCR performed on the skin tumor sample of a Stone Marten was positive, and the complete PV genome was determined.
  • The PV is novel type belonging to the Dyonupapillomavirus genus (named MfoiPV1).
  • 野生動物におけるパピローマウイルスの感染状況はあまり研究されていない。
  • ムナジロテンの皮膚腫瘍サンプルについてパピローマウイルスのPCRを実施したところ陽性であったので、このウイルスの全ゲノム塩基配列を決定した。
  • このパピローマウイルスは新しいウイルスであり、MfoiPVと命名された。
2021-04-27
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):772.doi: 10.3390/v13050772.
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  • Novel phebovirus, Hedi virus (HEDV), was discovered from sandflies in China.
  • Phylogenetic analysis indicated that HEDV is close to RVFV and distinct from other phleboviruses.
  • Authors mentioned that it is necessary to increase the monitoring of these phleboviruses.
  • 新規フレボウイルスが中国のサシショウバエから発見された(Hedi virus; HEDV)。
  • 系統解析からリフトバレーウイルスに近縁で、他のフレボウイルスとは離れていることがわかった。
  • 著者らはフレボウイルスのこのウイルスの監視を続ける必要があるといっている。
2021-04-27
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):768.doi: 10.3390/v13050768.
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  • Mosquito species have significant public health importance to transmit major diseases such as Dengue, Chikungunya and Zika to humans and animals.
  • Authors analyzed DNA and RNA from mosquitoes using high throughput sequencing techniques.
  • They found novel viruses including Rhabdoviridae, Totiviridae, Iflaviviridae, Circoviridae, and Sobemoviridae families.
  • 蚊はデング熱、チクングニア、ジカ熱のような公衆衛生上重要となる感染症を運ぶので要注意である。
  • 著者らはハイスループットシーケンサーによる蚊のDNAやRNAの解析を実施した。
  • その結果、ラブドウイルス科、トチウイルス科、イフラウイルス科、サーコウイルス科、ソベモウイルス科の新規ウイルスを発見した。
2021-04-21
Arch Virol. 2021 Apr 21.doi: 10.1007/s00705-021-05061-7. Online ahead of print.
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  • Novel rhabdoviruses, "Bacopa monnieri virus 1" (BmV1), "Bacopa monnieri virus 2" (BmV2), and "Bacopa monnieri virus 3" (BmV3), were discovered in water hyssop, which is a medically important herb.
  • BmV1, BmV2, and BmV3 are thought to be classified as new members of the genera Cytorhabdovirus, Betanucleorhabdovirus, and Solendovirus, respectively.
  • 新しいラブドウイルス、"Bacopa monnieri virus 1(オトメアゼナウイルス1)" (BmV1), "Bacopa monnieri virus 2" (BmV2), and "Bacopa monnieri virus 3" (BmV3)が医学分野で重要なハーブであるオオバコ科のオトメアゼナから発見された。
  • BmV1はサイトラブドウイルス属、BmV2はベータヌクレオラブドウイルス、BmV3はソレンドウイルス属の新しいウイルスに分類される可能性がある。
2021-04-17
Arch Virol. 2021 Apr 17.doi: 10.1007/s00705-021-05054-6. Online ahead of print.
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  • A novel totivirus, Conidiobolus heterosporus totivirus 1 (ChTV1), was isolated from fungus.
  • ChTV1 has 51% sequence identity to that of Trichoderma koningiopsis totivirus 1 (TkTV1) , which is the highest among mycoviruses.
  • Authors propose that ChTV1 is a new member of the genus Totivirus, family Totiviridae.
  • 真菌から新しいトチウイルスが発見された。Conidiobolus heterosporus totivirus 1 (ChTV1)
  • ChTV1は最も相同性の高いトチウイルス(TkTV1)でも51%であった。
  • 著者らはこのChTV1をトチウイルス科・トチウイルス属の新しいウイルスと考えている。
2021-04-15
Virus Rrs. 2021 Apr 15;296:198281.doi: 10.1016/j.virusres.2020.198281. Epub 2021 Feb 3.
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  • Novel rhabdovirus, Nephotettix cincticeps negative-stranded RNA virus-1 (NcNSRV-1), was discovered from green rice leafhopper.
  • NcNSRV-1 has an additional gene, P6, compared with other rhabdoviruses.
  • NcNSRV-1 has a unique transcription initiation sequence.
  • 新しいラブドウイルスがツマグロヨコバイ(カメムシ目)から発見された。Nephotettix cincticeps negative-stranded RNA virus-1 (NcNSRV-1)
  • NcNSRV-1は他のラブドウイルスには見られないP6という遺伝子を持っている。
  • このウイルスはユニークな転写開始配列を持っている。
2021-04-11
Transbound Emerg Dis. 2021 Apr 11.doi: 10.1111/tbed.14105. Online ahead of print.
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  • More than 500 ticks were collected from Romania located at the intersection of various biotopes, countries and routes of migrations.
  • Novel viruses belonging to Flaviviridae, Phenuiviridae and Nairoviridae families were identified and full genomes were derived.
  • 様々な経路の交差点のようになっているルーマニアで500以上のダニを採取してウイルスの解析が実施された。
  • これらのダニから、フラビウイルス、フェヌイウイルス、ナイロウイルス科に属する新規ウイルスが発見され、全ゲノムの塩基配列が決定された。
2021-04-10
Virology. 2021 Apr 10;559:120-130.doi: 10.1016/j.virol.2021.04.002. Online ahead of print.
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  • Novel Aquareovirus, (hirame aquareovirus: HAqRV), was discovered from Japanese flounder.
  • Similarity of genome sequence between HAqRV and other aquareoviruses was less than 60%.
  • Pathogenicity of HAqRV was demonstrated in accordance with Koch's postulates by experimental infection using flounder.
  • 新しいアクアレオウイルスが日本のヒラメから発見された(ヒラメアクアレオウイルス: HAqRV)。
  • HAqRVと他のアクアレオウイルスの相同性は60%以下であった。
  • このウイルスの病原性についてはヒラメを使った実験でコッホの原則を満たすことにより証明された。
2021-04-10
Food Environ Virol. 2021 Apr 10.doi: 10.1007/s12560-021-09472-2. Online ahead of print.
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  • Authors performed a systematic search against publicly available transcriptome database for discovery of dicistrovirus-like sequences.
  • 83 transcripts corresponding to nearly-complete viral genomes were retrieved from the RNA-seq data.
  • Phylogenetic analysis suggested that horizontal virus transfer has occurred between diverse hosts.
  • この研究では新規dicistrovirus(ピコルナウイルス科)を発見するために、公開されているトランスクリプトームのデータベースを用いた検索システムを実施した。
  • その結果、83の新規ウイルスの全長に近い配列が得られた。
  • 系統解析から多様な宿主間で水平伝播が起こっていることが示唆された。
2021-04-05
Virus Genes. 2021 Apr;57(2):228-232.doi: 10.1007/s11262-021-01825-0. Epub 2021 Feb 9.
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  • A walrus fed with animal formula died in an aquarium in Japan.
  • Autopsy revealed multiple necrosis of the liver and adrenal glands.
  • Electron microscopy of the liver tissue revealed Herpesvirus-like particles with a tegument structure.
  • We named this novel herpesvirus walrus alphaherpesvirus 1 (WaHV-1) based on partial genome sequences from high-throughput sequencing.
  • Phylogenetic analysis revealed that WaHV-1 was closely related to Phocid herpesvirus 1 (PhHV-1), which has caused outbreaks in harbor seals.
  • 人工乳で育てられた日本の水族館のセイウチが11カ月令で死亡した。、剖検により肝臓と副腎の複数の壊死が明らかになった。
  • 肝臓組織の電子顕微鏡検査により、ヘルペスウイルスに特徴的なテグメント構造を持つ粒子が確認された。
  • 次世代シークエンサーによって明らかにされた部分的なゲノム配列に基づいて、この新しいウイルスはセイウチアルファヘルペスウイルス1(WaHV-1)と名付けられた。
  • 系統発生分析により、WaHV-1はゼニガタアザラシでアウトブレイクを引き起こしたアザラシヘルペスウイルス1(PhHV-1)と密接に関連していることが明らかになった。
2021-04-02
Emerg Infect Dis. 2021 Apr;27(4):1177-1180. doi: 10.3201/eid2704.203818.
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  • Novel poxvirus (Brazilian porcupinepox virus) was discovered from wild porcupine in Brazil.
  • There may be a zoonotic potential by this virus, but remaining to be investigated.
  • 野生のヤマアラシから新規ポックスウイルスが発見された。
  • このウイルスの人獣共通感染症としての可能性を探る必要がある。
2021-04-01
Arch Virol. 2021 Apr;166(4):1183-1191.doi: 10.1007/s00705-021-04975-6. Epub 2021 Feb 12.
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  • A novel poxvirus was discovered in Crocodilurus amazonicus, which is close to avian poxvirus (avipoxviruses).
  • トカゲから新しいポックスウイルスが発見された。このウイルスは鳥のポックスウイルスと近縁であった。
2021-03-31
Viruses. 2021 Mar 31;13(4):585.doi: 10.3390/v13040585.
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  • Recently, two Rubella virus (RuV)-like viruses, Rustrela virus and Ruhugu virus belonging to Matonaviridae, were identified.
  • From the analysis of transciptome of these viruses, Matonaviridae indicated complex pattern of cross-species virus transmission.
  • This study indicated that evolutionary history of the Matonaviridae is more complex than previous reports.
  • 最近、マトナウイルス科に属する風疹ウイルスに類似のウイルス(Rustrela virus and Ruhugu virus)が発見された。
  • トランスクリプトーム解析から、マトナウイルス科のウイルスは宿主を越えた複雑な感染が起こっていることが明らかになった。
  • このようにマトナウイルス科のウイルスはこれまでに考えられていたよりも複雑な進化を遂げているのである。
2021-03-26
Arch Virol. 2021 Mar 26.doi: 10.1007/s00705-021-05041-x. Online ahead of print.
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  • A novel partitivirus, Brassica campestris chinensis cryptic virus 1 (BCCV1), was discovered from Brassica campestris L. ssp. Chinensis.
  • The genome of BCCV1 contains two dsRNA segments, dsRNA1and dsRNA2.
  • BCCV1 is a new member of the genus Deltapartitivirus, family Partitiviridae.
  • アブラナから新しいパルティティウイルス、Brassica campestris chinensis cryptic virus 1 (BCCV1)、が発見された。
  • BCCV1のゲノムは2つの2本鎖RNA分節(dsRNA1, dsRNA2)で構成されていた。
  • BCCV1はパルティティウイルス科のデルタパルティティウイルス属の新しいウイルスである。
2021-03-26
Emerg Microbes Infect. 2021 Dec;10(1):739-742.doi: 10.1080/22221751.2021.1910078.
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  • Novel phylogenetic lineage of influenza D virus was identified in bovines across North America and Eurasia.
  • 北アメリカからユーラシア大陸にかけて、牛からインフルエンザDウイルスの新しい系統を発見した。
2021-03-25
Vet Microbiol. 2021 Mar;254:108978.doi: 10.1016/j.vetmic.2021.108978. Epub 2021 Jan 6.
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  • Novel reassortant strains of H6 avian influenza virus were isolated from fecal samples of wild birds in China.
  • These H6 viruses replicated efficiently in both the nasal turbinates and lungs of mice, but none of them were lethal for mice.
  • 中国の野鳥からH6鳥インフルエンザウイルスの新しいリアソータントが発見された。
  • これらのウイルスはマウスの鼻甲介や肺で良く増えたが、マウスに致死的ではなかった。
2021-03-24
Arch Virol. 2021 Mar 24.doi: 10.1007/s00705-021-04998-z. Online ahead of print.
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  • Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) strain SC2020-1 was isolated from aborted piglets on a farm in Sichuan, China.
  • Phylogenetic analysis showed that SC2020-1 clustered with PRRSV type I but outside of the three previously described branches.
  • 中国の流産した子豚から豚繁殖・呼吸障害症候群ウイルス(PRSSV)が分離された
  • 系統解析からこの新しいウイルスはPRSSV1型に分類されるが、これまでに報告されているウイルスとは異なるグループになっているようだ。
2021-03-20
Gene. 2021 Mar 20;773:145384.doi: 10.1016/j.gene.2020.145384. Epub 2020 Dec 29.
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  • A novel porcine circovirus type 4 (PCV4) was identified in pigs with serious symptoms in China in 2019.
  • Three complete PCV4 genomes shared 36.9-73.8% nucleotide similarity with other representative circovirus genomes in this study.
  • Phylogenetic analysis indicated that PCV4 was most closely related to bat-associated circovirus and mink circovirus.
  • 2019年新しい豚のサーコウイルス4型(PCV4)が重症豚で発見された。
  • 本研究でゲノムを決定したPCV4は他の型のサーコウイルスと36.9-73.8%の相同性であった。
  • 系統解析の結果からPCV4はコウモリやミンクのサーコウイルスと近縁であることが明らかになった。
2021-03-16
Infect Genet Evol. 2021 Mar 17;91:104810.doi: 10.1016/j.meegid.2021.104810.
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  • A novel kobuvirus was found in diarrheal fecal samples of Tibetan sheep, which belongs to Aichivirus species D.
  • The novel Aichivirus D has unique amino acid substitutions in the VP0, VP3, and VP1, with a recombination event in the 2C region.
  • The novel Aichivirus D was detected in 9.2% of the sheep diarrheal fecal samples of the Qinghai Tibet Plateau in China.
  • 中国の羊の下痢検体から新規コブウイルスが発見された。このウイルスはアイチウイルスDに分類された。
  • この新しいアイチウイルスはこれまでのウイルスと比較してVP0, VP3, VP1領域にユニークなアミノ酸置換や2C領域に組み換えが起こっていた。
  • このウイルスは羊の下痢サンプルの9.2%から検出された。
2021-03-16
Arch Virol. 2021 Mar;166(3):977-981.doi: 10.1007/s00705-020-04939-2. Epub 2021 Jan 11.
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  • A novel partitivirus infecting Metarhizium brunneum, which was designated "Metarhizium brunneum partitivirus 2" (MbPV2).
  • Phylogenetic analysis showed that MbPV2 is a new member of the genus Gammapartitivirus, family Partitiviridae.
  • 昆虫病原性真菌から新しいパルティティウイルスが発見され、Metarhizium brunneum partitivirus 2" (MbPV2)と命名された。
  • 系統解析ではMbPV2はパルティティウイルス科のガンマパルティティウイルス属に属することが明らかになった。
2021-03-15
Mol Biol Evol. 2021 Mar 15;msab072.doi: 10.1093/molbev/msab072. Online ahead of print.
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  • Novel herpes simplexviruses were discovered from fecal samples in wild gorillas, bonobos, and chimpanzees.
  • The simplexviruses infecting African great apes subsequently experienced multiple cross-species transmission events over the past 3 million years.
  • This study suggests that HSV-2 is one of the earliest zoonotic pathogens.
  • 新しい単純ヘルペスウイルスがゴリラ、ボノボ、チンパンジーの糞便サンプルから発見された。
  • アフリカ大陸の大型類人猿に感染する単純ヘルペスウイルスは過去300万年にわたり複数の種間感染イベントを起こしている。
  • この研究は、HSV-2が最も初期の人獣共通感染症の病原体のひとつであることを示唆している。
2021-03-12
J Med Entomol. 2021 Mar 12;58(2):880-890.doi: 10.1093/jme/tjaa193.
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  • Tabanid flies are common hematophagous insects known to transmit some pathogens mechanically /biologically to animals.
  • A novel flavivirus, Tabanus rufidens flavivirus (TrFV), was discovered in this study in the Japanese horse fly, Tabanus rufidens.
  • This novel virus is categorized classical insect-specific flaviviruses (cISFs)
  • アブは病原体を動物や機械的や生物学的に伝播させる吸血性昆虫である。
  • この論文では新しいフラビウイルス、Tabanus rufidens flavivirus (TrFV)をヤマトアブから発見した。
  • この新しいウイルスは昆虫に特有なフラビウイルスとして分類される。
2021-03-11
PLoS One. 2021 Mar 11;16(3):e0248249.doi: 10.1371/journal.pone.0248249. eCollection 2021.
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  • Hepatitis C virus (HCV) has eight genotypes and 90 subtypes.
  • Phylogenetic analysis of the full genome of Tunisian strains in this study shows two subtypes within HCV-2.
  • This study provides information of total number of HCV-2 subtypes from 21 to 23.
  • C型肝炎ウイルス(HCV)には8つの遺伝子型と90の亜型がある。
  • この研究でチュニジア人に感染しているHCVのゲノムを分析したところ、HCV-2の新しい2つの亜型であることが明らかになった。
  • この研究によりHCV-2の亜型は21個から23個になった。
2021-03-11
Virus Res. 2021 Mar 11;297:198386.doi: 10.1016/j.virusres.2021.198386. Online ahead of print.
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  • A novel mycovirus, Fusarium equiseti partitivirus 1 (FePV1), infecting a strain from the Fusarium incarnatum-equiseti species complex.
  • This novel virus has two dsRNA segments belonging to genus "Zetapartitivirus" in the family Partitiviridae.
  • The study of FePV1-free isogenic line of the fungal host indicated that FePV1 induces hypovirulence on its host.
  • 新しいマイコウイルス、Fusarium equiseti partitivirus 1 (FePV1)がフサリウム属菌から発見された。
  • この新しいウイルスは2つの2本鎖RNA分節を持ち、Partitiviridae(ウイルス科)のZetapartitivirus属に属する。
  • FePV1非感染の菌類を用いた実験から、FePV1は菌類に対して病原性が低いことが明らかになった。
2021-03-08
Infect Genet Evol. 2021 Mar;88:104704.doi: 10.1016/j.meegid.2021.104704. Epub 2021 Jan 5.
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  • A novel orthonairovirus, Sulina virus, was discovered in Ixodes ricinus ticks by transcriptome sequencing of ticks.
  • Phylogenetic analysis indicated that the novel virus is in the Orthonairovirus genus as a new genogroup closely related to Tamdy orthonairovirus.
  • The Sulina virus is an orthonairovirus associated with the virome of Ixodes ricinus.
  • リシヌスマダニのトランスクリプトーム解析により新しいオルトナイロウイルス(Sulinaウイルス)が発見された。
  • 系統解析からこのウイルスはオルトナイロウイルス属のTamdyオルトナイロウイルスに近縁な新しい遺伝子型のウイルスであることが明らかになった。
  • Sulinaウイルスはリシヌスマダニに特有のウイルスである。
2021-02-27
Viruses. 2021 Feb 27;13(3):383.doi: 10.3390/v13030383.
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  • A novel endogenous retrovirus, prosimian retrovirus 1 (PSRV1), was discovered in the genome of a lemur, Coquerel's sifaka (Propithecus coquereli).
  • Molecular clock analysis estimated the time of endogenization within 4.56 MYA (± 2.4 MYA).
  • Phylogenetic analyses indicate that PSRV1 is a gamma-type betaretrovirus basal to the other primate betaretroviruses.
  • 新しい内在性レトロウイルス、原猿類レトロウイルス1(PSRV1)がキツネザルのゲノムから発見された。
  • 分子時計の解析から4.56MYA以内に内在化されたと考えられた。
  • 系統解析からこのウイルスは他の霊長類のベータレトロウイルスの祖先となることが示された。
2021-02-25
Viruses. 2021 Feb 25;13(3):364.doi: 10.3390/v13030364.
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  • 1% of the fecal RNA and DNA from wild-caught Acheta domesticus consisted of viruses.
  • In this study, novel virus, Acheta domesticus Iflavirus (AdIV), was discovered.
  • The wild and commercial AdIV strains had short genome, which may indicate specific adaptation to their hosts' distinct rearing environments.
  • 野生のヨーロッパイエコオロギの糞便中から得られたRNAやDNAの1%がウイルス由来である。
  • この研究では、新しいウイルスのイエコオロギイフラウイルス(AdIV)が発見された。
  • 野生と餌用に販売されているコオロギのAdIVのゲノムは短く、宿主の異なる飼育環境への適応を示している可能性がある。
2021-02-25
Sci Rep. 2021 Feb 25;11(1):4674.doi: 10.1038/s41598-021-83879-6.
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  • A novel putative dual host-related insect-specific flavivirus (dISFV), termed Guapiaçu virus (GUAPV), was discovered from Aedes mosquito in this study.
  • Authors detected viral GUAPV RNA in a plasma sample of an individual febrile in Brazil.
  • The 3'UTR secondary structures duplication and codon usage index were similar to pathogenic flavivirus.
  • 蚊とヒト(動物)の両方を宿主とする昆虫特有の新しいフラビウイルス、Guapiaçu virus (GUAPV)、をヤブカから発見した。
  • 著者らはブラジルの熱性疾患を呈した人の血漿サンプルからGUAPVを検出した。
  • 3’UTRの構造や翻訳コドンの使用方法が病原性フラビウイルスと似通っているという特徴がある。
2021-02-10
J Gen Virol. 2021 Mar;102(3).doi: 10.1099/jgv.0.001555. Epub 2021 Feb 10.
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  • Dicistroviruses, which mainly infect to insects, have also been detected in both mammalian and avian species, but with unconfirmed pathology.
  • A novel dicistrovirus was discovered in the intestinal content of a captive red squirrel with enteritis.
  • From the result of phylogenetic analysis, it is suggested that this new virus is designated to a new genus of Distroviridae.
  • 昆虫に感染することが知られているジシストロウイルス(ピコルナウイルス目)は哺乳類や鳥類からも検出されているが、その病原性についてはわかっていない。
  • この研究では新しいジシストロウイルスが腸炎を呈するキタリスの小腸内容物から発見された。
  • 系統樹の解析から、この新しいウイルスはジシストロウイルス科の新しい属になると考えられる。
2021-02-09
Transbound Emerg Dis. 2021 Feb 9;10.1111/tbed.14029.doi: 10.1111/tbed.14029. Online ahead of print.
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  • Four novel deltacoronavirus stains (HNU1-1, HNU1-2, HNU2 and HNU3) were discovered from common magpies in China.
  • Frequent recombination events of the S genes occurred among these deltacoronavirus strains.
  • South coast of China might be a potential origin of bird deltacoronaviruses existing in inland China.
  • 中国のカササギから4つの新しいデルタコロナウイルス(HNU1-1, HNU-1-2, HNU2, HNU3)が発見された。
  • これらのデルタコロナウイルスの中でS蛋白質の組換えが頻繁に起こっていることが明らかになった。
  • 中国の南海岸は中国の島に存在しているデルタコロナウイルスの祖先を生んだのかもしれない。
2021-02-06
Viruses. 2021 Feb 6;13(2):252.doi: 10.3390/v13020252.
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  • This study demonstrated a case study using both phylogenetics and machine learning models to initially assess viruses detected in vampire bats, a wildlife species in close and frequent contact with humans and domestic animals.
  • GCB analyses of novel vampire bat viruses in the families Hepeviridae, Coronaviridae, Reoviridae, Astroviridae and Picornaviridae indicated most of these novel viruses are medium to low priority for further research.
  • Although one Hepevirus and two Picornaviruses ranked above all other novel taxa discovered in terms of their importance for future research and monitoring, authors also recommend maintaining research and surveillance efforts on rabies virus.
  • この研究では系統解析と機械学習モデルを使用してヒトや家畜と密接・頻繁に接触する野生動物であるコウモリ(ナミチスイコウモリ)から検出されたウイルスを評価するケーススタディーである。
  • その結果、新規ナミチスイコウモリウイルスのうち、へぺウイルス、コロナウイルス、レオウイルス、アストロウイルス、ピコルナウイルス科のウイルスはさらに研究する優先度が低いことが示された。
  • 1つのへぺウイルスと2つのピコルナウイルスは他の新規ウイルスよりも優先度が高いことが示されましたが、この研究の著者らは狂犬病ウイルスの研究と監視を維持することが重要であるといっている。
2021-01-16
Arch Virol. 2021 Jan;166(1):309-312.doi: 10.1007/s00705-020-04859-1. Epub 2020 Oct 27.
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  • In this study, the complete genome sequence of a novel virus discovered from leaf beetle Aulacophora lewisii was determined.
  • The novel virus belongs to the genus Iflavirus, family Iflaviridae, was named "Aulacophora lewisii iflavirus 1" (ALIV1).
  • ALIV1 is most similar to that of Brevicoryne brassicae picorna-like virus.
  • ヒメクロウリハムシから新しいウイルスが発見され、全ゲノム塩基配列が決定された。
  • このウイルスはイフラウイルス科、イフラウイルス属に属し、ヒメクロウリハムシイフラウイルス1(ALIV1)と名付けられました。
  • ALIV1はダイコンハムシピコルナ類似ウイルスに最も近縁なウイルスであることがわかった。
2021-01-06
Braz J Microbiol. 2021 Mar;52(1):219-227.doi: 10.1007/s42770-020-00402-1. Epub 2021 Jan 6.
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  • A novel baculovirus, CNPSo-25, was discovered from tea looper caterpillar, Buzura suppressaria.
  • 新しいバキュロウイルス(CNPSo-25)が尺取虫の一種から発見された。
2021-01-06
Viruses. 2021 Jan 6;13(1):66.doi: 10.3390/v13010066.
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  • Bopivirus of Picornaviridae contains a single uncharacterised sequence (bopivirus A1) with very limited background information.
  • Three novel picornaviruses provisionally called ovipi-, gopi- and bopivirus/Hun from ovine, caprine and bovine respectively
  • Especially, ovipi- and gopivirus could belong to a novel species "Bopivirus B.
  • ピコルナウイルス科のボピウイルスにはひとつのウイルス(ボピウイルスA1)のみが知られていて、情報はほとんどない。
  • 新しい3つの関連ウイルス、羊からオビウイルス、山羊からゴピウイルス、牛からボピウイルスが発見された。
  • 特に、オビウイルスとゴピウイルスは新しいボピウイルスBに属すると考えられる。
2021-01-06
Viruses. 2021 Jan 6;13(1):69.doi: 10.3390/v13010069.
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  • Novel Kotalahti bat lyssavirus (KBLV) was discovered from a dead Brandt's bat (Myotis brandtii), which was positive for rabies virus.
  • M. brandtii is likely the reservoir host of Rhabdoviruses.
  • Authors recommend KBLV as a novel species within the Lyssavirus genus.
  • 新しいリッサウイルス(Kotalahti bat lyssavirus; KBLV)が死亡したウスリホオヒゲコウモリ(ホオヒゲコウモリ属)から発見された。
  • ホオヒゲコウモリ属はラブドウイルスのレゼルボアになっている可能性がある。
  • 著者はらこの新しいウイルスがリッサウイルス属の新種であると考えている。
2021-05-07
J Wildl Dis. 2021 May 7.doi: 10.7589/JWD-D-20-00151. Online ahead of print.
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  • A novel adenovirus, bowhead whale adenovirus, was discovered from Bering-Chukchi-Beaufort seas bowhead whales.
  • The clinical impact is unclear, since no histopathologic evidence of adenovirus-associated disease was found.
  • 新しいアデノウイルスがホッキョククジラから発見された(ホッキョククジラアデノウイルス)。
  • このウイルスの病原性はまだわかっていない。
2021-04-30
Pathogens. 2021 Apr 30;10(5):539.doi: 10.3390/pathogens10050539.
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  • There is limited knowledge about Papillomavirus (PVs) in wildlife.
  • The papillomavirus PCR performed on the skin tumor sample of a Stone Marten was positive, and the complete PV genome was determined.
  • The PV is novel type belonging to the Dyonupapillomavirus genus (named MfoiPV1).
  • 野生動物におけるパピローマウイルスの感染状況はあまり研究されていない。
  • ムナジロテンの皮膚腫瘍サンプルについてパピローマウイルスのPCRを実施したところ陽性であったので、このウイルスの全ゲノム塩基配列を決定した。
  • このパピローマウイルスは新しいウイルスであり、MfoiPVと命名された。
2021-04-05
Virus Genes. 2021 Apr;57(2):228-232.doi: 10.1007/s11262-021-01825-0. Epub 2021 Feb 9.
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  • A walrus fed with animal formula died in an aquarium in Japan.
  • Autopsy revealed multiple necrosis of the liver and adrenal glands.
  • Electron microscopy of the liver tissue revealed Herpesvirus-like particles with a tegument structure.
  • We named this novel herpesvirus walrus alphaherpesvirus 1 (WaHV-1) based on partial genome sequences from high-throughput sequencing.
  • Phylogenetic analysis revealed that WaHV-1 was closely related to Phocid herpesvirus 1 (PhHV-1), which has caused outbreaks in harbor seals.
  • 人工乳で育てられた日本の水族館のセイウチが11カ月令で死亡した。、剖検により肝臓と副腎の複数の壊死が明らかになった。
  • 肝臓組織の電子顕微鏡検査により、ヘルペスウイルスに特徴的なテグメント構造を持つ粒子が確認された。
  • 次世代シークエンサーによって明らかにされた部分的なゲノム配列に基づいて、この新しいウイルスはセイウチアルファヘルペスウイルス1(WaHV-1)と名付けられた。
  • 系統発生分析により、WaHV-1はゼニガタアザラシでアウトブレイクを引き起こしたアザラシヘルペスウイルス1(PhHV-1)と密接に関連していることが明らかになった。
2021-04-02
Emerg Infect Dis. 2021 Apr;27(4):1177-1180. doi: 10.3201/eid2704.203818.
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  • Novel poxvirus (Brazilian porcupinepox virus) was discovered from wild porcupine in Brazil.
  • There may be a zoonotic potential by this virus, but remaining to be investigated.
  • 野生のヤマアラシから新規ポックスウイルスが発見された。
  • このウイルスの人獣共通感染症としての可能性を探る必要がある。
2021-04-01
Arch Virol. 2021 Apr;166(4):1183-1191.doi: 10.1007/s00705-021-04975-6. Epub 2021 Feb 12.
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  • A novel poxvirus was discovered in Crocodilurus amazonicus, which is close to avian poxvirus (avipoxviruses).
  • トカゲから新しいポックスウイルスが発見された。このウイルスは鳥のポックスウイルスと近縁であった。
2021-03-15
Mol Biol Evol. 2021 Mar 15;msab072.doi: 10.1093/molbev/msab072. Online ahead of print.
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  • Novel herpes simplexviruses were discovered from fecal samples in wild gorillas, bonobos, and chimpanzees.
  • The simplexviruses infecting African great apes subsequently experienced multiple cross-species transmission events over the past 3 million years.
  • This study suggests that HSV-2 is one of the earliest zoonotic pathogens.
  • 新しい単純ヘルペスウイルスがゴリラ、ボノボ、チンパンジーの糞便サンプルから発見された。
  • アフリカ大陸の大型類人猿に感染する単純ヘルペスウイルスは過去300万年にわたり複数の種間感染イベントを起こしている。
  • この研究は、HSV-2が最も初期の人獣共通感染症の病原体のひとつであることを示唆している。
2021-01-06
Braz J Microbiol. 2021 Mar;52(1):219-227.doi: 10.1007/s42770-020-00402-1. Epub 2021 Jan 6.
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  • A novel baculovirus, CNPSo-25, was discovered from tea looper caterpillar, Buzura suppressaria.
  • 新しいバキュロウイルス(CNPSo-25)が尺取虫の一種から発見された。
2021-05-22
Virus Genes. 2021 May 22.doi: 10.1007/s11262-021-01845-w. Online ahead of print.
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  • Circular replication-associated protein (Rep)-encoding single stranded (CRESS) DNA (named Horse-CRESS DNA-like virus, HCLV) was discovered in fecal samples of imported horses in China.
  • The genome sequences of novel viruses have 1700 to 2100 nucleotides (nt) and five major ORFs.
  • Phylogenetic analysis showed that the novel virus was grouped together with members in Kirkoviruses, not Circovirus and Cyclovirus.
  • 新しい環状DNAウイルスが中国の輸入馬(サラブレット)の糞便から発見された。
  • これらの新しいウイルスは1700から2100塩基長で、5つのORFを持っている。
  • 系統解析では、このウイルスはCircovirusやCyclovirusではなくKirkovirusの仲間であることが示された。
2021-03-20
Gene. 2021 Mar 20;773:145384.doi: 10.1016/j.gene.2020.145384. Epub 2020 Dec 29.
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  • A novel porcine circovirus type 4 (PCV4) was identified in pigs with serious symptoms in China in 2019.
  • Three complete PCV4 genomes shared 36.9-73.8% nucleotide similarity with other representative circovirus genomes in this study.
  • Phylogenetic analysis indicated that PCV4 was most closely related to bat-associated circovirus and mink circovirus.
  • 2019年新しい豚のサーコウイルス4型(PCV4)が重症豚で発見された。
  • 本研究でゲノムを決定したPCV4は他の型のサーコウイルスと36.9-73.8%の相同性であった。
  • 系統解析の結果からPCV4はコウモリやミンクのサーコウイルスと近縁であることが明らかになった。
2021-02-27
Viruses. 2021 Feb 27;13(3):383.doi: 10.3390/v13030383.
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  • A novel endogenous retrovirus, prosimian retrovirus 1 (PSRV1), was discovered in the genome of a lemur, Coquerel's sifaka (Propithecus coquereli).
  • Molecular clock analysis estimated the time of endogenization within 4.56 MYA (± 2.4 MYA).
  • Phylogenetic analyses indicate that PSRV1 is a gamma-type betaretrovirus basal to the other primate betaretroviruses.
  • 新しい内在性レトロウイルス、原猿類レトロウイルス1(PSRV1)がキツネザルのゲノムから発見された。
  • 分子時計の解析から4.56MYA以内に内在化されたと考えられた。
  • 系統解析からこのウイルスは他の霊長類のベータレトロウイルスの祖先となることが示された。
2021-05-21
Emerg Microbes Infect. 2021 May 21;1-43.doi: 10.1080/22221751.2021.1933608. Online ahead of print.
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  • More than 300 pigs showed neurological signs with approximately 40% mortality in US swine farms.
  • Authors isolated a novel reassortant virus containing viral gene segments from three mammalian reovirus serotypes that infect human, bovine and swine.
  • アメリカ合衆国の豚農場で300頭以上の豚に神経症状が認められ40%の致死率の感染症が発生した。
  • 著者らはヒト・ウシ・ブタの3つのレオウイルスのリアソータントになっているウイルスを発見した。
2021-05-12
Transbound Emerg Dis. 2021 May 12.doi: 10.1111/tbed.14149. Online ahead of print.
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  • A novel atypical porcine pestivirus (APPV) was discovered from two piglets with congenital tremor in Japan for the first time.
  • The virus had sequence homology with genotype 3 APPV from China; however, in the phylogenetic analysis, Japanese APPV branched independently and distantly related to genotype 3 APPVs.
  • Retrospective investigations revealed that this novel Japanese APPVs have been circulated in Japan since at least 2007.
  • 新規の亜型豚ペスチウイルスがダンス病を呈する子豚2頭から日本で初めて検出されました。
  • このウイルスは中国の亜型豚ペスチウイルス遺伝子型3と類似していましたが、系統樹解析では遺伝子型とは異なる分岐を示しました。
  • 遡り調査では、この新規ウイルスは少なくとも2007年以降に日本で流行していることが確認されました。
2021-04-27
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):768.doi: 10.3390/v13050768.
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  • Mosquito species have significant public health importance to transmit major diseases such as Dengue, Chikungunya and Zika to humans and animals.
  • Authors analyzed DNA and RNA from mosquitoes using high throughput sequencing techniques.
  • They found novel viruses including Rhabdoviridae, Totiviridae, Iflaviviridae, Circoviridae, and Sobemoviridae families.
  • 蚊はデング熱、チクングニア、ジカ熱のような公衆衛生上重要となる感染症を運ぶので要注意である。
  • 著者らはハイスループットシーケンサーによる蚊のDNAやRNAの解析を実施した。
  • その結果、ラブドウイルス科、トチウイルス科、イフラウイルス科、サーコウイルス科、ソベモウイルス科の新規ウイルスを発見した。
2021-04-17
Arch Virol. 2021 Apr 17.doi: 10.1007/s00705-021-05054-6. Online ahead of print.
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  • A novel totivirus, Conidiobolus heterosporus totivirus 1 (ChTV1), was isolated from fungus.
  • ChTV1 has 51% sequence identity to that of Trichoderma koningiopsis totivirus 1 (TkTV1) , which is the highest among mycoviruses.
  • Authors propose that ChTV1 is a new member of the genus Totivirus, family Totiviridae.
  • 真菌から新しいトチウイルスが発見された。Conidiobolus heterosporus totivirus 1 (ChTV1)
  • ChTV1は最も相同性の高いトチウイルス(TkTV1)でも51%であった。
  • 著者らはこのChTV1をトチウイルス科・トチウイルス属の新しいウイルスと考えている。
2021-04-10
Virology. 2021 Apr 10;559:120-130.doi: 10.1016/j.virol.2021.04.002. Online ahead of print.
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  • Novel Aquareovirus, (hirame aquareovirus: HAqRV), was discovered from Japanese flounder.
  • Similarity of genome sequence between HAqRV and other aquareoviruses was less than 60%.
  • Pathogenicity of HAqRV was demonstrated in accordance with Koch's postulates by experimental infection using flounder.
  • 新しいアクアレオウイルスが日本のヒラメから発見された(ヒラメアクアレオウイルス: HAqRV)。
  • HAqRVと他のアクアレオウイルスの相同性は60%以下であった。
  • このウイルスの病原性についてはヒラメを使った実験でコッホの原則を満たすことにより証明された。
2021-03-26
Arch Virol. 2021 Mar 26.doi: 10.1007/s00705-021-05041-x. Online ahead of print.
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  • A novel partitivirus, Brassica campestris chinensis cryptic virus 1 (BCCV1), was discovered from Brassica campestris L. ssp. Chinensis.
  • The genome of BCCV1 contains two dsRNA segments, dsRNA1and dsRNA2.
  • BCCV1 is a new member of the genus Deltapartitivirus, family Partitiviridae.
  • アブラナから新しいパルティティウイルス、Brassica campestris chinensis cryptic virus 1 (BCCV1)、が発見された。
  • BCCV1のゲノムは2つの2本鎖RNA分節(dsRNA1, dsRNA2)で構成されていた。
  • BCCV1はパルティティウイルス科のデルタパルティティウイルス属の新しいウイルスである。
2021-03-16
Arch Virol. 2021 Mar;166(3):977-981.doi: 10.1007/s00705-020-04939-2. Epub 2021 Jan 11.
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  • A novel partitivirus infecting Metarhizium brunneum, which was designated "Metarhizium brunneum partitivirus 2" (MbPV2).
  • Phylogenetic analysis showed that MbPV2 is a new member of the genus Gammapartitivirus, family Partitiviridae.
  • 昆虫病原性真菌から新しいパルティティウイルスが発見され、Metarhizium brunneum partitivirus 2" (MbPV2)と命名された。
  • 系統解析ではMbPV2はパルティティウイルス科のガンマパルティティウイルス属に属することが明らかになった。
2021-03-11
Virus Res. 2021 Mar 11;297:198386.doi: 10.1016/j.virusres.2021.198386. Online ahead of print.
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  • A novel mycovirus, Fusarium equiseti partitivirus 1 (FePV1), infecting a strain from the Fusarium incarnatum-equiseti species complex.
  • This novel virus has two dsRNA segments belonging to genus "Zetapartitivirus" in the family Partitiviridae.
  • The study of FePV1-free isogenic line of the fungal host indicated that FePV1 induces hypovirulence on its host.
  • 新しいマイコウイルス、Fusarium equiseti partitivirus 1 (FePV1)がフサリウム属菌から発見された。
  • この新しいウイルスは2つの2本鎖RNA分節を持ち、Partitiviridae(ウイルス科)のZetapartitivirus属に属する。
  • FePV1非感染の菌類を用いた実験から、FePV1は菌類に対して病原性が低いことが明らかになった。
2021-05-20
Clin Infect Dis. 2021 May 20;ciab456.doi: 10.1093/cid/ciab456. Online ahead of print.
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  • Canine CoV (CCoV) RNA was detected in nasopharyngeal swabs at 2.5% of patients hospitalized with pneumonia in Malaysia.
  • In this study, a novel canine-feline recombinant alphacoronavirus (genotype II), CCoV-HuPn-2018, was discovered from one specimen.
  • If this novel virus is confirmed as a pathogen, it may represent the eighth unique coronavirus known to cause disease in humans.
  • マレーシアにおいて肺炎で入院している患者の鼻咽頭スワブの2.5%から犬コロナウイルスRNAが検出された。
  • ひとりの患者からウイルスが分離され、犬と猫のアルファコロナウイルスの組み換えウイルス(CCoV-HuPn-2018)が発見された。
  • もしこのウイルスが病原性を持つなら、ヒトに病気を起こす8番目のコロナウイルスになるであろう。
2021-05-18
ISME J. 2021 May 18.doi: 10.1038/s41396-021-01005-w. Online ahead of print.
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  • Authors discovered a novel picornavirus, Rondani's wasp virus 1 (RoWV-1), from parasitoid wasp (Pachycrepoideus vindemmiae).
  • High amount of RoWV-1 was detected in the larval digestive tract.
  • RoWV-1 is transmitted horizontally from infected to uninfected wasps but not vertically to wasp offspring.
  • 著者らは寄生バチの一種から新しいピコルナウイルス(RoWV-1)を発見した。
  • RoWV-1は幼虫の消化管から大量に検出された。
  • このウイルスは垂直感染ではなく水平感染することが明らかになった。
2021-05-16
Transbound Emerg Dis. 2021 May 16.doi: 10.1111/tbed.14155. Online ahead of print.
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  • A novel Tembusu virus (Flaviviridae), DTMUV/Goose/China/2019/AQ-19 (AQ-19), that is believed to be responsible for the noticeably high mortality (~50%) in goslings in China.
  • The AQ-19 has high virulence in goslings and mice, resulting in 60% and 70% mortality
  • Pathological examination revealed severe histological lesions in the brain and liver of the infected goslings and mice.
  • マレーシアにおいて肺炎で入院している患者の鼻咽頭スワブの2.5%から犬コロナウイルスRNAが検出された。
  • ひとりの患者からウイルスが分離され、犬と猫のアルファコロナウイルスの組み換えウイルス(CCoV-HuPn-2018)が発見された。
  • もしこのウイルスが病原性を持つなら、ヒトに病気を起こす8番目のコロナウイルスになるであろう。
2021-05-05
Arch Virol. 2021 May 5.doi: 10.1007/s00705-021-05081-3. Online ahead of print.
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  • Authors discovered new member of the genus Closterovirus in Platycodon grandifloras.
  • This virus was tentatively named "platycodon closterovirus 1" (PlaCV1).
  • キキョウから新しいクロステロウイルスが発見された。
  • このウイルスは"platycodon closterovirus 1" (PlaCV1)と名付けられた。
2021-04-11
Transbound Emerg Dis. 2021 Apr 11.doi: 10.1111/tbed.14105. Online ahead of print.
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  • More than 500 ticks were collected from Romania located at the intersection of various biotopes, countries and routes of migrations.
  • Novel viruses belonging to Flaviviridae, Phenuiviridae and Nairoviridae families were identified and full genomes were derived.
  • 様々な経路の交差点のようになっているルーマニアで500以上のダニを採取してウイルスの解析が実施された。
  • これらのダニから、フラビウイルス、フェヌイウイルス、ナイロウイルス科に属する新規ウイルスが発見され、全ゲノムの塩基配列が決定された。
2021-04-10
Food Environ Virol. 2021 Apr 10.doi: 10.1007/s12560-021-09472-2. Online ahead of print.
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  • Authors performed a systematic search against publicly available transcriptome database for discovery of dicistrovirus-like sequences.
  • 83 transcripts corresponding to nearly-complete viral genomes were retrieved from the RNA-seq data.
  • Phylogenetic analysis suggested that horizontal virus transfer has occurred between diverse hosts.
  • この研究では新規dicistrovirus(ピコルナウイルス科)を発見するために、公開されているトランスクリプトームのデータベースを用いた検索システムを実施した。
  • その結果、83の新規ウイルスの全長に近い配列が得られた。
  • 系統解析から多様な宿主間で水平伝播が起こっていることが示唆された。
2021-03-31
Viruses. 2021 Mar 31;13(4):585.doi: 10.3390/v13040585.
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  • Recently, two Rubella virus (RuV)-like viruses, Rustrela virus and Ruhugu virus belonging to Matonaviridae, were identified.
  • From the analysis of transciptome of these viruses, Matonaviridae indicated complex pattern of cross-species virus transmission.
  • This study indicated that evolutionary history of the Matonaviridae is more complex than previous reports.
  • 最近、マトナウイルス科に属する風疹ウイルスに類似のウイルス(Rustrela virus and Ruhugu virus)が発見された。
  • トランスクリプトーム解析から、マトナウイルス科のウイルスは宿主を越えた複雑な感染が起こっていることが明らかになった。
  • このようにマトナウイルス科のウイルスはこれまでに考えられていたよりも複雑な進化を遂げているのである。
2021-03-24
Arch Virol. 2021 Mar 24.doi: 10.1007/s00705-021-04998-z. Online ahead of print.
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  • Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) strain SC2020-1 was isolated from aborted piglets on a farm in Sichuan, China.
  • Phylogenetic analysis showed that SC2020-1 clustered with PRRSV type I but outside of the three previously described branches.
  • 中国の流産した子豚から豚繁殖・呼吸障害症候群ウイルス(PRSSV)が分離された
  • 系統解析からこの新しいウイルスはPRSSV1型に分類されるが、これまでに報告されているウイルスとは異なるグループになっているようだ。
2021-03-16
Infect Genet Evol. 2021 Mar 17;91:104810.doi: 10.1016/j.meegid.2021.104810.
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  • A novel kobuvirus was found in diarrheal fecal samples of Tibetan sheep, which belongs to Aichivirus species D.
  • The novel Aichivirus D has unique amino acid substitutions in the VP0, VP3, and VP1, with a recombination event in the 2C region.
  • The novel Aichivirus D was detected in 9.2% of the sheep diarrheal fecal samples of the Qinghai Tibet Plateau in China.
  • 中国の羊の下痢検体から新規コブウイルスが発見された。このウイルスはアイチウイルスDに分類された。
  • この新しいアイチウイルスはこれまでのウイルスと比較してVP0, VP3, VP1領域にユニークなアミノ酸置換や2C領域に組み換えが起こっていた。
  • このウイルスは羊の下痢サンプルの9.2%から検出された。
2021-03-12
J Med Entomol. 2021 Mar 12;58(2):880-890.doi: 10.1093/jme/tjaa193.
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  • Tabanid flies are common hematophagous insects known to transmit some pathogens mechanically /biologically to animals.
  • A novel flavivirus, Tabanus rufidens flavivirus (TrFV), was discovered in this study in the Japanese horse fly, Tabanus rufidens.
  • This novel virus is categorized classical insect-specific flaviviruses (cISFs)
  • アブは病原体を動物や機械的や生物学的に伝播させる吸血性昆虫である。
  • この論文では新しいフラビウイルス、Tabanus rufidens flavivirus (TrFV)をヤマトアブから発見した。
  • この新しいウイルスは昆虫に特有なフラビウイルスとして分類される。
2021-03-11
PLoS One. 2021 Mar 11;16(3):e0248249.doi: 10.1371/journal.pone.0248249. eCollection 2021.
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  • Hepatitis C virus (HCV) has eight genotypes and 90 subtypes.
  • Phylogenetic analysis of the full genome of Tunisian strains in this study shows two subtypes within HCV-2.
  • This study provides information of total number of HCV-2 subtypes from 21 to 23.
  • C型肝炎ウイルス(HCV)には8つの遺伝子型と90の亜型がある。
  • この研究でチュニジア人に感染しているHCVのゲノムを分析したところ、HCV-2の新しい2つの亜型であることが明らかになった。
  • この研究によりHCV-2の亜型は21個から23個になった。
2021-02-25
Viruses. 2021 Feb 25;13(3):364.doi: 10.3390/v13030364.
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  • 1% of the fecal RNA and DNA from wild-caught Acheta domesticus consisted of viruses.
  • In this study, novel virus, Acheta domesticus Iflavirus (AdIV), was discovered.
  • The wild and commercial AdIV strains had short genome, which may indicate specific adaptation to their hosts' distinct rearing environments.
  • 野生のヨーロッパイエコオロギの糞便中から得られたRNAやDNAの1%がウイルス由来である。
  • この研究では、新しいウイルスのイエコオロギイフラウイルス(AdIV)が発見された。
  • 野生と餌用に販売されているコオロギのAdIVのゲノムは短く、宿主の異なる飼育環境への適応を示している可能性がある。
2021-02-25
Sci Rep. 2021 Feb 25;11(1):4674.doi: 10.1038/s41598-021-83879-6.
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  • A novel putative dual host-related insect-specific flavivirus (dISFV), termed Guapiaçu virus (GUAPV), was discovered from Aedes mosquito in this study.
  • Authors detected viral GUAPV RNA in a plasma sample of an individual febrile in Brazil.
  • The 3'UTR secondary structures duplication and codon usage index were similar to pathogenic flavivirus.
  • 蚊とヒト(動物)の両方を宿主とする昆虫特有の新しいフラビウイルス、Guapiaçu virus (GUAPV)、をヤブカから発見した。
  • 著者らはブラジルの熱性疾患を呈した人の血漿サンプルからGUAPVを検出した。
  • 3’UTRの構造や翻訳コドンの使用方法が病原性フラビウイルスと似通っているという特徴がある。
2021-02-10
J Gen Virol. 2021 Mar;102(3).doi: 10.1099/jgv.0.001555. Epub 2021 Feb 10.
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  • Dicistroviruses, which mainly infect to insects, have also been detected in both mammalian and avian species, but with unconfirmed pathology.
  • A novel dicistrovirus was discovered in the intestinal content of a captive red squirrel with enteritis.
  • From the result of phylogenetic analysis, it is suggested that this new virus is designated to a new genus of Distroviridae.
  • 昆虫に感染することが知られているジシストロウイルス(ピコルナウイルス目)は哺乳類や鳥類からも検出されているが、その病原性についてはわかっていない。
  • この研究では新しいジシストロウイルスが腸炎を呈するキタリスの小腸内容物から発見された。
  • 系統樹の解析から、この新しいウイルスはジシストロウイルス科の新しい属になると考えられる。
2021-02-09
Transbound Emerg Dis. 2021 Feb 9;10.1111/tbed.14029.doi: 10.1111/tbed.14029. Online ahead of print.
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  • Four novel deltacoronavirus stains (HNU1-1, HNU1-2, HNU2 and HNU3) were discovered from common magpies in China.
  • Frequent recombination events of the S genes occurred among these deltacoronavirus strains.
  • South coast of China might be a potential origin of bird deltacoronaviruses existing in inland China.
  • 中国のカササギから4つの新しいデルタコロナウイルス(HNU1-1, HNU-1-2, HNU2, HNU3)が発見された。
  • これらのデルタコロナウイルスの中でS蛋白質の組換えが頻繁に起こっていることが明らかになった。
  • 中国の南海岸は中国の島に存在しているデルタコロナウイルスの祖先を生んだのかもしれない。
2021-02-06
Viruses. 2021 Feb 6;13(2):252.doi: 10.3390/v13020252.
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  • This study demonstrated a case study using both phylogenetics and machine learning models to initially assess viruses detected in vampire bats, a wildlife species in close and frequent contact with humans and domestic animals.
  • GCB analyses of novel vampire bat viruses in the families Hepeviridae, Coronaviridae, Reoviridae, Astroviridae and Picornaviridae indicated most of these novel viruses are medium to low priority for further research.
  • Although one Hepevirus and two Picornaviruses ranked above all other novel taxa discovered in terms of their importance for future research and monitoring, authors also recommend maintaining research and surveillance efforts on rabies virus.
  • この研究では系統解析と機械学習モデルを使用してヒトや家畜と密接・頻繁に接触する野生動物であるコウモリ(ナミチスイコウモリ)から検出されたウイルスを評価するケーススタディーである。
  • その結果、新規ナミチスイコウモリウイルスのうち、へぺウイルス、コロナウイルス、レオウイルス、アストロウイルス、ピコルナウイルス科のウイルスはさらに研究する優先度が低いことが示された。
  • 1つのへぺウイルスと2つのピコルナウイルスは他の新規ウイルスよりも優先度が高いことが示されましたが、この研究の著者らは狂犬病ウイルスの研究と監視を維持することが重要であるといっている。
2021-01-16
Arch Virol. 2021 Jan;166(1):309-312.doi: 10.1007/s00705-020-04859-1. Epub 2020 Oct 27.
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  • In this study, the complete genome sequence of a novel virus discovered from leaf beetle Aulacophora lewisii was determined.
  • The novel virus belongs to the genus Iflavirus, family Iflaviridae, was named "Aulacophora lewisii iflavirus 1" (ALIV1).
  • ALIV1 is most similar to that of Brevicoryne brassicae picorna-like virus.
  • ヒメクロウリハムシから新しいウイルスが発見され、全ゲノム塩基配列が決定された。
  • このウイルスはイフラウイルス科、イフラウイルス属に属し、ヒメクロウリハムシイフラウイルス1(ALIV1)と名付けられました。
  • ALIV1はダイコンハムシピコルナ類似ウイルスに最も近縁なウイルスであることがわかった。
2021-01-06
Viruses. 2021 Jan 6;13(1):66.doi: 10.3390/v13010066.
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  • Bopivirus of Picornaviridae contains a single uncharacterised sequence (bopivirus A1) with very limited background information.
  • Three novel picornaviruses provisionally called ovipi-, gopi- and bopivirus/Hun from ovine, caprine and bovine respectively
  • Especially, ovipi- and gopivirus could belong to a novel species "Bopivirus B.
  • ピコルナウイルス科のボピウイルスにはひとつのウイルス(ボピウイルスA1)のみが知られていて、情報はほとんどない。
  • 新しい3つの関連ウイルス、羊からオビウイルス、山羊からゴピウイルス、牛からボピウイルスが発見された。
  • 特に、オビウイルスとゴピウイルスは新しいボピウイルスBに属すると考えられる。
2021-05-25
Viruses. 2021 May 25;13(6):982.doi: 10.3390/v13060982.
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  • Authors discovered novel mammarenavirus-like viruses in rodents at Angola.
  • These are novel Okahandja-related virus (Bitu virus), novel Mobala-like mammarenavirus (Kwanza virus).
  • Authors did not detect hantaviruses in these rodents.
  • 著者らはアンゴラのげっ歯類から新しいアレナウイルスを発見した。
  • これらのウイルスはBituウイルスやKwanzaウイルスと命名された。
  • 著者らはこれらのげっ歯類からハンタウイルスは検出されなかったといっている。
2021-05-19
Vector Borne Zoonotic Dis. 2021 May 19.doi: 10.1089/vbz.2020.2736. Online ahead of print.
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  • Four novel rhabdoviruses were discovered from bats in the Republic of the Congo.
  • Surveillance regarding novel rhabdoviruses and bats are needed.
  • コンゴ共和国のコウモリから4種類の新規ラブドウイルスが発見された。
  • これらの新規ウイルスとコウモリのサーベイランスが必要である。
2021-04-27
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):772.doi: 10.3390/v13050772.
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  • Novel phebovirus, Hedi virus (HEDV), was discovered from sandflies in China.
  • Phylogenetic analysis indicated that HEDV is close to RVFV and distinct from other phleboviruses.
  • Authors mentioned that it is necessary to increase the monitoring of these phleboviruses.
  • 新規フレボウイルスが中国のサシショウバエから発見された(Hedi virus; HEDV)。
  • 系統解析からリフトバレーウイルスに近縁で、他のフレボウイルスとは離れていることがわかった。
  • 著者らはフレボウイルスのこのウイルスの監視を続ける必要があるといっている。
2021-04-27
Viruses. 2021 Apr 27;13(5):768.doi: 10.3390/v13050768.
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  • Mosquito species have significant public health importance to transmit major diseases such as Dengue, Chikungunya and Zika to humans and animals.
  • Authors analyzed DNA and RNA from mosquitoes using high throughput sequencing techniques.
  • They found novel viruses including Rhabdoviridae, Totiviridae, Iflaviviridae, Circoviridae, and Sobemoviridae families.
  • 蚊はデング熱、チクングニア、ジカ熱のような公衆衛生上重要となる感染症を運ぶので要注意である。
  • 著者らはハイスループットシーケンサーによる蚊のDNAやRNAの解析を実施した。
  • その結果、ラブドウイルス科、トチウイルス科、イフラウイルス科、サーコウイルス科、ソベモウイルス科の新規ウイルスを発見した。
2021-04-21
Arch Virol. 2021 Apr 21.doi: 10.1007/s00705-021-05061-7. Online ahead of print.
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  • Novel rhabdoviruses, "Bacopa monnieri virus 1" (BmV1), "Bacopa monnieri virus 2" (BmV2), and "Bacopa monnieri virus 3" (BmV3), were discovered in water hyssop, which is a medically important herb.
  • BmV1, BmV2, and BmV3 are thought to be classified as new members of the genera Cytorhabdovirus, Betanucleorhabdovirus, and Solendovirus, respectively.
  • 新しいラブドウイルス、"Bacopa monnieri virus 1(オトメアゼナウイルス1)" (BmV1), "Bacopa monnieri virus 2" (BmV2), and "Bacopa monnieri virus 3" (BmV3)が医学分野で重要なハーブであるオオバコ科のオトメアゼナから発見された。
  • BmV1はサイトラブドウイルス属、BmV2はベータヌクレオラブドウイルス、BmV3はソレンドウイルス属の新しいウイルスに分類される可能性がある。
2021-04-15
Virus Rrs. 2021 Apr 15;296:198281.doi: 10.1016/j.virusres.2020.198281. Epub 2021 Feb 3.
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  • Novel rhabdovirus, Nephotettix cincticeps negative-stranded RNA virus-1 (NcNSRV-1), was discovered from green rice leafhopper.
  • NcNSRV-1 has an additional gene, P6, compared with other rhabdoviruses.
  • NcNSRV-1 has a unique transcription initiation sequence.
  • 新しいラブドウイルスがツマグロヨコバイ(カメムシ目)から発見された。Nephotettix cincticeps negative-stranded RNA virus-1 (NcNSRV-1)
  • NcNSRV-1は他のラブドウイルスには見られないP6という遺伝子を持っている。
  • このウイルスはユニークな転写開始配列を持っている。
2021-04-11
Transbound Emerg Dis. 2021 Apr 11.doi: 10.1111/tbed.14105. Online ahead of print.
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  • More than 500 ticks were collected from Romania located at the intersection of various biotopes, countries and routes of migrations.
  • Novel viruses belonging to Flaviviridae, Phenuiviridae and Nairoviridae families were identified and full genomes were derived.
  • 様々な経路の交差点のようになっているルーマニアで500以上のダニを採取してウイルスの解析が実施された。
  • これらのダニから、フラビウイルス、フェヌイウイルス、ナイロウイルス科に属する新規ウイルスが発見され、全ゲノムの塩基配列が決定された。
2021-03-26
Emerg Microbes Infect. 2021 Dec;10(1):739-742.doi: 10.1080/22221751.2021.1910078.
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  • Novel phylogenetic lineage of influenza D virus was identified in bovines across North America and Eurasia.
  • 北アメリカからユーラシア大陸にかけて、牛からインフルエンザDウイルスの新しい系統を発見した。
2021-03-25
Vet Microbiol. 2021 Mar;254:108978.doi: 10.1016/j.vetmic.2021.108978. Epub 2021 Jan 6.
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  • Novel reassortant strains of H6 avian influenza virus were isolated from fecal samples of wild birds in China.
  • These H6 viruses replicated efficiently in both the nasal turbinates and lungs of mice, but none of them were lethal for mice.
  • 中国の野鳥からH6鳥インフルエンザウイルスの新しいリアソータントが発見された。
  • これらのウイルスはマウスの鼻甲介や肺で良く増えたが、マウスに致死的ではなかった。
2021-03-08
Infect Genet Evol. 2021 Mar;88:104704.doi: 10.1016/j.meegid.2021.104704. Epub 2021 Jan 5.
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  • A novel orthonairovirus, Sulina virus, was discovered in Ixodes ricinus ticks by transcriptome sequencing of ticks.
  • Phylogenetic analysis indicated that the novel virus is in the Orthonairovirus genus as a new genogroup closely related to Tamdy orthonairovirus.
  • The Sulina virus is an orthonairovirus associated with the virome of Ixodes ricinus.
  • リシヌスマダニのトランスクリプトーム解析により新しいオルトナイロウイルス(Sulinaウイルス)が発見された。
  • 系統解析からこのウイルスはオルトナイロウイルス属のTamdyオルトナイロウイルスに近縁な新しい遺伝子型のウイルスであることが明らかになった。
  • Sulinaウイルスはリシヌスマダニに特有のウイルスである。
2021-02-06
Viruses. 2021 Feb 6;13(2):252.doi: 10.3390/v13020252.
Summarize
  • This study demonstrated a case study using both phylogenetics and machine learning models to initially assess viruses detected in vampire bats, a wildlife species in close and frequent contact with humans and domestic animals.
  • GCB analyses of novel vampire bat viruses in the families Hepeviridae, Coronaviridae, Reoviridae, Astroviridae and Picornaviridae indicated most of these novel viruses are medium to low priority for further research.
  • Although one Hepevirus and two Picornaviruses ranked above all other novel taxa discovered in terms of their importance for future research and monitoring, authors also recommend maintaining research and surveillance efforts on rabies virus.
  • この研究では系統解析と機械学習モデルを使用してヒトや家畜と密接・頻繁に接触する野生動物であるコウモリ(ナミチスイコウモリ)から検出されたウイルスを評価するケーススタディーである。
  • その結果、新規ナミチスイコウモリウイルスのうち、へぺウイルス、コロナウイルス、レオウイルス、アストロウイルス、ピコルナウイルス科のウイルスはさらに研究する優先度が低いことが示された。
  • 1つのへぺウイルスと2つのピコルナウイルスは他の新規ウイルスよりも優先度が高いことが示されましたが、この研究の著者らは狂犬病ウイルスの研究と監視を維持することが重要であるといっている。
2021-01-06
Viruses. 2021 Jan 6;13(1):69.doi: 10.3390/v13010069.
Summarize
  • Novel Kotalahti bat lyssavirus (KBLV) was discovered from a dead Brandt's bat (Myotis brandtii), which was positive for rabies virus.
  • M. brandtii is likely the reservoir host of Rhabdoviruses.
  • Authors recommend KBLV as a novel species within the Lyssavirus genus.
  • 新しいリッサウイルス(Kotalahti bat lyssavirus; KBLV)が死亡したウスリホオヒゲコウモリ(ホオヒゲコウモリ属)から発見された。
  • ホオヒゲコウモリ属はラブドウイルスのレゼルボアになっている可能性がある。
  • 著者はらこの新しいウイルスがリッサウイルス属の新種であると考えている。

2021
Sumiya Borjigin,Nanako Osawa,Kaixin Li,Yukie Katayama,Yoshio Kawamura,Makoto Haritani,Shinji Makino,Testuya Mizutani,Mami Oba
Summarize
  • A walrus fed with animal formula died in an aquarium in Japan.
  • Autopsy revealed multiple necrosis of the liver and adrenal glands.
  • Electron microscopy of the liver tissue revealed Herpesvirus-like particles with a tegument structure.
  • We named this novel herpesvirus walrus alphaherpesvirus 1 (WaHV-1) based on partial genome sequences from high-throughput sequencing.
  • Phylogenetic analysis revealed that WaHV-1 was closely related to Phocid herpesvirus 1 (PhHV-1), which has caused outbreaks in harbor seals.
  • 人工乳で育てられた日本の水族館のセイウチが11カ月令で死亡した。剖検により肝臓と副腎の複数の壊死が明らかになった。
  • 肝臓組織の電子顕微鏡検査により、ヘルペスウイルスに特徴的なテグメント構造を持つ粒子が確認された。
  • 次世代シークエンサーによって明らかにされた部分的なゲノム配列に基づいて、この新しいウイルスはセイウチアルファヘルペスウイルス1(WaHV-1)と名付けられた。
  • 系統発生分析により、WaHV-1はゼニガタアザラシでアウトブレイクを引き起こしたアザラシヘルペスウイルス1(PhHV-1)と密接に関連していることが明らかになった。
2021
Wenjing Zhang,Michiyo Kataoka,Yen Hai Doan,Toru Oi,Tetsuya Furuya,Mami Oba,Tetsuya Mizutani,Tomoichiro Oka,Tian-Cheng Li,Makoto Nagai
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  • A mammalian orthoreovirus (MRV) was firstly identified in a fecal sample of wild boar in Japan.
  • This MRV was classified as MRV3; however, shared the L2, L3, and M3, and S2 gene sequence identities with an MRV2 from a lion in a Japanese zoo and a human MRV2, respectively.
  • Recombination event was firstly found in the M2 gene.
  • This Japanese MRV from wild boar might be generated by reassortment and recombination events between MRVs from several host origin in Japan.
  • イノシシから初めてとなる哺乳類オルソレオウイルス(MRV)が日本で分離されました。
  • このウイルスはMRV3に分類されましたが、L2、L3およびM3遺伝子は日本の動物園ライオンと、S2遺伝子は日本でヒトから分離されたMRV2と相同性を持っておりました。
  • 遺伝子組換えがM2遺伝子に初めて確認されました。
  • この我が国のイノシシ由来のMRVは我が国においていくつかの宿主由来のMRVと遺伝子再集合および遺伝子組換えにより生じたと考えられました。
2020
Yuya Sekiguchi, Ayaka Nagata, Fujiko Sunaga, Toru Oi, Ryo Imai, Hiroo Madarame, Yukie Katayama, Mami Oba, Tamaki Okabayashi, Naoaki Misawa, Tomoichiro Oka, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
Summarize
  • Enterovirus G10 genotype-based recombination (type 1 recombination) with torovirus was firstly discovered in Japanese farm.
  • We detected the recombination virus G1, G8, G10, G17 genotypes.
  • This recombination events were thought to occur multiple circulating enterovirus G genotypes on the farms.
  • エンテロウイルスG10をベースにしたトロウイルスとのタイプ1組換えウイルスを日本の養豚場で発見しました。
  • ほかにもエンテロウイルスG1, G8, G17ベースの組換えウイルスも発見しました。
  • このウイルス科を越えたゲノムの組換えは様々なエンテロウイルスが養豚場で蔓延していることで発生すると考えられます。
2020
Ayaka Nagata, Yuya Sekiguchi, Toru Oi, Fujiko Sunaga, Hiroo Madarame, Ryo Imai, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Junsuke Shirai, Tamaki Okabayashi, Naoaki Misawa, Tomoichiro Oka, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • 37.5% of wild boar fecal samples were entrovirus G (EV-G) positive in Japan.
  • 11 samples had a papain-like cysteine protease (PL-CP) sequence, which is called Type 1 recombinant EV-G.
  • Type 1 recombinant EV-G was recombinant virus between enterovirus and torovirus.
  • This is a first report of discovery of Type 1 recombinant EV-G in wild boars.
  • 日本の猪の糞便を調査したところ、37.5%でエンテロウイルスG(EV-G)が検出された。
  • このうち、11サンプルはType 1 recombinant EV-G(EV-Gのゲノムにパパイン様システインプロテアーゼが挿入されている)であった。
  • Type 1 recombinant EV-Gはエンテロウイルスとトロウイルスの組み換えウイルスである。
  • これまで豚ではType 1 recombinant EV-Gの感染が報告されているが、猪では初めての報告である。
2019
Yuki Fujii, Yuki Kashima, Fujiko Sunaga, Hiroshi Aoki, Ryo Imai, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Satoko Tsuzuku, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
Summarize
  • Complete genome of a porcine torovirus (PToV) strain discovered in Japan was sequenced.
  • The PToV composed at least 3 genome backgrounds (US, Chinese and German strains).
  • HE coding region exhibits the highest diversity, and the most sequence variation was found in the lectin domain.
  • 日本で発見した豚トロウイルスの全ゲノム塩基配列を決定した。
  • この豚トロウイルスは少なくとも3つの異なる株(アメリカ、中国、ドイツ株)から構成されていることがわかった。
  • HEコーディング領域は最も高い多様性を示し、特にレクチン領域で最も変異が認められた。
2019
Risako Katsuta, Fujiko Sunaga, Toru Oi, Yen Hai Doan, Satoko Tsuzuku, Yoshihisa Suzuki, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
Summarize
  • We identified Saperovirus (SaV) in fecal samples of wild boars in Japan for the first time.
  • We successfully determined complete genome of Group (G) V and GVI of SaV strains
  • The GVI SaV was assigned to a new genotype within GVI.
  • Wild boar may act as a reservoir for transmission of SaVs to the pig population
  • 日本で初めて野生の猪の糞便からサペロウイルスを検出した。
  • そして、グループVとVIのサペロウイルスについて全ゲノム塩基配列を決定した。
  • グループVIのサペロウイルスは新しい遺伝子型のウイルスである。
  • 野生の猪は養豚場へサペロウイルスを伝播するレゼルボアになっているかもしれない。
2019
Fujiko Sunaga, Tsuneyuki Masuda, Hiroshi Aoki, Mika Ito, Kaori Sano, Yuki Naoi, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
Summarize
  • Four Sapovirus (SaV) full genome sequences were determined in this study.
  • The GX and GXI SaVs genome size were shorten than other SaVs.
  • The GX and GXI SaVs evolved from a common ancestor.
  • ブタサポウイルスの4株の全ゲノム塩基配列を決定した(GXを2株、GXIを2株)。
  • GXとGXI株のゲノムサイズは他のサポウイルスよりも短いことがわかった
  • GXとGXI株は共通祖先から分岐してきたと考えられる。
2019
Hiroshi Aoki, Fujiko Sunaga, Hideharu Ochiai, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Masataka Akagami, Yuki Naoi, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Shoichi Sakaguchi, Tetsuya Furuya, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
Summarize
  • The 11 posavirus (PsV)-like sequences in porcine feces were identified in this study.
  • PsV 8 and 9, PsV-like virus (fisavirus and basavirus) formed invertebrates infecting group.
  • PsV except for invertebrates group were classified vertebrates infecting group.
  • 本研究ではブタの糞便から得られた11種類のポサウイルス様ウイルスのゲノム配列の決定を行った。
  • ポサウイルス8と9およびポサウイルス様ウイルスのフィサウイルスとバサウイルスは無脊椎動物に感染する
  • それ以外のポサウイルスは脊椎動物に感染することが明らかになった。
2019
Fujiko Sunaga, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Masataka Akagami, Yuki Naoi, Kaori Sano, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Shoichi Sakaguchi, Tetsuya Furuya, Hiroshi Yamasato, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
Summarize
  • Genomes of 23 Porcine Sapeloviruses (PSVs) detected in Japanese pigs were analyzed using bioinformatics.
  • Secondary structures of the internal ribosome entry site in the 5' untranslated region and a cis-replication element in the 2C coding region were conserved among PSVs.
  • Genetic diversity and frequent recombination events were observed among PSVs.
  • 本研究では23種のブタサポウイルスのゲノム解析を実施した。
  • 5’非翻訳領域のキャップ非依存性翻訳領域と2C領域のシス複製エレメントはブタサペロウイルスの中で保存されていた。
  • ブタサペロウイルスでは遺伝的多様性のあることと頻繁に組換えが起こっていることが明らかになった。
2019
Ryo Imai, Makoto Nagai, Mami Oba, Shoichi Sakaguchi, Makoto Ujike, Ruka Kimura, Moeko Kida, Tsuneyuki Masuda, Moegi Kuroda, Rongduo Wen, Kaixin Li, Yukie Katayama, Yuki Naoi, Shinobu Tsuchiaka, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Yamazato, Shinji Makino, Tetsuya Mizutani
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  • Type 1 recombinant EV-Gs (Enterovirus G) are detected in pig feces in Japan carrying the PLPC (papain-like cysteine protease) gene of torovirus at the junction site of 2C/3A genes.
  • In this study, we discovered a novel type 2 recombinant EV-G carrying the PLCP gene with flanking sequences in place of the viral structural genes in pig feces in Japan.
  • The phylogenetic analysis suggested that type 1 and 2 recombinant EV-Gs have independently evolved.
  • Type 1 recombinant EV-G might have served as a helper virus of type 2 virus.
  • これまで我々は豚トロウイルスのPLCP(パパイン様セリンプロテアーゼ)遺伝子が豚エンテロウイルスGのゲノムに組み込まれた1型組換えエンテロウイルスを発見して報告してきた。
  • 本研究では、日本の豚農場から構造タンパク質を欠失し、その部分にPLCPなどが挿入された2型組換え豚エンテロウイルスを発見した。
  • 系統解析から1型と2型の組換え豚エンテロウイルスは別々に進化してきたことが示唆された。
  • 1型組換え豚エンテロウイルスは2型ウイルスのヘルパーウイルスとして機能しているかもしれない。
2019
H Ochiai, K Tamukai, Y Akabane, M Oba, T Omatsu, A Okumura, T Mizutani, H Madarame
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  • An African pygmy hedgehog adenovirus 1 (AhAdV-1) outbreak in a colony of African pygmy hedgehogs (APHs) with a case of fatal pneumonia occurred in Japan.
  • Five viral infected APHs died caused by severe pneumonia and death in one case.
  • AhAdV-1 is a novel adenovirus and is suspected to be an emerging pathogen.
  • 日本のハリネズミのコロニーでハリネズミアデノウイルス1が致命的な肺炎を起こしたケースを報告した。
  • 5匹が重篤な肺炎を呈し、1匹が死亡した。
  • ハリネズミアデノウイルス1は新しいアデノウイルスであり新興感染症といえるであろう。
2019
Keita Noguchi, Ryusei Kuwata, Hiroshi Shimoda, Tetsuya Mizutani, Eiichi Hondo, Ken Maeda
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  • We successfully isolated a novel herpesvirus from the spleen of a greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) in Japan.
  • This herpesvirus was a novel gammaherpesvirus (Rhinolophus gammaherpesvirus 1; RGHV-1).
  • 12 of the 84 genes predicted to contain open reading frames did not show any homology to those of other herpesviruses.
  • 我々はキクガシラコウモリの脾臓から新しいヘルペスウイルスを分離した。
  • このヘルペスウイルスはγヘルペスウイルスに属することがわかった。
  • このウイルスの84遺伝子のうち12については既存のヘルペスウイルスとの相同性がなかったことからも、新しいウイルスであることが証明された。
2018
Mami Oba, Yuki Naoi, Mika Ito, Tsuneyuki Masuda, Yukie Katayama, Shoichi Sakaguchi, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Hiroshi Yamasato, Fujiko Sunaga, Shinji Makino, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Teschovirus-like viruses were identified in fecal samples from pigs with or without diarrhea.
  • They were distantly related to the Teschovirus A in the phylogenetic trees.
  • They may represent a novel species in the genus Teschovirus.
  • テシオウイルスに類似したウイルスが下痢症または下痢を伴わない豚に糞便から検出されました。
  • 系統樹解析では、これらのウイルスはテシオウイルスAと異なっていることが示されました。
  • これらのウイルスはテシオウイルス属の中の新しい種である可能性が示されました。
2018
Tsuneyuki Masuda, Fujiko Sunaga, Yuki Naoi, Mika Ito, Hiroki Takagi, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Mami Oba, Shoichi Sakaguchi, Tetsuya Furuya, Hiroshi Yamasato, Junsuke Shirai, Shinji Makino, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • A novel picornavirus, SPPVJ, was identified in pig feces by using a metagenomics approach.
  • SPPVJ was organized like a standard picornavirus genome with a type IV IRES.
  • SPPVJ was related to bat picornaviruses isolated from bat feces in China.
  • SPPVJ were detected in 17.8% (19/107) of the feces from pigs in Japan.
  • メタゲノム解析により新しいピコルナウイルスであるSPPVJが豚の糞便中から発見されました。
  • SPPVJは基本的なピコルナウイルスの遺伝子構造を有し、タイプIVのIRESを5'日翻訳領域に保有していました。
  • SPPVJは中国のコウモリの糞便から検出されたピコルナウイルスに類似していました。
  • SPPVJ遺伝子は17.8%(107頭中19頭)の豚の糞便に見いだされ、すでに日本に浸潤していることが示唆されました。
2018
Yoshimasa Hirashima, Daisuke Okada, Shoichi Shibata, Shu Yoshida, Shoichiro Fujisono, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • A neurotropic bovine astrovirus was firstly identified in the brain of a steer showing neurological signs in Japan.
  • Based on phylogenetic analisis, this strain belongs to the Virginia/Human-Mink-Ovine clade, which contains most of the neurotropic astroviruses.
  • This strain is thought to be generated by intra-genotypic recombination events between American and Europian bovine neurotropic astroviruses.
  • 神経親和性を有する牛アストロウイルスが初めて日本で検出されました。
  • 系統樹解析で本ウイルスはほとんどの神経親和性アストロウイルス株が属するバージニア/HMOクレードに分類されました。
  • 本株は神経親和性牛アストロウイルスアメリカ株とヨーロッパ株との遺伝子相動性組換えにより生じたと考えられました。
2018
Shinobu Tsuchiaka, Yuki Naoi, Ryo Imai, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Masataka Akagami, Yoshinao Ouchi, Kazuo Ishii, Shoichi Sakaguchi, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Mami Oba, Junsuke Shirai, Yuki Satani, Yasuhiro Takashima, Yuji Taniguchi, Masaki Takasu, Hiroo Madarame, Fujiko Sunaga, Hiroshi Aoki, Shinji Makino, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Enterovirus G genomes were detected using metagenomics approach in fecal samples of pigs in Japan.
  • These strains were classified into 8 groups (G1, 2, 3, 4, 6, 9, 10, and new) including a novel genotype.
  • Interestingly, 17 (16 G1 and one G2) of 59 strains carried a papain-like cysteine protease sequence of porcine torovirus.
  • The high prevalence of viruses with a papain-like cysteine protease sequence was firstly reported.
  • メタゲノム解析により日本の豚の糞便よりエンテロウイルスG遺伝子が検出されました。
  • これらのウイルス株は新しい遺伝子型を含む8つの遺伝子型(G1, 2, 3, 4, 6, 9, 10および新型)に分類されました。
  • 59株中17株(G1が16株およびG2が1株)は豚トロウイルスのパパイン様システインプロテアーゼの遺伝子配列をゲノム中に保有していました。
  • パパイン様システインプロテアーゼ配列を高率に保有しているエンテロウイルスGが報告されるは今回が初めてです。
2018
Hiroko Ejiri, Chang-Kweng Lim, Haruhiko Isawa, Ryosuke Fujita, Katsunori Murota, Tomomi Sato, Daisuke Kobayashi, Miki Kan, Masashi Hattori, Toshiya Kimura, Yukie Yamaguchi, Mutsuyo Takayama-Ito, Madoka Horiya, Guillermo Posadas-Herrera, Shohei Minami, Ryusei Kuwata, Hiroshi Shimoda, Ken Maeda, Yukie Katayama, Tetsuya Mizutani, Masayuki Saijo, Koki Kaku, Hiroto Shinomiya, Kyoko Sawabe
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  • We discovered a novel thogotovirus, designated Oz virus (OZV), isolated from the hard tick Amblyomma testudinarium in Japan.
  • OZV could replicate in BHK-21 and DH82 cells and caused high mortality in suckling mice after intracerebral inoculation
  • Phylogenetic analyses indicated that OZV is most closely related to Bourbon virus, which is a human-pathogenic thogotovirus discovered recently in the United States.
  • 我々は日本においてタカサゴキララマダニから新しいトゴトウイルス科のウイルス(Ozウイルスと命名)を発見した。
  • Ozウイルスはハムスターなどの細胞で増殖し、マウスに脳内接種すると死亡することがわかった。
  • 系統解析からOzウイルスはバーボンウイルス(最近米国で報告されたヒトに病原性のあるトゴトウイルス)に近縁であることが明らかになった。
2018
Hiroko Ejiri, Chang-Kweng Lim, Haruhiko Isawa, Yukie Yamaguchi, Ryosuke Fujita, Mutsuyo Takayama-Ito, Ryusei Kuwata, Daisuke Kobayashi, Madoka Horiya, Guillermo Posadas-Herrera, Itoe Iizuka-Shiota, Satsuki Kakiuchi, Yukie Katayama, Toshihiko Hayashi, Toshinori Sasaki, Mutsuo Kobayashi, Shigeru Morikawa, Ken Maeda, Tetsuya Mizutani, Koki Kaku, Masayuki Saijo, Kyoko Sawabe
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  • We discovered a novel member of the genus Phlebovirus designated as Kabuto Mountain virus (KAMV), which was isolated from the ixodid tick Haemaphysalis flava in Japan.
  • KAMV could infect and replicate in some rodent cell lines and showed pathogenicity in suckling mice.
  • This is the first report showing the existence of a previously unrecognized TBPV (tick-borne phleboviruses) in Japan, other than the SFTS (severe fever with thrombocytopenia syndrome) virus.
  • 我々は日本においてダニから新しいフレボウイルス(KAMVと命名)を発見した。
  • KAMVはげっ歯類の細胞で増殖し、マウスに病原性を示した。
  • これは日本においてSFTSV(重症熱性血小板減少症候群ウイルス)以外のダニ媒介性フレボウイルスの存在を示した初めての報告である。
2017
Moegi Kuroda, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Yuki Naoi, Yen Hai Doan, Kei Haga, Shinobu Tsuchiaka, Mai Kishimoto, Kaori Sano, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Mami Oba, Hiroshi Aoki, Toru Ichimaru, Fujiko Sunaga, Itsuro Mukono, Hiroshi Yamasato, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Tomoichiro Oka, Makoto Nagai
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  • Nearly complete genome sequences of sapovirus from pigs were identified.
  • They were classified into seven genogroups.
  • Nearly complete genome sequences of GX and GXI represent the first report.
  • Possible intergenogroup recombination event was identified.
  • サポウイルスのほぼ完全遺伝子配列が豚から検出されました。
  • これらは7つの遺伝子型に分類されました。
  • 遺伝子型のうち、GXとGXIのほぼ完全遺伝子配列の報告は今回が初めてです。
  • 遺伝子組換えの可能性が複数の株で見つかりました。
2017
Masataka Akagami, Mika Ito, Kazutaka Niira, Moegi Kuroda, Tsuneyuki Masuda, Kei Haga, Shinobu Tsuchiaka, Yuki Naoi, Mai Kishimoto, Kaori Sano, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Aoki, Yukie Katayama, Mami Oba, Tomoichiro Oka, Toru Ichimaru, Hiroshi Yamasato, Yoshinao Ouchi, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Twenty-four nearly complete genomes of porcine kobuvirus were detected in feces of pigs with or without diarrhea in Japan.
  • Japanese porcine kobuviruses shared 85.1-98.3% complete coding nucleotide sequences with porcine kobuviruses from other countries.
  • Phylogenetic tree analyses revealed that porcine kobuviruses were not grouped according to their geographical region of origin.
  • Similarity plot analysis revealed that multiple recombination events have been contributed to the genetic diversity and evolution of porcine kobuviruses.
  • 24株の豚コブウイルス遺伝子を下痢または下痢を伴わない日本の豚の糞便から検出しました。
  • 日本の豚コブウイルスは国外株に対して86.1~98.3%の遺伝子全長の相同性が確認されました。
  • 系統樹解析の結果、豚コブウイルスは分離された地域と遺伝子の相関性は見出せませんでした。
  • 相同性解析の結果、いくつもの遺伝子組換えが発見され、豚コブウイルスの遺伝子多様性と進化に関わっていると考えられました。
2017
Mika Ito, Moegi Kuroda, Tsuneyuki Masuda, Masataka Akagami, Kei Haga, Shinobu Tsuchiaka, Mai Kishimoto, Yuki Naoi, Kaori Sano, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Mami Oba, Hiroshi Aoki, Toru Ichimaru, Itsuro Mukono, Yoshinao Ouchi, Hiroshi Yamasato, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Nearly complete genome of Japanese porcine astroviruses were sequenced and analyzed.
  • They were classified into four genotypes.
  • Multiple possible intra-genotype recombination events were observed.
  • Recombination processes may play an important role in the evolution of porcine astroviruses.
  • ほぼ完全長の豚アストロウイルス遺伝子を検出し、解析しました。
  • これらは4つの遺伝子型に分類されました。
  • 複数の種内遺伝子組換えが見つかりました。
  • 遺伝子組換えは豚アストロウイルスの進化に重要な役割を果たしていることが示唆されました。
2017
Michiko Hayashi-Miyamoto, Toshiaki Murakami, Fujiko Minami-Fukuda, Shinobu Tsuchiaka, Mai Kishimoto, Kaori Sano, Yuki Naoi, Keigo Asano, Toru Ichimaru, Kei Haga, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Mami Oba, Hiroshi Aoki, Junsuke Shirai, Motohiko Ishida, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • VP3, NSP3, and NSP4 of bovine rotavirus B (RVB) were sequenced and analyzed.
  • They exhibited high diversity but conserved genetic characteristics of rotaviruses.
  • Whole genome analyses revealed that bovine RVBs clustered independently.
  • Bovine RVBs likely evolved independently, but similarly to other rotaviruses.
  • 牛B群ロタウイルスのVP3、NSP3およびNSP4遺伝子の配列を決定し、解析しました。
  • それらは多様性を示しましたが、ロタウイルスに保存されている配列が認められました。
  • 全ての遺伝子を解析したところ、牛B群ロタウイルスは独立したクラスターを形成しました。
  • 牛B群ロタウイルスは独立しているものの、他のロタウイルスとの相同性を保ちながら進化したと考えられました。
2017
Daisuke Kobayashi, Haruhiko Isawa, Ryosuke Fujita, Katsunori Murota, Kentaro Itokawa, Yukiko Higa, Yukie Katayama, Toshinori Sasaki, Tetsuya Mizutani, Shiroh Iwanaga, Nobuo Ohta, Arlene Garcia-Bertuso, Kyoko Sawabe
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  • We discovered Armigeres iflavirus (ArIFV), is a novel member of the iflaviruses (genus Iflavirus, family Iflaviridae) from mosquito in the Philippines.
  • This is the first successful isolation of iflavirus from a dipteran insect.
  • Our findings provide new insights into the infection mechanism, genetic diversity and evolution of the Iflaviridae family.
  • 我々はフィリピンの蚊から新規イフラウイルス(ArIFV)を発見した。
  • このウイルスは双翅目の昆虫から初めてのイフラウイルスの発見である。
  • この論文の知見はイフラウイルスの感染メカニズムや進化についての新しい知見となる。
2017
Satoshi Taniguchi, Ken Maeda, Taisuke Horimoto, Joseph S Masangkay, Roberto Puentespina Jr, James Alvarez, Eduardo Eres, Edison Cosico, Noriyo Nagata, Kazutaka Egawa, Harpal Singh, Aiko Fukuma, Tomoki Yoshikawa, Hideki Tani, Shuetsu Fukushi, Shinobu Tsuchiaka, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani, Yumi Une, Yasuhiro Yoshikawa, Masayuki Shimojima, Masayuki Saijo, Shigeru Kyuwa
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  • Pteropine orthoreovirus (PRV)s were isolated from wild bats captured on the Mindanao Islands, The Philippines.
  • Phylogenetic analysis indicated that the isolated PRVs were novel strains in which re-assortment events had occurred in the viral genome.
  • The Philippine bat-borne PRVs had similar characteristics in terms of antigenicity to those of the Miyazaki-Bali/2007 strain.
  • フィリピンで捕獲したコウモリからプテロパインオルソレロウイルスを分離した。
  • 系統解析からリアソートメントにより出現した新しいウイルスであることがわかった。
  • このフィリピンのウイルスは抗原性の点からバリ島のウイルスと類似の性質を有していることが明らかになった。
2017
Rapeewan Thampaisarn, Vuong N Bui, Dai Q Trinh, Makoto Nagai, Tetsuya Mizutani, Tsutomu Omatsu, Yukie Katayama, Dulyatad Gronsang, Duong H T Le, Haruko Ogawa, Kunitoshi Imai
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  • A novel serotype of avian paramyxovirus (APMV) was isolated from a duck fecal sample.
  • The phylogenetic analysis of the whole genome revealed that the virus was a member of the genus Avulavirus, but that it was distinct from APMV-1 to APMV-13.
  • We designated this isolate, as APMV-14/duck/Japan/11OG0352/2011 and propose that it is a novel APMV serotype.
  • 新しい血清型の鳥パラミクソウイルス(APMV)をアヒルの糞から分離した。
  • 系統解析の結果はパラミクソウイルス科アブラウイルス属に属していたが、どのAPMVからも離れていた。
  • そこでこの分離株をAPMV-14/duck/Japan/11OG0352/2011と名付け、APMVの新しい血清型であることを提唱した。
2017
Shinobu Tsuchiaka, Sayed Samim Rahpaya, Konosuke Otomaru, Hiroshi Aoki, Mai Kishimoto, Yuki Naoi, Tsutomu Omatsu, Kaori Sano, Sachiko Okazaki-Terashima, Yukie Katayama, Mami Oba, Makoto Nagai, Tetsuya Mizutani
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  • Novel bovine enterovirus (BEV) possessing highly divergent aa sequences in the VP1 coding region was discovered in Japan.
  • We named this strain as BEV AN12/Bos taurus/JPN/2014 (referred to as BEV-AN12).
  • We proposed naming this strain as "Enterovirus K", which is a novel species within genus Enterovirus.
  • 日本でVP1領域に新規性のある新しい牛エンテロウイルスを発見した。
  • このウイルスをBEV AN12/Bos taurus/JPN/2014と名付けた。
  • 我々はこの新規ウイルスをエンテロウイルス属の新しい種として「エンテロウイルスK」と分類されることを提唱したい。
2016
Kaori Sano, Yuki Naoi, Mai Kishimoto, Tsuneyuki Masuda, Hitomi Tanabe, Mika Ito, Kazutaka Niira, Kei Haga, Keigo Asano, Shinobu Tsuchiaka, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Yukie Katayama, Mami Oba, Yoshinao Ouchi, Hiroshi Yamasato, Motohiko Ishida, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Metagenome analysis revealed that 11 posavirus-like viruses, which have been reported as new member of the Picornavirales, were found in the feces of pigs in Japan.
  • Based on phylogenetic analyses and pairwise amino acid sequence comparison, posavirus-like viruses were subdivided into at least 8 groups and several unassigned sequences.
  • It is suggested that at least the proposed 8 genogroups may represent independent genera in the family of posavirus-like virus.
  • メタゲノム解析により日本に飼養されている豚の糞便から11株のポサウイルス様ウイルスを検出しました。
  • ウイルスアミノ酸配列の系統樹解析および相動性解析からポサウイルス様ウイルスは8つの遺伝子型といくつかの未分類の配列に分類されました。
  • 少なくとも8遺伝子型はポサウイルス様ウイルスの中におけるそれぞれ独立した属である可能性が推察されました。
2016
Kazutaka Niira, Mika Ito, Tsuneyuki Masuda, Toshiya Saitou, Tadatsugu Abe, Satoshi Komoto, Mitsuo Sato, Hiroshi Yamasato, Mai Kishimoto, Yuki Naoi, Kaori Sano, Shinobu Tuchiaka, Takashi Okada, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Hiroshi Aoki, Yukie Katayama, Mami Oba, Junsuke Shirai, Koki Taniguchi, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Genetic diversity of Japanese porcine rotavirus C was demonstrated.
  • Candidate novel genotypes were found in VP7, NSP2, and NSP3.
  • Possible evidence of interspecies transmission between porcine and human RVCs was identified.
  • 日本の豚C群ロタウイルスの遺伝子多様性を解析しました。
  • 新規の遺伝子型の可能性のある遺伝子型の配列がVP7、NSP2およびNSP3において認められました。
  • 豚とヒトにおける種間伝播の可能性のあるC群ロタウイルスが検出されました。
2016
Yuki Naoi, Mai Kishimoto, Tsuneyuki Masuda, Mika Ito, Shinobu Tsuchiaka, Kaori Sano, Hiroshi Yamasato, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Aoki, Tetsuya Furuya, Yukie Katayama, Mami Oba, Takashi Okada, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • A novel picornavirus was serendipitously identified in feces of pigs in Japan.
  • This virus (porcine picornavirus Japan) had a typical picornavirus genome; however, did not fall into any genera of the family Picornaviridae, suggesting novel genus of Picornaviridae.
  • Porcine picornavirus Japan was detected in 23.3 % of the fecal samples from pigs less than four months old,
  • 新規のピコルナウイルスが日本の豚におけるメタゲノム解析で発見されました。
  • 本ウイルス(SPPVJ)はピコルナウイルスに特有なゲノム構造を有しましたが、既報のピコルナウイルスには分類されず、新規のピコルナウイルスである可能性が示されました。
  • SPPVJは日本の4カ月齢以下の豚の23.3%から検出されました。
2016
Asuka Sato, Kentaro Tateishi, Minami Shinohara, Yuki Naoi, Mai Shiokawa, Hiroshi Aoki, Keitaro Ohmori, Tetsuya Mizutani, Junsuke Shirai, Makoto Nagai
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  • Bovine viral diarrhea 1n and 1o are rare genogroups, which are prevalent only in East Asis including Japan.
  • No complete genome sequence data has not been available; therefore, we determined complete genome sequences of Shitara/02/06 and IS26NCP/01.
  • Shitara/02/06 (BVDV1n) and IS26NCP/01 (BVDV1o) shared 77.7 to 79.3% and 78.0 to 85.7% sequence identities with other BVDV-1 subgenotype strains, respectively.
  • 牛ウイルス性下痢ウイルス1nおよび1oは日本を含めた東アジアに局在する遺伝子型です。
  • これまでBVDV1nおよび1oの完全長の遺伝子配列は明らかになっていませんでした。
  • Shitara/02/06 (BVDV1n)およびIS26NCP/01 (BVDV1o)は他のBVDV-1型に対して77.7~79.3%の遺伝子相同性を示しました。
2016
Mika Ito, Shinobu Tsuchiaka, Yuki Naoi, Konosuke Otomaru, Mitsuo Sato, Tsuneyuki Masuda, Kei Haga, Tomoichiro Oka, Hiroshi Yamasato, Tsutomu Omatsu, Satoshi Sugimura, Hiroshi Aoki, Tetsuya Furuya, Yukie Katayama, Mami Oba, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Recombination events between porcine and bovine torovirus were identified.
  • Recombinant breakpoints were mapped at ORF1b and HE coding regions.
  • These recombinant viruses are prevalent throughout Japan.
  • 牛トロウイルスおよび豚トロウイルスの遺伝子組換えを発見しました。
  • 遺伝子組換えが起こっているのはORF1bおよびHE遺伝子でした。
  • この組換えが認められる牛トロウイルスは日本全土に分布すると考えられました。
2016
Konosuke Otomaru, Yuki Naoi, Kei Haga, Tsutomu Omatsu, Takehiko Uto, Motoya Koizumi, Tsuneyuki Masuda, Hiroshi Yamasato, Hikaru Takai, Hiroshi Aoki, Shinobu Tsuchiaka, Kaori Sano, Sachiko Okazaki, Yukie Katayama, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Makoto Nagai
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  • Novel kobu-like viruses were identified in feces of cattle in Kagoshima Prefecture, Japan.
  • Based on phylogenetic analysis, these viruses were related to kobuviruses; however, clustered except for other kobuviruses.
  • These viruses might be novel species of the genus Kobuvirus.
  • コブウイルスに類似した新規ウイルスを牛の糞便中から発見しました。
  • 系統樹解析では、本ウイルスはコブウイルスに類似しているものの、他のコブウイルスとは異なるグループを形成することがわかりました。
  • 本ウイルスはコブウイルス属の新規の種である可能性が示されました。
2016
Ken Komatsu, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani, Toshiyuki Fukuhara, Motoichiro Kodama, Tsutomu Arie, Tohru Teraoka, Hiromitsu Moriyama
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  • A novel mycoviral-like dsRNA of approximately 2.5 kbp in length was discovered from phytopathogenic fungus Alternaria spp.
  • This dsRNA has a single open reading frame that potentially encodes an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp).
  • We named this virus as "Alternaria arborescens mitovirus 1" (AaMV1).
  • 植物病原性真菌アルテルナリア属から長さ約2.5kbpの新規マイコウイルス様2本鎖RNAを発見した。
  • この2本鎖RNAはRNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRp)をコードする単一のオープンリーディングフレームを持っている。
  • この新しいウイルスを「Alternariaarborescens mitovirus1」(AaMV1)と名付けた。
2016
Hiromichi Mitake, Yuji Fujii, Makoto Nagai, Naoto Ito, Kota Okadera, Kazuma Okada, Kento Nakagawa, Mai Kishimoto, Tetsuya Mizutani, Katsunori Okazaki, Yoshihiro Sakoda , Ayato Takada, Makoto Sugiyama
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  • An Ljungan virus (LV) was discovered from fecal samples of wild birds in Japan, and determined the nearly complete sequence of the genome.
  • Phylogenetic and similarity analyses based on the VP1 region indicated that the strain constitutes a novel genotype within LV.
  • This study provided the first evidence of the presence of a novel LV in Japan.
  • 日本の野鳥の糞便からルジャンガンウイルスを発見し、ゲノムのほぼ全長の塩基配列を決定した。
  • 系統解析の結果、ルジャンガンウイルスの新しい遺伝子型であることが明らかになった。
  • 本研究において日本にもルジャンガンウイルスが存在していることが示された。
2016
Ken Komatsu, Yukie Katayama, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani, Toshiyuki Fukuhara, Motoichiro Kodama, Tsutomu Arie, Tohru Teraoka Hiromitsu Moriyama
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  • In this study, we report the molecular characterization of a novel dsRNA mycovirus, Alternaria arborescens victorivirus 1 (AaVV1) from tomato.
  • We found that the AaVV1 genome is 5203 bp in length and contains two open reading frames (ORF1 and 2) that overlap at the tetranucleotide AUGA.
  • AaVV1 is a member of a distinct species of the genus Victorivirus in the family Totiviridae.
  • トマトから新しい2本鎖RNAマイコウイルス、arborescens victorivirus 1 (AaVV1)、を発見した。
  • このウイルスゲノムは5203bpのゲノムを持ち、2つのオープンリーディングフレームを持つことが明らかになった。
  • AaVV1はトチウイルス科のヴィクトリウイルス属の新種である。
2016
Mami Oba, Tsutomu Omatsu, Ai Takano, Hiromi Fujita, Kozue Sato, Atsushi Nakamoto, Mamoru Takahashi, Nobuhiro Takada, Hiroki Kawabata, Shuji Ando, Tetsuya Mizutani
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  • A novel bunyavirus was discovered from soft ticks, Argas vespertilionis, in Japan.
  • We named this novel virus Soft tick bunyavirus (STBV).
  • Phylogenetic analysis showed that segment L of STBV was closely related to a cluster consisting of the genus Nairovirus of the family Bunyaviridae.
  • 新しいブニヤウイルスを日本で採取されたマルヒメダニから分離した。
  • 我々はこの新規ウイルスをヒメダニブニヤウイルス(STBV)と名付けた。
  • 系統解析の結果、STBVのL分節はブニヤウイルス科のナイロウイルス属に属していることが明らかになった。
2015
Makoto Nagai, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Aoki, Yoshihiro Kaku, Graham J Belsham, Kei Haga, Yuki Naoi, Kaori Sano, Moeko Umetsu, Mai Shiokawa, Shinobu Tsuchiaka, Tetsuya Furuya, Sachiko Okazaki, Yukie Katayama, Mami Oba, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani
Summarize
  • Novel viruses were identified in feces from cattle by metagenomics approach.
  • These viruses had a standard picornavirus genome organization.
  • They are related to unclassified Chinese picornaviruses from bat, cat and dog.
  • These viruses were detected in 23% (20/87) feces from cattle in Hokkaido in Japan. 
  • メタゲノム解析により牛の糞便から新しいウイルスが発見されました。
  • このウイルスは典型的なピコルナウイルスの遺伝子構造を保有していました。
  • このウイルスは中国で見つかったコウモリ、猫および犬由来の未分類のピコルナウイルスと類似しておりました。
  • このウイルスは23%(20/87頭)の北海道の牛糞便から検出されました。
2015
Makoto Nagai, Tsutomu Omatsu, Hiroshi Aoki, Konosuke Otomaru, Takehiko Uto, Motoya Koizumi, Fujiko Minami-Fukuda, Hikaru Takai, Toshiaki Murakami, Tsuneyuki Masuda, Hiroshi Yamasato, Mai Shiokawa, Shinobu Tsuchiaka, Yuki Naoi, Kaori Sano, Sachiko Okazaki, Yukie Katayama, Mami Oba, Tetsuya Furuya, Junsuke Shirai, Tetsuya Mizutani
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  • Fifteen nearly complete astrovirus sequences were obtained from Japanese calves.
  • Nine strains were clustered with Chinese bovine astroviruses (tentatively named lineage 1) in all phylogenetic trees.
  • Three strains clustered with an American strain isolated from cattle with respiratory disease (tentatively named lineage 2).
  • Two strains clustered with lineage 1 in the open reading frame (ORF)1a and ORF1b regions, while they clustered with lineage 2 in the ORF2 region, suggesting recombination events.
  • One strain clustered with porcine astrovirus type 5 in all trees, and ovine astrovirus in the ORF2 region, suggesting past interspecies transmission.
  • 15株のほぼ完全長のアストロウイルス遺伝子が日本の子牛から検出されました。
  • そのうち9株は中国の牛アストロウイルスとともにクラスターを形成し、系統1と名付けました。
  • 3株は米国で呼吸器病を示す牛から検出された株とともにクラスターを形成し、系統2と命名しました。
  • 2株はオープンリーディングフレーム(PRF)1aおよび1bは系統1にORF2は系統2に相同性示し、遺伝子組換えが起こっている可能性が示されました。
  • 1株は遺伝子全長にわたり豚アストロウイルス5と、ORF2はめん羊由来株と類似性を示したことから、種間伝播したウイルスであることが示唆されました。
2015
Makoto Nagai, Saya Shimada, Yoshiki Fujii, Hiromitsu Moriyama, Mami Oba, Yukie Katayama, Shinobu Tsuchiaka, Sachiko Okazaki, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Satoshi Koyama, Junsuke Shirai, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani
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  • This report presents the first case of H2 NSP5 genotype in porcine rotavirus.
  • These porcine rotavirus strains showed super-short RNA patterns.
  • These strains were detected from healthy piglets or piglets with diarrhea.
  • Intra-genotype reassortments among porcine and human rotaviruses were observed.
  • The possibility of interspecies transmission between pigs and humans was suggested.
  • NSP5の遺伝子型がH2の豚ロタウイルスを世界で初めて発見しました。
  • この豚ロタウイルスは稀であるスーパーショートRNA泳動パターンを示しました。
  • このウイルスは健康な豚と下痢を呈する豚の両方から検出されました。
  • ゲノムの由来から、このウイルスはヒトロタウイルスと豚ロタウイルスの遺伝子再集合により生じたと考えられました。
  • これらのことから、豚とヒトとで種間伝播が起こった可能性が示されました。
2015
Kouji Sakai, Katsuro Hagiwara, Tsutomu Omatsu, Chinami Hamasaki, Ryusei Kuwata, Hiroshi Shimoda, Kazuo Suzuki, Daiji Endoh, Noriyo Nagata, Makoto Nagai, Yukie Katayama, Mami Oba, Ichiro Kurane, Masayuki Saijo, Shigeru Morikawa, Tetsuya Mizutani, Ken Maeda
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  • A novel rhabdovirus, wild boar rhabdovirus 1 (WBRV1), was isolated from the serum of a healthy Japanese wild boar.
  • WBRV1 is closely related to Tupaia rhabdovirus (TRV) belonging to a new genus of Rhabdoviridae.
  • 6.5% of wild boars in Wakayama prefecture in Japan were positive for the WBRV1 gene and 52% were positive for WBRV1-neutralizing antibodies.
  • 新しいラブドウイルス、イノシシラブドウイルス1(WBRV1)を日本の健康なイノシシから発見した。
  • WBRV1はツパイラブドウイルスと近縁で、ラブドウイルス科の新しい属を形成する。
  • 和歌山県の野生イノシシの6.5%でPCR陽性、52%で中和抗体陽性であり野生動物に浸潤していることが明らかになった。
2015
Kaori Sano, Sachiko Okazaki, Satoshi Taniguchi, Joseph S Masangkay, Roberto Puentespina Jr, Eduardo Eres, Edison Cosico, Ni?a Quibod, Taisuke Kondo, Hiroshi Shimoda, Yuuki Hatta, Shumpei Mitomo, Mami Oba, Yukie Katayama, Yukiko Sassa, Tetsuya Furuya, Makoto Nagai, Yumi Une, Ken Maeda, Shigeru Kyuwa, Yasuhiro Yoshikawa, Hiroomi Akashi, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Mizutani
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  • A novel gammaherpesvirus was discovered from bats in the Philippines.
  • The infection rate among the captured bats by PCR was 30 %.
  • フィリピンのコウモリから新規ガンマヘルペスウイルスを発見した。
  • PCRによる感染率は約30%であった。
2015
Satoshi Koyama, Syun-Ichi Urayama, Tsutomu Ohmatsu, Yukiko Sassa, Chihiro Sakai, Mamoru Takata, Shinya Hayashi, Makoto Nagai, Tetsuya Furuya, Hiromitsu Moriyama, Toshiyuki Satoh, Shin-Ichi Ono, Testuya Mizutani
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  • A novel dsRNA virus, Camponotus yamaokai virus, was identified from the arboreal ant Camponotus yamaokai.
  • Phylogenetic analyses revealed that the virus was most likely a novel totivirus.
  • The virus was detected by PCR in all caste members and developmental stages of ants.
  • 樹上性の蟻から新しい2本鎖RNAウイルス、ヤマヨツボシオオアリウイルス、を発見した。
  • 系統解の結果、トチウイルスに属する新しいウイルスであることが明らかになった。
  • このウイルスはアリのすべてのカーストと発育ステージで検出された。
2015
Makoto Nagai, Hiroshi Aoki, Yoshihiro Sakoda, Takashi Kozasa, Kaho Tominaga-Teshima, Junki Mine, Yuri Abe, Tomokazu Tamura, Tsubasa Kobayashi, Kaoru Nishine, Kentaro Tateishi, Yudai Suzuki, Mai Fukuhara, Keitaro Ohmori, Reiko Todaka, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani, Shigeyuki Nakamura, Hiroshi Kida, Junsuke Shirai
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  • Border disease virus was firstly identified in pigs in Japan.
  • Phylogenetic analysis revealed that this virus was clustered into BDV genotype 1 with ovine strains.
  • This strain grew in porcine, bovine, and ovine primary cells and cell lines, but grew better in bovine and ovine cells than in porcine cells.
  • Specific pathogen-free pigs inoculated with FNK2012-1 did not show any clinical signs.
  • This strain may be of ruminant origin and is poorly adapted to pigs.
  • 日本で初めてボーダー病ウイルスが豚から検出されました。
  • 系統樹解析により、このウイルスはボーダー病ウイルス1型に分類されることがわかりました。
  • 本ウイルスは豚、牛およびめん羊の細胞で増殖することがわかりましたが、豚よりも牛およびめん羊の細胞の方でより増殖することが確認されました。
  • SPF豚への接種では症状は全く確認されませんでした。
  • 本ウイルスは反芻獣由来であり、豚にはまだ馴化していないと考えられました。
2014
Tsuneyuki Masuda, Makoto Nagai, Hiroshi Yamasato, Shinobu Tsuchiaka, Sachiko Okazaki, Yukie Katayama, Mami Oba, Naomi Nishiura, Yukiko Sassa, Tsutomu Omatsu, Tetsuya Furuya, Satoshi Koyama, Junsuke Shirai, Koki Taniguchi, Yoshiki Fujii, Reiko Todaka, Kazuhiko Katayama, Tetsuya Mizutani
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  • A group A rotavirus (GAR) was isolated from an outbreak of diarrhea and milk drop in cows in 2013, Japan.
  • This GAR, named Tottori-SG, exhibited yet not reported genotype combination, G15-P[14]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E2-H3 representing VP7-VP4-VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5, respectively.
  • Whole genome analyses suggested that this novel GAR might be derived from multiple reassortment events from group A rotavirus strains circulating among Japanese cattle.
  • 2013年に我が国でA群ロタウイルス(GAR)による乳量減少を伴う成牛の下痢症が発生しました。
  • このGARは未だ報告のないG15-P[14]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E2-H3(VP7-VP4-VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5に対応)という遺伝子型の組み合わせを示しました。
  • 全ゲノム解析の結果、この新規GARは我が国の牛群内で流行しているGAR株の遺伝子再集合により生じたと考えられました。